genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72975119--72975189	36	2.0	36	97	0	133	46	25	9	18	1.79
72975081--72975245	89	1.8	89	93	1	285	38	21	13	26	1.91
72975450--72975697	75	3.2	75	78	11	241	34	19	17	29	1.94
72975689--72975718	13	2.3	13	94	0	51	66	10	13	10	1.44
72975542--72975790	87	2.9	84	84	6	324	36	20	16	26	1.93
72975388--72975863	243	1.9	252	83	10	625	36	18	17	27	1.94
72975702--72975864	73	2.2	73	91	0	254	36	19	17	26	1.94
72975809--72975918	54	2.0	54	96	0	202	38	17	16	28	1.91
72975736--72975977	127	1.9	127	96	0	448	33	17	18	30	1.94
72975898--72976057	87	1.8	87	86	0	230	33	18	19	29	1.95
72979592--72979648	29	1.9	29	89	3	87	45	15	17	21	1.85
72980781--72980869	7	13.3	7	71	17	55	49	1	1	48	1.16
72986888--72986915	4	7.0	4	100	0	56	50	0	25	25	1.50
72990790--72990832	21	2.1	20	86	4	59	53	4	2	39	1.34
72997331--72997389	20	2.8	20	85	10	66	54	0	1	44	1.10
72997330--72997389	22	2.8	21	82	12	68	53	0	1	45	1.10
72997407--72997458	27	1.9	27	88	7	79	55	0	0	44	0.99
72997749--72997918	90	1.9	90	86	1	243	40	20	8	31	1.83
72997941--72997980	9	4.3	9	81	6	53	67	0	0	32	0.91
72997945--72998002	19	2.9	21	72	17	59	60	0	1	37	1.07
72997925--72997980	19	2.9	19	81	10	60	64	0	1	33	1.04
72998225--72998292	29	2.3	29	82	5	75	32	4	1	61	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72998273--72998333	19	3.2	19	74	9	61	29	4	3	62	1.32
72998242--72998333	48	1.9	48	84	8	125	31	4	2	61	1.27
72999716--72999775	31	1.9	32	83	10	79	61	5	0	33	1.17
73002688--73002721	4	8.0	4	87	12	50	73	0	2	23	0.97
73002688--73002722	9	4.0	9	88	7	54	71	0	5	22	1.07
73002688--73002722	13	2.6	14	86	13	56	71	0	5	22	1.07
73002818--73002871	16	3.5	16	73	16	60	50	0	5	44	1.25
73004507--73004723	45	4.8	45	93	0	335	25	19	15	39	1.91
73006550--73006607	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
73006819--73006850	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
73006945--73007186	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
73006945--73007194	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
73013329--73013399	35	2.1	33	94	5	124	28	16	26	28	1.97
73014167--73014224	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
73014436--73014467	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
73014562--73014753	50	3.7	49	88	6	240	27	24	28	19	1.99
73014676--73014753	26	3.0	26	61	17	63	28	25	26	19	1.99
73020666--73020907	45	5.4	45	95	0	412	26	19	16	38	1.92
73021838--73021953	18	6.4	18	78	2	108	38	12	12	35	1.82
73021838--73021953	54	2.1	54	82	3	135	38	12	12	35	1.82
73029692--73029725	16	2.1	16	94	0	59	47	8	5	38	1.59
73030210--73030490	115	2.4	115	81	2	314	32	22	18	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73030439--73030529	41	2.2	41	82	3	103	28	23	19	28	1.98
73030193--73030719	271	2.0	269	81	4	632	30	21	19	28	1.97
73031301--73031344	14	3.1	14	80	3	52	22	0	27	50	1.50
73031383--73031422	7	5.9	7	94	5	73	15	0	45	40	1.46
73031383--73031419	13	2.8	13	95	4	65	13	0	45	40	1.43
73036798--73036826	15	1.9	15	100	0	58	24	6	20	48	1.74
73037491--73037595	53	2.1	49	83	7	129	44	5	3	45	1.45
73041927--73042156	42	5.3	42	84	6	221	25	23	20	30	1.98
73041974--73042156	45	4.2	44	83	4	210	25	24	20	30	1.99
73041974--73042138	89	1.9	86	83	6	215	23	23	21	32	1.98
73043911--73044134	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
73044463--73044526	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
73044470--73044526	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
73050476--73050519	21	2.1	21	91	0	70	29	13	18	38	1.89
73052247--73052305	22	2.7	22	82	12	68	18	1	5	74	1.09
73052484--73052524	19	2.1	19	86	9	55	73	0	2	24	0.96
73053656--73053691	9	4.0	9	85	0	54	33	0	13	52	1.41
73056480--73056510	5	6.2	5	100	0	62	22	0	58	19	1.40
73059624--73059664	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
73073843--73073930	44	2.0	44	100	0	176	34	11	15	38	1.84
73075816--73075880	25	2.9	23	80	15	66	66	9	0	24	1.21
73075842--73075880	19	2.0	20	90	5	62	71	7	0	20	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73078366--73078405	20	2.0	20	100	0	80	55	15	0	30	1.41
73079848--73079878	15	2.0	16	93	6	55	58	0	3	38	1.15
73080284--73080376	45	2.1	45	97	0	177	39	1	2	56	1.18
73081956--73082015	30	2.0	30	83	3	75	43	6	5	45	1.52
73085375--73085406	11	2.8	11	95	4	55	87	0	12	0	0.54
73096090--73096135	17	2.8	16	77	6	56	63	2	13	21	1.40
73100764--73100873	37	2.8	40	73	8	109	30	26	20	22	1.99
73102066--73102169	45	2.3	44	86	8	138	0	26	8	64	1.22
73102181--73102212	5	6.2	5	96	3	55	59	0	0	40	0.97
73103850--73103889	12	3.3	12	78	0	53	60	17	12	10	1.59
73103841--73103889	24	2.0	24	100	0	98	55	20	12	12	1.68
73104182--73104209	13	2.2	13	100	0	56	46	25	7	21	1.76
73107245--73107355	37	2.8	40	74	8	111	29	27	20	22	1.99
73108548--73108651	45	2.3	44	86	8	138	0	26	8	64	1.22
73108663--73108694	5	6.2	5	96	3	55	59	0	0	40	0.97
73113487--73113547	23	2.8	21	75	9	59	36	0	6	57	1.25
73122493--73122532	18	2.2	19	86	13	57	52	2	0	45	1.14
73137826--73137867	16	2.6	16	77	11	50	28	0	4	66	1.12
73139215--73139248	17	2.1	16	89	10	52	41	0	0	58	0.98
73143242--73143276	2	17.5	2	100	0	70	48	0	51	0	1.00
73147890--73147933	21	2.0	21	82	4	52	68	11	11	9	1.40
73150114--73150143	12	2.4	13	94	5	53	56	6	0	36	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73155595--73155652	27	2.0	29	83	9	75	17	32	3	46	1.65
73155871--73156010	70	2.0	70	94	0	244	40	16	10	32	1.83
73157723--73157757	17	2.1	17	100	0	70	62	17	8	11	1.52
73165335--73165368	6	5.3	6	93	6	50	85	0	0	14	0.60
73165338--73165368	7	4.6	7	92	8	55	87	0	0	12	0.55
73165330--73165368	13	3.1	12	85	10	51	84	2	0	12	0.72
73178184--73178223	12	3.3	12	86	6	55	25	5	17	52	1.64
73178406--73178442	16	2.3	16	90	0	56	13	13	21	51	1.75
73178384--73178488	34	3.2	34	64	24	89	22	17	15	44	1.86
73178360--73178747	62	6.2	64	93	0	518	25	13	14	46	1.81
73179022--73179065	15	2.9	15	89	0	70	18	6	36	38	1.77
73180709--73180886	43	4.2	43	84	5	204	26	8	21	42	1.81
73180709--73180886	83	2.1	84	84	4	225	26	8	21	42	1.81
73181548--73181596	21	2.3	21	89	0	71	36	32	22	8	1.84
73182026--73182137	56	2.0	56	91	3	181	30	19	10	39	1.86
73182693--73182739	23	2.2	23	85	11	64	0	36	2	61	1.08
73182697--73182747	26	1.9	27	88	4	77	0	37	1	60	1.08
73182693--73182739	11	4.4	11	76	15	53	0	36	2	61	1.08
73185317--73185418	52	2.0	51	86	5	143	36	22	10	30	1.88
73185794--73185835	21	2.0	21	100	0	84	38	23	28	9	1.86
73187685--73187745	13	4.7	13	79	0	68	39	24	8	27	1.84
73187682--73187745	26	2.5	26	84	0	92	37	23	7	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73194779--73194818	18	2.3	18	91	8	66	70	0	7	22	1.12
73203562--73203596	6	5.8	6	100	0	70	0	0	82	17	0.66
73205711--73205739	14	2.0	15	93	6	51	41	6	34	17	1.76
73209647--73209678	9	3.6	9	100	0	64	12	0	9	78	0.97
73213960--73214015	28	2.0	29	82	3	69	53	1	1	42	1.21
73215753--73215848	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
73217199--73217230	9	3.6	9	100	0	64	12	0	9	78	0.97
73219881--73219915	15	2.2	16	95	5	63	65	28	0	5	1.15
73223434--73223475	21	2.0	21	85	0	57	33	2	7	57	1.39
73224570--73224612	16	2.6	17	86	13	63	55	0	0	44	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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