genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.228.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70350041--70350148	9	11.4	9	71	15	51	41	1	2	53	1.26
70354863--70354929	33	2.1	33	82	2	82	46	7	16	29	1.74
70359152--70359179	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
70363539--70363566	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
70368401--70368427	10	2.7	10	100	0	54	25	0	0	74	0.83
70377319--70377361	20	2.1	21	86	4	61	41	0	0	58	0.98
70378768--70378915	58	2.6	58	94	3	257	20	20	17	41	1.91
70379273--70379327	30	1.9	28	85	10	76	27	7	18	47	1.74
70381764--70381861	30	3.3	30	72	4	90	27	26	16	29	1.97
70387299--70387350	25	2.0	28	85	11	74	50	5	19	25	1.69
70394008--70394282	48	5.8	48	81	5	299	27	18	27	26	1.98
70394008--70394282	95	2.9	95	85	5	324	27	18	27	26	1.98
70394008--70394269	143	1.8	143	83	4	350	27	18	27	27	1.98
70395924--70395952	14	2.1	14	100	0	58	10	13	13	62	1.55
70397737--70397780	15	2.9	15	89	3	61	20	0	0	79	0.73
70403240--70403293	27	2.0	27	96	0	99	18	24	11	46	1.81
70409614--70409815	107	1.9	104	87	5	298	40	5	16	37	1.71
70416183--70416243	32	1.9	32	93	0	104	14	52	18	14	1.75
70416266--70416304	19	2.1	19	100	0	78	58	25	15	0	1.37
70438170--70438238	33	2.1	33	100	0	138	31	11	14	42	1.82
70441534--70441566	17	2.0	17	88	5	50	27	0	6	66	1.15
70441539--70441601	18	3.6	18	80	8	58	30	0	4	65	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70451533--70451586	4	12.8	4	81	14	56	44	1	1	51	1.22
70455526--70455560	2	17.5	2	93	0	61	51	0	2	45	1.16
70456297--70456370	36	2.1	36	100	0	148	20	25	13	40	1.89
70456787--70456825	21	1.9	21	89	5	62	66	2	0	30	1.05
70458372--70458398	1	27.0	1	100	0	54	0	0	0	100	0.00
70469696--70469782	39	2.2	39	85	6	113	29	19	19	31	1.97
70469826--70470046	115	1.9	114	81	9	265	27	21	18	33	1.96
70470150--70470207	27	2.1	27	81	12	66	67	5	3	24	1.27
70470405--70470500	7	13.3	7	71	10	50	26	0	26	47	1.52
70470596--70470624	8	3.8	8	90	9	51	6	0	37	55	1.27
70470560--70470646	37	2.4	36	81	9	104	13	2	39	44	1.57
70470596--70470624	15	1.9	15	100	0	58	6	0	37	55	1.27
70473796--70474261	105	4.4	105	91	3	733	35	5	4	54	1.43
70473795--70474261	209	2.2	210	91	3	744	35	5	4	54	1.43
70474527--70474666	9	16.0	9	73	11	69	47	15	0	36	1.50
70474563--70474666	43	2.4	43	95	0	181	48	14	0	37	1.44
70474572--70474647	34	2.1	37	88	9	113	50	13	0	36	1.42
70482646--70482711	31	2.1	31	88	5	98	16	9	21	53	1.71
70489702--70489730	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
70489868--70489943	39	1.9	40	86	7	111	32	7	5	53	1.52
70496478--70496562	23	3.8	22	72	18	61	41	2	10	45	1.51
70496491--70496552	21	2.8	21	73	22	63	35	1	12	50	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70511204--70511377	46	3.8	45	77	13	183	21	20	28	30	1.98
70511201--70511371	93	1.8	93	91	0	279	21	20	29	29	1.98
70514139--70514306	46	3.6	46	83	6	178	26	20	30	22	1.98
70514190--70514350	46	3.6	44	80	8	157	27	19	29	22	1.98
70517775--70517948	46	3.8	46	79	10	192	21	20	27	29	1.98
70517772--70517942	93	1.8	93	91	0	279	21	21	28	28	1.98
70527135--70527179	18	2.5	19	86	10	60	48	0	4	46	1.22
70528484--70528525	23	2.0	22	86	13	61	26	0	11	61	1.30
70532176--70532217	22	1.9	22	85	9	59	38	2	2	57	1.25
70532447--70532490	21	2.0	22	86	4	63	43	0	0	56	0.99
70532362--70532568	99	2.1	98	80	9	235	49	0	5	44	1.31
70533735--70533775	22	1.9	22	90	5	66	58	2	7	31	1.38
70533734--70533782	22	2.2	22	82	7	64	59	2	6	32	1.34
70540235--70540269	16	2.2	16	89	0	52	40	2	0	57	1.14
70545189--70545232	14	3.1	14	80	9	54	70	0	6	22	1.11
70551015--70551094	36	2.2	36	80	8	92	52	2	8	36	1.46
70551141--70551189	24	2.1	23	82	14	57	51	2	8	38	1.43
70551223--70551275	3	17.7	3	80	7	63	62	1	5	30	1.29
70552729--70553502	44	18.1	44	71	12	340	25	23	20	30	1.98
70553082--70553358	87	3.3	84	72	14	250	27	21	20	31	1.98
70552805--70553360	174	3.2	170	87	5	658	26	23	19	30	1.98
70552810--70553397	41	13.8	41	70	13	241	26	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70552729--70553483	43	17.7	41	70	15	303	26	22	20	30	1.98
70553443--70553748	86	3.6	87	82	7	301	22	22	22	31	1.98
70554988--70555016	1	29.0	1	100	0	58	0	0	0	100	0.00
70566486--70566534	24	2.1	23	82	14	57	51	2	8	38	1.43
70566567--70566619	3	17.7	3	80	7	63	62	1	5	30	1.29
70570006--70570040	16	2.2	16	90	10	54	48	5	34	11	1.63
70578374--70578428	25	2.2	25	93	3	94	38	0	12	49	1.41
70578381--70578437	25	2.2	25	84	6	69	40	1	12	45	1.52
70579917--70579953	19	1.9	20	88	5	58	35	8	5	51	1.55
70580275--70580311	19	1.9	20	88	5	58	51	5	8	35	1.55
70580501--70580536	18	2.0	18	88	0	54	52	0	8	38	1.32
70582939--70582976	13	2.9	14	84	7	53	63	0	0	36	0.95
70582939--70582976	16	2.4	16	91	8	60	63	0	0	36	0.95
70583250--70583287	17	2.2	18	86	13	53	50	2	0	47	1.15
70583757--70583930	70	2.5	70	91	0	276	26	16	16	41	1.88
70590044--70590085	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
70591356--70591381	10	2.6	10	100	0	52	92	0	0	7	0.39
70593704--70593789	41	2.2	39	85	4	109	58	2	1	38	1.19
70609508--70609542	11	3.2	11	92	8	54	80	2	0	17	0.84
70610133--70610174	3	14.3	3	95	5	77	35	0	0	64	0.94
70610175--70610228	22	2.5	20	77	13	54	35	3	7	53	1.47
70610268--70610371	24	4.3	23	77	14	93	35	1	4	57	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70610330--70610362	15	2.2	15	89	10	50	33	0	0	66	0.92
70610257--70610360	25	4.0	26	69	14	72	34	1	4	58	1.30
70610344--70610396	21	2.5	22	82	11	65	33	1	3	60	1.26
70610345--70610431	25	3.7	25	70	21	71	33	4	3	58	1.35
70610388--70610468	25	3.3	25	78	15	71	33	7	2	56	1.40
70610726--70610785	25	2.3	25	80	5	66	40	6	3	50	1.45
70610815--70610928	12	9.3	12	69	21	53	34	3	3	58	1.32
70610818--70610918	23	4.5	22	70	22	61	34	2	3	58	1.32
70610872--70610930	18	3.2	18	80	17	68	30	3	1	64	1.20
70612155--70612186	9	3.6	9	100	0	64	46	18	9	25	1.79
70612206--70612246	6	6.5	6	83	10	55	19	0	2	78	0.87
70612211--70612260	20	2.4	21	90	6	75	28	0	2	70	0.99
70612227--70612269	21	2.0	21	82	8	52	32	0	0	67	0.91
70614497--70614547	17	2.9	17	71	23	52	64	1	9	23	1.34
70627212--70627309	33	3.0	33	92	3	162	29	39	9	21	1.84
70631510--70631562	18	2.9	18	86	10	72	66	1	0	32	1.03
70631509--70631575	9	7.7	9	71	18	61	62	2	0	34	1.10
70637702--70637740	20	2.0	20	85	10	53	46	2	2	48	1.29
70642942--70643049	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
70644699--70644727	12	2.5	12	94	5	51	68	0	0	31	0.89
70650311--70650359	25	2.0	25	84	8	64	42	2	6	48	1.39
70651848--70651879	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70651849--70651879	14	2.2	14	100	0	62	80	0	0	19	0.71
70656289--70656319	14	2.3	13	94	5	53	80	0	0	19	0.71
70662518--70662579	30	2.0	31	85	14	85	54	11	3	30	1.51
70663675--70664015	170	2.0	171	84	2	452	30	16	19	34	1.94
70664772--70664811	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
70675186--70675245	29	2.1	27	84	6	75	50	1	0	48	1.11
70685190--70685247	31	1.9	30	89	3	89	32	0	5	62	1.18
70685268--70685301	16	2.1	17	94	5	61	41	0	0	58	0.98
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70700200--70700250	25	2.0	26	81	11	61	72	0	23	3	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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