genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.121.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38938672--38938733	29	2.1	30	91	8	101	58	11	4	25	1.53
38939244--38939286	14	2.8	16	79	13	54	30	11	20	37	1.89
38939307--38939363	9	6.3	9	75	0	51	47	15	7	29	1.72
38939312--38939353	18	2.3	19	80	12	61	45	11	9	33	1.73
38939307--38939363	27	2.1	27	83	0	69	47	15	7	29	1.72
38940065--38940102	19	2.0	19	89	0	58	31	13	23	31	1.93
38941022--38941091	26	2.9	22	73	19	59	21	18	2	57	1.54
38940952--38941123	86	2.0	84	86	4	238	25	19	2	52	1.57
38940961--38941155	86	2.3	86	83	5	236	24	18	3	53	1.59
38942274--38942326	16	3.6	15	78	21	67	60	7	1	30	1.35
38944114--38944235	42	2.9	42	87	0	163	31	22	19	26	1.98
38944161--38944321	42	3.8	42	83	4	173	27	23	19	29	1.98
38944114--38944340	84	2.7	86	79	8	207	31	22	18	28	1.97
38945209--38945237	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
38950339--38950449	9	12.6	9	81	5	120	32	0	21	45	1.52
38951504--38951556	24	2.2	24	93	0	88	50	3	3	41	1.38
38952872--38952967	47	2.0	47	93	0	165	40	14	10	34	1.80
38953667--38953701	16	2.1	17	94	5	63	68	5	0	25	1.11
38954013--38954058	8	6.0	8	82	5	51	41	41	0	17	1.49
38954017--38954298	15	19.3	15	68	13	72	43	34	0	21	1.56
38954017--38954361	7	47.4	7	69	11	77	44	32	0	22	1.55
38954062--38954366	29	10.5	28	67	10	94	45	30	0	23	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38954108--38954283	80	2.2	80	94	2	309	43	32	0	22	1.58
38954690--38955184	155	3.3	151	77	11	525	30	21	18	29	1.97
38954841--38955092	139	1.8	139	89	1	398	29	21	20	28	1.98
38955099--38955209	40	2.8	39	80	4	123	27	21	16	34	1.95
38955181--38955233	27	2.0	27	88	0	79	20	13	20	45	1.84
38958062--38958203	46	3.1	44	81	6	140	23	19	26	31	1.98
38958052--38958187	23	5.9	23	83	5	141	23	19	25	30	1.98
38958052--38958187	69	2.0	69	84	5	177	23	19	25	30	1.98
38958049--38958203	23	6.7	23	81	5	118	24	18	24	32	1.97
38958051--38958203	69	2.2	69	81	4	175	24	18	24	31	1.98
38958194--38958269	25	3.2	25	62	24	63	17	19	21	42	1.90
38958650--38958724	36	2.1	36	94	0	132	44	8	13	34	1.73
38964118--38964354	27	8.9	27	78	9	227	38	19	10	31	1.86
38964109--38964354	80	3.1	79	88	2	325	38	20	10	30	1.86
38964311--38964693	54	7.1	54	82	2	466	38	17	18	26	1.92
38964338--38964694	27	13.3	27	87	0	410	37	17	18	25	1.93
38965289--38965363	6	12.3	6	75	13	73	21	17	12	49	1.78
38967872--38967973	29	3.6	29	87	1	143	29	28	15	26	1.96
38967863--38967973	58	1.9	58	87	1	161	28	28	15	27	1.96
38968196--38968239	16	2.8	16	82	0	52	13	22	15	47	1.81
38974797--38974911	29	4.0	28	77	6	106	25	26	18	29	1.98
38977610--38977705	38	2.5	38	77	9	106	35	19	15	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38980777--38980812	18	1.9	19	88	5	56	22	44	25	8	1.80
38982160--38982209	24	2.1	24	92	0	82	48	0	2	50	1.12
38982164--38982234	24	3.0	24	79	8	65	50	1	1	46	1.18
38985946--38985994	26	1.9	26	87	4	73	69	0	14	16	1.19
38985944--38986003	25	2.4	23	79	15	66	70	0	15	15	1.18
38986036--38986209	5	32.8	5	75	19	76	75	4	4	14	1.12
38986059--38986138	7	11.4	7	74	10	58	81	10	2	6	0.96
38986072--38986117	19	2.4	19	92	3	74	86	8	0	4	0.68
38986065--38986112	8	5.5	8	80	11	51	85	10	0	4	0.73
38986039--38986219	6	30.3	6	76	11	72	75	4	4	14	1.13
38986182--38986213	11	3.0	11	95	4	57	75	0	0	25	0.81
38988510--38988829	29	11.0	29	75	6	288	39	14	25	21	1.91
38988507--38988830	87	3.7	86	88	3	452	38	14	25	21	1.91
38996818--38996881	31	2.1	31	100	0	128	29	12	18	39	1.88
39005207--39005326	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
39006776--39007320	47	11.6	47	92	3	809	33	9	29	27	1.88
39007171--39007292	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
39009616--39009720	39	2.6	39	86	4	129	26	21	27	23	1.99
39009577--39009720	40	3.6	40	82	10	161	25	22	27	24	2.00
39009695--39010011	40	7.9	40	89	0	436	24	20	28	27	1.99
39009577--39010011	120	3.6	120	83	3	468	24	20	28	26	1.99
39011278--39011397	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39015727--39015766	20	2.0	20	90	5	62	60	0	30	10	1.30
39017862--39017909	3	16.0	3	95	0	87	33	2	0	64	1.05
39018681--39018739	18	3.0	20	82	9	68	62	1	27	8	1.33
39020449--39020517	31	2.2	31	82	10	79	23	27	21	27	1.99
39026485--39026523	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
39031037--39031068	16	2.0	16	93	0	55	53	0	6	40	1.26
39034038--39034087	26	1.9	25	84	15	66	22	14	22	42	1.88
39034065--39034168	29	3.8	27	72	16	63	25	15	25	34	1.95
39037644--39037682	13	3.1	12	85	10	51	69	2	12	15	1.30
39045719--39045890	79	2.2	78	84	7	222	24	22	28	25	1.99
39045666--39045888	40	5.6	38	78	10	189	25	21	27	25	2.00
39045746--39045923	79	2.2	80	82	3	200	25	22	27	24	2.00
39053298--39053469	79	2.2	78	83	7	213	25	22	28	24	1.99
39053245--39053467	40	5.6	39	79	7	207	25	21	27	24	1.99
39053325--39053502	79	2.2	80	82	3	200	25	22	28	23	1.99
39060866--39061037	79	2.2	78	83	7	213	25	22	28	24	1.99
39060813--39061035	40	5.6	39	79	7	207	25	21	27	24	1.99
39060893--39061070	79	2.2	80	82	3	200	25	22	28	23	1.99
39065684--39065962	48	5.8	47	80	5	299	36	26	16	20	1.93
39065667--39065961	96	3.1	96	86	1	367	36	26	16	20	1.94
39065675--39065958	144	2.0	144	85	1	390	36	26	16	19	1.93
39071190--39071304	29	4.0	29	82	6	128	28	29	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39071181--39071291	58	1.9	58	87	1	161	27	30	16	25	1.96
39071515--39071582	8	8.6	8	80	6	77	8	16	23	51	1.72
39071522--39071581	24	2.5	24	91	2	93	10	16	21	51	1.73
39073917--39074101	40	4.7	40	83	6	216	27	28	21	23	1.99
39073919--39074101	79	2.3	81	82	7	214	26	27	21	24	1.99
39082098--39082280	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
39082077--39082280	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
39087246--39087335	29	3.1	29	77	6	110	26	30	16	26	1.97
39087559--39087617	16	3.7	16	77	8	66	13	22	16	47	1.82
39087559--39087617	24	2.5	24	83	5	75	13	22	16	47	1.82
39088827--39088858	16	2.0	16	100	0	64	18	6	25	50	1.70
39090095--39090143	25	2.0	25	83	0	62	42	14	6	36	1.70
39101040--39101080	18	2.2	18	86	4	55	56	14	4	24	1.58
39104639--39104814	46	3.8	46	78	11	198	21	21	28	28	1.98
39104636--39104807	93	1.8	93	92	2	292	21	21	29	27	1.99
39107972--39108087	27	4.3	26	80	8	101	22	19	17	40	1.91
39108079--39108234	27	5.8	27	91	0	231	33	16	16	32	1.92
39108079--39108234	81	1.9	81	92	0	258	33	16	16	32	1.92
39118316--39118451	55	2.5	53	80	3	146	40	18	22	19	1.91
39118585--39118640	29	1.9	29	100	0	112	39	5	28	26	1.78
39125069--39125116	20	2.4	20	96	0	87	27	22	18	31	1.97
39129880--39129926	24	2.0	24	91	0	76	34	29	12	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39129890--39129952	24	2.6	24	89	0	90	31	34	14	19	1.91
39134748--39134799	26	2.0	26	100	0	104	38	15	7	38	1.76
39140437--39140565	39	3.2	39	69	6	123	28	26	20	24	1.99
39140476--39140607	42	3.2	41	68	14	119	28	26	18	26	1.98
39140423--39140606	81	2.3	81	92	1	307	28	27	18	25	1.98
39148505--39148578	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
39156595--39156668	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
39159643--39159767	39	3.1	38	72	10	124	28	25	21	24	1.99
39159665--39159796	42	3.2	42	72	6	144	28	28	19	22	1.98
39159625--39159810	81	2.3	81	93	1	311	28	27	19	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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