genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
355867--355925	27	2.2	27	84	6	75	64	3	1	30	1.20
355867--355925	14	4.4	14	72	6	50	64	3	1	30	1.20
356217--356326	52	2.0	53	87	6	159	26	6	17	50	1.70
359173--359227	21	2.6	21	83	11	60	9	10	1	78	1.05
363214--363282	25	2.8	23	82	14	59	44	1	0	53	1.09
363225--363284	19	3.1	19	79	11	68	45	1	0	53	1.10
363259--363315	23	2.5	22	80	5	69	38	1	0	59	1.08
363450--363475	12	2.2	12	100	0	52	69	0	7	23	1.14
369374--369427	17	3.4	17	68	19	53	14	25	37	22	1.93
369377--369443	30	2.3	30	89	2	109	17	28	32	20	1.96
375992--376100	56	1.9	56	81	7	132	26	16	26	30	1.97
381711--381805	43	2.2	43	90	0	145	30	17	14	36	1.90
384629--384735	28	3.7	28	77	13	99	26	15	9	48	1.75
384610--384781	59	2.9	57	80	8	159	24	14	11	50	1.75
384636--384788	59	2.6	59	84	4	184	23	15	11	49	1.78
395815--396038	50	4.7	49	79	12	223	29	17	29	22	1.97
397220--397446	49	4.6	50	81	2	260	26	18	25	29	1.98
397223--397446	100	2.3	97	83	5	279	26	18	25	29	1.98
399564--399593	12	2.5	12	100	0	60	33	26	40	0	1.57
401180--401547	47	7.8	46	75	15	267	24	30	19	26	1.98
401183--401499	46	6.7	46	77	11	221	24	30	18	26	1.98
401177--401544	94	3.9	96	79	7	364	24	30	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
401177--401499	140	2.3	146	84	6	412	24	30	18	26	1.98
405390--405421	13	2.5	13	94	0	55	25	12	18	43	1.85
415164--415208	14	3.5	13	77	22	51	73	0	26	0	0.84
417845--417937	43	2.2	43	98	0	177	32	12	19	35	1.90
417942--418151	35	6.1	35	76	8	180	28	9	20	41	1.84
417941--418140	104	1.9	103	82	8	244	28	8	21	42	1.81
418017--418151	70	1.9	70	88	5	202	30	8	18	42	1.81
418018--418166	70	2.1	68	81	7	183	33	8	17	40	1.80
420934--420979	16	2.8	17	75	18	53	76	0	21	2	0.90
431112--431136	9	2.8	9	100	0	50	24	0	20	56	1.43
434419--434448	15	2.0	15	100	0	60	40	20	0	40	1.52
437716--437769	27	2.0	27	100	0	108	48	7	14	29	1.71
449031--449140	49	2.3	47	82	3	139	38	19	14	28	1.91
453627--453669	16	2.6	16	81	7	50	37	6	23	32	1.82
454451--454577	66	1.9	66	90	0	200	24	25	29	20	1.99
467220--467261	22	1.9	22	90	0	66	35	11	11	40	1.79
470813--470934	54	2.3	54	81	5	158	19	29	24	26	1.99
474054--474115	4	15.0	4	83	14	65	1	25	0	72	0.94
479179--479310	54	2.4	54	92	0	219	31	21	18	28	1.97
481876--482052	47	3.8	47	79	12	211	28	28	20	22	1.99
481884--482054	94	1.8	93	91	1	279	28	28	21	22	1.99
488410--488461	24	2.2	24	100	0	104	21	21	11	46	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
488444--488593	43	3.5	43	71	8	126	32	24	16	28	1.96
489141--489217	36	2.1	36	97	0	145	54	15	2	27	1.54
491674--491708	16	2.2	16	94	0	61	54	14	22	8	1.67
492106--492182	28	2.8	27	80	4	82	40	20	14	24	1.90
492310--492383	27	2.8	26	87	2	103	21	17	21	39	1.93
497389--497418	3	10.0	3	100	0	60	0	33	0	66	0.92
502252--502298	21	2.2	21	84	0	67	31	14	14	38	1.87
508841--508893	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
522940--522984	3	15.0	3	100	0	90	66	0	33	0	0.92
524741--524795	25	2.2	25	83	6	67	45	5	0	49	1.25
525023--525070	21	2.4	19	83	10	60	47	0	10	41	1.37
525023--525077	20	2.7	21	78	15	62	43	0	14	41	1.45
527647--527696	22	2.3	22	79	6	57	24	22	20	34	1.97
533908--533978	29	2.4	30	79	6	83	50	2	4	42	1.36
534204--534241	11	3.5	11	79	13	51	18	2	2	76	1.02
534639--534684	23	2.0	22	84	12	58	65	8	0	26	1.21
541473--541569	28	3.4	28	77	6	97	18	17	16	47	1.83
546417--546476	10	6.0	10	84	11	79	21	8	1	68	1.25
547198--547231	17	1.9	18	94	5	61	26	8	5	58	1.51
550184--550217	10	3.4	10	100	0	68	20	0	17	61	1.34
550184--550217	15	2.3	15	100	0	68	20	0	17	61	1.34
550189--550235	15	3.2	16	85	11	57	19	0	10	70	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
550218--550250	15	2.2	15	94	0	57	18	3	0	78	0.87
550995--551176	96	1.9	97	91	1	303	28	15	25	30	1.96
553249--553308	10	6.0	10	84	11	79	21	8	1	68	1.25
554020--554053	18	1.9	18	88	5	52	29	11	2	55	1.50
558096--558179	25	3.4	24	73	12	80	33	25	19	22	1.97
572323--572351	12	2.3	13	94	5	51	24	0	0	75	0.80
576315--576343	12	2.3	13	94	5	51	24	0	0	75	0.80
577816--577977	56	2.9	55	83	4	191	33	20	20	25	1.97
596154--596230	40	1.9	40	83	0	100	35	33	15	15	1.89
600078--600152	3	25.0	3	75	0	60	34	6	2	56	1.40
609781--609831	23	2.3	23	80	10	61	37	17	7	37	1.79
612379--612421	18	2.3	19	88	4	61	32	2	13	51	1.54
614813--614952	66	2.1	65	89	2	208	43	29	10	17	1.81
617327--617384	28	2.0	28	83	6	71	31	20	29	18	1.97
620400--620465	32	2.1	32	97	0	123	43	13	6	36	1.69
627614--627654	19	2.2	19	86	8	57	36	17	2	43	1.62
629141--629167	13	2.1	13	100	0	54	14	29	7	48	1.71
630162--630213	25	2.1	25	100	0	104	21	19	9	50	1.76
630258--630294	18	2.1	18	100	0	74	16	35	0	48	1.46
633607--633830	116	1.9	115	95	0	403	37	8	14	39	1.76
638576--638728	74	2.1	74	82	2	191	25	22	20	31	1.98
638700--638793	35	2.7	35	85	4	111	17	22	22	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
641380--641420	16	2.7	15	81	7	55	41	14	4	39	1.67
646746--646787	17	2.5	17	88	0	66	50	2	2	45	1.27
649003--649081	39	2.0	39	97	0	149	26	15	24	34	1.94
649495--649532	20	1.9	20	89	10	60	63	15	0	21	1.31
650339--650464	61	2.0	63	82	7	152	42	2	10	44	1.51
650794--650827	6	5.7	6	100	0	68	0	17	14	67	1.23
661538--661616	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
661735--662217	47	10.1	47	93	3	781	29	30	8	31	1.87
661735--662217	96	5.1	95	95	2	803	29	30	8	31	1.87
671878--671947	29	2.3	29	82	4	77	27	12	10	50	1.72
674084--674132	24	2.1	23	85	11	64	63	0	4	32	1.13
674162--674256	31	3.3	31	76	20	123	44	0	0	55	0.99
679290--679339	25	2.0	25	100	0	100	32	20	12	36	1.89
679998--680281	138	2.1	138	89	2	446	45	4	8	41	1.56
680256--680404	76	2.0	75	91	1	244	29	14	9	46	1.75
681122--681181	24	2.5	24	84	12	88	43	0	0	56	0.99
681124--681184	22	2.6	24	87	10	83	44	0	0	55	0.99
681373--681409	16	2.3	16	90	0	56	59	8	8	24	1.53
684826--684865	19	2.1	19	85	0	53	17	12	10	60	1.59
695055--695099	14	3.3	14	81	6	56	42	0	0	57	0.98
718429--718464	17	2.1	17	89	0	54	36	5	0	58	1.22
721971--722075	20	5.1	20	73	8	93	42	23	16	17	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
721971--722075	42	2.5	42	84	0	129	42	23	16	17	1.88
723196--723515	46	7.0	46	92	2	482	23	24	14	38	1.92
728671--728727	15	3.9	15	86	2	80	33	0	14	52	1.41
728667--728725	30	2.0	28	90	6	91	30	0	13	55	1.38
729113--729185	21	3.3	23	81	12	91	13	21	26	38	1.91
729347--729387	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
730583--730625	9	4.9	9	82	2	52	44	2	2	51	1.27
732491--732645	56	2.7	58	78	12	140	50	2	0	46	1.20
732956--733019	28	2.3	28	94	0	110	60	17	15	6	1.54
738359--738433	23	3.4	23	66	17	68	37	14	10	37	1.81

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