genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  82  of  250  ( 29906 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25974668--25974693	12	2.2	12	100	0	52	26	34	23	15	1.94
25980821--25980905	29	2.9	29	79	6	91	30	27	15	27	1.96
25981138--25981173	8	4.5	8	92	0	54	11	19	22	47	1.80
25984808--25984911	45	2.3	45	88	3	156	42	20	17	20	1.90
25984796--25984920	45	2.6	50	75	17	136	41	19	19	20	1.91
25985127--25985204	40	2.0	40	81	0	93	37	16	10	35	1.83
25985978--25986024	13	3.5	14	77	8	53	14	10	0	74	1.07
25992440--25992481	6	6.8	6	86	2	57	42	16	21	19	1.89
25992461--25992560	45	2.2	45	85	7	132	46	18	15	21	1.84
25993630--25993672	13	3.3	13	87	9	61	9	11	4	74	1.20
25993688--25993733	3	15.3	3	95	0	83	65	0	0	34	0.93
25993976--25994032	20	2.8	20	84	15	80	54	3	1	40	1.28
25993976--25994039	20	3.0	21	78	19	62	56	3	1	39	1.25
25995587--25995701	29	4.0	29	85	6	146	28	29	14	26	1.95
25995760--25995793	18	1.9	18	88	5	52	20	38	23	17	1.93
25996848--25996879	16	2.0	16	93	0	55	9	0	34	56	1.32
26008524--26008554	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
26008521--26008560	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
26008804--26008945	53	2.6	53	77	8	153	22	24	18	34	1.96
26011055--26011090	18	2.0	18	94	0	63	36	19	5	38	1.75
26016525--26016720	55	3.6	54	82	6	227	20	24	19	35	1.96
26020662--26020760	43	2.3	43	78	19	107	26	15	28	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26025536--26025586	25	2.0	25	100	0	102	45	3	15	35	1.65
26029017--26029185	93	1.8	91	91	2	275	28	28	19	22	1.98
26036123--26036294	46	3.7	46	76	10	188	28	26	20	23	1.99
26036128--26036298	93	1.8	93	92	0	288	28	27	21	23	1.99
26038786--26038845	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
26038813--26038950	67	2.0	67	87	2	195	30	22	28	18	1.97
26038882--26038933	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
26050429--26050647	43	5.1	43	88	2	309	31	32	22	13	1.92
26051061--26051143	41	2.0	41	97	0	157	25	18	12	44	1.84
26061083--26061254	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
26061076--26061251	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
26068611--26068780	42	3.8	42	76	16	164	28	28	21	20	1.98
26068653--26068784	46	2.8	49	78	15	161	29	28	20	21	1.98
26068617--26068784	93	1.8	90	91	5	275	27	29	22	20	1.98
26068618--26068800	46	4.0	44	73	17	144	28	28	21	21	1.98
26074557--26074624	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
26074726--26074804	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
26082713--26082780	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
26082882--26082960	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
26091644--26091685	6	7.2	6	83	2	50	14	4	2	78	1.01
26100390--26100459	22	3.3	22	64	11	65	28	27	20	24	1.99
26100324--26100547	40	5.6	40	92	2	353	25	26	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26100324--26100547	81	2.8	81	91	4	346	25	26	22	25	2.00
26104673--26104702	14	2.1	15	93	6	53	20	10	13	56	1.65
26110757--26110844	43	2.0	43	100	0	176	46	15	2	35	1.59
26113071--26113136	6	10.8	6	75	15	55	46	15	21	16	1.83
26113092--26113152	25	2.4	25	94	0	113	44	14	24	16	1.85
26113122--26113174	19	2.8	19	94	0	88	43	11	24	20	1.85
26113141--26113208	31	2.2	31	83	0	91	47	10	19	23	1.80
26113354--26113487	67	2.0	68	88	2	198	31	20	27	20	1.97
26113708--26113928	27	8.2	27	85	0	253	41	7	22	28	1.81
26113708--26113955	81	3.1	80	80	3	275	39	7	22	29	1.82
26113708--26113942	54	4.4	54	84	1	310	40	7	21	30	1.81
26115331--26115418	6	14.3	6	73	17	65	46	14	17	21	1.83
26115340--26115418	31	2.5	31	85	0	104	46	13	17	21	1.83
26115788--26115852	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
26116307--26116601	81	3.6	81	86	1	405	27	20	17	34	1.95
26116298--26116692	27	14.6	27	88	0	364	27	17	18	35	1.94
26116576--26116722	54	2.7	54	81	8	181	27	10	20	40	1.86
26116721--26116918	27	7.3	27	83	2	236	40	8	23	28	1.83
26116721--26116905	81	2.3	81	88	1	282	40	7	22	29	1.80
26116752--26116938	81	2.3	82	84	3	245	40	8	21	29	1.82
26116915--26117177	27	9.7	27	76	8	165	33	8	17	41	1.79
26116907--26117177	54	5.0	54	79	4	242	33	8	16	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26116973--26117177	81	2.5	80	83	9	231	32	7	17	42	1.78
26117760--26118323	307	1.8	307	91	0	941	31	28	12	27	1.93
26125333--26125595	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
26132651--26132911	40	6.6	40	86	4	307	26	27	20	24	1.99
26134335--26134508	26	6.8	26	92	0	264	26	21	24	28	1.99
26134652--26134743	42	2.2	42	88	3	132	31	13	20	34	1.91
26134767--26134850	31	2.7	31	90	1	125	29	16	25	28	1.97
26137711--26137752	20	2.1	20	86	0	57	42	11	0	45	1.41
26139903--26140004	49	2.1	49	90	1	161	21	23	19	35	1.96
26146740--26146780	16	2.6	16	88	0	64	48	14	21	14	1.80
26146992--26147106	29	4.0	28	79	2	113	28	15	26	28	1.96
26148178--26148211	18	1.9	18	88	5	52	41	20	8	29	1.82
26151243--26151293	16	3.2	16	82	0	57	50	17	19	11	1.76
26151504--26151617	29	4.0	28	83	7	115	28	14	28	28	1.96
26156397--26156514	27	4.4	27	85	2	148	27	15	18	38	1.91
26156411--26156526	54	2.1	54	80	3	126	26	17	19	36	1.94
26156912--26156956	18	2.5	18	89	7	65	17	20	15	46	1.84
26159123--26159295	46	3.7	46	77	11	183	21	19	27	31	1.97
26159120--26159290	93	1.8	93	88	2	263	21	19	28	30	1.97
26159520--26159557	19	2.0	20	85	15	53	34	0	26	39	1.57
26161556--26161718	43	3.8	43	79	8	170	30	25	18	25	1.98
26167002--26167111	6	17.8	6	69	15	73	48	11	20	20	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26167014--26167083	25	2.8	25	91	0	113	45	11	22	20	1.82
26167014--26167111	31	3.4	30	76	16	107	46	12	20	20	1.82
26167014--26167111	25	3.7	25	75	15	97	46	12	20	20	1.82
26167328--26167379	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
26167297--26167439	67	2.1	67	89	2	216	29	21	29	19	1.98
26167664--26167930	27	9.9	27	85	0	320	43	5	19	31	1.74
26167664--26167929	81	3.3	81	86	0	363	43	5	19	31	1.74
26167675--26167937	134	2.0	134	84	0	346	43	5	19	31	1.74
26175178--26175334	43	3.6	44	78	9	171	24	17	26	31	1.97
26183005--26183058	27	2.0	27	88	0	81	38	7	12	40	1.72
26183299--26183543	49	4.9	49	79	3	240	26	17	25	29	1.98
26190265--26190293	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
26195371--26195402	14	2.2	15	94	5	57	56	18	0	25	1.42
26198362--26198386	8	3.1	8	100	0	50	24	36	0	40	1.55
26198375--26198405	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
26198372--26198411	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
26198599--26198853	55	4.8	54	75	12	208	23	24	16	35	1.95
26203083--26203140	13	4.4	13	78	4	53	31	3	15	50	1.61
26203170--26203208	14	2.8	13	88	11	60	30	2	15	51	1.57
26208105--26208152	22	2.2	22	100	0	96	41	18	12	27	1.86
26211099--26211146	20	2.4	20	82	0	60	50	6	8	35	1.58
26213755--26213870	40	2.9	40	85	6	171	25	24	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26217187--26217498	81	3.9	81	80	5	278	47	10	10	31	1.73
26217259--26217536	81	3.4	80	79	3	250	45	10	12	32	1.75
26218156--26218204	20	2.5	20	86	0	62	53	8	8	30	1.60
26225892--26225985	10	10.0	10	72	18	53	46	1	5	46	1.32
26225860--26226074	65	3.3	65	92	3	360	44	0	8	46	1.40
26225955--26225985	9	3.3	9	91	8	53	54	0	0	45	0.99
26230695--26230741	20	2.3	20	96	0	85	44	4	17	34	1.68
26239121--26239156	18	2.1	17	89	5	54	58	11	16	13	1.63
26240185--26240356	47	3.7	44	78	15	186	26	21	29	22	1.99
26240183--26240356	94	1.9	93	87	3	260	26	21	29	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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