genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   

This is table  33  of  250  ( 29906 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9895469--9895585	23	4.6	23	86	6	108	44	33	5	17	1.70
9895506--9895589	28	3.0	28	91	1	132	46	30	3	19	1.66
9908884--9909017	29	4.6	29	74	11	130	42	20	11	25	1.85
9913502--9913551	21	2.5	20	86	3	64	28	22	12	38	1.89
9913515--9913576	21	3.0	21	83	4	63	20	24	14	40	1.90
9921383--9921452	13	5.5	13	74	16	65	37	2	1	58	1.22
9921647--9921673	13	2.1	13	100	0	54	62	7	0	29	1.22
9929761--9929794	16	2.1	16	100	0	68	38	5	26	29	1.80
9935804--9935839	17	2.1	17	94	0	63	22	19	5	52	1.66
9957733--9957898	54	3.1	54	90	1	253	39	3	5	52	1.40
9957803--9957852	18	2.6	19	78	9	57	42	0	6	52	1.26
9958941--9958986	21	2.0	21	84	12	56	50	6	6	36	1.54
9959125--9959334	105	2.0	105	90	3	334	42	14	10	31	1.81
9964258--9964317	30	2.0	30	93	0	102	50	6	15	28	1.69
9972205--9972257	22	2.5	20	77	19	54	37	0	0	62	0.96
9972220--9972263	21	2.0	22	91	4	72	36	0	0	63	0.95
9973500--9973561	20	3.1	20	85	0	88	46	22	24	6	1.75
9982364--9982401	18	2.1	18	100	0	76	44	5	5	44	1.49
9984089--9984153	24	2.9	22	74	17	69	20	16	20	43	1.89
9988241--9988303	9	7.1	9	76	16	60	28	1	1	68	1.08
9988212--9988291	19	4.3	18	77	6	70	26	3	2	67	1.20
9988262--9988302	7	6.1	7	77	11	50	29	0	2	68	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9988244--9988295	19	2.8	20	88	8	74	26	1	1	69	1.10
9988345--9988406	18	3.3	19	78	17	67	22	1	3	72	1.08
9994024--9994090	31	2.1	32	83	2	82	29	10	13	46	1.76
9998735--9998804	34	2.0	35	88	2	106	50	11	1	37	1.48
10002053--10002107	27	2.0	27	96	0	101	27	21	9	41	1.83
10007625--10007795	94	1.8	91	83	10	222	23	29	19	28	1.98
10011864--10011936	33	2.2	33	92	0	119	42	31	2	23	1.68
10014178--10014456	149	1.9	150	90	0	452	36	18	12	32	1.89
10014981--10015042	21	3.0	20	86	9	81	51	1	6	40	1.37
10015275--10015313	20	1.9	21	94	5	71	38	0	25	35	1.56
10019638--10019724	43	2.0	43	82	12	108	28	29	17	24	1.97
10021744--10021768	6	4.2	6	100	0	50	36	32	0	32	1.58
10022441--10022485	19	2.4	19	96	0	81	37	17	0	44	1.49
10027805--10027931	42	3.0	42	78	10	125	25	17	25	31	1.97
10031935--10031963	14	2.1	14	100	0	58	37	0	0	62	0.96
10033669--10033722	28	1.9	28	85	14	76	61	1	9	27	1.37
10033669--10033741	28	2.8	26	80	17	73	60	1	6	31	1.31
10033743--10033802	28	2.1	30	81	6	70	41	1	11	45	1.50
10035255--10035279	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
10036874--10036930	25	2.3	25	84	0	69	42	28	8	21	1.82
10036938--10037038	50	2.0	50	90	0	157	32	24	19	22	1.97
10036945--10037054	50	2.2	50	86	0	148	32	25	20	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10036942--10037042	25	4.0	25	77	0	121	30	25	20	22	1.98
10039183--10039349	43	3.9	43	79	3	167	34	24	14	26	1.94
10044541--10044583	22	2.0	20	86	8	59	16	9	2	72	1.21
10049193--10049242	25	2.0	25	96	0	91	30	12	26	32	1.92
10053062--10053102	17	2.4	17	84	8	57	7	14	4	73	1.22
10055165--10055379	109	2.0	109	95	0	385	29	31	20	18	1.96
10060346--10060431	43	2.0	43	100	0	172	39	18	16	25	1.91
10062475--10062522	16	3.3	16	67	27	52	31	0	20	47	1.50
10062472--10062524	27	2.0	27	100	0	106	30	0	18	50	1.47
10066776--10066857	26	3.2	26	100	0	164	35	26	7	30	1.84
10072445--10073120	342	2.0	341	96	0	1235	34	15	15	34	1.90
10079896--10079937	12	3.5	12	78	12	50	52	0	2	45	1.13
10079902--10079950	14	3.8	13	82	15	66	55	0	0	44	0.99
10080251--10080416	12	14.8	12	70	22	53	63	0	3	32	1.14
10080248--10080407	18	8.5	18	73	16	114	63	0	3	32	1.14
10080295--10080425	11	10.3	13	70	27	70	64	0	1	33	1.03
10080248--10080406	73	2.2	71	79	13	182	63	0	3	32	1.15
10080263--10080421	27	5.2	32	67	20	90	64	0	2	32	1.11
10080248--10080416	24	7.3	23	73	21	117	63	0	2	32	1.13
10080251--10080425	78	2.3	74	82	12	205	64	0	2	32	1.12
10080344--10080455	50	2.2	50	83	10	131	62	0	1	34	1.12
10082081--10083039	205	4.7	205	93	1	1528	28	20	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10096907--10096960	15	3.6	15	76	0	63	11	18	12	57	1.64
10096903--10096971	30	2.3	30	85	2	95	8	17	17	56	1.65
10099304--10099478	46	3.8	45	80	10	203	21	20	29	28	1.98
10099300--10099470	93	1.8	92	93	1	297	21	21	30	27	1.98
10102430--10102509	15	5.4	15	77	7	83	12	15	13	58	1.63
10102421--10102508	30	3.0	30	78	8	90	12	14	15	56	1.67
10104891--10105062	46	3.7	45	80	10	204	21	20	29	28	1.98
10104883--10105054	93	1.8	93	93	0	299	21	21	29	27	1.99
10108516--10108690	92	1.9	92	88	2	262	31	10	21	36	1.88
10112248--10112296	20	2.5	20	100	0	98	44	4	4	46	1.41
10112507--10112532	13	2.0	13	100	0	52	30	46	23	0	1.53
10113718--10113765	23	2.1	23	84	0	60	31	20	31	16	1.95
10113758--10113814	26	2.2	26	84	6	71	42	21	19	17	1.90
10120021--10120055	18	1.9	18	94	0	61	28	11	25	34	1.91
10120030--10120072	18	2.4	18	84	7	52	37	18	11	32	1.87
10121534--10121582	16	3.1	16	93	0	80	32	0	36	30	1.58
10121828--10121862	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
10121962--10122003	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
10121715--10122012	154	1.9	156	95	2	546	44	3	5	47	1.41
10121971--10122105	15	8.9	15	67	24	70	51	3	2	42	1.32
10121754--10122069	154	2.0	155	83	7	401	46	4	3	45	1.39
10122031--10122121	44	2.1	43	81	6	103	53	3	2	40	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10122011--10122229	120	1.8	119	88	6	336	50	6	3	39	1.46
10122195--10122228	17	2.0	17	88	0	50	50	2	5	41	1.42
10122261--10122455	93	2.1	92	88	4	286	47	4	4	44	1.41
10123850--10123876	11	2.5	11	100	0	54	51	18	7	22	1.70
10126119--10126149	15	2.1	15	100	0	62	45	0	19	35	1.51
10129250--10129302	21	2.6	21	85	8	65	50	18	1	28	1.57
10134618--10134652	17	2.1	17	88	0	52	20	17	17	45	1.85
10134845--10134904	31	1.9	31	89	0	93	30	1	16	51	1.54
10149317--10149347	15	2.1	15	93	0	53	32	22	0	45	1.53
10149422--10149468	23	2.0	24	87	4	69	21	21	10	46	1.81
10149583--10149790	55	3.8	53	80	7	240	22	25	16	35	1.95
10149583--10149783	108	1.8	110	90	2	325	22	25	17	34	1.96
10157098--10157191	49	1.9	49	91	0	152	19	23	18	39	1.92
10157157--10157354	55	3.7	53	78	9	186	20	24	18	36	1.95
10158565--10158605	16	2.4	17	84	15	50	26	12	2	58	1.46
10160178--10160218	2	20.5	2	100	0	82	0	0	48	51	1.00
10165827--10165872	21	2.2	22	88	7	69	21	36	19	21	1.95
10171301--10171353	3	17.7	3	100	0	106	66	0	0	33	0.92
10180093--10180129	18	2.1	18	100	0	74	24	5	10	59	1.52
10185145--10185380	101	2.3	101	77	7	230	38	11	19	30	1.88
10186368--10186406	19	2.1	19	85	0	51	66	0	2	30	1.05
10186856--10186892	16	2.4	16	82	8	51	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10187279--10187316	5	7.6	5	85	8	51	81	0	15	2	0.80
10187279--10187316	14	2.5	15	83	12	51	81	0	15	2	0.80
10195843--10195961	9	13.0	9	68	19	59	31	12	0	54	1.44
10195906--10195960	3	18.7	3	88	3	67	34	7	0	58	1.26
10195888--10195961	9	8.0	9	74	16	62	33	10	1	54	1.44
10196022--10196104	22	3.7	23	74	18	75	32	0	7	60	1.24
10196031--10196106	21	3.6	20	71	20	57	31	0	7	60	1.25
10202743--10202785	20	2.2	20	87	8	61	46	6	13	32	1.71
10202973--10203002	15	2.0	15	100	0	60	26	6	33	33	1.83
10204166--10204193	13	2.2	13	100	0	56	21	0	21	57	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250