genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.241.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74505617--74505732	30	3.8	30	70	13	85	35	5	0	58	1.26
74505630--74505757	10	13.0	9	65	18	51	35	4	0	58	1.24
74505646--74505742	40	2.5	38	76	20	101	38	6	1	54	1.32
74516911--74516979	26	2.7	25	73	22	63	47	13	1	37	1.51
74524416--74524479	30	2.1	30	83	13	78	4	23	7	64	1.40
74530924--74530964	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
74533724--74533773	23	2.0	25	81	11	59	36	6	4	54	1.44
74534636--74534677	21	2.0	21	90	9	68	69	0	0	30	0.89
74543615--74543676	30	2.1	29	85	8	81	30	1	9	58	1.40
74548335--74548359	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
74548930--74548975	23	1.9	25	82	8	60	41	4	21	32	1.73
74551040--74551108	31	2.2	31	87	5	95	44	15	4	34	1.67
74551060--74551120	31	2.0	31	90	6	97	40	16	3	39	1.65
74557049--74557192	44	3.3	43	75	17	172	39	17	1	41	1.58
74557045--74557214	85	2.0	85	98	0	331	40	18	1	40	1.58
74558166--74558341	70	2.3	76	82	11	195	38	19	1	41	1.59
74558166--74558329	80	2.0	80	80	6	181	38	19	1	40	1.60
74558295--74558335	20	2.3	19	84	16	52	41	12	0	46	1.41
74558944--74559002	25	2.5	24	81	13	68	38	11	5	44	1.63
74559394--74559419	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
74559705--74559746	21	2.0	21	100	0	84	33	14	0	52	1.42
74588652--74588801	58	2.5	59	83	5	178	22	12	10	56	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74588652--74588825	58	2.9	58	80	10	158	21	12	9	56	1.65
74595675--74595729	26	2.2	25	83	9	67	61	10	1	25	1.39
74595693--74595731	17	2.3	17	90	0	60	66	12	0	20	1.24
74596670--74596750	37	2.2	37	82	10	96	54	6	6	33	1.50
74598063--74598087	12	2.1	12	100	0	50	16	8	0	76	1.02
74598898--74598924	12	2.2	12	100	0	54	48	0	0	51	1.00
74599091--74599121	14	2.2	14	100	0	62	35	0	6	58	1.24
74602293--74602411	52	2.3	52	83	0	148	25	15	26	32	1.96
74603900--74603944	23	2.0	23	100	0	90	28	0	13	57	1.36
74605855--74605890	16	2.2	16	90	5	54	19	55	13	11	1.68
74609399--74609434	12	3.0	12	91	0	54	25	25	8	41	1.83
74617760--74617907	75	2.0	75	93	0	251	29	18	25	27	1.98
74617671--74618066	164	2.4	162	86	3	571	27	18	22	31	1.97
74617931--74618133	72	2.8	72	90	3	302	27	18	24	30	1.98
74618073--74618636	88	6.4	89	76	9	453	28	15	20	36	1.93
74618073--74618548	177	2.7	174	77	8	444	28	15	20	35	1.94
74618073--74618636	265	2.1	265	94	0	984	28	15	20	36	1.93
74619275--74619310	16	2.2	16	90	5	54	19	55	13	11	1.68
74620303--74620380	3	26.7	3	69	23	51	26	6	2	64	1.31
74620383--74620455	22	3.4	22	74	9	69	50	1	1	46	1.18
74620448--74620478	13	2.3	14	94	5	55	41	0	6	51	1.27
74637008--74637056	21	2.3	21	86	10	64	59	0	0	40	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74646435--74646468	10	3.1	11	87	12	52	82	0	17	0	0.67
74646437--74646468	16	1.9	17	93	6	57	84	0	15	0	0.63
74650446--74650489	20	2.2	21	88	8	65	68	0	0	31	0.90
74651989--74652049	31	2.0	31	87	6	88	32	9	14	42	1.79
74653526--74653655	57	2.2	58	85	8	174	39	3	11	46	1.56
74654698--74654738	18	2.1	21	82	13	52	36	9	0	53	1.34
74655505--74655548	14	2.9	15	83	16	56	61	0	0	38	0.96
74662667--74662738	6	11.7	6	85	5	99	31	0	18	50	1.47
74668878--74668953	23	3.3	23	96	0	143	31	26	21	21	1.98
74676218--74676314	23	4.3	23	90	5	162	31	26	20	20	1.97
74676225--74676314	44	2.0	44	95	0	162	32	26	21	20	1.97
74685768--74685805	17	2.3	17	90	4	60	36	2	0	60	1.11
74686834--74686891	29	2.0	29	93	0	98	41	3	20	34	1.69
74689780--74689823	3	14.3	3	86	13	63	68	0	0	31	0.90
74689777--74689823	9	5.0	10	89	10	73	68	0	0	31	0.90
74693743--74693777	14	2.4	15	85	9	54	31	0	0	68	0.90
74693745--74693795	21	2.6	19	80	17	59	29	1	0	68	1.00
74698354--74698402	24	2.0	24	100	0	98	48	4	12	34	1.59
74701662--74701755	48	2.0	48	85	8	129	39	26	13	20	1.90
74723325--74723384	22	2.8	22	73	14	63	56	0	1	41	1.09
74737975--74738000	6	4.3	6	100	0	52	50	15	0	34	1.45
74752289--74752325	17	2.1	18	90	5	58	40	0	5	54	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74755493--74755551	31	1.9	31	89	0	91	37	16	11	33	1.86
74757524--74757571	17	2.8	17	87	6	62	37	2	0	60	1.09
74758087--74758116	16	1.9	16	93	6	53	73	0	0	26	0.84
74759932--74759960	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
74762220--74762244	12	2.1	12	100	0	50	32	12	32	24	1.91
74774853--74774895	21	2.0	22	86	4	61	46	2	4	46	1.36
74778272--74778327	27	2.0	29	82	6	71	44	1	5	48	1.36
74778407--74778458	22	2.4	21	84	12	61	55	0	1	42	1.10
74778534--74778573	17	2.2	18	86	13	55	45	7	5	42	1.54
74778544--74778576	17	1.9	17	100	0	66	48	6	6	39	1.53
74781835--74781937	51	2.0	51	98	0	197	36	12	7	42	1.72
74785002--74785047	23	2.0	23	87	4	67	41	2	4	52	1.33
74795446--74795517	35	2.1	35	91	0	117	36	12	25	26	1.91
74800626--74800698	35	2.1	35	92	0	119	35	12	24	27	1.91
74803424--74803448	10	2.5	10	100	0	50	64	8	20	8	1.46
74807750--74807774	10	2.5	10	100	0	50	64	8	20	8	1.46
74809730--74809799	33	2.1	33	100	0	140	34	5	5	54	1.48
74812003--74812174	86	2.0	86	100	0	344	34	19	13	31	1.91
74813492--74813549	26	2.2	26	90	0	89	18	13	8	58	1.61
74826088--74826144	21	2.7	20	79	15	62	1	24	0	73	0.92
74826347--74826426	18	4.6	18	71	12	60	35	3	3	57	1.34
74826366--74826426	17	3.5	17	73	8	61	36	3	1	59	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74829983--74830043	20	2.9	21	81	16	65	3	44	1	50	1.28
74846964--74847004	19	2.2	19	95	0	73	41	4	26	26	1.76
74847271--74847321	26	2.0	26	84	3	68	33	5	3	56	1.42
74847266--74847325	26	2.5	24	76	12	59	33	5	3	58	1.36
74853250--74853326	23	3.3	23	77	12	68	53	6	2	37	1.41
74854571--74854619	25	1.9	26	87	4	73	51	4	6	38	1.46
74854634--74854724	46	2.0	46	89	2	139	48	15	1	35	1.52
74859680--74860420	120	6.2	120	98	0	1396	43	2	5	48	1.39
74859680--74860420	239	3.1	239	98	0	1410	43	2	5	48	1.39
74860129--74860163	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
74859680--74860420	359	2.1	359	97	0	1394	43	2	5	48	1.39
74860369--74860403	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
74860568--74860658	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
74860639--74860707	16	4.2	16	92	3	120	36	37	1	24	1.65
74860639--74860707	33	2.1	32	94	2	120	36	37	1	24	1.65
74862025--74862073	24	2.0	24	88	0	71	67	12	0	20	1.22
74867574--74867635	31	2.0	31	96	0	115	46	12	6	33	1.68
74871533--74871642	53	2.1	53	96	0	202	33	20	4	40	1.73
74877304--74877344	19	2.2	19	86	0	55	46	0	2	51	1.14
74879620--74879653	14	2.4	14	85	14	52	73	14	11	0	1.10
74880608--74880742	39	3.4	39	73	8	105	23	20	27	28	1.99
74881558--74881582	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74887889--74887935	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
74890234--74890283	19	2.7	18	81	12	57	74	0	2	24	0.93
74891849--74891875	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
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74895163--74895215	20	2.7	20	79	2	63	32	13	3	50	1.59
74896630--74896655	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
74904629--74904681	23	2.4	22	79	14	56	64	1	0	33	1.05
74908479--74908503	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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