genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30141936--30141989	19	2.9	18	83	10	56	70	1	5	22	1.18
30141935--30142029	18	5.3	18	72	15	72	69	3	3	24	1.18
30143963--30144138	50	3.5	49	80	7	185	25	17	28	28	1.97
30143952--30144138	101	1.9	100	83	4	243	24	17	29	28	1.97
30145533--30145787	129	2.0	130	91	2	415	33	19	18	28	1.95
30148424--30148453	14	2.1	14	93	0	51	20	40	13	26	1.89
30148438--30148555	44	2.7	44	79	12	143	25	19	22	32	1.98
30148521--30148914	89	4.4	88	83	4	425	22	22	21	33	1.97
30148521--30148915	177	2.2	178	85	2	544	22	22	21	33	1.97
30152185--30152217	16	2.0	17	88	5	50	15	12	24	48	1.78
30160510--30160754	130	1.9	128	85	5	325	34	19	17	28	1.94
30162101--30162257	78	2.0	78	93	0	269	30	22	25	21	1.99
30166787--30166811	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
30169049--30169125	38	2.0	38	92	0	127	36	15	19	28	1.92
30170506--30170554	21	2.3	20	80	10	53	61	12	2	24	1.42
30172721--30172983	130	2.0	130	99	0	517	29	20	15	34	1.93
30190363--30190409	23	2.0	24	87	4	69	14	23	21	40	1.90
30193574--30193827	47	5.4	47	91	0	400	32	9	30	27	1.88
30193946--30194024	37	2.1	37	86	4	106	24	18	31	25	1.98
30195495--30195542	25	1.9	25	83	8	62	35	2	20	41	1.64
30196050--30196206	43	3.7	43	78	5	174	28	14	24	32	1.95
30210031--30210230	100	2.0	100	100	0	400	36	7	16	41	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30210569--30210628	21	2.9	19	80	14	66	18	5	3	73	1.16
30210568--30210638	10	7.0	10	74	15	65	21	4	2	71	1.15
30210568--30210638	27	2.8	26	72	21	60	21	4	2	71	1.15
30219890--30219946	28	2.0	28	96	0	105	29	19	14	36	1.91
30220442--30220570	43	2.7	48	82	10	160	20	17	31	30	1.95
30230157--30230281	43	2.9	43	83	3	137	20	18	32	29	1.96
30231729--30231753	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
30234606--30234648	16	2.6	17	82	14	54	76	2	6	13	1.08
30234602--30234686	6	14.3	6	71	11	59	74	1	7	17	1.11
30234625--30234684	13	4.9	13	78	15	58	73	0	6	20	1.05
30236205--30236380	46	3.8	46	78	14	200	20	19	29	30	1.97
30236202--30236373	93	1.8	93	93	2	301	20	20	29	29	1.98
30242354--30242531	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
30242375--30242530	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
30250525--30250702	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
30250546--30250701	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
30255314--30255487	45	3.8	45	78	15	187	20	20	29	28	1.98
30255310--30255480	93	1.8	92	93	3	299	21	21	29	28	1.98
30263956--30264147	40	4.8	40	92	1	226	27	27	21	23	1.99
30263927--30264146	80	2.8	80	81	4	248	28	27	20	23	1.99
30268712--30268736	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
30271137--30271227	45	2.0	45	82	4	112	27	13	21	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30277850--30277893	24	2.0	22	86	13	63	40	11	15	31	1.83
30278861--30278951	45	2.0	45	89	0	137	25	14	23	37	1.92
30279290--30279591	148	2.0	150	84	6	402	41	3	10	44	1.55
30284638--30284707	27	2.6	27	83	0	95	41	21	15	21	1.90
30284638--30284717	27	3.0	26	80	7	88	40	18	15	26	1.90
30288656--30288913	40	6.5	40	86	3	308	23	24	27	24	2.00
30294919--30295089	92	1.8	93	92	1	290	21	20	29	29	1.98
30298353--30298392	17	2.3	17	86	4	53	82	5	12	0	0.82
30298819--30298859	21	2.0	21	85	9	57	19	0	7	73	1.07
30303014--30303126	37	3.1	36	73	19	99	38	3	4	53	1.38
30307702--30307742	16	2.6	16	81	14	57	58	2	2	36	1.24
30311808--30311851	21	2.1	21	100	0	88	43	27	0	29	1.55
30317187--30317226	18	2.1	20	86	9	57	15	40	30	15	1.87
30318949--30318997	25	2.0	25	95	0	89	42	18	4	34	1.69
30320136--30320195	29	2.1	29	84	6	77	33	25	0	41	1.55
30326232--30326305	29	2.5	30	71	18	73	54	0	17	28	1.44
30334812--30334979	51	3.3	51	92	0	282	34	15	22	27	1.94
30338379--30338634	80	3.2	80	91	3	385	23	22	27	26	1.99
30338379--30338608	40	5.8	40	94	1	374	23	22	28	26	1.99
30345270--30345732	48	9.8	48	90	2	722	31	27	6	34	1.82
30345270--30345732	189	2.4	191	91	2	738	31	27	6	34	1.82
30350782--30351037	80	3.2	80	91	3	385	23	22	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30350782--30351011	40	5.8	40	94	1	374	23	22	28	26	1.99
30354608--30354634	12	2.2	12	100	0	54	11	22	0	66	1.22
30355599--30355665	34	2.0	33	85	2	89	31	20	25	22	1.98
30360216--30360280	30	2.2	30	88	5	96	44	7	9	38	1.65
30360342--30360404	31	2.0	31	84	3	81	57	1	0	41	1.08
30360364--30360422	14	4.0	14	75	12	55	54	1	0	44	1.10
30360355--30360416	31	2.0	31	87	0	88	54	3	0	41	1.16
30363675--30363731	30	1.9	30	82	13	73	45	3	0	50	1.18
30365274--30365332	31	2.0	30	86	6	84	32	10	15	42	1.80
30366540--30366566	1	27.0	1	100	0	54	0	0	0	100	0.00
30368928--30368974	14	3.3	14	76	5	58	34	0	4	61	1.15
30368930--30368976	15	3.2	15	75	6	60	34	0	4	61	1.15
30371958--30371988	13	2.4	13	94	0	53	48	16	25	9	1.76
30379519--30379563	18	2.5	17	82	10	54	42	0	2	55	1.12
30379535--30379573	19	2.1	18	85	4	51	41	0	2	56	1.13
30380952--30381067	62	1.9	61	82	8	146	41	7	1	49	1.42
30382783--30382807	10	2.5	10	100	0	50	24	0	0	76	0.80
30384525--30384561	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
30387720--30387891	49	3.6	47	76	10	134	27	19	27	25	1.99
30391021--30391072	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
30390989--30391360	105	3.6	105	94	2	624	30	30	20	19	1.97
30391229--30391281	27	2.0	27	92	3	90	30	33	22	13	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30391688--30391751	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
30391695--30391751	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
30396301--30396357	29	2.0	28	83	12	73	33	5	26	35	1.79
30397381--30397412	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
30400520--30400774	55	4.8	53	75	12	229	35	17	25	21	1.95
30400531--30400727	108	1.8	109	85	6	283	34	17	26	22	1.96
30401729--30401785	27	2.1	27	83	6	71	31	19	24	24	1.98
30402418--30402469	27	2.0	26	88	3	77	17	28	21	32	1.96
30402510--30402569	27	2.3	27	85	2	77	21	23	18	36	1.95
30409803--30409862	27	2.3	26	85	2	75	21	21	20	36	1.95
30417911--30418165	55	4.8	53	79	9	245	36	17	25	21	1.94
30417918--30418118	108	1.8	110	89	2	316	34	17	25	22	1.96
30418357--30418387	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
30424171--30424230	26	2.3	26	81	16	72	43	16	6	33	1.74
30427758--30427797	21	2.0	21	90	5	64	25	27	35	12	1.92
30431659--30431827	46	3.7	44	86	4	187	28	16	30	24	1.96
30431701--30431871	46	3.7	45	83	4	189	30	16	30	22	1.96
30446304--30446363	27	2.2	27	94	5	104	33	11	13	41	1.80
30446315--30446604	81	3.6	80	82	2	314	32	10	18	39	1.84
30446317--30446609	27	10.9	27	79	4	279	32	9	18	39	1.84
30446947--30447020	28	2.6	28	91	0	112	28	35	14	21	1.93
30446969--30447038	28	2.5	28	85	0	95	31	40	11	17	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30448962--30449026	29	2.2	29	94	0	112	63	6	4	26	1.38
30449923--30450294	107	3.5	108	83	4	457	31	10	20	37	1.87
30449923--30450303	27	14.2	27	82	6	398	30	11	20	37	1.88
30450632--30450747	28	4.1	28	87	0	169	25	36	14	23	1.93
30452117--30452237	43	2.8	42	80	3	143	32	24	17	25	1.97
30452117--30452279	86	1.9	86	82	7	206	34	23	17	23	1.96
30467495--30467624	66	1.9	70	81	7	160	36	16	29	18	1.92
30471463--30471533	35	2.0	35	97	0	133	43	7	11	38	1.68
30475129--30475163	16	2.2	16	94	0	61	31	20	14	34	1.92
30476146--30476258	47	2.4	47	96	0	208	29	30	16	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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