genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12004472--12004500	14	2.1	14	100	0	58	58	0	27	13	1.36
12006144--12006193	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
12010773--12010822	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
12012096--12012160	24	2.7	25	76	7	62	7	30	33	27	1.85
12012449--12013223	128	6.1	127	86	4	926	16	33	32	17	1.92
12012449--12013200	212	3.5	211	85	5	948	16	33	32	17	1.92
12012401--12013223	43	19.3	42	86	4	896	16	33	32	17	1.93
12026808--12026928	58	2.1	59	85	4	165	34	24	16	23	1.95
12031765--12031791	13	2.1	13	100	0	54	0	7	14	77	0.97
12036656--12036704	24	2.0	24	84	0	62	10	34	36	18	1.85
12036979--12037680	212	3.3	212	84	4	900	15	33	32	17	1.92
12036969--12037679	255	2.8	251	84	6	894	15	33	32	17	1.92
12036979--12037773	43	18.7	43	84	4	866	15	33	33	18	1.92
12041482--12041583	24	4.2	24	80	5	98	8	36	34	20	1.84
12041829--12042066	43	5.5	42	88	4	212	17	33	31	18	1.94
12041810--12042070	86	3.0	84	78	8	267	17	32	32	17	1.94
12041810--12042070	129	2.0	128	84	5	339	17	32	32	17	1.94
12042568--12042681	58	1.9	59	91	1	185	35	21	18	23	1.95
12049270--12049346	24	3.2	24	70	7	66	11	36	32	19	1.88
12060084--12060119	10	3.4	10	85	14	54	38	44	0	16	1.48
12061427--12061497	35	2.1	34	86	2	97	26	26	11	35	1.90
12064859--12064972	55	2.1	55	93	3	194	36	21	17	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12065709--12066400	120	5.7	120	82	12	771	16	34	32	16	1.91
12065709--12066405	41	17.4	40	82	11	756	16	34	32	16	1.91
12065709--12066400	161	4.3	160	81	11	737	16	34	32	16	1.91
12066390--12066482	42	2.3	40	85	7	116	15	30	36	18	1.91
12070355--12070400	12	3.8	12	82	2	56	10	8	6	73	1.23
12077300--12077350	25	2.0	26	88	3	77	76	1	7	13	1.09
12077314--12077347	13	2.6	13	100	0	68	82	0	5	11	0.83
12087087--12087207	58	2.1	59	92	1	199	33	24	18	23	1.97
12087612--12087671	21	2.7	21	82	7	66	6	35	38	20	1.79
12087957--12088730	43	18.2	43	87	4	970	14	32	34	17	1.91
12087957--12088730	170	4.5	171	85	5	991	14	32	34	17	1.91
12096625--12096745	58	2.1	59	88	1	181	33	23	17	24	1.96
12097147--12097225	24	3.3	24	78	8	81	7	36	35	20	1.81
12097453--12097535	43	1.9	43	80	9	98	20	31	30	18	1.96
12098907--12098971	25	2.6	25	95	0	112	20	35	10	33	1.87
12099180--12099273	48	2.0	48	87	8	138	40	27	12	19	1.88
12101696--12101789	48	2.0	48	87	8	138	40	27	12	19	1.88
12118005--12118043	20	2.0	20	100	0	78	35	7	35	20	1.81
12125350--12125511	75	2.1	76	85	1	218	29	30	15	25	1.96
12139950--12140356	43	9.6	43	74	7	310	20	30	29	18	1.97
12139950--12140356	128	3.2	127	82	1	474	20	30	29	18	1.97
12140057--12140355	85	3.5	84	77	9	268	21	30	29	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12140344--12140479	43	3.2	43	78	6	150	23	30	27	18	1.97
12144456--12144525	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
12144456--12144553	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
12164182--12164495	42	7.4	42	74	6	229	21	30	30	17	1.96
12164221--12164325	43	2.5	41	80	10	113	20	27	33	19	1.96
12164182--12164456	85	3.2	84	71	10	213	20	30	30	17	1.96
12166722--12166814	38	2.4	38	87	3	134	18	22	24	34	1.96
12167683--12167787	43	2.4	43	90	0	165	18	35	27	19	1.94
12174066--12174446	188	2.0	188	87	4	545	32	24	20	21	1.98
12183010--12183125	59	2.0	59	96	0	214	34	15	22	27	1.94
12190829--12190912	26	3.2	26	93	0	141	32	4	25	38	1.77
12192087--12192116	16	1.9	15	93	6	51	53	23	20	3	1.60
12192367--12192428	26	2.3	26	86	5	79	30	25	14	29	1.95
12192532--12192674	27	5.3	27	88	0	205	18	25	23	32	1.97
12192532--12192698	27	6.2	27	84	7	160	18	25	22	33	1.97
12192530--12192698	54	3.1	53	85	3	212	18	25	22	33	1.96
12192532--12192698	81	2.1	81	84	4	212	18	25	22	33	1.97
12192760--12192799	19	2.0	21	85	14	57	15	2	47	35	1.58
12196223--12196258	18	2.0	18	88	0	54	44	8	13	33	1.74
12197666--12197690	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
12198826--12198929	55	1.9	55	84	4	138	18	33	25	23	1.96
12201388--12201708	47	6.8	47	74	10	264	28	20	29	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12201388--12201708	94	3.4	93	78	10	361	28	20	29	20	1.98
12208213--12208237	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
12208956--12209265	47	6.6	46	73	12	236	29	19	27	23	1.98
12208956--12209403	94	4.8	94	78	8	416	29	18	27	23	1.98
12211073--12211218	35	4.2	34	73	5	85	28	10	20	40	1.86
12235856--12236119	46	5.6	47	77	12	165	29	17	29	23	1.97
12237376--12237532	42	3.7	43	76	9	142	25	21	26	26	2.00
12237373--12237532	85	1.9	86	85	3	225	25	21	26	26	2.00
12243490--12243595	38	2.8	38	82	2	133	22	22	24	30	1.99
12249646--12249681	18	2.0	18	88	0	54	41	8	22	27	1.82
12252444--12252611	46	3.6	44	78	9	183	30	19	27	22	1.98
12255926--12256064	42	3.2	41	82	9	136	25	20	28	26	1.99
12258430--12258489	22	2.7	22	85	10	70	53	1	0	45	1.10
12264457--12264490	5	6.8	5	86	0	50	79	0	5	14	0.91
12264921--12265004	41	2.1	41	97	2	161	53	5	14	26	1.63
12270650--12270764	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
12270650--12270783	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
12280908--12281131	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
12281460--12281523	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
12281467--12281523	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
12288380--12288431	26	2.0	26	92	0	86	28	34	21	15	1.94
12288392--12288542	72	2.1	71	91	2	241	30	29	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12288461--12288684	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
12289013--12289076	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
12289020--12289076	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
12293699--12293723	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
12301888--12301962	36	2.1	36	100	0	150	44	21	18	16	1.87
12301924--12302077	54	2.8	53	82	7	184	45	18	22	14	1.85
12303014--12303139	64	2.0	64	93	0	216	30	15	15	38	1.88
12303204--12304362	180	6.5	180	88	1	1541	30	17	23	28	1.97
12310874--12310966	38	2.4	38	96	3	168	36	5	0	58	1.21
12312142--12312190	14	3.4	14	85	5	62	51	0	4	44	1.20
12312156--12312221	33	1.9	35	85	14	93	50	0	6	43	1.27
12313804--12313833	14	2.1	14	93	0	51	30	20	6	43	1.77
12315102--12315131	12	2.6	11	94	5	51	53	0	6	40	1.27
12316105--12316276	94	1.8	94	81	2	211	36	18	21	24	1.95
12318702--12318777	37	2.1	37	92	0	125	28	28	19	22	1.98
12318986--12319421	47	9.1	47	88	5	620	25	30	12	31	1.93
12318986--12319399	194	2.1	195	90	4	653	25	29	12	31	1.93
12318986--12319421	147	3.0	145	92	2	709	25	30	12	31	1.93
12321363--12321541	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
12327946--12328029	26	3.3	26	70	18	86	57	2	14	26	1.50
12327937--12328010	24	3.0	25	69	21	73	60	2	13	22	1.45
12336871--12336916	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12336878--12336922	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
12338537--12338575	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
12338803--12338857	18	3.1	18	70	15	60	20	21	27	30	1.98
12345910--12345948	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
12346174--12346226	23	2.3	23	90	0	88	18	20	28	32	1.97
12352049--12352073	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
12352345--12352412	30	2.3	29	82	10	75	29	19	4	47	1.69
12353340--12353366	14	1.9	14	100	0	54	48	14	7	29	1.71
12354170--12354215	21	2.2	21	84	0	56	71	0	0	28	0.86
12357913--12358007	39	2.4	39	89	0	136	44	20	4	31	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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