genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.122.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   

This is table  122  of  250  ( 29906 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39178675--39178707	17	1.9	17	100	0	66	51	24	0	24	1.48
39182101--39182159	24	2.5	24	100	0	118	47	25	3	23	1.67
39195461--39195603	51	3.0	49	73	11	138	31	27	17	23	1.97
39200631--39200683	27	2.0	27	88	0	79	13	24	24	37	1.91
39200792--39200854	31	2.0	31	96	0	117	28	19	17	34	1.94
39203459--39203623	7	23.0	7	72	7	80	41	36	0	21	1.58
39203515--39203626	21	5.2	21	77	5	91	39	37	0	22	1.60
39203460--39203595	50	2.7	51	82	7	154	42	36	0	20	1.52
39203519--39203577	22	2.7	21	82	7	73	38	40	0	20	1.53
39203836--39203945	40	2.8	41	81	12	122	30	17	22	30	1.97
39203979--39204076	40	2.5	40	80	9	110	35	18	23	22	1.95
39203842--39204310	186	2.5	180	83	5	573	32	19	19	28	1.96
39204165--39204310	40	3.7	39	77	11	138	30	20	21	27	1.98
39204206--39204323	40	3.0	39	74	6	103	27	20	19	32	1.97
39212566--39212677	12	10.1	12	71	25	63	47	0	1	50	1.11
39212577--39212683	55	2.0	51	84	12	137	44	0	1	53	1.11
39212810--39212903	44	2.1	46	88	7	140	35	25	5	34	1.79
39212885--39212939	16	3.4	16	92	0	92	29	29	7	34	1.84
39216508--39216540	16	2.0	17	94	5	59	63	0	0	36	0.95
39216513--39216546	16	2.1	16	88	0	50	70	0	0	29	0.87
39217409--39217441	16	2.0	17	88	5	50	36	12	0	51	1.39
39222717--39222742	7	3.7	7	100	0	52	57	30	0	11	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39224443--39224566	63	2.0	63	90	0	194	31	13	14	40	1.85
39225848--39225929	26	3.2	26	91	0	137	31	4	25	37	1.77
39230288--39230320	7	4.7	7	100	0	66	57	0	15	27	1.38
39238540--39238600	31	2.0	31	83	6	79	42	8	11	37	1.71
39239066--39239110	16	2.8	16	86	0	63	40	4	26	28	1.75
39239134--39239171	19	2.0	19	100	0	76	26	0	31	42	1.56
39239335--39239455	61	2.0	61	85	6	163	53	4	1	40	1.30
39245332--39245548	40	5.4	40	88	3	314	21	23	26	28	1.99
39257994--39258267	48	5.8	48	72	12	199	25	19	27	28	1.99
39266232--39266343	27	4.2	26	78	7	116	39	22	21	16	1.92
39266232--39266343	54	2.1	54	86	3	154	39	22	21	16	1.92
39274063--39274109	23	2.0	23	95	0	85	44	27	14	12	1.82
39279521--39279697	40	4.4	40	83	3	216	25	27	21	25	1.99
39292112--39292171	28	2.1	29	81	9	70	31	23	1	43	1.64
39298508--39298622	55	2.1	55	98	0	221	35	5	12	46	1.63
39298529--39298617	27	3.3	27	64	14	74	35	4	10	49	1.57
39301377--39301545	46	3.7	46	78	7	189	23	20	27	28	1.99
39301374--39301544	93	1.8	93	92	0	288	23	21	27	28	1.99
39301774--39301811	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
39304901--39305327	228	1.9	228	98	0	827	33	4	24	36	1.77
39306462--39306594	45	3.0	45	93	0	221	22	22	27	27	1.99
39317055--39317095	17	2.3	19	83	8	50	29	17	29	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39318705--39318807	43	2.4	42	77	6	109	23	17	26	33	1.96
39320532--39320590	29	2.0	30	83	3	75	42	38	3	15	1.63
39323106--39323141	11	3.5	11	78	21	51	72	8	11	8	1.29
39323109--39323144	10	3.7	10	85	7	56	69	11	8	11	1.37
39323106--39323146	19	2.2	19	100	0	82	68	9	12	9	1.40
39327132--39327156	7	3.6	7	100	0	50	24	0	0	76	0.80
39332991--39333060	28	2.5	28	88	2	97	25	18	30	25	1.98
39332991--39333109	55	2.2	54	83	7	143	26	15	28	29	1.96
39332991--39333109	27	4.4	27	83	6	105	26	15	28	29	1.96
39347154--39347328	27	6.4	27	79	7	147	29	27	14	28	1.96
39347154--39347328	55	3.2	54	79	7	174	29	27	14	28	1.96
39347171--39347327	83	1.9	82	84	6	210	28	28	15	28	1.96
39349696--39349924	81	2.8	81	81	10	270	25	27	22	24	2.00
39349696--39349924	40	5.7	40	83	9	268	25	27	22	24	2.00
39357608--39357831	104	2.2	104	93	1	378	17	19	31	31	1.95
39357750--39357903	73	2.1	72	91	3	247	23	16	29	30	1.96
39365161--39365384	104	2.2	104	93	1	378	17	19	31	31	1.95
39365303--39365453	70	2.1	71	91	2	241	23	17	29	30	1.97
39365412--39365463	27	1.9	27	92	0	86	15	23	32	28	1.95
39367824--39367941	44	2.8	42	75	15	109	30	26	16	26	1.97
39389194--39389233	13	3.1	13	85	0	62	35	25	7	32	1.84
39390401--39390471	13	5.5	13	81	6	81	38	28	8	25	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39392264--39392589	81	4.0	81	89	1	494	35	20	18	24	1.95
39392267--39392571	27	11.3	27	86	1	432	35	20	19	24	1.96
39392959--39393022	28	2.3	28	84	7	78	23	23	26	26	2.00
39392985--39393047	33	1.9	33	93	0	108	28	22	25	23	1.99
39403027--39403272	49	4.9	50	82	2	298	25	17	26	29	1.98
39403132--39403215	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
39409287--39409593	27	11.4	27	86	0	409	35	18	20	25	1.95
39409773--39409829	27	2.1	27	87	6	80	21	24	21	33	1.97
39415370--39415503	43	3.1	43	83	2	180	30	26	16	26	1.97
39421169--39421298	41	3.1	41	82	4	154	25	20	15	39	1.91
39421196--39421326	42	3.1	42	82	2	129	29	23	12	35	1.91
39421230--39421326	41	2.3	41	85	1	122	32	25	12	28	1.92
39421484--39421517	8	4.5	8	96	3	54	23	0	5	70	1.09
39421484--39421547	15	4.3	14	78	7	65	23	4	3	68	1.23
39421484--39421547	7	8.6	7	84	8	65	23	4	3	68	1.23
39422117--39422184	14	4.9	14	72	13	59	55	30	0	13	1.38
39422154--39422205	21	2.5	21	83	0	59	51	28	0	19	1.47
39422553--39422668	40	2.9	40	85	5	155	30	19	18	31	1.96
39424550--39424652	42	2.4	42	82	9	129	26	16	24	33	1.96
39424500--39424665	43	3.9	43	76	10	160	24	16	26	33	1.96
39429570--39429627	25	2.3	25	90	0	98	22	32	29	15	1.95
39432656--39432732	5	15.8	5	71	24	58	41	0	2	55	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39432672--39432726	8	6.2	8	82	15	56	41	0	1	56	1.10
39432841--39432880	13	3.1	14	80	20	52	42	0	0	57	0.98
39432843--39432880	8	4.3	9	83	16	53	42	0	0	57	0.98
39432935--39432982	16	3.1	15	76	8	51	70	0	27	2	0.98
39436093--39436136	18	2.4	18	96	0	79	34	20	18	27	1.96
39438575--39438624	10	5.0	10	83	9	66	70	2	6	22	1.20
39439293--39439476	96	1.9	97	86	3	264	30	25	14	29	1.94
39440555--39440623	4	16.8	4	72	15	52	73	0	0	26	0.83
39440563--39440610	7	6.5	8	77	18	59	68	0	0	31	0.90
39440561--39440606	15	3.2	15	82	17	62	69	0	0	30	0.89
39440571--39440622	28	2.0	25	82	14	61	73	0	0	26	0.84
39440572--39440623	21	2.5	21	96	0	95	75	0	0	25	0.81
39440619--39440643	12	2.1	12	100	0	50	68	8	16	8	1.38
39448440--39448489	10	5.0	10	80	9	57	70	2	4	24	1.15
39453915--39454122	53	3.9	54	81	6	215	21	25	15	37	1.93
39454106--39454222	47	2.5	47	92	0	189	26	23	11	38	1.88
39454361--39454445	44	1.9	44	85	4	118	24	24	12	37	1.91
39458780--39458860	24	3.4	24	70	3	65	43	18	20	17	1.88
39458775--39458874	47	2.1	47	83	3	130	39	18	22	21	1.93
39458797--39458872	24	3.2	24	62	7	57	40	17	19	22	1.91
39467717--39467985	141	1.9	141	90	1	432	31	21	10	36	1.88
39467997--39468108	43	2.7	43	81	4	131	28	26	17	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39468036--39468167	45	3.0	44	78	11	123	33	25	16	25	1.96
39469848--39470082	48	4.9	48	83	5	287	25	29	18	25	1.98
39469848--39470087	96	2.5	96	90	0	372	26	30	18	25	1.98
39480549--39480618	34	2.1	34	100	0	140	47	20	5	27	1.72
39486178--39486501	48	6.8	47	77	3	279	24	29	18	28	1.98
39486178--39486510	96	3.5	96	80	2	355	24	29	18	27	1.98
39486179--39486457	144	1.9	144	84	1	371	24	29	17	28	1.97
39486182--39486494	144	2.2	143	80	4	344	24	28	17	28	1.98
39491245--39491388	49	3.0	49	75	15	135	24	13	22	40	1.89
39492410--39492435	12	2.2	12	100	0	52	23	38	30	7	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250