genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70000865--70001100	91	2.6	90	79	2	222	30	15	22	32	1.95
70000865--70001112	90	2.7	90	76	6	207	29	15	21	33	1.94
70003006--70003067	29	2.2	26	81	13	70	54	3	4	37	1.38
70006313--70006385	36	2.0	37	91	2	121	15	17	15	52	1.76
70008379--70008404	12	2.2	12	100	0	52	73	0	11	15	1.11
70012449--70012482	11	3.0	12	87	12	54	32	0	0	67	0.91
70019706--70019730	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
70020961--70020991	16	1.9	16	93	0	53	41	0	3	54	1.16
70021071--70021101	12	2.6	12	94	0	53	74	0	25	0	0.82
70021806--70021859	16	3.4	16	75	14	58	40	0	24	35	1.55
70046443--70046487	23	2.0	23	100	0	90	64	13	8	13	1.49
70050039--70050072	16	2.1	17	88	5	52	35	0	0	64	0.94
70056700--70056758	9	6.8	9	77	14	54	28	0	1	69	0.98
70056698--70056741	15	2.8	15	86	6	61	29	0	0	70	0.88
70056698--70056741	8	5.5	8	78	10	54	29	0	0	70	0.88
70056698--70056758	16	3.5	17	82	15	72	29	0	1	68	0.99
70058530--70058577	24	1.9	24	83	8	60	68	4	4	22	1.24
70062609--70062637	14	2.1	14	100	0	58	20	31	13	34	1.92
70065179--70065205	7	3.9	7	100	0	54	40	14	14	29	1.86
70079151--70079206	27	2.1	27	100	0	112	32	17	10	39	1.84
70085630--70085660	11	2.7	11	95	5	53	38	0	29	32	1.57
70085956--70085980	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70086005--70086064	6	9.5	6	82	10	66	75	5	0	20	0.99
70086083--70086159	9	8.6	9	78	5	84	28	7	18	45	1.77
70086083--70086159	18	4.3	18	88	0	100	28	7	18	45	1.77
70086617--70086657	21	2.0	21	85	9	57	39	2	12	46	1.54
70087096--70087183	33	2.7	33	100	0	176	26	18	22	32	1.97
70091054--70091232	39	4.6	39	90	0	286	12	24	24	39	1.89
70108747--70108789	18	2.4	18	88	0	59	58	4	6	30	1.45
70110407--70110453	16	3.1	16	72	12	53	36	6	0	57	1.24
70112659--70112702	23	1.9	23	90	0	70	22	15	9	52	1.71
70124257--70124307	22	2.4	22	90	3	77	52	1	5	39	1.37
70124847--70124887	13	3.2	13	89	6	57	31	4	0	63	1.15
70125441--70125582	71	2.0	73	83	5	182	33	14	14	37	1.87
70126789--70126872	18	4.7	18	73	15	68	65	1	3	29	1.17
70126789--70126854	36	2.0	32	83	16	82	62	1	3	33	1.20
70127265--70127333	22	3.0	22	76	15	66	17	0	44	37	1.49
70127315--70127373	9	6.1	9	75	14	55	15	0	47	37	1.45
70127315--70127373	18	3.1	18	77	17	64	15	0	47	37	1.45
70127305--70127382	31	2.5	31	93	0	129	16	0	46	37	1.48
70127265--70127355	13	6.9	13	71	19	73	16	0	46	37	1.47
70127637--70128751	88	12.7	88	73	9	699	26	24	18	31	1.97
70127633--70128738	132	8.4	132	92	0	1784	26	24	18	31	1.97
70128763--70129251	205	2.4	205	90	0	771	29	21	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70129396--70129520	61	2.0	63	86	7	175	35	12	17	35	1.87
70130677--70130736	3	19.3	3	76	6	57	31	1	6	60	1.33
70130678--70130739	23	2.8	22	87	4	81	32	1	8	58	1.37
70130702--70130747	23	2.0	23	82	0	56	30	4	10	54	1.55
70130836--70130868	3	11.0	3	93	0	57	33	3	0	63	1.10
70131548--70131642	38	2.5	37	78	13	97	36	12	1	49	1.48
70131749--70131824	28	2.8	26	73	13	64	27	9	3	59	1.46
70143550--70144271	130	5.6	131	95	2	1225	27	16	26	29	1.97
70152549--70153377	44	18.8	45	76	6	701	28	16	25	29	1.96
70152544--70153339	132	6.0	132	95	1	1317	28	16	25	29	1.96
70152544--70153339	262	3.0	264	93	1	1317	28	16	25	29	1.96
70153435--70153896	46	10.3	46	63	15	189	26	20	22	30	1.98
70153320--70153974	134	4.9	134	94	0	1121	26	20	23	30	1.99
70155417--70155476	3	19.3	3	76	6	57	31	1	6	60	1.33
70155418--70155479	23	2.8	22	87	4	81	32	1	8	58	1.37
70155442--70155487	23	2.0	23	82	0	56	30	4	10	54	1.55
70155902--70155964	29	2.1	29	82	11	74	33	4	6	55	1.46
70156289--70156383	38	2.5	37	78	13	97	36	12	1	49	1.48
70161614--70161654	20	2.0	20	100	0	82	14	21	19	43	1.87
70161812--70161858	19	2.5	20	89	6	71	42	8	21	27	1.81
70164399--70164442	16	2.7	16	82	3	52	63	4	0	31	1.14
70164255--70164460	116	1.8	114	84	8	271	60	4	3	31	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70164672--70164750	3	26.3	3	73	19	60	64	1	3	30	1.19
70164672--70164760	47	2.0	47	82	6	112	67	1	3	28	1.14
70165161--70165238	31	2.5	31	89	0	120	17	0	44	37	1.49
70171936--70171974	16	2.5	15	84	12	51	56	0	5	38	1.22
70173371--70173423	18	2.9	18	88	0	79	33	7	16	41	1.77
70180282--70180326	23	2.0	21	83	8	54	31	4	0	64	1.13
70180609--70180651	20	2.2	20	88	12	63	37	0	6	55	1.27
70180606--70180656	20	2.5	20	81	9	59	35	0	7	56	1.28
70182524--70182590	32	2.1	31	81	13	75	44	2	1	50	1.26
70190653--70190718	23	2.6	26	72	16	75	42	3	0	54	1.15
70192024--70192131	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
70199417--70199505	46	2.0	45	91	4	144	28	25	13	32	1.94
70209958--70209996	19	2.1	19	85	9	53	56	7	0	35	1.28
70213380--70213420	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
70217079--70217130	15	3.6	14	80	10	52	61	0	1	36	1.07
70217085--70217115	15	2.1	15	93	0	53	64	0	0	35	0.94
70222320--70222385	35	1.9	34	87	6	98	56	7	16	19	1.64
70223199--70224456	154	8.2	154	93	2	2074	58	7	5	27	1.49
70223199--70224456	310	4.1	309	96	1	2189	58	7	5	27	1.49
70224236--70224313	31	2.6	31	68	11	72	69	2	2	25	1.14
70235263--70235314	25	2.1	25	100	0	104	36	19	11	32	1.87
70243781--70243834	28	1.9	28	88	0	81	46	7	5	40	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70250085--70250136	21	2.5	20	78	6	59	61	5	3	28	1.37
70253438--70253476	18	2.1	19	85	9	53	84	5	0	10	0.76
70254346--70255138	111	7.1	111	92	0	1273	31	17	21	29	1.96
70269347--70269846	250	2.0	250	97	0	937	36	18	13	32	1.90
70270400--70270435	18	1.9	18	88	5	54	69	2	0	27	1.02
70270908--70270950	3	15.0	3	95	4	72	69	0	0	30	0.88
70271903--70271949	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
70276731--70276769	13	2.9	13	84	3	51	2	15	0	82	0.79
70277346--70277377	16	2.0	16	100	0	64	50	31	6	12	1.65
70278067--70278113	20	2.3	20	85	3	58	61	6	2	29	1.32
70278082--70278121	20	2.0	20	85	4	55	57	7	2	32	1.40
70280198--70280353	50	3.1	50	87	2	233	36	15	20	27	1.93
70280349--70280515	31	5.4	31	88	0	244	29	18	25	26	1.98
70280521--70280549	7	4.1	7	100	0	58	44	13	27	13	1.82
70281892--70281999	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
70285616--70285648	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
70285773--70285830	30	1.9	30	89	0	89	56	10	5	27	1.54
70286875--70286907	4	8.0	4	93	6	57	24	0	0	75	0.80
70286875--70286908	17	2.0	17	100	0	68	23	0	0	76	0.79
70287036--70287061	6	4.3	6	100	0	52	0	80	0	19	0.71
70294797--70294823	11	2.5	11	100	0	54	92	0	7	0	0.38
70300619--70300645	8	3.4	8	100	0	54	11	0	0	88	0.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70306824--70306849	13	2.0	13	100	0	52	15	38	15	30	1.88
70320178--70320203	10	2.6	10	100	0	52	61	0	0	38	0.96
70320162--70320214	24	2.2	25	89	3	81	66	0	0	33	0.92
70330417--70330471	28	2.0	28	86	10	78	61	3	1	32	1.24
70333007--70333050	22	2.0	22	95	0	79	45	13	11	29	1.79
70339850--70339879	7	4.3	7	91	0	51	10	43	3	43	1.54
70339893--70339923	8	4.0	8	95	4	55	0	35	0	64	0.94
70344114--70344283	85	2.0	85	94	0	295	41	15	11	32	1.82
70346893--70346926	16	2.1	16	94	0	59	41	0	2	55	1.15
70348199--70348250	27	1.9	27	100	0	104	48	23	0	28	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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