genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.176.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   

This is table  176  of  250  ( 29906 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56094960--56095028	31	2.2	32	82	10	88	27	14	17	40	1.88
56095690--56095756	21	3.3	21	62	8	57	38	23	19	17	1.93
56095685--56095773	40	2.2	40	97	0	169	40	29	16	13	1.87
56097388--56097462	34	2.2	36	88	11	113	37	2	0	60	1.11
56097388--56097478	5	18.8	5	71	18	68	38	2	1	58	1.18
56099008--56099073	26	2.5	26	92	2	105	59	6	0	34	1.22
56099519--56099551	5	6.8	5	93	6	59	18	0	0	81	0.68
56099519--56099555	15	2.6	14	88	12	58	18	0	0	81	0.70
56111304--56111340	16	2.5	14	87	12	56	2	13	0	83	0.74
56115722--56115767	23	2.0	23	100	0	92	26	17	21	34	1.95
56118442--56118476	16	2.2	16	89	0	52	77	0	11	11	1.00
56132445--56132471	13	2.1	13	100	0	54	14	37	40	7	1.74
56136201--56136239	20	2.0	20	85	10	53	33	5	15	46	1.68
56142817--56142845	15	1.9	15	100	0	58	55	6	24	13	1.63
56145344--56145389	3	15.3	3	86	0	65	60	0	0	39	0.97
56150032--56150088	30	1.9	30	88	0	87	15	29	31	22	1.95
56151855--56151879	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
56152689--56152718	13	2.3	13	100	0	60	46	0	23	30	1.52
56153004--56153148	42	3.4	43	81	6	168	25	20	28	26	1.99
56159475--56159622	63	2.3	63	82	10	181	24	28	16	31	1.96
56161380--56161805	44	9.5	44	76	5	332	32	17	20	29	1.96
56161380--56161660	89	3.2	87	79	7	287	30	16	21	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56161393--56161678	133	2.2	133	80	2	315	32	16	21	29	1.95
56161423--56161803	133	2.8	133	75	6	327	32	17	20	29	1.96
56163418--56163459	4	10.5	4	80	10	50	21	0	4	73	1.01
56163417--56163452	17	2.1	17	89	0	54	19	0	5	75	1.00
56163418--56163456	21	1.9	20	89	5	60	20	0	5	74	1.01
56166734--56166789	29	2.0	28	82	3	67	60	8	3	26	1.43
56167823--56167879	28	2.0	28	86	6	80	24	28	19	28	1.98
56167823--56167879	14	4.1	14	75	6	53	24	28	19	28	1.98
56177880--56177930	10	5.2	9	78	21	50	35	0	1	62	1.06
56177880--56177930	20	2.5	21	81	15	63	35	0	1	62	1.06
56184618--56184654	18	2.0	19	89	5	58	21	8	5	64	1.40
56184617--56184654	19	2.0	19	90	10	60	21	7	5	65	1.38
56185431--56185498	31	2.3	29	81	18	88	47	16	4	32	1.66
56194775--56194833	31	1.9	30	82	3	73	27	13	16	42	1.86
56199572--56199674	51	2.0	51	88	0	152	37	13	19	29	1.90
56201006--56201070	32	2.1	32	91	2	105	33	15	4	46	1.66
56203101--56203178	31	2.5	31	81	6	88	23	15	29	32	1.95
56205190--56205496	163	1.9	165	85	4	433	27	11	21	39	1.88
56210787--56210858	37	1.9	38	97	2	137	51	8	19	20	1.72
56218870--56218903	11	2.8	12	91	8	52	32	2	0	64	1.08
56221673--56221724	26	2.0	26	100	0	104	34	19	11	34	1.88
56226095--56226129	18	1.9	18	100	0	70	40	11	11	37	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56226474--56226544	36	2.0	36	100	0	142	33	19	18	28	1.95
56226683--56226710	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
56226657--56226714	20	2.9	20	78	14	66	55	0	8	36	1.31
56227246--56227282	19	1.9	19	88	0	56	40	27	18	13	1.88
56230139--56230246	26	4.2	26	95	0	198	30	6	27	35	1.82
56232968--56233010	21	2.0	21	100	0	86	41	13	9	34	1.77
56235309--56235363	24	2.3	24	84	6	67	29	1	5	63	1.27
56238118--56238157	20	2.0	20	95	0	71	32	10	12	45	1.75
56238258--56238296	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
56241601--56241625	12	2.1	12	100	0	50	36	32	8	24	1.84
56241612--56241707	33	2.9	33	79	3	113	34	33	8	23	1.85
56241613--56241705	16	5.7	16	75	3	69	34	33	8	23	1.85
56252652--56252701	24	2.1	24	96	0	91	50	4	20	26	1.66
56256382--56256534	24	6.4	23	71	15	80	34	22	24	17	1.96
56259900--56260003	45	2.3	45	86	0	145	45	15	16	23	1.85
56259989--56260020	6	5.3	6	100	0	64	50	15	15	18	1.79
56262847--56263019	46	3.7	46	76	13	183	23	20	27	28	1.99
56262844--56263014	93	1.8	93	92	0	288	22	21	28	27	1.99
56263749--56263776	14	2.0	14	100	0	56	42	0	14	42	1.45
56267577--56267630	23	2.3	23	96	3	99	38	24	0	37	1.56
56271241--56271288	20	2.4	20	74	22	55	39	18	4	37	1.70
56273559--56273598	14	2.9	14	88	0	62	40	0	2	57	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56273782--56273881	49	2.0	49	100	0	200	39	6	25	30	1.79
56278235--56279023	222	3.5	221	78	8	724	21	14	17	46	1.83
56281346--56281389	18	2.4	19	81	11	56	36	0	4	59	1.18
56281760--56281807	25	2.0	23	84	11	62	52	12	0	35	1.40
56292084--56292165	40	2.0	40	97	0	155	21	10	14	52	1.72
56295107--56295168	32	1.9	32	100	0	124	51	3	9	35	1.51
56305814--56305843	15	2.0	15	93	0	51	40	6	10	43	1.64
56308613--56308676	33	1.9	33	93	0	110	18	15	12	53	1.73
56308985--56309026	17	2.4	18	88	4	59	47	9	0	42	1.36
56309147--56309194	21	2.2	22	85	10	64	47	2	2	47	1.25
56312862--56312896	11	3.2	11	88	11	54	0	54	0	45	0.99
56313373--56313434	3	20.0	3	77	6	61	32	1	6	59	1.32
56313376--56313437	23	2.8	22	87	4	81	32	1	8	58	1.37
56313371--56313445	23	3.2	23	80	10	64	32	2	9	56	1.45
56316110--56316158	20	2.6	19	78	12	57	42	4	4	48	1.40
56319351--56319380	5	5.8	5	92	7	51	76	0	0	23	0.78
56320103--56320163	31	2.0	31	83	0	77	40	3	11	44	1.57
56320289--56320362	29	2.4	30	77	8	78	51	12	1	35	1.48
56322917--56322963	21	2.2	21	88	0	67	27	10	10	51	1.70
56330985--56331043	31	1.9	31	85	0	82	37	8	10	44	1.69
56330984--56331051	31	2.2	31	78	0	73	38	11	8	41	1.73
56331810--56331844	17	2.1	17	100	0	70	51	5	11	31	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56335480--56335552	38	2.0	36	83	5	92	61	2	1	34	1.19
56338204--56338527	88	3.7	88	89	0	488	28	25	19	25	1.99
56340429--56340471	18	2.6	16	81	7	50	11	13	4	69	1.33
56340531--56340745	21	9.8	21	65	21	68	25	8	3	62	1.39
56340615--56340748	3	45.7	3	72	16	86	28	7	0	63	1.26
56340618--56340647	16	1.9	15	93	6	51	23	0	0	76	0.78
56340615--56340748	14	9.4	14	69	16	71	28	7	0	63	1.26
56340657--56340740	23	3.8	23	79	4	84	30	8	1	59	1.34
56340621--56340718	20	4.9	20	75	12	76	29	7	1	62	1.29
56340893--56340988	28	3.6	26	74	13	79	32	5	4	58	1.39
56343146--56343175	15	2.0	15	93	0	51	20	0	3	76	0.92
56343391--56343434	18	2.4	19	81	7	56	43	0	0	56	0.99
56343658--56343705	19	2.6	19	83	12	64	77	0	10	12	1.00
56343658--56343701	18	2.4	18	85	11	54	77	0	9	13	0.99
56344380--56344534	77	2.0	77	98	0	301	46	11	9	32	1.73
56346304--56346357	24	2.2	24	87	6	74	12	27	20	38	1.89
56346812--56346854	20	2.0	21	82	8	52	37	0	0	62	0.95
56352982--56353185	43	4.7	43	88	0	255	24	26	21	27	1.99
56353369--56353422	6	8.7	6	76	15	56	74	3	1	20	1.07
56353366--56353446	31	2.6	32	80	16	100	69	2	2	25	1.14
56354340--56354476	46	3.0	46	87	0	193	24	31	10	34	1.89
56354487--56354726	47	5.2	45	88	5	354	23	28	13	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56357476--56357504	12	2.5	12	94	5	51	41	20	0	37	1.53
56360750--56360789	7	5.7	7	100	0	80	25	0	0	75	0.81
56361102--56361232	37	3.6	36	88	4	199	22	16	50	11	1.76
56361328--56361390	14	4.4	14	76	4	63	49	26	0	23	1.51
56361327--56361390	7	9.0	7	79	3	56	48	26	0	25	1.51
56361491--56361622	48	2.8	46	80	11	158	21	0	29	49	1.50
56361639--56361942	41	7.5	41	91	1	488	22	23	20	33	1.97
56361639--56361942	122	2.5	120	91	4	486	22	23	20	33	1.97
56362591--56362624	13	2.8	12	91	8	52	0	14	0	85	0.60
56364380--56364844	131	3.6	131	84	3	575	26	17	20	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250