genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.165.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53131363--53131533	93	1.8	93	88	0	261	22	19	27	29	1.98
53131763--53131800	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
53148877--53149045	46	3.7	46	75	10	155	31	28	16	23	1.96
53148878--53149048	93	1.8	93	86	2	245	30	29	16	22	1.96
53156443--53156613	93	1.8	93	89	2	272	29	28	21	21	1.98
53156438--53156610	46	3.7	46	77	11	192	30	27	20	21	1.98
53159012--53159161	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
53159036--53159219	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
53175066--53175145	40	2.0	40	100	0	160	25	10	27	37	1.88
53175066--53175155	40	2.2	40	94	0	144	24	11	25	38	1.88
53177787--53177855	34	2.0	34	94	0	120	36	15	28	18	1.92
53183483--53183519	15	2.5	15	95	0	65	35	10	5	48	1.61
53183848--53183890	18	2.4	18	77	14	54	53	0	6	39	1.28
53187510--53187969	232	2.0	232	95	0	821	42	20	7	29	1.79
53188436--53188583	46	3.2	46	78	11	160	32	20	22	24	1.98
53188432--53188593	23	7.1	23	76	14	106	33	19	22	24	1.97
53188432--53188583	69	2.2	69	81	10	179	33	19	22	24	1.97
53190983--53191020	16	2.4	16	95	0	67	50	2	0	47	1.15
53191048--53191089	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
53191052--53191088	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
53195240--53195277	18	2.1	18	90	0	58	28	28	2	39	1.70
53195722--53195777	21	2.6	22	72	8	62	17	12	42	26	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53195779--53195818	21	1.9	21	89	0	62	7	22	35	35	1.82
53196529--53196670	40	3.5	40	85	7	198	48	20	9	21	1.77
53198789--53198872	12	7.0	12	71	10	55	53	15	4	26	1.61
53198888--53198953	18	3.7	18	83	0	87	59	10	6	24	1.53
53198898--53198948	6	8.5	6	88	0	66	62	11	3	21	1.45
53199670--53199721	27	1.9	27	84	7	70	57	0	0	42	0.98
53207180--53207215	7	5.1	7	100	0	72	41	0	44	13	1.44
53208925--53208977	22	2.4	21	75	9	52	66	0	11	22	1.24
53211192--53211265	30	2.6	28	79	14	87	35	2	5	56	1.36
53211463--53211517	23	2.6	21	78	13	67	27	14	1	56	1.49
53211812--53211901	3	30.3	3	76	10	78	32	7	1	58	1.34
53211806--53211904	26	4.0	25	74	18	82	31	8	1	59	1.33
53215214--53215245	12	2.5	13	90	10	57	37	15	0	46	1.46
53216847--53216887	20	2.0	20	100	0	82	0	29	14	56	1.39
53217156--53217214	25	2.5	24	81	13	68	38	11	5	44	1.63
53217420--53217462	3	14.3	3	95	0	77	62	0	2	34	1.08
53219665--53219744	30	2.7	29	79	11	90	51	3	2	42	1.33
53227743--53227775	14	2.3	15	89	5	50	24	15	6	54	1.63
53234891--53234921	3	10.3	3	92	0	53	64	0	0	35	0.94
53235515--53235573	21	2.8	22	82	7	61	23	1	6	67	1.24
53235528--53235573	22	2.2	22	84	7	60	26	0	4	69	1.07
53235544--53235603	26	2.4	24	83	8	75	28	0	3	68	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53241005--53241069	27	2.4	27	89	0	94	21	27	13	36	1.92
53241159--53241337	31	5.8	31	89	0	268	26	26	18	28	1.98
53241330--53241442	33	3.5	33	82	4	140	25	23	13	38	1.91
53242528--53242570	21	2.0	21	100	0	86	37	18	9	34	1.83
53243144--53243193	11	4.5	11	80	14	66	60	4	0	36	1.16
53243141--53243190	23	2.3	21	89	6	73	60	4	0	36	1.16
53243412--53243455	24	1.9	23	86	9	63	29	18	4	47	1.68
53244528--53244629	49	2.1	48	92	1	168	30	5	14	49	1.67
53246877--53247735	151	5.7	151	91	2	1317	56	7	6	28	1.53
53247908--53247951	15	2.9	15	79	3	52	50	2	0	47	1.13
53248072--53248108	19	2.0	18	94	5	65	10	10	2	75	1.14
53248388--53248431	18	2.3	19	84	11	54	65	2	2	29	1.16
53251796--53251821	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
53252191--53252236	20	2.3	20	85	3	58	43	2	0	54	1.12
53252866--53252909	23	2.0	22	86	4	61	61	0	2	36	1.09
53267520--53267582	28	2.2	28	86	5	83	26	1	15	55	1.50
53267518--53267572	28	2.0	28	92	0	92	25	1	14	58	1.47
53267808--53267864	9	6.2	9	75	4	60	21	42	5	31	1.75
53268510--53268566	30	1.9	30	92	7	98	21	33	31	14	1.92
53269739--53269787	15	3.2	15	80	11	55	53	0	2	44	1.12
53272025--53272161	46	3.0	46	93	0	229	40	13	24	21	1.89
53272039--53272214	46	3.7	46	88	4	219	42	14	23	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53273816--53274029	46	4.6	46	88	4	259	42	14	21	20	1.88
53287443--53287468	12	2.2	12	100	0	52	50	23	0	26	1.50
53287834--53287909	38	2.0	38	100	0	152	34	7	10	47	1.67
53289335--53289364	13	2.4	13	94	5	53	23	0	6	70	1.11
53289611--53289817	43	4.8	43	92	0	324	26	18	31	24	1.97
53289892--53289958	31	2.2	31	83	0	80	59	17	4	17	1.53
53295814--53295932	9	12.6	9	74	10	94	31	1	20	47	1.60
53295814--53295921	48	2.2	48	85	0	144	31	1	21	45	1.62
53295838--53295915	39	2.0	39	89	0	120	30	1	21	46	1.60
53296052--53296758	241	2.9	241	97	0	1326	33	14	17	33	1.91
53296800--53296870	24	3.0	24	81	8	90	46	5	18	29	1.72
53296918--53297051	64	2.1	64	94	0	232	47	4	10	38	1.58
53300185--53300223	18	2.2	18	95	0	69	51	15	0	33	1.44
53300784--53300818	17	2.0	17	88	5	52	65	14	0	20	1.26
53300931--53301087	40	3.9	39	89	5	224	24	22	21	31	1.98
53300931--53301087	81	1.9	82	90	3	255	24	22	21	31	1.98
53312133--53312261	44	2.8	45	82	4	152	35	13	22	27	1.92
53328318--53328500	40	4.7	40	82	9	216	25	27	22	24	2.00
53328320--53328500	77	2.3	81	82	9	214	24	27	23	24	2.00
53329629--53329746	56	2.1	56	95	3	213	22	23	9	44	1.81
53335150--53335267	55	2.1	56	95	3	213	22	23	9	44	1.81
53352301--53352524	40	5.7	40	82	7	242	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53352301--53352524	79	2.8	77	81	6	252	25	27	21	25	1.99
53352456--53352533	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
53359862--53360085	40	5.7	40	82	7	242	25	27	21	25	1.99
53359862--53360085	79	2.8	77	81	6	252	25	27	21	25	1.99
53360017--53360094	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
53364828--53364867	4	10.0	4	100	0	80	25	0	25	50	1.50
53365868--53365903	6	6.2	6	96	3	65	83	0	0	16	0.65
53365868--53365913	18	2.6	17	86	6	65	78	0	2	19	0.86
53368614--53368804	50	3.8	50	78	6	208	25	19	27	28	1.99
53368614--53368807	49	3.9	49	81	6	221	25	19	27	27	1.99
53370454--53370516	23	2.8	21	77	15	63	73	4	6	15	1.21
53375255--53375350	30	3.2	30	90	0	147	16	30	28	25	1.97
53375277--53375350	15	4.9	15	65	12	53	17	28	27	27	1.98
53375255--53375371	30	3.9	30	83	6	130	14	27	30	27	1.95
53386381--53386424	22	2.0	22	100	0	88	27	9	9	54	1.62
53389670--53389729	31	1.9	31	83	10	77	45	5	11	38	1.63
53390354--53390650	34	9.8	30	69	23	162	36	1	19	42	1.60
53390354--53390496	64	2.2	64	92	2	234	36	2	19	41	1.63
53390477--53390517	22	1.9	22	95	5	75	48	0	14	36	1.44
53390402--53390579	85	2.1	84	89	3	268	38	0	18	42	1.55
53390494--53390650	62	2.5	64	84	7	198	36	0	19	43	1.56
53390546--53390678	35	4.0	34	70	19	91	34	0	21	42	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53390354--53390642	147	1.9	150	91	2	476	37	1	19	41	1.60
53390736--53391493	126	6.0	126	91	0	1158	38	16	17	27	1.90
53394998--53395039	18	2.3	18	87	0	57	40	7	28	23	1.81
53395100--53395158	30	2.0	30	89	0	91	11	10	44	33	1.75
53396616--53396701	19	4.6	19	67	20	56	66	2	2	29	1.16
53396634--53396716	18	4.6	18	67	24	59	63	2	1	32	1.15
53396595--53396718	54	2.3	54	95	0	221	62	2	1	33	1.17
53400083--53400156	36	2.1	36	100	0	148	27	5	21	45	1.73
53403867--53403923	17	3.2	18	72	7	53	71	1	7	19	1.17
53403924--53403979	27	2.1	27	93	0	94	14	32	30	23	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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