genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62273102--62273338	112	2.1	112	96	0	429	44	13	7	34	1.72
62282431--62282513	35	2.4	35	84	9	109	43	30	6	20	1.76
62282482--62282539	21	2.8	21	79	10	57	44	31	3	20	1.68
62283017--62283069	10	5.1	10	82	8	70	37	1	1	58	1.20
62283186--62283225	18	2.2	19	86	13	66	32	5	7	55	1.50
62299227--62299336	51	2.2	51	91	3	177	26	22	16	34	1.95
62306921--62307081	51	3.2	51	95	0	268	28	23	15	32	1.95
62309640--62309794	60	2.6	59	79	11	163	54	1	0	43	1.16
62316909--62316952	19	2.3	19	96	0	79	68	2	0	29	1.02
62317024--62317049	8	3.2	8	100	0	52	15	0	11	73	1.11
62317024--62317073	16	3.1	16	83	13	59	22	0	6	72	1.07
62317461--62317539	40	2.0	40	97	0	149	39	7	15	37	1.76
62323239--62323420	46	4.0	46	89	1	240	40	14	24	20	1.90
62323681--62323727	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
62330700--62330726	12	2.2	12	100	0	54	22	11	22	44	1.84
62332320--62332373	26	2.1	26	100	0	108	35	20	0	44	1.52
62333907--62333931	12	2.1	12	100	0	50	40	16	16	28	1.89
62334323--62334433	54	2.1	54	100	0	222	25	15	9	50	1.73
62335153--62335203	9	6.0	9	80	11	63	60	0	0	39	0.97
62336873--62336910	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
62338815--62339083	46	5.9	46	89	1	389	39	14	23	23	1.91
62340947--62340976	14	2.1	14	100	0	60	30	20	13	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62345212--62345256	14	3.0	14	78	15	54	68	0	6	24	1.13
62346408--62346449	20	2.1	21	82	8	52	35	0	9	54	1.33
62346544--62346588	22	2.0	22	100	0	90	64	8	8	17	1.47
62352166--62352197	12	2.6	13	85	14	50	15	12	31	40	1.85
62357814--62357967	80	1.9	81	81	4	186	42	8	5	43	1.57
62357814--62357991	80	2.3	81	77	7	179	44	9	4	41	1.57
62359278--62359331	17	3.1	17	75	15	56	42	0	9	48	1.35
62361562--62361597	15	2.6	13	84	16	54	69	0	2	27	1.02
62361562--62361597	14	2.6	14	87	12	56	69	0	2	27	1.02
62362068--62362121	13	4.2	13	80	2	65	37	3	1	57	1.27
62364242--62364283	20	2.1	20	100	0	84	50	14	4	30	1.63
62368369--62368516	51	2.9	51	84	2	190	28	23	15	32	1.95
62368540--62368656	24	4.5	28	79	16	151	26	23	14	35	1.94
62368540--62368656	52	2.2	52	93	0	207	26	23	14	35	1.94
62370146--62370183	12	3.0	13	76	7	51	57	2	0	39	1.12
62371608--62371641	17	1.9	18	94	5	61	76	5	5	11	1.14
62371573--62371645	32	2.3	32	83	9	87	71	5	5	17	1.25
62372328--62372410	41	2.0	41	100	0	166	33	16	16	32	1.92
62373771--62373846	7	10.9	7	89	0	98	43	6	26	23	1.78
62376294--62376347	28	1.9	28	85	7	74	7	0	12	79	0.92
62376301--62376358	27	2.1	27	81	6	64	10	1	8	79	1.01
62376300--62376362	28	2.3	26	81	10	72	11	1	7	79	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62377674--62377721	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
62378527--62378562	14	2.6	14	100	0	72	36	19	8	36	1.82
62379397--62379473	33	2.3	33	84	0	91	22	41	18	18	1.90
62383386--62383435	12	4.2	12	80	10	66	62	18	0	20	1.34
62383389--62383442	12	4.5	12	79	9	65	61	16	0	22	1.35
62383729--62383771	13	3.2	13	80	12	52	2	25	0	72	0.97
62384646--62384683	20	1.9	20	88	0	58	55	0	7	36	1.29
62386153--62386181	6	4.8	6	100	0	58	17	65	0	17	1.27
62386875--62386944	34	2.1	34	100	0	140	44	21	20	14	1.86
62391718--62391776	18	3.2	18	70	15	57	37	16	8	37	1.80
62392318--62392369	25	2.1	25	85	7	70	80	1	5	11	0.96
62392904--62392965	31	2.0	31	100	0	124	38	16	3	41	1.64
62396993--62397104	36	3.1	36	78	0	116	36	15	12	35	1.85
62396993--62397083	18	5.1	18	73	0	74	36	16	12	35	1.86
62398019--62398052	11	3.0	11	87	8	50	29	11	0	58	1.33
62398523--62398564	13	3.2	13	81	18	52	52	2	0	45	1.13
62400690--62400718	13	2.1	14	93	6	51	51	6	0	41	1.28
62405985--62406091	53	2.0	54	94	1	189	32	17	14	35	1.90
62408757--62408788	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
62424414--62424454	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
62429157--62429546	131	3.0	131	84	5	477	35	18	18	26	1.94
62438527--62438566	19	2.2	18	86	4	53	42	10	5	42	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62443077--62443166	42	2.1	42	93	0	153	52	13	5	28	1.63
62443191--62443230	19	2.2	18	90	4	62	42	12	2	42	1.56
62458855--62459096	121	2.0	121	94	1	423	39	4	12	42	1.64
62459584--62459613	3	10.0	3	100	0	60	0	33	33	33	1.58
62461113--62461147	16	2.2	16	94	0	61	48	20	11	20	1.79
62462343--62462400	24	2.4	24	100	0	116	3	12	32	51	1.56
62473581--62473620	17	2.3	19	79	16	50	45	12	17	25	1.83
62483583--62483609	12	2.2	12	100	0	54	22	0	0	77	0.76
62483583--62483616	12	2.6	13	90	9	52	29	0	0	70	0.87
62499392--62499438	12	4.2	12	74	20	57	48	12	0	38	1.41
62499403--62499441	20	2.0	20	100	0	78	43	10	0	46	1.37
62511296--62511333	17	2.3	17	86	4	51	47	2	2	47	1.30
62516335--62516372	17	2.2	18	85	4	51	31	26	5	36	1.79
62517430--62517527	3	32.3	3	79	6	99	30	7	2	60	1.35
62517663--62517731	36	2.0	34	83	11	86	36	7	1	55	1.37
62517834--62517864	14	2.2	14	94	0	53	16	0	0	83	0.64
62528832--62528864	1	33.0	1	100	0	66	100	0	0	0	0.00
62530073--62530700	44	14.6	44	71	13	291	30	20	21	26	1.98
62530114--62530386	124	2.2	124	99	0	537	31	20	19	28	1.97
62530239--62530651	174	2.4	170	86	5	562	30	20	22	26	1.98
62530324--62530696	87	4.3	87	73	8	303	29	21	22	26	1.99
62530324--62530700	46	8.6	45	72	12	209	29	21	23	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62530413--62530664	131	1.9	128	79	7	276	28	21	24	26	1.99
62530239--62530701	174	2.7	174	83	4	485	30	20	22	26	1.99
62531995--62532089	3	31.3	3	78	6	93	30	7	2	60	1.36
62532225--62532293	36	2.0	34	83	11	86	36	7	1	55	1.37
62532396--62532426	14	2.2	14	94	0	53	16	0	0	83	0.64
62534884--62535068	92	2.0	93	96	1	345	15	11	17	55	1.69
62541218--62541258	20	2.0	21	85	4	57	41	2	2	53	1.27
62541779--62541828	20	2.4	22	80	16	61	64	0	4	32	1.12
62541988--62542049	30	2.1	30	85	8	83	41	12	8	37	1.73
62542174--62542251	29	2.6	29	79	6	84	50	15	6	28	1.68
62547800--62547877	35	2.2	35	82	8	88	51	7	1	39	1.39
62562703--62562735	16	2.1	16	100	0	66	21	18	36	24	1.95
62566147--62566179	14	2.4	14	95	5	59	36	27	0	36	1.57
62570671--62570714	22	2.0	22	95	0	79	45	20	13	20	1.85
62572415--62572446	13	2.5	13	94	0	55	9	15	21	53	1.70
62574176--62574203	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
62594605--62594745	42	3.4	42	78	3	122	18	21	14	45	1.85
62597232--62597292	31	2.0	31	100	0	122	29	22	3	44	1.69
62600649--62600694	16	2.8	17	80	12	60	52	0	47	0	1.00
62615093--62615180	39	2.3	39	75	13	92	36	1	5	56	1.30
62619584--62619643	32	1.9	30	83	6	75	45	3	0	51	1.17
62620132--62620170	19	2.1	19	100	0	78	15	30	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62621024--62621079	28	2.0	28	82	6	69	55	0	0	44	0.99
62621045--62621085	20	2.0	21	85	4	57	58	0	0	41	0.98
62626548--62626631	21	3.8	20	75	20	53	38	1	2	58	1.19
62626588--62626677	21	4.1	22	69	21	73	37	2	0	60	1.09
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62626991--62627059	31	2.1	34	89	7	108	39	0	1	59	1.06
62627024--62627085	22	3.0	20	78	17	63	43	0	1	54	1.09
62627024--62627083	23	2.8	21	80	14	61	41	0	1	56	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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