genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1663922--1663975	18	3.0	17	84	15	65	9	1	5	83	0.88
1663922--1663967	9	5.1	9	81	7	58	10	0	4	84	0.75
1664541--1664596	21	2.7	21	74	0	58	14	25	39	21	1.91
1664696--1664738	22	2.0	22	95	0	77	11	25	27	34	1.91
1669809--1669933	58	2.1	60	80	2	146	35	15	16	32	1.90
1679104--1679189	24	3.5	25	68	22	65	54	4	0	40	1.21
1685494--1685901	206	2.0	204	86	1	566	24	19	20	35	1.95
1686985--1687028	5	8.8	5	94	0	79	38	2	20	38	1.65
1698681--1698769	24	3.8	24	74	16	87	43	23	17	14	1.86
1698677--1698769	47	2.0	48	82	6	118	43	23	19	13	1.87
1704493--1704523	16	1.9	16	93	0	53	29	12	22	35	1.91
1705767--1705791	12	2.1	12	100	0	50	84	0	0	16	0.63
1715457--1715560	27	3.9	27	83	0	127	16	19	39	25	1.91
1720613--1720769	43	3.7	43	74	10	142	24	17	24	33	1.96
1723769--1723889	23	5.3	23	92	2	190	33	26	20	19	1.97
1723769--1723889	45	2.7	46	88	2	190	33	26	20	19	1.97
1724114--1724152	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
1731166--1731285	23	5.3	23	91	4	190	32	26	20	20	1.97
1731166--1731285	45	2.7	45	88	3	188	32	26	20	20	1.97
1734546--1734623	38	2.1	37	97	2	147	33	0	24	42	1.55
1744807--1744965	27	5.9	27	82	11	184	33	22	24	19	1.97
1744825--1744968	54	2.7	54	94	2	245	34	22	25	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1746563--1746670	26	4.2	26	90	0	171	37	23	6	33	1.80
1753655--1753684	15	1.9	16	93	6	53	66	10	6	16	1.41
1763428--1763657	55	4.1	56	79	7	205	48	16	9	26	1.75
1763428--1763506	18	4.3	18	72	20	56	51	17	5	25	1.65
1763428--1763644	61	3.8	58	79	6	201	49	15	9	25	1.74
1763895--1763928	17	2.0	17	100	0	68	52	11	0	35	1.38
1779261--1779311	23	2.2	23	100	0	102	52	3	0	43	1.19
1787586--1787624	20	2.0	20	90	5	62	28	12	10	48	1.74
1787845--1787887	20	2.3	19	88	11	63	20	6	9	62	1.48
1792894--1792956	31	2.0	31	100	0	126	34	6	6	52	1.52
1804340--1804374	17	1.9	19	88	11	56	20	2	11	65	1.37
1807293--1807339	23	2.0	23	100	0	94	42	29	4	23	1.73
1808071--1808145	38	2.0	38	86	0	105	29	2	16	52	1.57
1820269--1820370	52	2.0	50	92	3	168	60	11	7	19	1.55
1825123--1825175	20	2.7	19	76	5	61	35	9	11	43	1.73
1830687--1830740	27	2.0	27	100	0	108	29	29	7	33	1.85
1831747--1831879	27	5.0	27	86	6	173	35	22	24	18	1.96
1831763--1831879	54	2.2	54	96	0	216	35	23	23	17	1.95
1833487--1833542	26	2.2	26	96	0	103	37	26	5	30	1.79
1835143--1835174	6	5.5	6	92	7	57	84	0	15	0	0.63
1836929--1836964	18	2.1	17	89	5	54	38	13	22	25	1.91
1836844--1837630	400	2.0	395	90	2	1256	32	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1837723--1837796	27	2.7	27	79	4	87	40	16	16	27	1.89
1847881--1847937	6	9.5	6	96	0	78	77	7	0	15	0.98
1847881--1847936	18	3.2	18	87	2	87	76	7	0	16	0.99
1857141--1857188	20	2.4	20	92	0	78	35	0	25	39	1.56
1857215--1857473	76	3.4	75	81	4	306	20	23	20	36	1.95
1857325--1857436	35	3.1	34	71	22	100	21	19	18	40	1.92
1862836--1862900	31	2.1	32	94	5	116	21	7	9	61	1.51
1863863--1863890	13	2.2	13	100	0	56	64	0	14	21	1.29
1864513--1864564	26	2.0	26	100	0	104	38	3	26	30	1.74
1865109--1865213	50	2.1	50	94	0	183	24	25	17	32	1.97
1865125--1865218	25	3.8	25	72	2	91	21	26	18	34	1.96
1866369--1866434	30	2.2	30	83	5	89	28	28	24	18	1.98
1872256--1872307	20	2.8	18	77	11	61	50	3	3	42	1.39
1878314--1878350	3	12.3	3	88	0	56	64	0	5	29	1.15
1880491--1880756	46	6.0	46	84	7	334	21	24	15	38	1.92
1880670--1880745	38	2.0	38	100	0	152	23	26	18	31	1.97
1883178--1883243	29	2.2	30	83	5	80	27	18	6	48	1.71
1891570--1891605	18	2.0	18	89	10	56	33	5	5	55	1.46
1893123--1893165	21	2.0	21	82	17	52	46	16	6	30	1.73
1894454--1894484	15	2.1	15	94	5	55	58	6	0	35	1.24
1895567--1895607	13	3.2	13	76	16	50	36	17	31	14	1.90
1899948--1900007	28	2.2	27	87	3	84	31	0	5	63	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1900863--1900913	14	3.6	15	79	10	54	39	5	11	43	1.66
1907934--1907985	21	2.4	21	72	15	52	7	11	25	55	1.61
1910275--1910317	21	2.0	21	95	0	77	27	0	37	34	1.57
1910298--1910330	16	2.1	16	94	0	57	33	0	36	30	1.58
1910309--1910403	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
1910565--1910599	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
1910484--1910755	144	1.9	147	93	3	478	46	3	3	46	1.37
1910709--1910743	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
1910724--1910911	61	3.1	61	68	14	190	49	6	2	41	1.41
1910692--1910914	120	1.9	120	96	0	410	49	6	2	41	1.41
1910829--1910863	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
1910904--1910950	17	2.9	16	78	18	53	46	2	6	44	1.40
1910923--1910956	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
1910989--1911183	93	2.1	92	87	4	277	46	4	4	44	1.43
1925963--1926002	20	2.0	20	85	0	53	37	15	7	40	1.75
1926736--1926809	31	2.4	30	82	8	94	54	5	0	40	1.24
1929959--1930002	21	2.2	20	84	8	54	40	9	4	45	1.56
1930973--1931119	48	3.0	49	96	3	278	42	6	12	38	1.67
1934848--1934989	66	2.2	66	96	2	259	17	23	13	45	1.84
1937656--1937699	12	3.7	12	96	0	79	6	22	43	27	1.78
1955622--1955646	12	2.1	12	100	0	50	36	8	0	56	1.29
1958280--1958352	36	2.0	36	100	0	146	47	8	21	21	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1962681--1962705	11	2.3	11	100	0	50	8	16	16	60	1.58
1962928--1963053	42	3.0	42	80	0	126	44	16	21	17	1.87
1970424--1970542	14	8.2	14	74	20	95	67	0	0	31	0.97
1970416--1970530	19	5.9	19	80	16	112	66	1	0	32	1.02
1970410--1970548	33	4.1	34	82	14	137	66	1	0	32	1.01
1970424--1970549	62	2.0	63	83	13	159	66	0	0	32	0.97
1970423--1970549	19	6.3	20	74	20	106	66	0	0	32	0.97
1970440--1970550	29	3.6	30	80	15	106	66	0	0	32	0.98
1970424--1970564	33	4.7	30	73	24	86	64	1	0	34	1.02
1970423--1970567	52	2.8	51	76	16	147	64	1	0	33	1.02
1970580--1970636	29	2.0	29	93	6	98	63	1	0	35	1.05
1970791--1970849	30	2.0	30	86	0	82	59	6	15	18	1.58
1971830--1971862	17	1.9	17	93	0	57	9	0	21	69	1.15
1972053--1972499	90	5.0	90	91	0	723	27	25	14	31	1.95
1972264--1972724	225	2.0	225	89	0	699	27	24	14	32	1.95
1972057--1972586	180	2.9	178	84	4	618	27	25	15	31	1.95
1972171--1972811	315	2.0	315	92	0	1048	27	25	14	32	1.95
1972486--1972844	90	4.0	90	90	0	565	27	25	15	31	1.96
1993778--1993823	23	2.0	23	91	0	74	23	10	15	50	1.75
1996881--1996953	36	2.1	34	82	10	85	53	9	17	19	1.71
2003263--2003304	21	2.0	21	86	9	59	38	2	0	59	1.10
2004184--2004237	15	3.3	15	74	18	54	44	0	1	53	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2004270--2004306	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
2004600--2004637	19	2.0	19	85	10	51	31	15	10	42	1.81
2005094--2005126	17	2.0	16	94	5	57	69	0	0	30	0.88
2005155--2005199	24	1.9	23	90	4	72	55	4	8	31	1.51
2005190--2005224	18	1.9	18	88	0	52	45	0	5	48	1.26
2005202--2005255	24	2.2	24	100	0	108	38	0	9	51	1.34
2005283--2005340	14	4.2	13	75	16	55	75	1	15	6	1.09
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2009100--2009479	34	11.3	33	80	7	372	36	19	14	30	1.91

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