genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   

This is table  237  of  250  ( 29906 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73224570--73224620	18	2.9	18	88	11	72	54	0	0	45	0.99
73228188--73228247	29	2.1	28	84	6	77	28	6	10	55	1.58
73234058--73234255	88	2.2	88	81	7	222	40	22	6	30	1.78
73237902--73238040	69	2.0	69	98	0	269	35	9	7	48	1.63
73247211--73247588	66	5.7	66	92	1	616	40	13	23	23	1.89
73247597--73247648	21	2.5	21	80	0	59	28	19	21	30	1.97
73247641--73247787	66	2.2	66	93	0	249	42	14	21	21	1.89
73247462--73247801	174	2.0	174	87	1	493	39	15	22	22	1.92
73248550--73248678	33	3.9	33	95	0	222	41	13	16	27	1.86
73248618--73249467	347	2.4	347	94	0	1477	31	16	19	32	1.94
73256826--73256862	14	2.7	14	91	4	58	32	2	5	59	1.34
73258074--73258209	69	2.0	69	100	0	272	37	13	15	33	1.86
73261126--73261156	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
73262379--73262421	21	2.0	21	95	0	77	41	34	9	13	1.77
73267111--73267145	13	2.7	13	86	0	52	42	22	8	25	1.82
73269197--73269254	13	4.8	13	75	16	61	39	46	0	13	1.44
73269179--73269269	35	2.6	35	86	6	130	37	48	0	14	1.44
73269651--73269739	3	29.3	3	73	18	53	30	4	0	65	1.13
73269651--73269739	12	7.3	12	73	15	76	30	4	0	65	1.13
73269651--73269731	18	4.6	18	78	15	80	29	4	0	65	1.13
73269672--73269749	16	4.6	17	76	20	67	34	5	0	60	1.19
73269672--73269747	11	7.6	10	71	28	56	34	5	0	60	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73270694--73270753	8	7.5	8	85	7	68	65	3	1	30	1.19
73270908--73270972	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
73270994--73271124	25	5.6	23	71	16	65	57	3	3	35	1.32
73270989--73271107	25	5.0	25	73	11	90	57	3	3	36	1.32
73271658--73271746	30	3.0	30	96	0	160	21	3	49	25	1.65
73272607--73272654	15	3.3	15	82	5	53	64	6	12	16	1.46
73272543--73272743	103	1.9	105	86	7	284	38	18	17	24	1.92
73272618--73273709	89	12.2	89	93	0	1824	34	19	19	26	1.96
73272806--73272832	14	1.9	14	100	0	54	62	7	14	14	1.51
73273519--73273545	14	1.9	14	100	0	54	62	7	14	14	1.51
73285698--73285752	15	3.6	16	83	14	71	67	3	0	29	1.08
73285697--73285752	21	2.5	22	88	11	80	67	3	0	28	1.07
73285705--73285752	7	6.6	7	97	2	78	66	4	0	29	1.10
73285698--73285759	16	4.1	15	85	8	81	66	3	1	29	1.17
73285898--73285958	24	2.7	23	79	5	70	54	6	8	31	1.56
73285980--73286113	25	5.6	25	68	15	77	57	2	4	35	1.34
73285929--73286048	27	4.5	27	69	13	86	55	4	7	32	1.47
73286647--73286737	30	3.0	30	96	0	164	19	4	47	28	1.69
73287653--73287687	18	2.1	17	89	10	54	45	0	17	37	1.48
73291198--73291244	19	2.5	19	86	6	60	29	23	6	40	1.79
73292208--73292272	32	2.0	32	96	0	121	30	6	23	40	1.79
73297444--73297478	15	2.3	15	90	5	52	82	17	0	0	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73297817--73297920	53	2.0	52	84	1	136	20	15	11	52	1.73
73298818--73299296	205	2.3	205	90	0	751	30	18	21	29	1.97
73299315--73300296	132	7.4	132	94	0	1635	30	18	24	25	1.98
73300581--73300679	13	7.9	13	83	10	127	38	45	1	15	1.53
73301076--73301155	3	26.3	3	72	20	53	30	3	1	65	1.18
73301067--73301155	9	9.4	9	72	16	56	28	3	1	67	1.14
73301065--73301116	15	3.6	14	76	7	50	23	1	0	75	0.91
73301080--73301159	18	4.4	18	74	16	67	31	3	1	63	1.20
73301075--73301155	12	6.8	12	75	12	78	29	3	1	65	1.17
73301230--73301276	3	15.0	3	82	12	51	29	0	6	63	1.19
73301230--73301276	12	3.7	13	83	11	62	29	0	6	63	1.19
73301511--73301548	2	19.0	2	88	0	58	47	2	0	50	1.15
73301508--73301555	10	4.5	11	84	12	57	43	2	2	52	1.24
73303773--73303822	14	3.4	14	77	5	55	18	2	10	70	1.25
73303773--73303829	29	2.0	29	89	6	89	15	1	10	71	1.21
73303783--73303830	22	2.2	21	85	3	60	12	2	10	75	1.14
73313607--73313674	12	5.8	12	70	16	54	13	30	4	51	1.60
73313585--73313683	46	2.2	46	96	0	189	13	27	6	53	1.62
73315207--73315300	47	2.0	47	100	0	188	42	10	8	38	1.70
73316624--73316667	22	2.0	22	86	8	63	61	0	2	36	1.09
73330280--73330365	45	1.9	45	82	0	109	45	12	12	29	1.79
73332010--73332047	14	2.7	14	83	0	58	42	5	7	44	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73332844--73332881	4	9.5	4	83	11	51	47	23	2	26	1.65
73334954--73335014	23	2.7	23	71	14	56	52	0	3	44	1.17
73338473--73338535	15	4.2	15	74	11	58	55	0	1	42	1.09
73339721--73339782	31	2.0	32	81	9	76	43	3	1	51	1.27
73343817--73344077	133	2.0	133	84	7	352	36	10	10	42	1.75
73354700--73354749	26	1.9	26	91	0	82	48	8	10	34	1.66
73355716--73355768	28	1.9	28	92	3	90	47	11	20	20	1.81
73359528--73359631	54	1.9	54	86	0	145	51	8	7	31	1.61
73370111--73370136	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
73370610--73370641	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
73375049--73375080	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
73375050--73375080	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
73377838--73377875	17	2.1	18	85	9	51	28	10	5	55	1.56
73380236--73380292	28	2.0	28	83	6	71	42	1	7	49	1.40
73386327--73386381	26	2.1	26	96	0	101	58	7	7	27	1.52
73392516--73392559	19	2.3	20	84	7	56	40	11	20	27	1.86
73402447--73402516	31	2.3	30	87	4	97	38	0	12	48	1.42
73404213--73404250	18	2.1	18	85	9	51	55	18	2	23	1.55
73406960--73407002	18	2.3	19	80	4	52	79	9	2	9	1.03
73408018--73408103	43	2.0	42	90	2	136	32	16	12	38	1.86
73409101--73409311	105	2.0	106	99	0	415	21	25	18	34	1.96
73410532--73410596	32	2.0	32	100	0	130	30	15	24	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73411183--73411297	30	3.8	30	89	0	176	25	47	3	23	1.67
73411183--73411297	60	1.9	60	96	0	212	25	47	3	23	1.67
73411800--73411931	25	5.5	23	69	13	72	34	3	3	58	1.32
73411877--73412015	25	5.5	25	72	12	97	33	6	4	56	1.45
73411865--73411966	27	3.7	28	73	12	77	32	5	3	57	1.41
73411996--73412051	19	2.8	20	75	8	60	32	7	5	55	1.50
73412172--73412205	15	2.3	14	90	10	50	29	0	5	64	1.17
73412172--73412205	8	4.5	8	96	3	54	29	0	5	64	1.17
73412172--73412212	16	2.6	15	88	7	55	29	0	4	65	1.13
73442016--73442073	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
73442285--73442316	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
73442411--73442608	50	3.8	51	83	7	231	26	23	28	21	1.99
73442423--73442608	101	1.8	101	85	9	259	25	23	28	22	1.99
73449528--73449585	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
73449797--73449828	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
73449923--73450121	50	3.8	51	84	6	231	26	24	28	21	1.99
73449935--73450121	101	1.8	102	85	8	261	25	24	28	21	1.99
73457626--73457677	25	2.1	25	100	0	104	42	3	11	42	1.59
73466857--73467053	99	2.0	101	87	7	285	30	7	6	55	1.52
73478623--73478669	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
73482496--73482556	31	2.0	31	83	6	79	47	3	4	44	1.41
73482671--73482723	21	2.5	22	70	14	56	30	3	1	64	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73488196--73488230	11	3.3	10	92	8	52	68	2	0	28	1.04
73492395--73492432	13	2.9	14	84	7	53	55	0	0	44	0.99
73495265--73495308	21	2.0	21	86	4	61	40	2	13	43	1.57
73496556--73496799	46	5.0	46	80	12	238	22	22	13	40	1.89
73496556--73496799	92	2.5	96	83	9	264	22	22	13	40	1.89
73496713--73496737	12	2.1	12	100	0	50	24	32	16	28	1.96
73496667--73496783	58	2.0	58	93	0	198	23	25	13	36	1.92
73500256--73500286	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
73503815--73503875	13	4.7	13	78	8	61	32	3	26	37	1.73
73503820--73503875	26	2.2	26	87	6	78	33	3	28	33	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250