genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27072009--27072129	43	2.8	43	76	5	129	27	19	24	28	1.99
27080995--27081168	46	3.8	46	79	13	205	28	29	21	20	1.98
27081003--27081187	46	4.0	46	73	17	152	28	29	21	21	1.98
27083533--27083621	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
27083533--27083612	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
27083544--27083621	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
27086531--27086716	46	4.0	45	73	17	141	27	29	20	22	1.99
27088069--27088176	27	4.0	28	85	2	132	31	20	27	20	1.97
27095256--27095325	35	2.0	35	91	0	113	38	24	8	28	1.85
27097739--27097800	27	2.3	27	85	0	79	32	14	19	33	1.92
27097755--27097834	27	3.0	27	86	0	106	22	12	21	43	1.86
27101566--27101628	28	2.3	27	86	2	81	33	11	22	33	1.89
27101566--27101673	27	4.0	27	76	1	99	27	13	20	37	1.91
27102620--27102670	25	2.0	25	92	0	84	33	15	17	33	1.92
27105879--27106060	40	4.6	39	86	4	240	26	25	22	25	2.00
27114023--27114164	40	3.6	40	83	2	180	26	23	22	26	2.00
27118482--27118572	42	2.1	43	80	9	107	29	23	14	32	1.94
27122189--27122410	40	5.6	40	90	1	340	24	22	25	27	2.00
27127897--27128118	40	5.6	40	88	1	313	23	21	25	29	1.99
27132892--27132916	13	1.9	13	100	0	50	56	8	0	36	1.29
27134486--27134601	31	3.8	31	86	1	144	25	24	16	34	1.95
27134808--27134916	26	4.3	26	90	5	138	23	22	24	28	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27134794--27134916	26	4.9	24	88	6	131	24	22	25	27	2.00
27135049--27135096	25	1.9	25	91	0	78	29	14	22	33	1.94
27137171--27137309	41	3.3	41	76	8	120	31	25	15	26	1.96
27137162--27137322	43	3.8	43	73	12	118	32	26	16	25	1.96
27137835--27137864	15	2.0	15	93	0	51	56	16	0	26	1.40
27141372--27141540	46	3.6	45	78	11	162	29	20	27	23	1.98
27141369--27141575	94	2.2	94	80	6	233	28	21	25	24	1.99
27141369--27141575	46	4.4	47	73	13	151	28	21	25	24	1.99
27141603--27141727	49	2.5	49	80	6	137	31	20	25	22	1.98
27148948--27148972	12	2.1	12	100	0	50	48	16	8	28	1.74
27150624--27150768	71	2.0	73	95	2	267	35	11	17	35	1.85
27154201--27154352	57	2.6	57	77	5	155	28	19	21	31	1.97
27167141--27167197	4	14.2	4	100	0	114	24	0	24	50	1.49
27168380--27168404	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
27175426--27175493	19	3.7	18	74	16	52	20	7	1	70	1.19
27187497--27187621	40	3.1	39	83	4	106	24	25	22	27	2.00
27187515--27187640	40	3.1	40	84	5	155	25	22	25	26	2.00
27196679--27196851	46	3.7	46	77	14	194	21	20	27	30	1.98
27196676--27196846	93	1.8	93	93	2	299	21	20	28	29	1.98
27207366--27207661	50	5.9	50	77	6	258	26	17	25	30	1.98
27207471--27207554	26	3.3	26	61	15	66	27	19	25	28	1.98
27207373--27207693	150	2.1	152	82	5	373	26	17	26	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27209639--27209801	68	2.4	68	82	8	179	23	23	19	33	1.97
27211613--27211655	22	2.0	22	95	4	79	46	2	9	41	1.48
27211868--27212089	118	1.9	116	81	12	274	42	7	7	42	1.61
27215267--27215304	15	2.5	15	100	0	76	18	23	18	39	1.92
27218282--27218361	20	3.9	20	73	15	65	28	2	3	65	1.23
27218327--27218368	20	2.0	21	90	4	68	40	0	4	54	1.21
27218327--27218367	21	2.0	21	90	0	64	41	0	4	53	1.22
27218337--27218378	19	2.3	19	87	4	59	42	0	2	54	1.13
27218330--27218378	19	2.5	20	80	12	57	42	0	4	53	1.20
27218368--27218445	20	4.1	19	79	17	65	37	1	5	56	1.30
27218382--27218445	20	3.3	19	78	8	67	35	1	4	57	1.29
27220028--27220066	19	2.2	17	86	9	51	56	2	0	41	1.13
27220027--27220076	18	2.6	19	75	12	57	60	2	0	38	1.09
27220778--27220812	17	2.1	17	94	0	61	42	11	25	20	1.85
27222862--27223075	46	4.6	46	80	6	236	29	21	26	21	1.99
27222862--27223105	46	5.2	46	76	10	185	29	21	26	21	1.99
27222904--27223115	94	2.3	93	85	3	264	29	21	26	22	1.99
27231323--27231540	40	5.5	40	89	4	309	22	22	28	25	1.99
27231319--27231540	80	2.8	80	90	3	342	23	22	28	25	1.99
27235902--27235963	30	2.1	30	84	0	79	32	17	6	43	1.75
27241461--27241629	48	3.6	47	76	4	162	28	21	26	22	1.99
27252706--27252749	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27260976--27261096	49	2.4	49	90	4	181	28	21	28	20	1.98
27266008--27266197	55	3.5	53	74	3	146	20	22	18	37	1.94
27266538--27266595	30	1.9	30	89	0	89	29	25	5	39	1.77
27275503--27275622	43	2.8	42	81	7	152	28	24	15	31	1.96
27287792--27287861	28	2.6	27	86	2	86	28	20	28	22	1.98
27287737--27287888	55	2.8	53	81	4	178	28	16	27	26	1.97
27287738--27287893	27	5.7	27	78	6	145	28	16	28	27	1.97
27295844--27295913	28	2.6	27	86	2	86	28	20	28	22	1.98
27295789--27295940	55	2.8	53	81	4	178	28	16	27	26	1.97
27295790--27295945	27	5.7	27	78	6	145	28	16	28	27	1.97
27310979--27311012	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
27311014--27311053	18	2.2	18	86	8	55	67	12	0	20	1.22
27311570--27311621	26	2.0	26	81	7	61	34	3	17	44	1.67
27313260--27313293	17	2.1	17	89	10	54	26	5	23	44	1.76
27313275--27313396	40	3.0	39	87	3	163	23	19	27	29	1.98
27313294--27313443	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
27321665--27321804	40	3.5	40	80	9	126	23	20	27	27	1.99
27325034--27325206	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
27325031--27325201	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
27328148--27328191	15	2.9	15	80	12	54	11	15	15	56	1.66
27330591--27330763	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
27330588--27330758	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27333872--27333913	21	2.0	21	81	9	50	40	7	4	47	1.52
27339792--27339832	22	1.9	21	85	14	57	58	2	4	34	1.32
27341844--27342065	47	4.7	46	79	9	209	27	19	31	22	1.97
27343180--27343218	21	1.9	21	89	5	62	12	38	28	20	1.89
27349331--27349549	46	4.7	46	73	12	169	28	19	29	23	1.98
27354769--27354808	21	2.0	21	85	5	55	22	25	12	40	1.89
27374790--27374925	46	2.9	50	77	15	169	29	28	19	22	1.98
27412392--27412435	9	4.9	9	82	0	52	29	11	22	36	1.89
27412368--27412404	17	2.2	17	90	0	56	35	10	10	43	1.75
27415570--27415830	47	5.6	47	94	0	414	32	12	28	26	1.92
27415610--27415684	24	3.2	24	62	24	59	28	13	32	26	1.94
27415539--27415850	94	3.3	94	89	0	464	31	10	29	27	1.91
27415752--27415827	22	3.3	22	65	28	59	31	13	30	25	1.93
27415539--27415873	47	7.1	48	85	8	329	32	10	29	27	1.90
27415844--27415934	46	2.0	46	87	8	132	36	5	28	29	1.80
27418079--27418158	41	2.0	41	87	5	117	30	15	26	28	1.96
27425953--27426137	40	4.7	40	82	9	209	25	26	22	24	2.00
27425953--27426137	79	2.3	80	81	9	209	25	26	22	24	2.00
27433308--27433411	27	3.9	27	89	0	163	31	22	5	40	1.77
27433294--27433638	54	6.2	54	82	7	339	33	22	6	38	1.79
27433308--27433640	81	4.0	81	81	9	387	32	22	6	38	1.79
27433415--27433611	27	7.3	27	91	0	304	30	23	7	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27433428--27433865	27	16.2	27	81	5	303	36	22	7	33	1.83
27433857--27433909	27	2.0	27	92	0	88	35	20	20	22	1.96
27433590--27433867	54	5.1	54	86	3	362	40	21	7	29	1.82
27433604--27433910	81	3.8	80	78	10	261	40	20	10	28	1.85
27434114--27434183	25	2.8	25	91	0	104	25	24	21	28	1.99
27434113--27434196	25	3.4	24	80	8	82	28	21	21	28	1.99
27434114--27434208	50	1.9	50	81	12	115	27	23	22	27	1.99
27435938--27436086	43	3.5	43	74	12	144	29	26	19	24	1.98
27439414--27439707	16	19.3	16	68	22	79	33	3	1	62	1.19
27439469--27439718	3	82.0	3	69	20	98	34	3	0	61	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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