genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   

This is table  3  of  250  ( 29906 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
738356--738442	43	2.0	43	100	0	174	37	16	9	36	1.80
739135--739193	11	5.2	11	74	20	50	69	0	0	30	0.89
739125--739179	25	2.2	26	90	9	87	63	0	0	36	0.95
747456--747653	100	2.0	100	100	0	396	27	14	21	37	1.92
752450--752542	43	2.2	44	92	3	154	50	13	6	29	1.67
752564--752603	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
757179--757271	43	2.2	44	92	3	154	51	13	6	27	1.66
757293--757332	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
766629--766674	13	3.5	13	81	3	56	30	19	26	23	1.98
766697--766818	24	5.1	24	72	12	72	37	18	18	24	1.94
766772--766875	24	4.4	24	72	11	81	37	14	16	31	1.89
767487--767741	127	2.0	127	93	1	440	34	17	21	27	1.95
768232--768261	11	2.9	10	90	9	51	50	6	3	40	1.45
768606--768662	15	3.9	15	76	17	57	52	8	1	36	1.43
768769--769000	11	22.1	11	69	22	60	56	5	1	36	1.32
768835--768861	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
768885--768996	11	9.8	12	70	23	73	58	3	0	37	1.22
768785--769088	167	1.8	166	80	8	364	56	5	2	35	1.37
769235--769266	9	3.6	9	91	0	55	65	3	0	31	1.08
771119--771464	74	4.6	74	92	2	566	29	22	16	31	1.96
772303--772428	43	3.0	43	83	8	143	16	23	14	46	1.83
773684--773791	26	4.2	26	95	0	189	32	6	25	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
773780--773848	21	3.2	21	61	15	50	26	7	26	40	1.81
773762--773850	44	2.0	44	97	0	169	28	6	25	39	1.81
775456--775596	54	2.6	53	93	2	228	17	23	24	35	1.95
775456--775596	27	5.2	27	86	6	189	17	23	24	35	1.95
779665--779820	42	3.7	41	75	17	158	24	18	26	30	1.98
786997--787152	42	3.7	41	75	17	158	24	18	26	30	1.98
798385--798431	22	2.1	22	88	7	69	59	2	2	36	1.21
798344--798447	24	4.3	23	70	25	72	59	3	1	34	1.27
798697--798776	9	8.3	9	74	17	54	65	1	3	30	1.18
798741--798802	20	3.1	21	80	11	60	62	3	6	27	1.35
805508--805741	37	5.6	43	78	17	235	36	14	21	28	1.92
805508--805741	83	2.9	83	91	1	375	36	14	21	28	1.92
814905--815030	61	2.1	61	98	0	243	42	3	14	40	1.61
815856--815897	10	4.4	9	80	19	50	71	0	0	28	0.86
827217--827257	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
830704--830764	17	3.8	16	78	14	63	34	0	1	63	1.04
830704--830763	31	1.9	32	83	10	79	33	0	1	65	1.03
831142--831199	24	2.4	25	80	16	68	29	5	5	60	1.40
831918--831971	27	2.0	27	88	0	81	46	0	0	53	1.00
839909--839973	25	2.6	25	95	0	112	27	18	26	27	1.98
839960--840014	25	2.2	25	86	0	74	41	20	21	16	1.90
839971--840025	25	2.2	25	90	6	85	43	16	23	16	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
850625--850785	73	2.2	73	76	3	171	37	22	22	16	1.93
850673--850812	25	5.6	25	75	13	119	35	23	22	17	1.95
850739--850821	25	3.3	26	83	9	109	34	22	25	16	1.95
854235--854290	27	2.1	24	84	15	67	39	14	5	41	1.68
854263--854323	19	3.3	19	88	6	90	37	16	8	37	1.78
854609--855121	261	2.0	256	85	3	688	27	23	16	32	1.96
855387--855498	46	2.6	41	71	17	100	28	22	16	32	1.96
854953--855892	206	4.6	205	94	1	1525	28	22	18	30	1.97
854953--855892	411	2.3	405	92	1	1533	28	22	18	30	1.97
855839--856156	44	7.2	43	71	10	187	27	23	17	31	1.97
855854--856156	132	2.3	131	93	0	507	27	23	17	32	1.96
857004--857071	22	3.0	22	79	14	61	7	11	0	80	0.89
857046--857070	9	2.8	9	100	0	50	0	8	0	92	0.40
863725--863777	17	2.9	18	94	5	90	41	13	5	39	1.68
863723--863784	19	3.4	18	91	6	99	38	16	6	38	1.74
884249--884282	12	2.8	12	90	0	50	55	0	11	32	1.36
894379--894477	38	2.6	38	80	3	119	22	19	24	34	1.96
895926--895967	23	1.9	22	85	9	59	21	19	11	47	1.81
899663--899773	46	2.4	46	81	0	141	21	34	24	19	1.97
899925--899969	22	2.0	22	82	0	54	37	8	2	51	1.46
906368--906441	29	2.6	28	83	8	80	43	2	2	51	1.30
912239--912360	43	2.9	42	79	7	165	27	21	16	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
914140--914200	32	1.9	32	86	0	86	40	8	8	42	1.64
921545--921589	18	2.5	18	100	0	90	0	57	0	42	0.98
922728--922793	34	1.9	34	90	3	105	43	15	9	31	1.77
922763--922802	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
923777--923821	22	2.0	22	86	0	63	40	6	15	37	1.74
926371--926419	25	1.9	26	84	12	66	71	2	16	10	1.22
928109--928195	21	4.0	23	80	10	92	14	21	25	37	1.92
929442--929486	23	2.0	23	90	0	72	35	13	22	28	1.92
934264--934294	16	1.9	16	93	0	53	48	3	9	38	1.52
934669--934715	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
934686--934745	17	3.2	19	86	13	88	35	16	10	38	1.82
935576--935674	44	2.2	44	90	0	153	24	28	17	30	1.97
935599--936055	44	10.4	44	76	7	383	27	25	17	29	1.97
935643--936055	132	3.1	132	91	2	677	27	24	17	30	1.97
936941--936991	7	6.9	7	79	18	50	0	15	0	84	0.63
936941--936991	20	2.7	19	85	14	70	0	15	0	84	0.63
936941--936982	18	2.4	17	92	8	66	0	14	0	85	0.59
936941--936993	12	4.3	12	80	15	56	0	15	0	84	0.61
936941--936993	18	3.1	18	86	10	58	0	15	0	84	0.61
943290--943345	28	2.0	28	82	10	69	62	0	8	28	1.25
943451--943502	19	3.2	15	78	21	52	51	3	7	36	1.49
943870--943935	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
943887--943965	19	4.2	19	90	9	126	35	16	10	37	1.82
943909--943965	17	3.5	15	88	11	53	35	15	10	38	1.82
943887--943965	36	2.1	39	90	9	128	35	16	10	37	1.82
945212--945297	43	2.0	43	95	0	154	32	15	17	34	1.91
961144--961176	15	2.1	16	88	5	50	27	12	9	51	1.69
964751--964799	14	3.3	15	76	23	59	63	2	28	6	1.30
964750--964813	29	2.2	29	77	5	67	65	1	26	6	1.25
966889--966929	12	3.6	12	75	24	52	73	7	0	19	1.07
966878--966929	22	2.4	22	87	9	72	71	7	0	21	1.11
968779--968868	45	2.0	45	91	4	146	20	20	22	37	1.94
980968--981063	31	3.2	29	82	5	102	36	11	11	40	1.77
981170--981202	17	2.0	17	88	5	50	54	0	9	36	1.32
981230--981299	29	2.3	29	80	4	77	41	18	10	30	1.83
982684--982791	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
987952--988008	19	3.0	20	80	12	59	57	3	1	36	1.26
987959--988004	20	2.3	20	82	17	60	56	4	2	36	1.31
989654--989720	11	6.7	10	73	19	50	67	1	2	28	1.14
989651--989720	31	2.3	31	86	11	101	64	1	2	31	1.17
990108--990140	14	2.3	15	89	5	50	57	0	3	39	1.14
991035--991079	17	2.8	17	80	16	60	35	0	0	64	0.94
991013--991063	25	2.0	27	85	11	72	27	1	1	68	1.11
992786--992827	15	2.7	15	85	3	57	35	16	28	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
995211--995287	17	5.0	16	71	24	51	40	3	2	53	1.33
997273--997313	21	1.9	22	85	5	57	46	9	7	36	1.65
1007646--1007708	29	2.2	28	77	11	65	26	17	9	46	1.79
1013810--1013857	14	3.4	14	73	21	55	58	8	0	33	1.28
1013806--1013863	28	2.1	28	100	0	116	53	6	0	39	1.28
1019062--1019091	15	2.1	14	93	6	51	56	0	0	43	0.99
1019062--1019091	7	4.1	7	91	8	51	56	0	0	43	0.99
1020451--1020757	105	2.9	105	93	2	508	34	15	17	31	1.92
1036739--1037024	127	2.3	126	87	3	405	29	14	20	35	1.92
1036905--1037100	72	2.7	72	90	3	295	28	14	20	35	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250