genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68013698--68013796	29	3.3	30	75	13	80	31	4	4	60	1.34
68013693--68013805	57	2.0	57	80	13	128	33	3	4	58	1.35
68014133--68014187	27	2.0	29	86	13	80	30	7	3	58	1.43
68014232--68014296	26	2.5	26	83	14	80	33	6	6	53	1.50
68014315--68014406	22	4.3	21	76	15	66	33	1	7	57	1.34
68014428--68014470	21	2.1	21	95	4	79	34	6	4	53	1.49
68016829--68016882	23	2.4	23	82	14	69	59	0	1	38	1.08
68017612--68017683	29	2.6	28	78	10	76	50	0	1	48	1.09
68017669--68017708	18	2.2	18	86	8	55	60	2	0	37	1.11
68018282--68018314	6	5.5	6	100	0	66	18	51	15	15	1.77
68020536--68020578	15	2.7	16	82	7	52	48	4	0	46	1.22
68022144--68022172	14	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
68024702--68024726	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
68030232--68030295	32	2.0	32	100	0	128	37	15	12	34	1.85
68040239--68040531	90	3.2	90	86	2	383	38	17	7	35	1.79
68040924--68040985	29	2.1	29	85	8	81	35	1	1	61	1.16
68044012--68044065	27	2.0	27	88	0	81	46	0	0	53	1.00
68053179--68053263	42	2.0	42	100	0	170	24	16	9	49	1.75
68071811--68071848	20	2.0	20	89	5	60	34	5	2	57	1.35
68072000--68072042	18	2.3	19	84	4	61	60	4	0	34	1.17
68081885--68081918	15	2.3	15	89	0	50	52	0	47	0	1.00
68091154--68091222	18	4.1	17	72	10	61	39	2	2	55	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68091421--68091451	14	2.2	14	94	0	53	32	0	6	61	1.21
68095861--68095930	21	3.1	21	63	21	52	41	10	24	24	1.85
68095723--68096131	46	8.9	46	86	3	502	41	14	23	21	1.89
68097831--68097868	19	2.0	19	85	10	51	52	5	2	39	1.38
68098782--68098838	10	5.8	10	76	12	55	59	3	3	33	1.31
68108538--68108570	14	2.3	15	89	5	50	57	0	0	42	0.98
68110137--68110231	42	2.1	48	84	11	130	41	6	2	50	1.39
68111199--68111239	21	2.0	21	85	9	57	41	4	0	53	1.22
68112231--68112280	20	2.5	20	86	3	64	76	0	12	12	1.04
68113164--68113272	26	3.9	27	76	14	105	55	10	11	23	1.65
68113225--68113284	26	2.3	26	85	2	75	55	13	10	21	1.67
68123037--68123066	2	15.0	2	92	0	51	50	3	46	0	1.18
68124881--68124948	34	1.9	36	82	11	88	42	0	1	55	1.08
68124904--68124962	29	2.0	29	87	6	84	45	0	1	52	1.10
68128575--68128828	22	11.0	23	75	18	226	38	18	23	20	1.94
68128575--68128840	47	5.7	46	93	4	428	38	18	23	19	1.93
68128575--68128840	141	1.9	138	95	2	478	38	18	23	19	1.93
68133199--68133252	24	2.2	24	90	0	81	20	18	42	18	1.89
68135518--68135577	22	2.9	21	75	12	61	66	0	0	33	0.92
68135541--68135584	21	2.0	23	82	8	56	68	0	0	31	0.90
68135793--68136028	9	25.2	9	64	19	74	33	3	2	60	1.29
68135853--68135945	10	9.9	10	76	11	72	30	3	1	65	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68135837--68135921	37	2.3	39	83	8	122	31	3	2	62	1.25
68135795--68135941	27	5.2	27	70	11	89	29	5	2	62	1.31
68136038--68136231	90	2.2	88	84	6	241	30	7	19	42	1.79
68139639--68139669	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
68147435--68147459	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
68150285--68150320	17	2.1	18	90	10	58	44	11	0	44	1.39
68153586--68153685	50	2.0	50	100	0	200	34	18	6	42	1.74
68153599--68153680	27	3.2	27	63	19	75	36	19	4	39	1.73
68166129--68166181	25	2.1	25	96	0	97	13	13	11	62	1.55
68174037--68174067	4	7.5	4	92	7	53	74	0	0	25	0.82
68178337--68178389	22	2.4	22	96	0	97	35	9	18	35	1.84
68180543--68180657	57	2.0	57	96	0	212	36	25	10	27	1.89
68180844--68180873	15	2.0	15	93	0	51	30	16	6	46	1.73
68184560--68184682	55	2.2	55	85	5	160	23	8	15	52	1.71
68192706--68192736	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
68195299--68195450	67	2.2	68	80	10	177	31	16	30	21	1.95
68196378--68196423	22	2.1	22	100	0	92	34	0	23	41	1.55
68197490--68197605	10	11.4	10	69	14	67	36	3	0	59	1.20
68198059--68198142	10	8.1	10	72	15	55	34	5	1	58	1.30
68198093--68198142	20	2.6	19	81	6	64	36	6	2	56	1.36
68202799--68202824	5	5.2	5	100	0	52	61	0	19	19	1.35
68208038--68208123	30	2.8	31	75	3	93	51	1	13	33	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68215116--68215157	14	3.1	13	83	10	57	0	26	2	71	0.98
68216251--68216285	16	2.2	16	90	5	54	48	2	0	48	1.16
68216982--68217042	24	2.6	24	75	12	63	49	0	1	49	1.10
68218415--68218483	14	5.1	14	81	8	72	33	2	1	62	1.19
68218269--68218483	41	4.9	41	72	14	128	29	5	1	63	1.28
68218126--68218483	3	121.3	3	67	12	129	27	6	3	62	1.37
68221138--68221276	3	47.0	3	69	16	67	28	7	2	60	1.39
68221132--68221210	24	3.1	24	77	17	79	24	5	5	65	1.33
68221567--68221851	88	3.1	90	67	22	244	32	8	3	55	1.47
68221676--68221731	3	19.0	3	85	3	78	30	0	1	67	1.01
68221913--68221950	12	3.0	13	80	7	51	31	0	5	63	1.17
68222372--68222634	127	2.1	127	94	0	463	28	14	17	39	1.90
68222545--68222732	98	1.9	98	97	0	358	27	17	13	42	1.86
68222418--68222859	225	2.0	225	95	0	794	27	16	16	40	1.89
68222643--68222962	127	2.5	127	90	1	498	26	17	17	38	1.92
68224008--68224033	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
68229918--68229953	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
68229905--68229945	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
68230068--68230202	39	3.4	38	73	8	101	28	28	20	23	1.99
68230442--68230480	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
68231794--68231850	5	11.0	5	78	14	62	56	1	0	42	1.10
68231793--68231848	12	4.5	12	81	16	69	55	1	0	42	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68231795--68231850	26	2.2	26	90	6	69	55	1	0	42	1.10
68233140--68233198	31	2.0	30	83	6	75	44	13	8	33	1.74
68233135--68233201	31	2.3	27	78	14	71	41	11	8	37	1.73
68233977--68234029	19	2.7	19	72	13	54	35	7	0	56	1.28
68251900--68252006	32	3.4	32	80	1	117	36	7	11	44	1.68
68252279--68252326	21	2.3	21	82	7	62	45	25	0	29	1.53
68252835--68252864	12	2.4	13	88	11	53	36	0	0	63	0.95
68261555--68261589	14	2.4	15	85	9	54	5	31	0	62	1.18
68269612--68269645	6	5.8	6	96	3	61	88	0	11	0	0.52
68270465--68270514	24	2.0	25	85	11	68	34	16	20	30	1.94
68275910--68275942	2	16.5	2	100	0	66	0	51	0	48	1.00
68284913--68284958	23	2.0	22	88	12	67	36	4	10	47	1.58
68289963--68290022	30	2.0	30	96	0	111	28	3	11	56	1.51
68294704--68294736	12	2.6	13	85	4	50	33	3	0	63	1.10
68296908--68297009	51	2.0	51	98	0	195	26	20	19	33	1.97
68303175--68303199	9	2.8	9	100	0	50	8	24	24	44	1.80
68304477--68304524	19	2.6	18	76	20	53	50	4	0	45	1.21
68304805--68305467	228	2.9	227	83	2	785	30	25	22	21	1.98
68311274--68311308	12	2.9	12	82	0	52	68	0	0	31	0.90
68314059--68314085	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
68315642--68315710	34	2.0	34	100	0	138	26	17	20	36	1.94
68326314--68326399	44	2.0	44	92	0	145	46	16	13	23	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68330509--68330552	13	3.5	13	81	3	54	47	4	0	47	1.22
68334176--68334231	9	6.2	10	93	6	70	0	30	0	69	0.89
68334188--68334231	3	14.7	3	100	0	88	0	31	0	68	0.90
68335610--68335643	16	2.1	16	100	0	68	50	20	5	23	1.70
68342534--68342659	58	2.2	58	84	2	155	25	24	19	30	1.98
68342224--68343109	291	3.0	294	92	2	1483	28	21	14	36	1.92
68347221--68347286	33	2.0	33	100	0	132	33	27	18	21	1.96
68350924--68350963	19	2.0	19	85	9	53	62	7	0	30	1.23
68351749--68351792	23	2.0	22	86	13	63	20	9	4	65	1.38
68352617--68352665	21	2.2	23	82	7	57	55	4	2	38	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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