genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1337759--1337860	51	2.0	51	98	0	195	42	11	1	44	1.52
1339953--1339995	21	2.0	21	90	0	68	41	4	23	30	1.74
1340165--1340376	104	2.0	104	87	0	307	34	8	26	29	1.87
1340636--1340765	53	2.4	54	82	3	147	33	17	23	25	1.96
1347333--1348208	443	2.0	445	93	0	1522	44	13	14	27	1.83
1361402--1361463	31	2.0	31	100	0	124	22	9	35	32	1.87
1367006--1367071	30	2.2	30	84	10	82	19	40	22	16	1.91
1368805--1368883	37	2.1	37	88	4	115	45	11	11	31	1.76
1371301--1371449	51	2.9	53	78	13	141	53	3	8	34	1.48
1371387--1371428	15	2.9	15	89	3	59	59	4	0	35	1.19
1371391--1371449	21	3.0	20	78	11	61	57	3	1	37	1.25
1371510--1371555	23	2.0	23	83	8	58	56	4	2	36	1.31
1371619--1371755	3	45.0	3	68	16	59	58	3	5	32	1.39
1371632--1371712	24	3.4	24	77	6	76	60	4	2	32	1.31
1374462--1374504	15	2.9	14	80	10	50	27	0	4	67	1.10
1377970--1378007	19	1.9	19	89	5	58	52	5	0	42	1.24
1377970--1378008	20	2.0	20	85	10	53	53	5	0	41	1.23
1380712--1380803	3	31.3	3	74	12	75	59	1	7	31	1.32
1380717--1380810	24	4.0	23	76	12	84	58	1	8	31	1.35
1380717--1380779	23	2.8	23	81	11	69	60	1	6	31	1.31
1380910--1381009	3	33.0	3	72	6	67	58	1	5	36	1.27
1381246--1381295	19	2.6	19	81	12	59	56	4	6	34	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1381265--1381400	24	5.4	25	68	18	84	52	6	2	37	1.43
1381227--1381364	44	3.1	43	75	11	116	54	5	3	36	1.42
1381282--1381364	36	2.4	35	82	13	100	53	6	1	39	1.34
1382832--1382885	20	2.5	22	82	8	67	57	1	7	33	1.37
1383015--1383101	3	28.0	3	77	11	86	59	2	5	32	1.33
1388216--1388247	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
1388216--1388246	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
1393531--1393568	19	2.0	19	85	10	51	23	5	0	71	1.07
1399809--1399839	15	2.1	15	93	0	53	67	3	0	29	1.06
1404788--1404864	38	2.0	38	90	5	120	40	16	0	42	1.49
1419545--1419606	24	2.4	26	78	13	74	64	0	1	33	1.03
1419546--1419602	25	2.3	25	84	3	80	63	0	1	35	1.05
1419568--1419616	15	3.0	15	73	21	53	61	0	4	34	1.15
1427150--1427205	20	2.8	20	83	8	69	37	21	30	10	1.87
1428807--1428857	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
1428670--1429040	104	3.6	104	94	2	638	30	30	20	18	1.97
1428910--1428961	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
1429367--1429430	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
1429374--1429430	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
1430920--1430985	14	4.3	15	73	19	55	45	0	1	53	1.09
1431048--1431107	22	2.8	22	82	5	61	50	0	3	46	1.18
1438478--1438502	6	4.2	6	100	0	50	16	20	0	64	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1440718--1440788	10	7.2	10	75	19	53	50	1	1	46	1.18
1440720--1440785	29	2.2	30	79	12	75	48	1	1	48	1.20
1441604--1441634	3	10.3	3	100	0	62	0	35	0	64	0.94
1442134--1442186	3	17.7	3	80	7	63	66	1	30	1	1.13
1456276--1456370	46	2.1	46	92	4	156	31	21	12	34	1.91
1467131--1467195	30	2.1	29	83	11	76	53	0	1	44	1.09
1468299--1468337	15	2.6	14	84	11	51	46	2	0	51	1.14
1472259--1472314	25	2.3	25	96	3	105	30	19	12	37	1.89
1473881--1474044	82	2.0	82	100	0	328	46	18	23	12	1.82
1478127--1478192	28	2.4	28	80	16	68	56	1	25	16	1.49
1479151--1479202	21	2.3	24	83	9	65	44	7	11	36	1.70
1479660--1479714	26	2.2	25	87	9	76	60	12	0	27	1.33
1481983--1482150	75	2.2	75	86	0	237	34	20	16	29	1.94
1482055--1482825	89	8.9	87	85	7	872	36	19	17	26	1.94
1481931--1482825	171	5.2	169	85	7	1010	35	19	16	27	1.94
1491138--1491173	4	9.0	4	100	0	72	50	0	25	25	1.50
1494865--1494916	21	2.3	24	83	9	65	44	7	11	36	1.70
1497347--1497403	22	2.5	22	73	15	55	45	8	8	36	1.66
1497447--1497484	3	12.7	3	94	0	67	65	0	2	31	1.06
1499057--1499389	86	3.9	84	73	12	223	26	22	21	29	1.99
1499052--1499341	44	6.8	43	73	12	145	27	22	21	29	1.99
1499097--1499386	86	3.4	87	72	12	229	26	22	21	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1500584--1500608	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
1512090--1512127	3	12.7	3	94	0	67	65	0	2	31	1.06
1514164--1514202	12	3.1	12	82	13	51	43	0	0	56	0.99
1522971--1523014	16	2.9	15	80	9	54	54	2	2	40	1.25
1525581--1525634	27	2.0	27	85	0	72	29	29	24	16	1.97
1528858--1529347	130	3.8	129	78	6	418	34	19	18	27	1.95
1532269--1532730	44	10.5	44	89	1	721	27	30	15	27	1.96
1544488--1544840	130	2.7	130	84	0	420	35	18	17	27	1.94
1550196--1550239	23	1.9	23	90	0	70	36	15	22	25	1.94
1550193--1550261	24	2.9	24	82	2	77	36	17	21	24	1.95
1553154--1553209	27	2.1	27	100	0	112	7	21	3	67	1.30
1553154--1553198	15	3.2	15	69	18	51	8	24	4	62	1.43
1562449--1562487	19	2.1	19	95	0	69	51	10	5	33	1.58
1562891--1562938	15	3.3	15	82	2	62	37	2	12	47	1.53
1563434--1563491	23	2.5	23	97	0	107	8	3	41	46	1.51
1563596--1563636	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
1569479--1569534	29	2.0	29	89	3	87	30	1	0	67	1.01
1569485--1569528	23	2.0	22	90	4	70	27	2	0	70	0.99
1571931--1571981	23	2.2	23	89	0	75	5	31	39	23	1.79
1573897--1573933	18	2.1	17	90	5	56	40	0	0	59	0.97
1579556--1579608	27	1.9	28	81	11	65	67	3	0	28	1.07
1584596--1584646	22	2.3	22	96	0	93	7	17	49	25	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1586220--1586258	14	2.8	14	84	0	51	56	0	5	38	1.22
1588332--1588415	26	3.2	26	70	17	66	30	0	3	65	1.10
1590906--1590964	21	2.8	22	82	7	61	23	1	6	67	1.24
1590919--1590964	22	2.2	22	84	7	60	26	0	4	69	1.07
1590935--1590982	26	1.9	24	87	8	69	31	0	4	64	1.12
1591237--1591286	25	2.0	25	100	0	100	32	4	0	64	1.12
1601395--1601453	32	1.9	30	82	6	73	44	1	5	49	1.34
1605597--1605642	23	2.0	23	87	4	67	67	2	4	26	1.21
1605704--1605757	20	2.7	19	71	5	54	51	3	0	44	1.19
1609355--1609409	15	3.9	15	74	13	62	29	5	9	56	1.53
1609351--1609404	27	2.0	27	100	0	108	33	3	7	55	1.45
1609396--1609447	26	2.0	26	85	7	70	26	15	11	46	1.80
1610823--1610853	15	2.1	15	93	0	53	22	6	6	64	1.40
1616475--1616503	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
1620128--1620178	25	2.0	25	96	0	93	29	3	17	49	1.65
1624871--1624932	31	2.0	31	96	0	115	40	16	16	27	1.89
1632026--1632072	18	2.6	18	80	16	53	65	6	2	25	1.27
1632188--1632271	19	4.2	19	70	18	55	61	0	5	32	1.20
1632148--1632273	41	3.0	41	70	20	100	58	0	7	34	1.25
1632329--1632366	19	2.0	19	89	0	58	60	2	5	31	1.33
1633891--1634715	83	10.1	83	92	2	1330	26	20	19	32	1.97
1633913--1634715	322	2.5	325	93	2	1362	26	21	19	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1634235--1634715	165	2.9	166	93	0	802	26	20	19	33	1.97
1645389--1645589	100	2.0	101	99	0	395	31	22	16	28	1.96
1646984--1647021	20	1.9	20	84	10	51	63	2	2	31	1.22
1649313--1649403	19	4.9	19	86	8	125	36	12	14	37	1.83
1649334--1649385	17	3.2	15	80	20	52	36	13	13	36	1.84
1649321--1649403	36	2.3	35	87	6	112	36	13	13	37	1.83
1658553--1658585	17	1.9	17	100	0	66	15	18	18	48	1.81
1663038--1663100	23	2.7	23	82	2	72	36	1	3	58	1.23
1663931--1663966	15	2.3	16	90	4	56	11	0	2	86	0.68
1663922--1663974	27	2.0	26	88	3	79	9	1	3	84	0.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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