genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17900871--17900914	23	1.9	23	85	0	61	45	11	6	36	1.67
17900983--17901151	38	4.4	38	84	3	203	24	20	24	30	1.99
17902761--17902786	11	2.4	11	100	0	52	15	0	0	84	0.62
17904790--17904989	43	4.8	40	75	7	143	25	30	18	26	1.98
17904870--17905040	43	4.0	43	79	7	152	25	29	19	25	1.98
17909267--17909362	48	2.0	48	95	0	174	33	14	18	33	1.91
17913959--17914006	15	3.3	15	73	5	53	31	0	25	43	1.55
17914736--17914780	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
17917362--17917444	30	2.7	30	81	9	89	12	21	1	65	1.33
17917445--17917476	12	2.7	12	100	0	64	25	15	12	46	1.81
17919681--17919777	30	3.2	30	73	2	88	28	13	27	29	1.94
17923757--17924007	27	9.4	27	85	1	317	25	22	18	33	1.96
17923757--17924004	133	1.9	134	88	2	383	25	22	18	33	1.96
17924756--17924795	19	2.1	19	100	0	80	37	12	25	25	1.91
17925617--17925712	30	3.2	30	72	5	88	28	14	28	29	1.95
17927962--17928018	16	3.6	16	92	2	89	7	14	0	78	0.94
17927989--17928033	6	8.2	6	79	18	53	2	17	0	80	0.82
17927960--17928044	21	4.0	21	79	13	84	4	16	1	77	0.99
17928947--17928983	17	2.2	17	90	9	58	8	8	5	78	1.09
17930709--17930805	30	3.2	30	73	2	88	28	13	27	29	1.94
17938813--17938864	11	4.7	11	83	6	70	11	3	7	76	1.12
17938813--17938865	22	2.4	22	96	3	97	11	3	7	77	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17940765--17941016	27	9.4	27	86	0	344	36	17	20	25	1.95
17941759--17941818	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
17941660--17941791	71	1.9	67	84	6	174	20	26	21	31	1.98
17943749--17943969	67	3.3	65	84	11	234	34	15	27	21	1.94
17943775--17943929	67	2.3	67	94	3	269	31	14	29	24	1.95
17943809--17944003	66	2.9	66	82	11	163	33	15	28	21	1.94
17951331--17951503	58	2.8	60	84	10	181	32	16	30	20	1.95
18046543--18046960	90	4.5	94	86	11	562	32	8	29	29	1.87
18046543--18046960	46	9.0	47	85	10	578	32	8	29	29	1.87
18046543--18047015	90	5.0	92	84	11	522	31	9	30	28	1.88
18047136--18047213	37	2.1	37	88	2	113	25	19	29	25	1.98
18049034--18049132	43	2.3	43	89	6	148	23	14	33	29	1.94
18049117--18049190	29	2.6	29	86	4	96	25	14	32	27	1.95
18049600--18049695	40	2.4	42	80	7	117	29	19	23	27	1.99
18054893--18054924	8	4.0	8	91	0	55	3	25	21	50	1.64
18059249--18059343	43	2.3	41	77	20	99	46	24	11	17	1.81
18061574--18061626	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
18064676--18064729	28	2.0	27	82	7	65	48	1	3	46	1.30
18064713--18064764	10	5.1	10	84	11	52	34	0	7	57	1.27
18068162--18068238	40	1.9	40	83	0	100	33	15	18	32	1.92
18068316--18068411	40	2.4	40	82	1	104	30	16	20	32	1.95
18068029--18068417	151	2.6	154	75	7	382	32	16	20	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18068716--18068905	7	26.7	7	69	15	59	21	1	32	45	1.59
18068764--18068797	15	2.3	15	94	0	59	17	0	38	44	1.49
18068759--18068807	22	2.3	20	79	6	53	22	0	32	44	1.53
18068820--18068861	22	1.9	22	85	0	57	21	0	30	47	1.51
18068876--18068905	15	2.0	15	93	0	51	20	0	43	36	1.52
18070155--18070192	20	1.9	20	89	10	60	36	10	10	42	1.74
18071943--18072030	30	2.9	31	76	3	90	28	25	17	29	1.97
18073881--18073977	30	3.2	30	76	2	106	27	16	27	27	1.97
18075731--18075813	30	2.7	30	81	9	89	12	21	2	63	1.39
18075764--18075819	18	3.1	18	76	5	51	5	19	5	69	1.28
18075789--18075813	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
18075882--18075938	5	11.0	5	75	20	55	1	17	1	78	0.91
18075882--18075945	16	4.2	14	77	16	65	3	17	1	78	0.96
18075886--18075934	26	1.9	25	84	12	64	2	16	2	79	0.92
18075880--18075949	21	3.3	20	77	15	54	2	18	1	77	0.97
18078919--18078971	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
18083234--18083328	30	3.2	30	75	3	102	28	16	27	27	1.97
18091068--18091155	30	2.9	30	74	0	95	28	17	28	26	1.97
18092008--18092081	33	2.2	34	79	13	82	12	25	0	62	1.30
18094894--18094940	23	2.0	23	88	8	69	25	4	6	63	1.36
18097549--18097642	28	3.3	28	83	2	116	27	13	28	29	1.94
18102631--18102770	38	3.7	38	89	0	226	32	23	22	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18111221--18111317	30	3.2	30	68	8	72	27	26	16	28	1.97
18115441--18115482	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
18116928--18117024	30	3.2	30	77	2	115	28	14	27	28	1.95
18119133--18119215	30	2.7	30	81	9	89	13	21	1	63	1.35
18119166--18119221	18	3.1	18	76	5	51	7	19	3	69	1.27
18119191--18119215	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
18120255--18120310	12	4.5	12	95	4	94	16	1	7	75	1.11
18121938--18122034	30	3.2	30	77	2	115	28	14	27	28	1.95
18126409--18126436	11	2.5	11	100	0	56	78	7	0	14	0.95
18127308--18127364	11	5.5	10	74	15	53	78	1	15	3	0.96
18127297--18127362	21	3.1	20	79	14	62	78	3	15	3	0.99
18127308--18127364	5	11.0	5	78	10	53	78	1	15	3	0.96
18127312--18127360	26	1.9	25	84	12	64	79	2	14	4	0.97
18127445--18127469	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
18127436--18127481	18	2.6	18	82	0	56	67	2	17	13	1.33
18127445--18127523	30	2.6	31	78	6	90	64	1	21	12	1.34
18127503--18127535	12	2.8	12	90	9	50	60	0	21	18	1.36
18134003--18134055	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
18141493--18141530	20	1.9	20	88	0	58	50	18	5	26	1.68
18142384--18142486	30	3.4	29	69	11	82	30	16	27	26	1.97
18144595--18144677	30	2.7	30	81	9	89	13	21	1	63	1.35
18144628--18144683	18	3.1	18	76	5	51	7	19	3	69	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18144653--18144677	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
18144680--18144710	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
18144758--18144820	6	12.0	5	79	18	51	4	19	3	73	1.15
18147372--18147468	30	3.2	30	70	8	81	27	14	28	28	1.95
18153887--18153922	10	3.6	10	100	0	72	36	19	22	22	1.95
18153886--18153930	20	2.2	20	88	0	72	35	15	24	24	1.94
18154377--18154449	35	2.1	35	100	0	146	47	5	16	30	1.69
18155401--18155535	67	2.1	65	81	13	154	40	15	8	34	1.79
18158667--18158693	10	2.7	10	100	0	54	40	29	11	18	1.85
18158667--18158715	10	4.8	10	85	5	53	36	32	8	22	1.84
18163656--18163751	30	3.2	30	73	8	88	28	16	27	28	1.97
18165946--18166027	30	2.7	30	81	9	87	10	21	2	64	1.37
18165978--18166033	18	3.1	18	76	5	51	7	19	3	69	1.27
18166003--18166027	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
18166030--18166060	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
18169512--18169558	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
18172373--18172418	10	4.3	11	78	13	51	4	10	2	82	0.89
18172373--18172433	23	2.7	22	82	5	68	4	14	3	77	1.07
18172382--18172433	20	2.4	20	84	12	59	3	13	3	78	1.02
18173953--18173999	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
18176261--18176317	5	11.0	5	75	20	55	1	17	1	78	0.91
18176261--18176324	16	4.2	14	77	16	65	3	17	1	78	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18176265--18176313	26	1.9	25	84	12	64	2	16	2	79	0.92
18176259--18176328	21	3.3	20	77	15	54	2	18	1	77	0.97
18178898--18178994	30	3.2	30	74	8	99	28	15	27	27	1.96
18179358--18179399	14	3.0	14	75	10	50	2	16	9	71	1.23
18186492--18186588	30	3.2	30	77	2	106	28	15	26	28	1.96
18188254--18188288	10	3.5	10	88	0	52	37	22	25	14	1.92
18188251--18188298	20	2.4	20	75	0	60	31	18	29	20	1.97
18189887--18189925	18	2.1	19	85	4	53	7	23	2	66	1.30
18189889--18189992	48	2.2	49	79	8	115	12	27	0	58	1.40
18189943--18189992	18	2.8	18	87	0	73	14	28	0	58	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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