genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25581876--25581947	33	2.2	33	87	0	108	23	20	26	29	1.99
25582703--25583454	374	2.0	374	98	0	1441	31	17	18	32	1.94
25584573--25584642	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
25587865--25588035	93	1.8	93	84	0	234	29	27	19	23	1.98
25589387--25589524	27	5.1	27	78	0	141	35	20	19	24	1.96
25592215--25592252	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
25592480--25592645	46	3.6	44	79	13	167	28	28	19	22	1.98
25592481--25592649	92	1.8	92	91	2	277	28	28	20	21	1.98
25603307--25603432	49	2.5	51	83	10	154	26	30	19	23	1.98
25603411--25603528	46	2.6	44	81	9	148	24	28	18	27	1.98
25607635--25607818	40	4.6	40	81	10	207	24	28	22	23	1.99
25607637--25607819	79	2.3	81	83	7	223	24	28	22	24	2.00
25610170--25610218	25	1.9	26	95	4	91	32	18	12	36	1.88
25614100--25614144	20	2.2	20	100	0	90	24	26	15	33	1.95
25615772--25615954	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
25615751--25615954	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
25625464--25625518	22	2.6	21	76	2	56	16	27	38	18	1.92
25626949--25626988	21	1.9	21	89	0	62	50	17	7	25	1.72
25631687--25631751	29	2.2	29	88	0	112	16	38	24	20	1.93
25634036--25634250	108	2.0	108	99	0	421	40	18	12	28	1.86
25641924--25641957	9	3.7	9	88	7	50	35	2	8	52	1.47
25647643--25647817	87	2.0	87	98	0	341	38	14	8	38	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25651194--25651236	21	2.0	21	100	0	86	32	6	32	27	1.84
25655596--25655773	27	6.6	27	75	6	119	29	26	16	28	1.97
25655596--25655773	54	3.3	54	74	12	150	29	26	16	28	1.97
25663604--25663781	27	6.6	27	75	6	119	29	26	16	28	1.97
25663604--25663781	54	3.3	54	74	12	150	29	26	16	28	1.97
25666097--25666237	40	3.6	39	88	2	203	24	24	26	24	2.00
25674208--25674430	40	5.6	40	86	4	288	24	23	26	25	2.00
25674212--25674430	83	2.7	80	88	5	291	24	23	26	25	2.00
25679954--25680046	40	2.3	41	82	8	104	31	17	23	27	1.97
25680981--25681023	22	2.0	22	95	0	77	11	34	25	27	1.91
25690658--25690926	46	5.8	46	74	10	242	21	19	29	28	1.98
25690704--25690872	47	3.6	47	75	10	193	23	19	29	27	1.98
25690654--25690918	93	2.8	93	94	0	449	22	19	29	28	1.98
25695962--25696127	40	4.2	40	83	4	102	24	27	24	23	2.00
25695985--25696127	40	3.5	40	86	4	189	23	26	25	25	2.00
25698884--25699041	68	2.3	68	77	11	160	20	28	15	34	1.94
25704703--25704728	12	2.2	12	100	0	52	15	34	19	30	1.93
25712629--25712804	46	3.8	46	79	12	207	19	21	29	29	1.98
25712626--25712797	93	1.8	93	94	0	308	20	21	29	28	1.98
25713295--25713418	46	2.8	46	91	7	197	31	3	33	32	1.74
25725402--25725567	39	4.2	40	79	3	140	25	26	23	24	2.00
25725425--25725567	39	3.6	40	84	5	166	23	25	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25729202--25729428	40	5.7	40	95	0	409	29	20	28	22	1.98
25733046--25733142	43	2.3	43	80	3	106	26	17	25	29	1.97
25743442--25743506	33	1.9	34	84	9	89	66	1	0	32	1.01
25743525--25743561	16	2.2	16	90	4	56	70	2	0	27	1.01
25743530--25743577	25	1.9	25	87	8	71	66	2	2	29	1.14
25746958--25747122	43	3.8	43	77	7	174	21	18	27	32	1.97
25758744--25758865	41	3.0	41	88	0	190	27	30	20	22	1.98
25759124--25759542	27	15.6	27	81	5	249	30	9	20	39	1.84
25759320--25759449	53	2.4	54	80	1	145	30	7	22	39	1.82
25759532--25759642	27	4.1	27	86	0	105	30	25	16	27	1.96
25766441--25766596	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
25766440--25766593	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
25766441--25766596	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
25766433--25766617	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
25766433--25766617	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
25767968--25768068	27	3.7	27	85	2	132	29	10	18	40	1.85
25767968--25768119	27	5.6	27	82	4	112	28	8	19	42	1.81
25768021--25768092	28	2.6	27	84	2	81	30	6	18	44	1.76
25768075--25768136	27	2.3	27	86	5	81	24	6	24	45	1.76
25768133--25768233	27	3.7	27	85	0	130	30	21	11	35	1.90
25772553--25772581	12	2.4	12	100	0	58	44	0	6	48	1.29
25772730--25772776	23	2.0	23	95	0	85	29	10	8	51	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25784242--25784270	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
25788007--25788039	17	1.9	17	93	0	57	57	15	12	15	1.65
25795313--25795467	40	3.9	40	88	0	240	25	21	27	24	1.99
25803351--25803571	40	5.6	40	91	2	322	27	23	26	21	1.99
25805498--25805645	43	3.4	43	79	3	129	34	22	12	30	1.91
25805532--25805655	43	2.9	43	80	0	131	36	22	12	29	1.90
25810674--25810809	40	3.4	40	96	1	247	26	26	22	24	2.00
25812324--25812349	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
25815405--25815584	40	4.5	40	84	0	234	23	24	28	23	2.00
25832611--25832636	10	2.6	10	100	0	52	0	38	0	61	0.96
25840992--25841099	29	3.8	29	83	1	128	28	27	14	28	1.96
25849263--25849504	27	9.0	28	76	7	225	27	15	20	36	1.93
25849275--25849504	81	2.8	81	83	3	259	26	15	20	36	1.93
25849856--25849919	18	3.6	18	86	0	83	23	23	12	40	1.88
25863080--25863230	27	5.6	27	78	6	137	39	20	8	31	1.83
25863106--25863285	53	3.3	53	79	6	175	38	21	7	32	1.82
25863080--25863302	54	4.1	54	75	7	170	39	21	8	31	1.82
25863106--25863340	27	8.7	27	75	7	156	37	21	7	33	1.81
25863323--25863465	27	5.3	27	81	0	160	35	20	18	25	1.95
25863321--25863437	54	2.2	54	90	0	180	38	20	17	23	1.93
25864065--25864172	27	4.0	27	80	5	94	18	22	20	38	1.93
25864286--25864409	6	20.2	6	68	17	67	17	18	14	49	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25864286--25864388	31	3.3	31	71	10	93	17	19	14	48	1.81
25864288--25864349	25	2.5	25	89	0	88	19	19	14	46	1.83
25864316--25864400	37	2.3	37	85	0	107	17	18	12	50	1.77
25867540--25867592	22	2.3	23	87	3	72	41	7	16	33	1.77
25867554--25867599	22	2.2	21	85	11	60	52	6	10	30	1.62
25875017--25875066	24	2.1	24	92	0	82	24	40	2	34	1.66
25881247--25881362	28	4.2	26	76	16	90	37	20	22	18	1.94
25881247--25881362	57	2.1	54	80	7	126	37	20	22	18	1.94
25882792--25882851	24	2.5	24	100	0	120	28	38	0	33	1.57
25894824--25894896	37	2.0	37	97	0	137	32	21	9	35	1.86
25895026--25895178	42	3.6	42	82	6	159	28	21	17	32	1.96
25902162--25902240	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
25902358--25902885	47	11.4	47	88	5	729	28	29	8	33	1.87
25908555--25908620	28	2.4	28	84	0	87	31	22	12	33	1.91
25908629--25908704	40	1.9	40	88	0	116	30	32	17	19	1.95
25912408--25912597	48	3.9	48	83	10	242	28	24	16	30	1.96
25912408--25912596	99	1.9	98	87	7	276	29	23	16	30	1.96
25912592--25912731	37	3.8	36	79	11	142	27	27	17	28	1.97
25918704--25919041	48	7.7	41	76	14	191	30	25	15	27	1.96
25918756--25918859	40	2.5	41	80	10	104	35	26	14	23	1.93
25918832--25919023	48	4.0	48	89	6	300	29	23	16	30	1.96
25919012--25919150	37	3.8	37	83	6	160	26	28	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25921685--25921760	40	1.9	40	86	0	107	28	34	17	19	1.94
25932106--25932212	56	1.9	56	84	0	142	31	24	14	28	1.95
25945595--25945852	68	3.9	64	76	9	220	29	15	30	24	1.96
25948546--25948602	26	2.2	26	81	9	62	26	17	19	36	1.94
25956663--25956764	43	2.4	43	83	0	114	20	23	31	24	1.98
25958670--25958744	21	3.5	21	68	13	62	22	12	26	38	1.89
25961302--25961426	66	1.9	66	82	9	157	40	23	12	24	1.88
25963354--25963405	27	1.9	27	92	0	86	30	13	15	40	1.86
25963354--25963415	27	2.3	27	82	0	79	30	12	16	40	1.86
25966592--25966722	64	2.0	64	98	0	253	37	13	18	30	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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