genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.105.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33838806--33838872	19	3.5	19	85	2	89	26	26	14	31	1.95
33842085--33842145	31	2.0	29	84	6	77	4	26	3	65	1.28
33844307--33844487	97	1.9	97	83	2	238	45	18	7	28	1.76
33845382--33845456	19	3.9	19	78	1	78	29	26	10	33	1.90
33845424--33845465	19	2.2	19	86	0	57	30	30	11	26	1.92
33847874--33847942	26	2.7	26	88	0	102	21	17	28	31	1.96
33849781--33849851	28	2.6	28	76	8	74	53	7	8	30	1.58
33864384--33864491	43	2.5	43	76	8	112	25	18	23	33	1.97
33865842--33866062	40	5.6	40	86	6	281	22	22	28	26	1.99
33865842--33866062	80	2.8	79	90	2	320	22	22	28	26	1.99
33872563--33872782	40	5.6	40	83	6	261	22	21	28	27	1.99
33872563--33872782	80	2.8	78	86	4	289	22	21	28	27	1.99
33875340--33875375	15	2.5	14	86	8	54	66	0	11	22	1.22
33876624--33876680	24	2.4	24	87	0	87	24	15	28	31	1.96
33876939--33877116	27	6.6	27	85	3	205	29	29	14	26	1.95
33876939--33877116	54	3.3	54	85	3	232	29	29	14	26	1.95
33876960--33877115	81	1.9	82	88	3	235	29	29	14	26	1.95
33884970--33885148	27	6.6	27	85	3	198	29	28	15	26	1.96
33884970--33885148	55	3.3	54	82	4	207	29	28	15	26	1.96
33891050--33891083	11	3.1	11	91	0	50	35	5	5	52	1.50
33891351--33891386	15	2.5	14	86	8	54	66	0	11	22	1.22
33892633--33892691	24	2.5	24	91	0	91	23	11	28	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33917733--33917808	37	2.1	37	100	0	152	23	13	15	47	1.81
33918874--33918949	24	3.0	24	77	12	66	52	9	0	38	1.33
33919065--33919103	6	6.0	6	85	14	51	20	2	0	76	0.90
33919063--33919104	14	3.0	14	89	0	57	21	2	0	76	0.90
33919728--33919780	6	8.5	6	87	8	61	75	5	0	18	0.99
33919809--33919840	9	3.6	9	91	0	55	28	9	15	46	1.77
33920380--33920422	19	2.3	19	84	8	52	67	4	20	6	1.33
33921778--33921844	31	2.2	30	81	10	73	50	2	2	43	1.32
33923948--33923987	21	2.0	20	86	13	57	62	5	7	25	1.42
33926341--33926377	18	2.1	18	89	0	56	51	8	10	29	1.65
33926880--33926915	18	2.0	18	89	10	56	38	0	0	61	0.96
33926837--33927064	115	2.0	115	92	2	381	41	9	4	44	1.57
33932681--33932794	44	2.6	44	81	0	111	29	19	19	31	1.96
33932697--33932802	44	2.4	44	85	0	140	27	18	20	33	1.96
33932870--33933639	45	17.2	45	70	10	256	27	20	19	33	1.96
33932983--33933308	44	7.5	42	73	12	162	26	23	18	31	1.97
33932887--33933308	217	1.9	222	88	3	649	25	22	19	32	1.97
33933022--33933460	175	2.5	175	83	5	544	27	21	17	33	1.96
33933374--33933554	97	1.9	97	84	2	247	28	20	16	34	1.94
33934044--33934170	46	2.8	46	91	0	209	25	26	17	29	1.97
33936203--33936392	94	2.0	94	100	0	380	21	18	21	38	1.94
33946575--33946614	21	2.0	20	86	13	57	62	5	7	25	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33949432--33949658	112	2.0	114	92	1	377	41	8	4	45	1.55
33953345--33953370	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
33959195--33959314	56	2.2	56	86	4	163	26	30	21	20	1.98
33961646--33961688	16	2.7	16	85	0	59	51	18	20	9	1.74
33961900--33961989	29	3.1	28	90	4	144	30	13	26	30	1.94
33965061--33965139	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
33967119--33967166	25	1.9	25	86	0	69	33	20	16	29	1.95
33967203--33967245	20	2.2	20	95	0	77	37	13	18	30	1.90
33967210--33967253	20	2.2	20	91	0	70	34	13	22	29	1.93
33967299--33967418	24	5.0	24	86	10	165	29	20	22	28	1.98
33967300--33967397	47	2.1	48	92	5	164	29	19	21	29	1.97
33967300--33967397	23	4.1	23	87	10	144	29	19	21	29	1.97
33967611--33967674	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
33975196--33975243	25	1.9	25	86	0	69	35	22	12	29	1.91
33975280--33975342	20	3.2	20	93	0	108	36	12	17	33	1.88
33975396--33975501	24	4.4	24	90	9	171	30	19	22	27	1.98
33975397--33975494	47	2.1	48	94	5	173	29	20	21	28	1.98
33975397--33975494	23	4.1	23	89	10	153	29	20	21	28	1.98
33975708--33975771	31	2.1	31	87	0	92	37	14	23	25	1.92
33977919--33978049	49	2.7	50	80	8	146	22	26	20	29	1.99
33986522--33986608	43	2.0	43	95	0	156	13	29	6	49	1.68
33988222--33988274	21	2.7	18	83	16	61	58	0	3	37	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33988277--33988306	15	2.0	15	93	0	51	76	6	13	3	1.11
33988332--33988357	11	2.4	11	100	0	52	80	0	19	0	0.71
33988973--33989021	3	16.3	3	95	0	71	32	0	6	61	1.21
33993514--33993686	45	3.8	44	76	13	188	23	20	26	29	1.99
34000669--34000708	21	1.9	21	90	10	64	55	0	2	42	1.13
34000720--34000749	9	3.3	9	95	0	51	80	3	16	0	0.85
34000728--34000767	19	2.0	20	85	4	55	72	2	22	2	1.09
34000785--34000818	11	3.0	11	91	4	50	73	0	26	0	0.83
34001831--34001875	18	2.5	18	85	0	54	20	31	11	37	1.87
34002338--34002389	24	2.2	24	96	0	95	40	7	21	30	1.81
34003523--34003574	27	2.0	27	84	3	70	46	23	15	15	1.83
34007484--34007572	27	3.3	26	81	6	79	40	16	8	33	1.80
34007490--34007543	27	2.0	27	88	3	81	40	18	9	31	1.82
34007499--34007597	27	3.7	27	82	5	112	40	19	10	30	1.84
34007594--34007806	54	3.9	54	84	2	275	30	22	7	40	1.80
34007597--34007805	81	2.6	80	86	5	287	29	22	7	40	1.80
34007597--34007806	27	7.8	27	86	4	246	30	22	7	40	1.80
34007797--34008034	27	8.7	27	76	7	205	39	18	8	32	1.81
34007610--34007833	54	4.2	52	78	6	214	31	21	6	40	1.79
34007540--34007932	81	4.9	82	75	5	262	33	21	8	36	1.83
34008053--34008130	27	2.9	27	77	11	88	35	21	20	21	1.96
34009276--34009323	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34009367--34009430	20	3.2	20	95	0	110	34	10	21	32	1.89
34009371--34009425	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
34009477--34009645	25	7.0	24	90	6	238	27	21	22	28	1.99
34009476--34009645	49	3.5	47	86	8	236	28	21	22	28	1.99
34009837--34009900	31	2.1	31	87	0	92	35	14	23	26	1.93
34013931--34013988	26	2.2	26	93	0	98	34	5	24	36	1.78
34015475--34015527	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
34015776--34016060	137	2.1	136	97	0	534	24	18	25	31	1.98
34019840--34019923	26	3.2	26	98	0	159	33	3	25	38	1.73
34021410--34021462	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
34021710--34021995	137	2.1	136	95	0	509	24	18	24	31	1.98
34023055--34023113	23	2.6	23	86	2	84	23	13	13	49	1.78
34024198--34024239	17	2.4	18	76	11	52	47	0	2	50	1.14
34027767--34027868	48	2.1	49	87	5	145	42	7	16	33	1.77
34030787--34030882	28	3.4	28	83	0	93	29	25	15	30	1.96
34033999--34034221	119	1.9	120	82	6	283	25	27	21	25	2.00
34033997--34034221	40	5.7	40	83	6	269	25	28	21	24	1.99
34041966--34042188	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
34041964--34042188	40	5.7	40	85	6	287	25	28	22	24	2.00
34047896--34047974	28	2.8	28	80	0	104	31	25	7	35	1.84
34051402--34051465	30	2.2	29	94	2	110	25	17	21	35	1.95
34058672--34058739	30	2.3	29	92	2	109	25	16	23	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34062164--34062299	72	1.9	72	95	0	245	32	11	17	38	1.85
34088070--34088164	43	2.2	43	87	10	133	32	25	15	26	1.96
34102629--34103026	198	2.0	197	93	0	679	26	28	16	28	1.97
34105956--34106306	64	5.2	67	69	17	210	24	28	16	31	1.96
34105991--34106386	203	2.0	197	95	4	713	26	29	15	29	1.96
34108676--34108771	29	3.3	29	88	1	140	30	31	13	25	1.94
34108982--34109032	16	3.2	16	80	2	68	5	23	21	49	1.71
34114914--34115118	27	7.6	27	81	3	205	26	14	28	30	1.95
34114915--34115118	54	3.8	54	81	3	239	25	14	28	30	1.95
34123039--34123243	27	7.6	27	83	3	223	26	15	29	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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