genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29095324--29095380	26	2.2	26	81	9	62	26	17	19	36	1.94
29097471--29097514	19	2.4	18	88	7	63	38	11	0	50	1.39
29110027--29110077	25	2.0	25	88	0	75	45	5	27	21	1.75
29112214--29112316	28	3.7	28	86	0	134	24	18	32	25	1.97
29113562--29113603	18	2.4	18	81	14	52	50	9	14	26	1.73
29116710--29116773	28	2.3	28	80	0	74	26	14	29	29	1.95
29116732--29116786	28	2.0	28	85	0	74	30	12	30	25	1.93
29119283--29119375	48	1.9	48	82	8	118	31	19	24	24	1.98
29122838--29122875	14	2.9	13	81	11	51	21	13	7	57	1.60
29139477--29139590	27	4.2	26	81	7	111	39	19	21	20	1.93
29139513--29139590	28	2.9	27	84	7	95	38	20	20	20	1.94
29147357--29147470	46	2.4	47	85	2	149	28	21	14	35	1.92
29149715--29149827	27	4.2	26	83	5	100	34	19	24	21	1.96
29149750--29149827	28	2.9	28	86	3	106	33	19	25	21	1.97
29160375--29160547	46	3.7	46	77	13	201	22	21	26	28	1.99
29160372--29160542	93	1.8	93	93	0	297	22	22	27	28	1.99
29163433--29163515	41	2.0	41	95	0	148	44	10	8	36	1.70
29174316--29174344	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
29174582--29174639	27	2.2	27	87	3	82	36	24	24	15	1.94
29174820--29174878	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
29174966--29175048	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
29175247--29175434	27	7.0	27	88	0	250	26	20	18	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29175447--29175775	27	12.2	27	81	5	387	40	9	22	27	1.85
29175447--29175774	81	4.0	81	87	3	462	40	9	22	27	1.85
29178547--29178653	40	2.7	40	95	0	187	19	23	31	25	1.98
29178860--29178958	28	3.5	28	72	5	101	21	19	29	30	1.97
29178836--29178985	56	2.7	56	90	5	227	21	18	31	29	1.96
29178888--29178985	28	3.5	28	69	15	85	19	19	33	27	1.96
29184795--29184833	20	2.0	20	94	0	69	43	10	25	20	1.83
29186163--29186219	25	2.3	25	96	3	107	49	15	10	24	1.76
29190373--29190464	28	3.3	27	84	3	103	23	34	15	26	1.94
29190689--29190719	16	1.9	16	100	0	62	9	19	19	51	1.74
29193101--29193172	27	2.7	27	82	0	81	18	27	20	33	1.96
29194915--29195091	48	3.7	48	87	2	230	33	28	16	20	1.95
29194915--29195091	96	1.8	97	87	3	268	33	28	16	20	1.95
29196638--29196745	36	2.9	37	91	2	173	26	29	19	24	1.98
29196954--29197293	47	7.1	47	85	5	446	26	30	12	31	1.92
29196954--29197271	145	2.2	144	89	4	480	26	29	12	31	1.92
29196954--29197293	98	3.5	98	93	1	553	26	30	12	31	1.92
29199475--29199653	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
29205847--29206088	47	5.1	47	87	4	331	32	11	29	26	1.91
29206078--29206180	46	2.2	46	94	0	179	36	9	29	24	1.87
29206062--29206198	46	3.0	46	78	8	152	33	10	30	25	1.89
29208268--29208313	18	2.6	17	83	10	58	19	0	6	73	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29211637--29211687	23	2.4	22	84	12	70	21	0	1	76	0.88
29211819--29211877	23	2.6	23	81	5	57	22	5	0	72	1.03
29214306--29214397	45	2.0	45	95	0	166	46	6	15	31	1.71
29214785--29214938	35	4.4	35	75	0	128	33	18	20	27	1.96
29217992--29218174	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
29217971--29218174	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
29239801--29239834	17	1.9	17	88	5	50	14	23	44	17	1.86
29240559--29240596	6	6.3	6	82	11	51	15	0	0	84	0.63
29249432--29249629	108	1.8	108	96	0	369	31	24	16	27	1.97
29256846--29256875	14	2.1	14	93	0	51	20	3	23	53	1.60
29261178--29261522	6	56.8	6	74	15	300	47	14	17	20	1.82
29261178--29261464	85	3.4	91	75	19	339	47	14	17	20	1.82
29261201--29261390	73	2.6	73	83	8	260	47	15	16	20	1.82
29261359--29261522	73	2.2	73	93	2	276	47	14	17	20	1.82
29261178--29261522	164	2.1	166	96	3	640	47	14	17	20	1.82
29261640--29261705	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
29261640--29261713	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
29261664--29261721	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
29262025--29262105	27	3.0	28	83	7	87	37	18	22	22	1.95
29262306--29262500	27	7.2	27	85	2	248	27	18	16	36	1.93
29262306--29262500	54	3.6	54	88	2	275	27	18	16	36	1.93
29262505--29262833	27	12.2	27	82	3	385	40	10	22	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29262505--29262832	81	4.0	81	89	0	485	40	10	22	26	1.86
29265811--29265926	40	2.9	40	96	0	205	19	24	30	25	1.98
29266095--29266149	25	2.2	25	87	6	76	32	10	27	29	1.91
29266133--29266231	28	3.5	28	73	5	110	22	19	28	30	1.98
29266109--29266258	56	2.7	56	88	5	209	22	18	30	29	1.97
29266161--29266258	28	3.5	28	68	15	76	20	19	32	27	1.97
29273704--29273760	25	2.3	25	96	3	107	49	15	10	24	1.76
29344019--29344048	14	2.1	14	93	0	51	20	3	23	53	1.60
29353606--29353736	40	3.3	40	93	0	226	28	27	21	22	1.99
29357794--29357889	40	2.4	39	79	5	111	33	27	14	25	1.94
29364970--29365023	21	2.6	20	77	11	56	42	11	12	33	1.79
29365056--29365147	25	3.7	25	94	0	148	28	27	21	22	1.99
29365055--29365163	25	4.4	25	86	8	102	30	24	21	23	1.99
29365371--29365454	31	2.7	31	88	1	125	32	15	26	26	1.96
29372865--29372899	10	3.4	10	92	7	61	34	17	17	31	1.93
29372860--29372899	21	1.9	21	94	0	71	37	17	15	30	1.90
29372859--29372911	21	2.5	20	84	3	70	37	16	13	32	1.88
29372945--29373038	25	3.8	24	83	5	116	29	24	21	24	1.99
29372944--29373052	25	4.4	25	81	13	77	31	22	22	23	1.99
29373260--29373343	31	2.7	31	90	1	134	30	15	27	26	1.96
29380303--29380470	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
29380326--29380470	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29388244--29388411	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
29388267--29388411	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
29395388--29395432	21	2.1	21	87	0	63	40	8	11	40	1.72
29395474--29395581	20	5.4	20	89	1	155	54	0	24	20	1.50
29398414--29398472	23	2.6	23	74	15	59	54	1	0	44	1.10
29398415--29398475	20	2.9	20	73	19	61	50	1	0	47	1.10
29402512--29402722	40	5.3	40	82	7	216	25	23	27	24	2.00
29402512--29402722	79	2.7	80	82	5	295	25	23	27	24	2.00
29405282--29405361	41	2.0	41	87	9	119	15	40	25	20	1.90
29406270--29406471	46	4.3	47	79	9	175	24	29	18	26	1.98
29413942--29414058	46	2.5	46	82	6	130	23	28	18	29	1.98
29416640--29416803	42	3.9	42	81	1	193	31	23	14	31	1.94
29418542--29418645	42	2.5	42	88	3	156	37	23	19	20	1.94
29423786--29423851	32	2.1	32	100	0	132	37	12	3	46	1.56
29424222--29424286	34	1.9	34	84	6	87	26	21	24	27	1.99
29433259--29433299	14	3.0	14	80	16	50	56	2	4	36	1.34
29447120--29447209	27	3.3	28	81	6	96	40	15	10	34	1.81
29447144--29447218	27	2.8	27	85	4	80	38	18	12	30	1.87
29447215--29447399	27	6.9	27	83	4	212	28	21	9	41	1.84
29447386--29447625	27	9.0	27	76	3	171	37	19	9	32	1.84
29447258--29447425	81	2.1	81	79	2	176	29	18	10	41	1.83
29447390--29447542	52	2.9	54	84	1	184	41	20	7	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29447392--29447544	79	1.9	81	85	5	213	40	20	7	30	1.81
29447660--29447747	27	3.3	27	76	10	92	37	20	21	20	1.94
29448737--29448828	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
29448852--29448930	31	2.5	31	86	8	115	31	17	25	25	1.97
29453832--29453866	18	2.0	18	88	5	54	20	0	2	77	0.90
29457280--29457343	30	2.2	29	88	2	92	37	23	15	23	1.93
29464571--29464634	30	2.2	29	97	2	119	35	25	15	23	1.94
29469762--29469790	14	2.0	15	93	6	51	48	0	0	51	1.00
29471877--29471907	15	2.1	15	100	0	62	38	19	29	12	1.89
29480470--29480496	14	1.9	14	100	0	54	14	25	37	22	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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