genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68775647--68775676	14	2.1	14	93	0	51	40	13	13	33	1.83
68779459--68779494	18	2.0	18	88	0	54	61	0	2	36	1.11
68780247--68780303	28	2.2	26	84	9	71	70	5	3	21	1.22
68780244--68780305	27	2.3	27	78	15	74	69	4	3	22	1.22
68780244--68780312	27	2.6	27	72	21	63	69	5	2	21	1.23
68780724--68780802	29	2.9	29	69	17	80	30	3	1	64	1.19
68785773--68785798	13	2.0	13	100	0	52	38	7	23	30	1.83
68788553--68788592	21	1.9	21	89	0	62	47	5	10	37	1.59
68794210--68794330	38	3.1	38	85	2	152	34	24	19	20	1.96
68797361--68797408	23	2.1	23	88	7	71	41	0	16	41	1.48
68798951--68798981	3	10.7	3	93	6	55	32	0	0	67	0.91
68800174--68800200	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
68802303--68802357	28	2.0	28	92	0	92	23	0	10	65	1.24
68808443--68808580	10	14.4	9	71	19	77	64	1	2	31	1.17
68808451--68808540	19	4.8	18	80	12	76	66	2	1	30	1.11
68808453--68808545	29	3.2	29	75	10	93	65	2	1	31	1.11
68808470--68808602	58	2.3	58	84	8	173	63	1	3	31	1.21
68808567--68808611	21	2.1	21	84	8	56	62	2	8	26	1.37
68808834--68808909	9	8.1	9	69	22	50	34	2	0	63	1.09
68808843--68808885	21	2.1	20	86	4	59	32	2	0	65	1.06
68808864--68808904	9	4.7	9	85	14	59	31	0	0	68	0.90
68808865--68808902	16	2.2	18	90	9	62	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68808863--68808921	25	2.2	25	80	16	66	30	3	0	66	1.08
68808833--68808924	28	3.4	25	78	15	78	33	3	0	63	1.11
68809187--68809212	9	2.9	9	100	0	52	0	42	0	57	0.98
68809794--68809906	6	18.8	6	92	0	163	4	49	15	30	1.64
68813421--68813495	28	2.6	27	83	10	80	54	2	5	37	1.37
68830434--68830458	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
68833829--68833946	57	2.1	57	93	0	200	44	16	11	28	1.81
68842275--68842409	68	2.0	68	100	0	270	31	17	26	24	1.97
68842417--68842485	31	2.3	31	85	5	88	50	15	13	20	1.77
68843069--68843102	16	2.1	16	88	0	50	32	8	14	44	1.76
68848088--68848125	18	2.1	19	85	14	53	5	7	5	81	0.98
68850082--68850123	18	2.3	19	87	4	59	54	0	0	45	0.99
68856373--68856407	14	2.5	14	95	0	61	65	2	5	25	1.28
68858547--68858577	6	5.2	6	96	0	53	35	35	12	16	1.87
68866865--68866897	13	2.5	14	85	14	52	48	6	6	39	1.53
68867861--68867962	30	3.4	31	81	5	113	30	22	2	44	1.68
68868351--68868403	14	3.8	14	80	5	63	81	0	18	0	0.70
68868488--68868525	17	2.4	16	86	8	51	78	13	7	0	0.94
68868523--68868559	10	3.7	10	85	0	56	70	2	27	0	1.01
68868512--68868562	20	2.5	21	90	3	77	66	7	25	0	1.18
68868683--68868743	10	5.6	10	78	16	59	83	1	13	1	0.79
68868696--68868743	8	5.8	8	80	9	60	83	2	14	0	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68868680--68868732	16	3.5	15	80	14	56	83	0	15	1	0.74
68868696--68868742	24	2.0	24	87	8	69	82	2	14	0	0.75
68868685--68868743	18	3.4	17	79	11	66	83	1	13	1	0.81
68869105--68869146	21	2.0	20	90	4	66	35	14	9	40	1.78
68869105--68869146	20	2.1	19	86	8	57	35	14	9	40	1.78
68869252--68869339	38	2.4	37	83	10	110	29	11	6	52	1.63
68869251--68869723	17	26.3	18	66	17	164	32	13	7	46	1.71
68869516--68869574	16	3.5	16	76	15	57	33	15	8	42	1.77
68869251--68869726	18	26.4	18	65	18	113	32	13	7	46	1.71
68869792--68869866	19	3.8	19	84	7	96	40	8	10	41	1.69
68869844--68869968	17	7.1	17	63	21	53	32	10	12	44	1.76
68869740--68869865	20	5.9	19	69	24	67	38	11	9	40	1.73
68869846--68869876	16	1.9	16	93	0	53	25	12	12	48	1.77
68869798--68869903	21	5.5	19	69	23	62	39	8	9	42	1.68
68881955--68882527	73	8.1	72	90	5	861	30	16	18	35	1.93
68881955--68883014	143	7.6	143	82	12	1205	30	16	18	34	1.93
68882576--68883018	71	6.2	72	83	13	538	31	17	18	33	1.94
68883096--68883128	14	2.4	14	95	5	59	12	9	9	69	1.36
68883219--68883367	55	2.8	54	87	7	198	32	14	18	34	1.91
68883387--68883420	16	2.1	17	88	5	52	17	11	5	64	1.45
68883326--68883727	87	4.5	88	79	12	397	27	17	17	36	1.93
68883686--68883883	102	1.9	102	87	4	292	31	16	17	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68883673--68883883	54	4.0	53	83	9	272	30	16	16	36	1.91
68884151--68884252	30	3.4	31	81	5	113	30	22	2	44	1.68
68884627--68884678	9	5.8	9	75	8	52	78	0	21	0	0.74
68884631--68884681	13	3.8	13	80	10	59	80	0	19	0	0.71
68884609--68884687	41	1.9	42	82	7	99	74	0	24	1	0.89
68884788--68884838	21	2.3	23	90	10	88	64	9	25	0	1.24
68884957--68885012	9	6.6	8	78	14	51	82	1	16	0	0.76
68884958--68885013	18	3.4	17	78	14	71	80	1	17	0	0.80
68885160--68885204	5	9.0	5	90	0	54	33	2	0	64	1.06
68885368--68885408	20	2.0	20	90	9	66	36	14	9	39	1.79
68885513--68886000	17	27.4	18	68	13	224	32	13	7	46	1.71
68885526--68885644	33	3.4	36	78	16	117	32	10	5	51	1.59
68885716--68885908	87	2.2	86	80	9	214	30	15	8	45	1.77
68885794--68885923	53	2.5	52	87	6	176	32	16	6	45	1.72
68886066--68886121	18	3.0	18	87	7	85	44	5	10	39	1.62
68886068--68886125	20	3.0	19	87	9	82	44	6	10	37	1.65
68886117--68886240	18	7.1	18	62	18	57	32	10	12	45	1.75
68886014--68886138	20	5.9	19	70	25	74	39	11	9	40	1.74
68886059--68886177	38	3.2	37	74	21	97	38	7	9	44	1.65
68893829--68893861	18	1.9	18	88	11	52	36	0	9	54	1.32
68898323--68898363	14	3.2	14	80	19	54	63	0	0	36	0.95
68898342--68898378	15	2.4	16	86	13	51	64	0	2	32	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68898330--68898366	18	2.1	18	89	0	56	64	0	0	35	0.94
68908888--68908940	21	2.7	19	76	21	63	58	1	3	35	1.27
68908947--68909053	38	2.9	37	74	15	114	62	3	1	31	1.23
68908954--68908997	19	2.2	20	80	4	54	61	4	2	31	1.28
68908947--68909053	37	2.9	35	72	15	99	62	3	1	31	1.23
68909100--68909161	18	3.3	18	82	13	63	70	3	1	24	1.10
68908947--68909145	9	21.2	9	65	19	54	63	3	2	30	1.24
68909418--68909456	19	2.1	19	85	9	53	20	12	0	66	1.24
68909423--68909486	28	2.2	30	86	5	87	29	6	0	64	1.18
68909458--68909505	21	2.3	20	80	16	53	35	4	0	60	1.16
68909485--68909533	25	2.0	25	83	0	62	34	4	2	59	1.28
68909557--68909602	17	2.9	16	84	15	53	28	2	2	67	1.14
68910438--68910480	14	3.1	14	84	12	54	48	0	0	51	1.00
68910450--68910480	14	2.1	15	94	5	55	48	0	0	51	1.00
68912986--68913019	18	1.9	18	88	5	52	58	2	0	38	1.13
68927024--68927056	3	11.0	3	100	0	66	33	33	0	33	1.58
68930770--68930798	14	2.1	14	93	6	51	13	3	0	82	0.79
68936129--68936172	19	2.4	18	85	7	54	36	0	4	59	1.18
68936772--68936842	29	2.4	30	80	4	90	43	14	8	33	1.75
68941218--68941270	26	1.9	28	85	11	74	33	0	7	58	1.26
68941216--68941289	29	2.5	29	79	18	82	35	0	5	59	1.20
68941228--68941280	26	2.0	27	81	7	63	35	0	7	56	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68941216--68941286	28	2.5	27	80	13	72	35	0	5	59	1.21
68943625--68943720	48	2.0	48	100	0	192	18	18	22	39	1.92
68944432--68944490	30	2.0	30	89	0	91	25	5	10	59	1.50
68952983--68953022	19	2.1	19	85	0	53	40	20	7	32	1.80
68953784--68953866	39	2.1	39	88	0	121	21	18	38	21	1.93
68954551--68954618	29	2.3	30	87	2	93	48	5	5	39	1.52
68959092--68959128	19	1.9	19	88	0	56	62	0	13	24	1.31
68965521--68965648	9	13.4	9	65	16	53	32	2	0	64	1.12
68965522--68965650	28	4.5	28	72	14	102	32	2	0	64	1.12
68965507--68965619	57	2.0	57	86	6	158	30	3	1	64	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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