genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19367624--19367698	6	12.3	6	75	13	73	17	20	14	48	1.82
19367603--19367677	19	3.7	19	77	16	78	20	22	12	45	1.83
19367593--19367695	43	2.6	37	73	16	107	19	21	10	48	1.79
19367603--19367686	43	2.0	43	87	0	123	20	21	11	46	1.82
19369560--19369642	27	3.1	27	87	0	112	33	16	20	28	1.95
19369624--19369719	27	3.6	27	88	2	113	40	18	9	31	1.83
19369597--19369720	54	2.3	55	76	9	130	39	18	12	29	1.87
19369673--19369778	27	3.9	27	84	7	110	37	22	12	27	1.90
19369673--19369778	54	2.0	54	81	7	126	37	22	12	27	1.90
19369770--19370152	27	14.2	27	84	0	406	29	22	7	40	1.81
19369770--19370152	81	4.7	81	84	1	498	29	22	7	40	1.81
19370685--19370792	6	17.7	6	70	14	78	18	15	13	51	1.76
19370679--19370790	43	2.6	43	85	0	152	18	15	14	51	1.76
19372654--19372736	27	3.1	27	85	0	112	34	19	18	27	1.95
19372718--19372902	27	6.9	27	78	7	160	38	21	8	31	1.83
19372891--19373273	27	14.2	27	85	0	424	30	21	6	41	1.78
19372891--19373273	108	3.5	108	87	3	495	30	21	6	41	1.78
19372891--19373273	81	4.7	81	84	0	496	30	21	6	41	1.78
19373508--19373559	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
19373781--19373869	25	3.6	25	77	17	85	17	20	14	47	1.83
19373800--19373890	6	14.8	6	68	17	53	18	19	14	47	1.83
19373782--19373842	31	2.0	31	90	0	95	18	16	16	49	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19373813--19373864	19	2.7	19	96	0	95	17	23	15	44	1.86
19375751--19375833	27	3.1	27	89	0	121	32	19	20	27	1.97
19375815--19375999	27	6.9	27	82	4	176	38	21	9	31	1.84
19375796--19375910	54	2.1	54	87	3	160	40	21	10	27	1.86
19375815--19376002	81	2.3	81	80	5	209	38	20	9	31	1.84
19375961--19376370	27	15.2	27	83	1	363	30	21	7	40	1.80
19375988--19376370	81	4.7	81	84	1	473	30	20	6	42	1.78
19376587--19376721	67	2.0	67	82	5	166	20	26	21	31	1.98
19376870--19376973	31	3.5	31	75	15	121	19	19	12	49	1.79
19376870--19376982	6	18.3	6	66	18	54	19	18	13	48	1.80
19376901--19376961	25	2.4	25	88	0	95	19	21	11	47	1.81
19385686--19385720	17	2.0	18	94	5	63	34	0	0	65	0.93
19387723--19387763	21	2.0	21	85	9	57	36	0	2	60	1.10
19390949--19390997	18	2.7	18	83	3	53	32	28	14	24	1.94
19391069--19391126	15	3.8	15	68	4	53	17	25	27	29	1.97
19391067--19391127	31	2.0	31	90	0	95	16	24	26	32	1.96
19395610--19395752	51	2.8	51	81	2	173	32	21	16	28	1.95
19405375--19405550	46	3.8	45	79	10	203	21	20	29	28	1.98
19405371--19405542	93	1.8	93	93	0	299	20	20	30	27	1.98
19413084--19413125	19	2.2	19	86	0	57	19	14	4	61	1.49
19414803--19414836	16	2.1	16	100	0	68	38	17	11	32	1.86
19416851--19417096	49	5.0	49	80	3	278	30	27	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19416864--19417096	100	2.3	99	85	4	317	30	27	16	24	1.97
19418836--19418880	17	2.6	18	79	10	58	46	8	13	31	1.74
19425143--19425411	47	5.7	48	76	10	234	28	18	29	22	1.98
19446038--19446080	15	3.0	13	78	21	50	46	0	4	48	1.22
19446041--19446102	30	2.0	31	84	9	83	51	1	6	40	1.37
19447946--19448005	30	2.0	30	90	0	93	26	1	13	58	1.45
19451322--19451417	40	2.4	40	87	1	140	39	23	19	16	1.92
19451771--19451814	22	2.0	22	95	0	79	18	11	22	47	1.80
19454941--19455193	80	3.2	80	91	5	376	24	22	27	24	2.00
19454937--19455160	40	5.7	40	89	6	352	24	22	27	25	2.00
19462221--19462476	40	6.5	40	91	4	387	24	22	27	25	2.00
19462217--19462443	119	1.9	119	93	3	395	24	22	27	25	2.00
19462217--19462476	119	2.2	119	89	4	393	25	22	27	25	2.00
19464562--19464631	36	1.9	36	94	0	122	44	4	21	30	1.71
19478368--19478499	54	2.4	54	96	0	237	28	26	22	21	1.99
19487981--19488032	26	2.0	26	92	0	86	28	34	21	15	1.94
19487993--19488143	72	2.1	71	91	2	241	30	29	16	23	1.96
19488156--19488206	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
19488062--19488284	103	2.2	104	92	2	369	31	31	18	17	1.95
19488613--19488676	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
19488620--19488676	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
19495618--19495841	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19496170--19496233	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
19496177--19496233	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
19501309--19501359	21	2.4	21	86	0	66	41	3	17	37	1.68
19503499--19503545	16	2.7	17	80	9	51	36	2	6	55	1.37
19503891--19503938	16	3.1	16	77	22	57	60	0	37	2	1.09
19504934--19504991	20	2.8	20	72	15	55	46	1	1	50	1.22
19507260--19507322	27	2.2	30	83	11	78	28	6	17	47	1.72
19508685--19508723	19	2.1	19	100	0	78	30	10	15	43	1.80
19517949--19518014	23	2.9	23	86	0	78	16	10	24	48	1.78
19522860--19522890	16	1.9	16	100	0	62	32	19	12	35	1.90
19522982--19523459	241	2.0	241	97	0	893	32	16	24	27	1.96
19526566--19526610	15	2.8	17	83	13	67	42	4	0	53	1.21
19549348--19549479	35	3.6	35	73	9	120	28	23	24	24	2.00
19549300--19549484	75	2.5	75	87	0	271	27	22	25	24	2.00
19549306--19549443	40	3.6	39	73	9	131	28	22	24	24	2.00
19552921--19553017	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
19555131--19555213	30	2.7	30	81	9	89	13	21	1	63	1.35
19555164--19555219	18	3.1	18	76	5	51	7	19	3	69	1.27
19555189--19555213	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
19555282--19555338	5	11.0	5	75	20	55	3	17	1	77	1.00
19555282--19555338	16	3.7	14	82	15	60	3	17	1	77	1.00
19555282--19555349	21	3.2	21	76	15	61	2	17	2	76	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19556268--19556313	12	3.7	12	88	5	65	15	6	6	71	1.27
19559898--19560077	55	3.3	55	81	9	192	45	1	27	25	1.61
19559901--19560077	56	3.2	52	79	12	187	46	1	28	24	1.60
19560812--19560855	22	2.1	20	83	8	52	36	11	0	52	1.38
19562609--19562648	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
19565257--19565303	20	2.3	21	85	7	69	27	0	6	65	1.16
19565257--19565310	20	2.7	20	80	13	65	31	0	7	61	1.24
19565306--19565344	14	2.8	14	85	11	53	48	2	7	41	1.45
19565523--19565574	26	2.0	27	84	3	70	48	0	1	50	1.12
19565554--19565605	19	2.7	20	85	14	65	34	0	5	59	1.21
19566862--19566886	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
19569392--19569443	20	2.5	20	84	3	68	26	13	9	50	1.72
19572207--19572273	33	2.0	33	97	0	125	34	10	28	26	1.90
19580022--19580056	13	2.8	12	83	8	52	71	17	2	8	1.23
19583245--19583461	46	4.7	46	75	12	169	28	19	28	23	1.98
19593462--19593501	11	3.6	12	77	16	50	62	10	2	25	1.39
19598542--19598607	5	12.6	5	80	17	73	77	1	3	18	0.98
19598542--19598617	6	12.7	6	80	13	61	76	2	2	18	1.02
19598540--19598600	33	1.9	32	90	6	97	75	3	1	19	1.03
19598542--19598607	11	6.3	10	79	20	73	77	1	3	18	0.98
19598542--19598607	33	2.1	30	86	8	87	77	1	3	18	0.98
19598552--19598607	27	2.0	27	90	10	87	76	1	3	17	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19602590--19602766	47	3.8	47	79	12	211	29	28	19	22	1.98
19602598--19602768	94	1.8	93	92	1	288	29	28	20	22	1.98
19614510--19614551	21	2.0	21	100	0	84	52	4	0	42	1.22
19621002--19621035	16	2.1	17	89	10	54	20	17	14	47	1.83
19621264--19621304	22	1.9	21	85	5	55	19	21	41	17	1.90
19637471--19637963	68	7.3	68	75	7	396	24	19	18	38	1.93
19637470--19637963	270	1.8	270	81	5	622	24	19	18	38	1.93
19644457--19644614	40	4.0	40	94	0	262	21	18	30	29	1.97
19644472--19644645	80	2.2	80	84	0	213	21	20	28	29	1.98
19651959--19652080	43	2.8	43	78	7	131	29	12	22	35	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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