genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.244.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   

This is table  244  of  250  ( 29906 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75674830--75674880	26	2.0	26	88	0	75	17	11	9	60	1.57
75676596--75676631	16	2.2	16	95	0	63	36	50	8	5	1.56
75676812--75676854	22	1.9	23	90	4	70	65	0	2	32	1.06
75676819--75676861	19	2.3	18	84	7	59	65	2	2	30	1.18
75676812--75676869	22	2.5	22	83	8	62	65	1	3	29	1.19
75677712--75677750	15	2.4	16	87	8	53	35	0	0	64	0.94
75678081--75678123	17	2.4	18	84	7	61	34	0	0	65	0.93
75678167--75678225	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12
75678196--75678255	26	2.4	24	81	8	66	30	0	3	66	1.07
75678199--75678256	25	2.3	26	79	5	66	29	0	3	67	1.07
75686615--75686655	17	2.5	17	92	4	66	34	0	0	65	0.93
75688298--75688340	15	3.1	14	81	12	54	69	0	0	30	0.88
75688298--75688356	15	4.1	14	77	16	50	69	0	0	30	0.89
75688463--75688520	26	2.2	25	82	11	64	58	3	6	31	1.41
75688469--75688616	26	5.3	26	69	10	89	60	5	5	29	1.41
75689211--75689268	18	3.4	17	77	13	57	58	5	8	27	1.49
75693055--75693087	17	1.9	17	93	0	57	66	0	0	33	0.92
75694166--75694208	19	2.2	21	84	12	56	44	2	2	51	1.27
75701353--75701377	6	4.2	6	100	0	50	20	16	48	16	1.82
75704053--75704181	27	5.0	26	75	10	97	60	7	6	24	1.49
75704053--75704152	49	2.0	49	82	7	119	60	6	7	27	1.46
75704135--75704194	26	2.4	25	80	2	75	65	8	5	21	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75706921--75706961	17	2.5	16	84	7	55	26	2	2	68	1.15
75711052--75711101	20	2.5	20	90	3	73	54	8	12	26	1.64
75712676--75712712	18	2.1	18	89	0	56	40	0	2	56	1.13
75724034--75724094	22	2.8	22	80	2	61	68	6	6	18	1.33
75724186--75724363	3	58.7	3	68	12	51	53	2	10	32	1.50
75724287--75724322	16	2.3	15	90	4	54	52	0	19	27	1.46
75725181--75725249	27	2.7	26	86	8	88	44	23	4	27	1.72
75725704--75725741	17	2.4	17	82	8	53	47	39	2	10	1.52
75734719--75734998	48	5.8	48	82	2	278	26	16	28	28	1.97
75734760--75735034	144	1.9	144	81	3	338	28	15	26	29	1.96
75736914--75737193	41	6.8	41	91	5	390	27	19	24	28	1.99
75746644--75746753	45	2.6	41	77	9	107	31	5	29	33	1.80
75746889--75746930	15	2.9	15	82	10	52	50	0	0	50	1.00
75746896--75747260	105	3.4	105	82	12	459	50	5	1	43	1.33
75746878--75747299	120	3.6	120	83	10	563	50	5	1	43	1.32
75746995--75747057	15	4.2	15	78	15	60	50	1	0	47	1.10
75746995--75747041	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
75747038--75747229	38	5.3	36	68	19	105	50	5	1	42	1.35
75748172--75748227	22	2.6	22	78	15	55	39	0	1	58	1.08
75748182--75748228	22	2.2	22	85	11	62	34	0	2	63	1.06
75748611--75748671	28	2.1	30	88	11	92	26	8	1	63	1.31
75752810--75752880	26	2.7	27	80	8	76	61	1	4	32	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75753748--75753772	5	5.0	5	100	0	50	20	80	0	0	0.72
75761461--75761503	23	1.9	23	85	4	61	58	2	6	32	1.38
75771036--75771100	34	2.0	34	81	6	80	32	26	15	26	1.95
75775853--75775960	26	4.2	26	90	0	180	36	23	7	33	1.83
75784752--75784789	19	1.9	21	89	10	62	36	0	5	57	1.21
75793873--75793899	7	3.9	7	100	0	54	59	0	0	40	0.98
75803696--75803738	18	2.4	19	80	7	54	58	2	0	39	1.11
75812101--75812140	13	3.1	13	81	0	53	40	7	5	47	1.54
75812410--75812434	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
75817920--75817947	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
75822440--75822495	27	2.1	27	100	0	112	28	10	3	57	1.49
75828867--75828908	15	2.8	15	85	0	57	57	7	2	33	1.39
75831346--75831376	14	2.2	14	100	0	62	51	19	12	16	1.76
75831492--75831528	4	9.2	4	100	0	74	24	0	24	51	1.49
75835295--75835337	18	2.3	19	88	4	61	30	4	0	65	1.13
75835408--75835464	24	2.5	23	78	13	55	22	15	5	56	1.60
75837152--75837218	33	2.0	33	97	0	125	41	16	11	29	1.84
75837780--75837841	25	2.5	25	94	2	108	43	12	6	37	1.69
75843307--75843377	21	3.5	21	76	3	74	35	29	22	12	1.91
75843594--75843678	29	3.0	28	89	3	125	47	30	3	18	1.66
75848330--75848391	29	2.1	30	87	6	90	32	3	12	51	1.56
75848339--75848398	29	2.1	29	87	0	84	31	3	13	51	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75850937--75850966	15	1.9	16	93	6	53	46	46	0	6	1.29
75852051--75852174	64	1.9	64	82	9	155	40	8	2	48	1.48
75867093--75867461	44	8.5	44	72	12	203	31	20	21	27	1.98
75867096--75867423	46	7.5	46	72	13	173	31	21	21	26	1.98
75867312--75867473	87	1.9	87	84	2	218	29	20	24	25	1.99
75867136--75867577	218	2.0	213	80	6	480	31	19	22	26	1.98
75868031--75868060	15	1.9	16	93	6	53	46	46	0	6	1.29
75871026--75871070	24	1.9	24	82	13	58	35	8	4	51	1.54
75873234--75873409	46	3.8	46	74	12	171	21	18	28	31	1.97
75873231--75873401	93	1.8	93	92	0	288	21	19	29	30	1.97
75876402--75876449	20	2.3	20	85	3	69	54	4	10	31	1.53
75876655--75876700	23	2.0	23	86	0	65	60	2	2	34	1.21
75888316--75888358	17	2.6	17	79	17	54	41	0	2	55	1.12
75893975--75894114	69	2.0	69	94	0	244	24	23	12	40	1.89
75898954--75899154	106	1.9	106	97	0	384	30	19	18	31	1.96
75907608--75907633	4	6.5	4	100	0	52	50	0	0	50	1.00
75909549--75909610	16	3.9	16	72	12	56	53	1	1	43	1.20
75915471--75915512	22	1.9	22	100	0	84	21	16	4	57	1.58
75916907--75916934	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
75918148--75918238	18	5.2	18	88	5	141	27	23	16	32	1.96
75918148--75918238	34	2.6	36	92	3	150	27	23	16	32	1.96
75923404--75923432	6	4.8	6	100	0	58	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75924504--75924568	30	2.2	29	89	8	96	60	0	6	33	1.22
75924502--75924567	15	4.4	15	81	12	82	60	0	6	33	1.21
75934101--75934303	13	16.3	12	73	16	114	35	2	0	61	1.13
75934112--75934306	3	64.0	3	70	23	108	35	2	0	61	1.12
75934141--75934304	44	3.6	45	73	21	123	35	2	0	60	1.14
75934133--75934304	48	3.9	45	76	17	150	36	2	0	61	1.13
75934586--75934632	15	3.3	14	80	11	51	31	2	0	65	1.04
75934589--75934644	27	2.0	29	83	13	73	35	3	0	60	1.14
75939234--75939274	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
75942073--75942129	25	2.2	25	79	17	64	21	36	3	38	1.70
75947765--75948555	117	6.7	118	88	2	1041	16	26	20	37	1.93
75947765--75948558	237	3.3	237	88	1	1137	16	26	20	37	1.93
75947765--75948555	354	2.2	356	89	1	1154	16	26	20	37	1.93
75950277--75950330	18	3.3	18	66	28	57	22	50	7	20	1.73
75950268--75950365	30	3.3	30	95	0	169	25	50	6	18	1.70
75950925--75951095	76	2.2	82	81	7	201	31	5	4	58	1.41
75950852--75951060	25	8.4	25	69	12	135	31	6	4	57	1.44
75951030--75951081	27	2.0	27	85	11	72	28	7	1	61	1.34
75951122--75951177	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
75953285--75953362	40	2.0	40	84	0	102	38	16	10	34	1.83
75954329--75954356	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
75954378--75954528	18	8.4	18	73	8	101	37	15	11	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75954378--75954528	36	4.2	36	75	8	137	37	15	11	36	1.83
75954745--75954769	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
75956386--75956417	5	6.4	5	100	0	64	59	0	0	40	0.97
75957798--75957824	6	4.5	6	100	0	54	48	14	18	18	1.82
75963310--75963334	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
75968097--75968334	51	4.7	51	88	1	318	17	25	19	37	1.93
75969842--75969887	18	2.5	19	76	16	51	36	0	0	63	0.95
75971732--75972227	51	9.7	52	75	4	483	15	27	19	37	1.92
75971732--75972232	102	4.9	102	89	1	718	15	27	19	36	1.93
75973922--75973947	12	2.2	12	100	0	52	38	30	7	23	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250