genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24124380--24124560	40	4.6	40	80	8	178	25	28	20	24	1.99
24126410--24126584	46	3.8	46	75	13	187	30	29	19	20	1.97
24126417--24126588	93	1.8	93	92	0	290	29	29	19	20	1.97
24133920--24134047	46	2.8	47	91	3	206	28	29	21	19	1.98
24136669--24136918	40	6.3	40	85	3	292	26	26	23	24	2.00
24142470--24143051	47	12.4	47	93	0	885	33	8	30	28	1.86
24142666--24142788	22	5.3	22	62	21	63	32	9	30	27	1.89
24146401--24146430	8	3.8	8	90	0	51	50	23	23	3	1.64
24146843--24146929	27	3.3	26	85	7	113	18	22	22	35	1.95
24151526--24151561	17	2.1	18	89	5	56	69	0	16	13	1.19
24166533--24166585	22	2.3	23	87	9	74	37	22	7	32	1.82
24168429--24168489	26	2.4	26	83	8	81	50	3	8	37	1.48
24168440--24168497	16	3.4	17	78	9	64	46	3	6	43	1.47
24169206--24169234	14	2.0	15	93	6	51	41	37	0	20	1.53
24169265--24169318	14	3.9	14	75	0	54	48	27	0	24	1.52
24169461--24169565	7	14.9	7	71	5	59	40	34	0	24	1.62
24169526--24169577	21	2.5	21	87	0	68	36	34	1	26	1.68
24171619--24171794	45	3.8	46	77	7	205	28	28	20	22	1.98
24171627--24171795	92	1.8	92	91	2	277	27	29	20	21	1.98
24174179--24174226	15	3.2	15	80	11	62	58	14	14	12	1.64
24177158--24177328	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
24177150--24177325	46	3.8	46	78	10	205	29	28	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24180323--24180357	16	2.2	16	89	0	52	54	0	0	45	0.99
24180793--24180879	43	2.0	43	88	4	131	48	8	3	40	1.50
24181376--24181441	34	1.9	34	93	0	114	39	4	6	50	1.48
24183178--24183236	29	2.0	29	100	0	118	27	6	20	45	1.76
24185338--24185375	14	2.7	14	91	0	58	50	2	7	39	1.46
24194081--24194132	20	2.6	21	81	9	72	25	30	30	13	1.94
24200840--24200921	29	2.8	29	96	0	146	36	17	24	21	1.94
24203871--24203905	10	3.5	10	92	7	54	25	37	28	8	1.85
24204094--24204210	49	2.4	49	94	0	198	29	23	21	25	1.99
24204797--24204873	27	2.9	27	88	0	109	22	24	20	32	1.98
24204932--24205195	27	9.7	27	77	7	122	29	7	19	42	1.80
24205016--24205247	54	4.3	53	76	2	185	28	9	20	40	1.84
24204989--24205220	81	2.9	81	78	7	206	28	8	20	42	1.81
24205041--24205220	27	6.7	27	77	6	150	29	7	22	40	1.82
24205148--24205293	27	5.4	27	80	11	102	28	12	19	39	1.88
24205202--24205311	27	4.1	27	85	0	139	29	18	17	35	1.93
24217663--24217712	22	2.3	22	78	0	55	34	20	24	22	1.97
24219424--24219671	64	3.8	66	78	7	224	25	28	16	30	1.97
24229064--24229091	14	2.0	14	100	0	56	28	21	21	28	1.99
24229084--24229167	40	2.1	40	82	4	98	23	22	29	23	1.99
24239133--24239304	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
24239126--24239301	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24251638--24251806	93	1.8	92	82	5	216	29	24	13	32	1.93
24257515--24257559	18	2.4	19	81	7	56	46	6	4	42	1.50
24257682--24257720	12	2.9	14	77	14	55	23	7	0	69	1.14
24271421--24271463	20	2.2	20	87	8	61	16	4	0	79	0.90
24273552--24273599	24	2.0	25	91	4	80	41	0	0	58	0.98
24274873--24274943	24	3.0	24	95	0	124	35	1	38	25	1.65
24274873--24274966	48	1.9	48	81	10	111	35	4	37	23	1.75
24276358--24276470	27	4.2	26	84	8	136	16	23	23	37	1.94
24276358--24276470	55	2.1	54	86	5	156	16	23	23	37	1.94
24279133--24279334	94	2.1	95	87	0	289	27	19	30	22	1.98
24279129--24279491	47	7.7	46	70	11	200	27	18	30	23	1.98
24284654--24284803	75	2.0	75	89	2	230	46	9	14	30	1.75
24284951--24285090	71	2.0	71	90	2	219	39	8	8	43	1.66
24284808--24285228	209	2.0	211	90	4	674	39	8	6	45	1.60
24285019--24285272	138	1.8	137	89	0	348	40	8	5	44	1.59
24285967--24286023	27	2.1	27	100	0	114	50	22	3	22	1.64
24289491--24289530	20	2.0	20	100	0	80	30	25	25	20	1.99
24297509--24297686	46	3.8	46	77	4	196	28	28	20	21	1.98
24297516--24297688	93	1.9	93	91	0	283	27	29	20	21	1.98
24305592--24305680	44	2.0	44	91	4	144	40	13	13	32	1.83
24312125--24312202	30	2.6	30	77	4	86	28	19	24	28	1.98
24314342--24314384	12	3.6	12	80	0	50	9	23	0	67	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24315434--24315467	11	3.1	11	86	0	50	14	5	5	73	1.21
24320462--24320497	18	2.0	18	94	0	63	58	5	0	36	1.22
24321486--24321541	15	3.7	15	75	15	62	62	5	0	32	1.18
24325530--24325569	16	2.5	16	95	0	71	40	0	20	40	1.52
24332751--24332790	14	2.9	14	88	0	53	50	7	32	10	1.64
24338453--24338623	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.99
24338445--24338620	46	3.8	46	79	12	216	28	28	21	21	1.98
24342018--24342225	53	3.9	54	78	6	197	36	15	25	23	1.94
24342026--24342212	55	3.5	53	78	13	186	35	16	25	22	1.95
24346048--24346768	48	15.1	48	95	1	1254	36	5	27	30	1.80
24346915--24347023	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
24350290--24350378	44	2.0	44	95	0	160	41	7	14	35	1.75
24350825--24350858	16	2.1	16	100	0	68	32	0	11	55	1.36
24352985--24353187	54	3.8	54	79	7	223	36	17	24	20	1.94
24357055--24357196	53	2.6	54	82	2	169	37	19	23	19	1.94
24361441--24361470	15	2.1	14	93	6	51	50	6	10	33	1.62
24364689--24364732	23	2.0	22	86	4	61	52	27	4	15	1.63
24368170--24368328	43	3.7	43	76	10	155	23	17	25	33	1.96
24368170--24368315	42	3.4	42	78	6	134	23	17	24	34	1.96
24378231--24378408	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
24378231--24378408	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
24378252--24378407	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24386098--24386275	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
24386098--24386275	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
24386119--24386274	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
24422375--24422524	27	5.6	27	81	7	135	29	28	14	28	1.95
24422392--24422566	27	6.8	26	75	16	141	29	28	15	27	1.96
24430553--24430753	27	7.4	27	85	3	251	27	14	27	30	1.95
24437395--24437569	46	3.8	46	78	15	200	20	20	29	29	1.97
24447859--24448008	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
24447883--24448066	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
24451909--24452023	28	4.1	29	79	7	121	29	15	27	26	1.96
24459339--24459394	28	2.0	28	92	0	94	23	5	33	37	1.78
24459508--24459558	16	3.2	16	88	0	75	54	23	13	7	1.65
24459773--24459884	28	4.0	28	80	6	120	26	15	31	26	1.96
24459770--24459881	57	2.0	57	82	8	140	27	15	31	25	1.95
24464259--24464352	40	2.3	40	85	7	120	22	15	24	37	1.93
24465872--24465912	20	2.0	20	100	0	82	24	21	24	29	1.99
24471302--24471572	135	2.0	135	95	0	488	35	7	24	32	1.83
24471903--24472023	40	3.0	40	80	0	134	23	18	23	35	1.95
24472035--24472090	28	2.0	28	85	0	76	28	16	25	30	1.96
24472605--24472644	21	1.9	21	100	0	80	35	0	20	45	1.51
24475428--24475502	28	2.7	28	77	8	89	25	32	16	26	1.96
24483251--24483476	50	4.5	49	84	4	274	24	19	27	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24483247--24483476	101	2.3	99	86	3	300	24	19	27	28	1.99
24488846--24488892	23	2.0	23	95	0	85	40	4	25	29	1.75
24490616--24490848	51	4.6	50	85	5	260	24	19	25	30	1.98
24490666--24490861	100	1.9	101	84	8	265	24	19	25	30	1.98
24495775--24495907	46	2.9	46	90	1	214	24	18	21	36	1.95
24501108--24501184	39	2.0	39	100	0	154	44	12	10	32	1.77
24515800--24515865	33	2.0	33	96	0	123	39	15	22	22	1.91
24518813--24518861	19	2.5	20	75	18	50	26	10	0	63	1.26
24518834--24518868	16	2.1	16	89	5	52	28	8	2	60	1.41
24527273--24527393	39	3.1	39	91	0	188	23	29	24	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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