genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20210796--20210874	31	2.5	31	93	0	131	31	17	24	26	1.97
20213123--20213372	27	9.3	27	72	8	125	40	20	7	32	1.80
20213145--20213372	81	2.8	80	80	5	217	39	20	7	32	1.81
20213123--20213362	54	4.4	54	76	3	178	39	21	7	32	1.80
20213394--20213445	27	1.9	27	88	0	77	40	11	11	36	1.78
20213499--20213590	27	3.4	27	77	8	98	34	20	25	19	1.96
20214391--20214513	26	4.8	26	90	1	178	26	21	22	29	1.99
20214658--20214749	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
20214773--20214851	31	2.5	31	97	0	149	29	18	25	26	1.98
20217493--20217525	11	3.0	11	100	0	66	9	27	0	63	1.24
20225009--20225186	27	6.6	27	74	6	119	28	16	26	29	1.97
20225006--20225186	82	2.2	81	81	4	204	28	16	25	29	1.97
20255925--20256108	40	4.6	39	77	8	165	27	27	21	23	1.99
20255888--20256108	80	2.8	80	78	7	193	26	27	21	24	1.99
20255928--20256108	80	2.3	80	83	9	210	27	27	21	23	1.99
20257116--20257140	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
20259392--20259536	41	3.5	41	75	7	134	28	15	24	30	1.96
20261467--20261550	43	2.0	43	87	0	123	30	28	19	21	1.97
20261987--20262045	30	2.0	30	83	6	75	32	22	3	42	1.70
20270112--20270175	6	10.3	6	76	18	60	78	1	17	3	0.96
20270120--20270174	18	3.1	17	80	17	67	78	0	18	3	0.90
20270120--20270174	8	6.2	9	73	26	55	78	0	18	3	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20270112--20270183	36	2.0	37	86	8	103	76	1	19	2	0.99
20270121--20270191	21	3.3	21	71	22	58	74	0	21	4	0.98
20270145--20270191	20	2.3	20	85	10	60	72	0	23	4	1.02
20270112--20270181	20	3.7	20	77	14	69	77	1	18	2	0.97
20273320--20273356	19	2.0	19	94	5	67	21	5	13	59	1.54
20273338--20273393	27	2.0	27	82	3	67	33	8	10	46	1.70
20278499--20278660	30	5.5	30	76	11	147	40	10	27	21	1.86
20278471--20278700	88	2.6	89	86	2	320	39	13	25	21	1.89
20286385--20286652	104	2.6	105	93	1	450	18	20	30	30	1.96
20289664--20289861	27	7.3	27	79	0	198	30	23	8	37	1.84
20289672--20289861	81	2.3	81	88	0	299	31	22	7	38	1.82
20289865--20290016	27	5.6	27	83	3	110	40	21	9	28	1.85
20289893--20290043	54	2.8	53	81	4	178	41	21	7	28	1.81
20289893--20290044	27	5.6	27	84	6	159	41	21	7	28	1.81
20289893--20290042	81	1.9	81	84	5	205	42	21	8	28	1.81
20289893--20290100	54	3.8	54	80	8	172	41	20	7	30	1.80
20289999--20290129	27	4.8	27	79	10	122	41	18	7	32	1.78
20290939--20291026	43	2.0	43	100	0	176	26	14	20	38	1.91
20291077--20291159	25	3.4	24	85	8	96	27	20	25	26	1.99
20291077--20291173	25	4.0	23	82	10	79	26	20	24	27	1.99
20291366--20291448	31	2.7	30	85	3	103	31	15	22	30	1.95
20294373--20294409	19	2.0	19	94	5	67	21	5	13	59	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20294391--20294446	27	2.0	28	86	3	78	32	10	10	46	1.73
20299497--20299658	30	5.5	29	71	14	116	40	11	27	19	1.87
20299499--20299569	29	2.4	29	86	6	90	43	8	29	18	1.79
20299578--20299656	29	2.7	30	84	4	115	41	12	26	18	1.87
20299499--20299658	59	2.7	60	79	7	184	40	11	28	19	1.87
20299488--20299698	89	2.4	89	86	1	271	38	13	26	21	1.90
20301254--20301295	3	13.7	3	85	9	50	28	4	0	66	1.12
20304240--20304362	55	2.2	55	84	2	149	24	28	30	16	1.96
20309898--20310082	40	4.6	39	82	5	194	23	23	27	25	2.00
20309898--20310080	79	2.3	81	82	7	214	24	23	27	25	2.00
20309955--20310115	79	2.0	79	82	7	193	26	20	27	26	1.99
20316647--20316827	40	4.6	40	89	2	269	26	26	23	23	2.00
20323391--20323444	24	2.2	24	84	12	67	29	38	16	14	1.89
20331100--20331153	24	2.2	24	84	12	67	29	38	16	14	1.89
20335408--20335549	40	3.6	40	85	2	189	26	26	23	23	2.00
20348883--20349105	119	1.9	120	83	6	292	25	27	22	25	2.00
20348881--20349105	40	5.7	40	84	6	278	25	27	22	24	2.00
20352879--20353049	43	4.0	43	86	1	227	22	29	21	26	1.99
20357122--20357163	21	2.0	21	100	0	84	38	14	0	47	1.44
20361047--20361271	40	5.7	40	86	5	278	25	28	22	24	2.00
20361049--20361271	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
20363137--20363243	44	2.5	43	82	7	119	36	25	16	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20370781--20370923	43	3.3	43	77	7	130	34	20	17	27	1.95
20370779--20370918	44	3.3	42	74	11	124	32	20	17	28	1.96
20371207--20371254	15	3.1	15	79	5	51	47	14	0	37	1.44
20393423--20393522	51	2.0	51	82	4	121	33	25	17	25	1.96
20395830--20395915	33	2.6	33	76	9	84	25	20	26	26	1.99
20407943--20407994	25	2.1	25	100	0	104	13	25	19	42	1.87
20411846--20412028	40	4.6	39	80	5	190	25	22	27	24	2.00
20411902--20412063	79	2.1	79	81	6	186	27	19	27	24	1.99
20427069--20427194	49	2.6	49	85	3	164	21	28	22	27	1.99
20427995--20428045	23	2.3	23	86	3	68	49	27	5	17	1.70
20430339--20430403	32	2.0	32	100	0	130	27	27	9	35	1.87
20431396--20431746	50	7.0	50	79	2	355	29	25	18	26	1.98
20431410--20431741	101	3.3	101	87	0	452	29	24	18	26	1.98
20431398--20431787	50	7.7	50	78	3	300	30	24	17	26	1.98
20437228--20437288	30	2.0	30	87	0	86	29	22	8	39	1.83
20438982--20439021	21	2.0	20	85	14	55	35	12	22	30	1.91
20448406--20448456	12	4.2	12	90	5	68	50	3	0	45	1.20
20474137--20474243	40	2.7	40	84	5	119	25	27	21	26	1.99
20474180--20474323	40	3.6	40	80	9	125	26	27	22	24	2.00
20482096--20482204	42	2.6	43	83	11	122	24	26	21	27	1.99
20485889--20485958	25	2.8	25	95	0	122	25	22	24	27	2.00
20486853--20486904	27	1.9	27	88	7	79	34	9	13	42	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20486921--20487099	27	6.6	27	81	5	184	29	10	18	41	1.83
20486921--20487099	81	2.2	81	82	7	204	29	10	18	41	1.83
20487098--20487295	27	7.3	27	85	2	245	38	7	24	29	1.83
20487098--20487295	81	2.4	81	87	1	272	38	7	24	29	1.83
20487141--20487315	81	2.2	81	86	0	233	37	8	22	31	1.83
20507859--20508036	40	4.5	40	92	2	270	23	24	28	24	2.00
20516007--20516174	40	4.2	40	93	2	277	21	22	27	28	1.99
20531269--20531329	24	2.5	24	84	5	70	19	18	29	32	1.95
20533114--20533344	40	5.8	40	92	3	317	23	22	27	25	2.00
20541083--20541276	47	4.1	47	90	0	289	32	10	29	26	1.90
20541112--20541183	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
20541157--20541232	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
20541478--20541586	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
20542856--20543126	119	2.3	120	94	0	472	23	21	29	25	1.99
20542856--20543126	40	6.8	40	94	0	472	23	21	29	25	1.99
20547139--20547332	47	4.1	47	90	0	289	32	10	29	26	1.90
20547168--20547239	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
20547213--20547288	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
20547534--20547642	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
20549126--20549329	53	3.8	53	77	3	192	37	17	24	21	1.94
20553932--20553995	18	3.5	18	73	12	67	37	9	9	43	1.69
20565882--20566066	40	4.7	40	84	6	234	26	28	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20565884--20566066	79	2.3	81	84	7	232	26	27	21	24	1.99
20568024--20568214	40	4.8	40	89	4	176	27	26	20	25	1.99
20568022--20568213	80	2.4	80	84	3	235	28	26	20	24	1.99
20577370--20577552	79	2.3	81	85	7	241	25	27	22	24	2.00
20577349--20577552	40	5.1	40	83	8	247	25	27	22	24	1.99
20582632--20582687	29	1.9	29	88	0	85	25	21	19	33	1.97
20586134--20586180	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
20587847--20587874	7	4.0	7	100	0	56	71	0	0	28	0.86
20589488--20589563	34	2.2	35	92	2	127	47	6	3	42	1.48
20591068--20591124	27	2.1	27	100	0	114	28	17	15	38	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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