genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.212.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65995894--65995951	21	3.0	20	83	11	68	32	3	1	62	1.22
65996022--65996075	3	17.7	3	81	14	58	31	0	5	62	1.18
66002607--66002686	12	6.6	12	75	12	74	65	1	3	30	1.18
66002616--66002694	9	8.6	9	71	15	54	68	1	3	26	1.14
66003191--66003275	30	2.9	30	87	1	118	27	5	48	18	1.71
66004835--66004889	28	2.0	28	100	0	110	36	14	14	34	1.87
66008111--66008184	33	2.2	33	87	0	103	43	9	10	36	1.72
66013867--66013907	18	2.4	17	83	4	55	68	0	2	29	1.03
66016354--66016383	13	2.3	13	100	0	60	20	6	13	60	1.55
66017242--66017551	157	2.0	157	94	0	548	47	5	3	43	1.42
66017682--66017733	16	3.2	16	94	0	86	38	32	0	28	1.57
66031465--66031524	30	2.0	29	81	9	68	31	1	5	61	1.27
66034732--66034783	16	3.2	16	86	0	59	46	5	19	28	1.73
66034765--66034858	44	2.1	46	86	4	129	32	6	25	35	1.81
66035022--66035068	12	4.0	12	78	13	53	51	0	0	48	1.00
66036800--66036843	22	2.0	23	82	8	56	68	2	18	11	1.30
66041826--66041885	25	2.5	24	83	8	77	58	1	1	38	1.18
66041855--66041902	18	2.6	19	81	12	55	60	2	0	37	1.09
66041940--66041998	24	2.5	23	75	8	64	40	1	6	50	1.39
66042237--66042280	21	2.1	21	82	0	52	40	20	0	38	1.53
66043069--66043103	18	1.9	18	88	11	54	54	2	0	42	1.15
66045926--66046149	46	4.9	46	90	3	317	22	25	14	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66046561--66046658	49	2.0	49	100	0	196	46	18	4	30	1.67
66048345--66048390	16	2.8	17	83	6	58	13	13	0	73	1.09
66048341--66048378	10	3.7	10	86	13	51	5	15	0	78	0.91
66053377--66053450	36	2.1	36	86	0	103	33	20	24	21	1.97
66053402--66053450	18	2.7	18	70	0	53	36	22	22	18	1.95
66053459--66053493	17	2.1	17	89	5	54	34	22	22	20	1.97
66055048--66055092	22	2.0	23	83	12	58	33	2	4	60	1.29
66060757--66060878	31	3.9	31	86	0	163	27	17	25	29	1.97
66061098--66061125	10	2.8	10	100	0	56	32	10	21	35	1.88
66063080--66063124	21	2.1	22	83	4	56	60	0	13	26	1.34
66063320--66063522	94	2.2	94	87	1	282	37	12	17	32	1.87
66073879--66073928	21	2.5	21	83	6	59	78	10	6	6	1.10
66073879--66073933	19	2.8	19	79	12	51	78	9	5	7	1.10
66074074--66074160	9	10.3	9	67	18	53	60	0	37	1	1.04
66074073--66074138	23	2.9	22	81	4	78	66	0	31	1	1.01
66074604--66074675	17	4.4	17	77	7	60	68	4	6	20	1.31
66074720--66076713	298	6.7	298	92	3	3283	56	6	7	29	1.53
66075464--66075523	13	4.5	13	73	15	52	66	3	3	26	1.23
66075764--66075799	13	2.8	13	87	4	56	75	2	0	22	0.94
66074720--66076713	600	3.4	599	93	3	3351	56	6	7	29	1.53
66079266--66079304	17	2.3	17	91	8	62	46	10	10	33	1.72
66083134--66083195	26	2.5	25	85	10	83	46	9	8	35	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66083289--66083334	17	2.4	19	86	13	60	0	36	0	63	0.95
66083292--66083325	15	2.4	14	86	13	52	0	35	0	64	0.94
66083289--66083339	21	2.7	19	85	11	61	0	39	0	60	0.97
66083473--66083514	17	2.4	18	92	4	68	7	16	4	71	1.26
66085513--66085755	50	4.8	50	92	0	396	20	30	23	26	1.98
66085855--66085880	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
66086065--66086122	30	1.9	30	85	0	80	32	24	1	41	1.65
66093058--66093305	50	4.8	50	85	4	298	20	29	23	26	1.99
66093057--66093305	100	2.4	105	87	4	355	20	28	23	26	1.99
66093400--66093431	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
66093643--66093700	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
66098642--66098667	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
66101591--66101625	17	2.0	18	88	5	54	54	5	2	37	1.39
66101890--66101950	31	2.0	31	87	3	88	26	22	6	44	1.77
66103776--66103840	32	2.0	32	96	0	121	30	9	15	44	1.78
66104092--66104229	68	2.0	68	98	0	267	30	15	14	39	1.87
66107368--66107404	17	2.1	19	85	10	51	62	0	5	32	1.18
66107942--66108009	33	2.1	33	100	0	136	23	55	8	11	1.63
66107959--66108016	16	3.6	16	67	4	53	25	50	6	17	1.71
66108932--66108979	18	2.6	18	76	3	51	37	2	2	58	1.22
66112107--66112385	115	2.4	115	92	0	468	27	20	21	30	1.98
66112336--66112439	54	1.9	54	94	1	183	23	25	24	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66112221--66112709	154	3.0	169	86	9	740	27	21	20	30	1.98
66112505--66112605	39	2.6	39	87	4	132	27	21	19	30	1.98
66112544--66112846	116	2.6	115	86	2	394	28	19	19	32	1.96
66113232--66113263	11	2.9	11	95	0	55	21	0	40	37	1.54
66113304--66113332	7	4.1	7	100	0	58	13	13	31	41	1.84
66113290--66113332	21	2.0	21	82	8	52	16	9	34	39	1.80
66113334--66113380	14	3.3	14	75	13	51	29	0	27	42	1.56
66113475--66113519	14	3.2	14	87	6	65	22	0	26	51	1.49
66113481--66113548	28	2.4	29	80	7	68	25	1	25	48	1.60
66114324--66114409	41	2.1	41	84	0	109	44	15	18	22	1.87
66114352--66114448	41	2.4	41	82	3	106	43	18	14	23	1.87
66118680--66118928	23	10.9	23	82	4	256	32	4	22	40	1.75
66119165--66119211	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
66119475--66119619	43	3.4	43	94	1	247	24	20	31	24	1.98
66129964--66130110	46	3.3	45	92	4	244	18	22	13	45	1.84
66130139--66130253	46	2.5	46	90	2	178	23	21	15	39	1.92
66130224--66130281	28	2.1	27	93	3	98	22	18	22	36	1.95
66132171--66132278	51	2.1	51	100	0	216	1	36	3	58	1.27
66132265--66132302	15	2.5	15	83	12	51	5	13	0	81	0.85
66140720--66140777	18	3.2	18	85	0	80	37	13	15	32	1.87
66151063--66151316	126	2.0	127	90	2	402	33	25	18	22	1.97
66161498--66161543	24	1.9	24	90	0	74	21	6	0	71	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66161498--66161546	25	2.0	24	88	4	71	22	6	0	71	1.08
66161895--66161941	18	2.6	18	80	6	51	63	4	0	31	1.13
66164121--66164163	21	2.0	21	86	8	61	30	0	25	44	1.55
66166364--66166413	20	2.4	21	83	10	66	68	14	2	16	1.31
66172235--66172329	30	3.2	30	84	3	129	28	18	3	49	1.63
66172721--66172759	14	2.8	14	100	0	78	69	0	30	0	0.89
66172717--66172775	14	4.1	14	82	4	55	76	0	23	0	0.79
66172857--66172897	18	2.4	17	88	8	57	78	14	7	0	0.96
66172878--66172927	23	2.1	23	85	3	73	74	6	20	0	1.03
66172895--66172931	10	3.7	10	85	0	56	70	2	27	0	1.01
66172876--66172934	20	3.0	20	85	9	77	71	6	22	0	1.09
66173068--66173115	8	5.8	8	80	9	60	83	2	14	0	0.74
66173054--66173114	18	3.6	18	80	10	74	83	1	14	0	0.72
66173052--66173104	16	3.5	15	80	14	56	83	0	16	0	0.66
66173055--66173115	10	5.6	10	78	16	59	83	1	14	0	0.72
66173476--66173516	20	2.1	20	90	4	66	34	14	9	41	1.79
66173621--66174112	17	27.4	18	69	12	242	32	13	7	46	1.71
66173634--66174017	35	10.8	35	70	14	155	32	13	7	47	1.70
66173635--66173727	38	2.5	36	85	11	118	30	11	6	51	1.63
66173904--66173962	16	3.5	16	76	15	57	33	15	8	42	1.77
66173822--66174145	17	18.2	17	67	17	115	32	15	8	43	1.77
66174178--66174252	19	3.8	19	80	7	87	38	8	12	41	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66174180--66174251	20	3.6	20	80	14	78	40	8	12	38	1.73
66186031--66186522	70	7.5	69	65	18	264	30	13	20	35	1.91
66186031--66186840	192	4.2	193	97	0	1498	30	13	20	35	1.91
66186859--66186892	16	2.1	17	88	5	52	17	11	5	64	1.45
66186798--66187056	91	2.9	88	82	10	309	26	18	18	37	1.93
66187157--66187374	54	4.1	55	86	8	306	29	16	16	37	1.91
66187647--66187748	30	3.4	31	83	5	122	29	22	3	44	1.71
66188133--66188199	9	7.8	9	76	17	54	82	0	17	0	0.68
66188136--66188207	22	3.1	22	81	13	90	83	0	15	1	0.72
66188115--66188206	44	2.1	45	85	2	123	77	0	21	1	0.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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