genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16971703--16971872	41	4.2	40	74	18	161	27	27	22	22	1.99
16974873--16975243	46	7.9	50	73	17	198	25	26	18	29	1.98
16974974--16975240	46	5.7	47	77	12	239	24	27	17	29	1.98
16974970--16975236	94	2.9	92	76	10	267	24	27	18	29	1.98
16974974--16975228	140	1.8	141	82	9	333	23	27	18	30	1.98
16979083--16979107	12	2.1	12	100	0	50	36	8	0	56	1.29
16980376--16980435	31	1.9	31	93	0	102	26	21	16	35	1.95
16980629--16980724	24	4.0	24	82	11	117	30	21	19	28	1.98
16980650--16980722	23	3.1	23	90	5	103	31	20	19	28	1.97
16980773--16980839	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
16980773--16980828	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
16980876--16980923	25	1.9	25	86	0	69	27	12	25	35	1.92
16990755--16990989	40	5.9	40	77	5	183	34	18	25	22	1.96
16992003--16992036	15	2.2	16	89	5	52	55	0	2	41	1.15
16993262--16993335	25	2.8	26	76	12	80	70	5	4	20	1.24
16993295--16993332	19	2.0	20	89	5	60	76	2	2	18	1.02
16997086--16997215	47	2.8	47	87	0	170	23	16	28	30	1.97
16997836--16997883	20	2.6	19	90	9	73	35	10	12	41	1.77
16997845--16997887	20	2.2	20	100	0	86	37	13	9	39	1.78
17002083--17002203	39	3.1	39	97	0	224	23	31	24	20	1.98
17003369--17003422	25	2.2	26	80	12	69	53	11	0	35	1.36
17008719--17008800	39	2.1	39	93	0	137	24	31	23	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17014645--17014737	42	2.2	42	82	3	116	24	21	29	24	1.99
17014953--17014981	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
17016962--17017333	186	2.0	186	93	1	638	30	19	24	25	1.98
17024988--17025047	29	2.1	29	96	0	111	68	13	5	13	1.37
17026614--17026692	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
17026811--17027320	49	10.6	49	92	2	793	28	29	9	33	1.88
17031321--17031619	40	7.5	40	87	0	400	26	27	21	25	1.99
17031321--17031619	120	2.5	120	88	2	456	26	27	21	25	1.99
17032840--17032917	36	2.1	37	88	2	113	25	32	17	24	1.97
17033034--17033496	49	9.6	49	94	0	758	28	28	9	33	1.88
17037653--17037690	18	2.2	17	90	4	58	78	2	5	13	1.02
17040969--17041008	20	2.0	20	100	0	80	50	15	10	25	1.74
17044033--17044656	308	2.0	308	98	0	1214	29	8	23	38	1.83
17045431--17045490	24	2.5	24	81	5	68	23	16	26	33	1.96
17047766--17047806	13	3.2	13	89	0	64	17	31	31	19	1.95
17056717--17056745	13	2.1	14	93	6	51	51	0	3	44	1.18
17057400--17057424	13	1.9	13	100	0	50	80	8	12	0	0.92
17057399--17057441	23	1.9	23	86	13	63	79	4	13	2	1.00
17057919--17058040	51	2.4	51	80	10	133	41	11	20	26	1.86
17058525--17058573	17	2.8	18	73	17	57	44	0	12	42	1.41
17058765--17058830	23	3.0	22	75	4	71	13	19	24	42	1.87
17062686--17062785	28	3.6	27	78	2	92	20	24	21	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17062686--17062798	27	4.2	26	80	8	109	18	23	21	36	1.95
17066569--17066644	38	2.0	38	94	0	134	28	13	31	26	1.93
17070550--17070662	27	4.2	26	83	8	127	17	23	22	37	1.94
17070550--17070662	55	2.1	54	85	5	147	17	23	22	37	1.94
17072958--17073024	20	3.3	20	89	0	98	34	10	22	32	1.88
17073074--17073198	45	2.7	47	92	6	218	28	20	21	29	1.98
17073075--17073198	23	5.3	23	92	4	205	28	20	21	29	1.98
17078557--17078585	13	2.1	14	93	6	51	51	0	3	44	1.18
17079251--17079296	23	2.0	23	86	0	65	73	2	17	6	1.14
17079763--17079884	51	2.4	51	81	8	133	41	13	18	26	1.87
17080621--17080703	21	3.8	22	76	6	71	18	21	22	37	1.94
17086099--17086141	21	2.0	21	86	8	61	51	0	0	48	1.00
17086244--17086268	13	1.9	13	100	0	50	80	8	12	0	0.92
17086243--17086297	23	2.4	23	84	6	67	74	5	16	3	1.15
17087149--17087198	15	3.4	15	76	13	59	36	2	12	50	1.51
17090105--17090288	40	4.6	40	80	8	135	23	21	27	28	1.99
17090186--17090335	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
17093377--17093439	20	3.2	20	93	0	108	38	12	17	31	1.87
17093493--17093636	24	6.0	24	87	8	204	29	20	21	27	1.98
17098080--17098510	27	15.9	27	70	8	124	37	20	9	32	1.84
17098080--17098276	109	1.8	109	86	2	288	37	21	7	34	1.81
17098344--17098524	54	3.3	53	77	8	175	39	17	10	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17098572--17098623	27	1.9	27	88	7	79	30	19	25	25	1.98
17099326--17099412	20	4.3	20	92	2	140	40	10	18	31	1.84
17099458--17099619	26	6.3	26	89	2	233	28	19	22	29	1.98
17099751--17099840	43	2.1	42	87	2	126	32	13	18	35	1.90
17099867--17099943	31	2.5	31	91	0	127	32	18	23	25	1.97
17100869--17100960	40	2.3	41	87	7	127	27	26	15	31	1.95
17103040--17103078	13	3.0	12	85	14	51	2	28	0	69	1.02
17103970--17104008	21	1.9	20	84	5	51	30	17	25	25	1.97
17111270--17111308	21	1.9	21	89	5	62	20	30	38	10	1.86
17113891--17113977	29	3.1	29	88	3	133	32	13	24	29	1.94
17115217--17115251	16	2.2	16	94	0	61	51	17	22	8	1.72
17115478--17115591	28	4.0	29	78	6	101	28	14	29	28	1.95
17117912--17118038	46	2.8	45	84	8	159	22	29	18	28	1.98
17123411--17123568	68	2.3	68	77	13	153	20	27	15	35	1.94
17131510--17131553	22	2.0	22	83	12	56	56	6	6	29	1.51
17131676--17131921	10	23.1	11	65	23	68	58	1	5	34	1.29
17131689--17131891	7	25.1	8	67	24	65	59	0	5	33	1.28
17131755--17131921	14	11.9	14	64	25	52	59	1	4	34	1.26
17131805--17131925	25	5.0	24	75	20	92	60	0	4	34	1.22
17131842--17131925	5	16.4	5	72	20	50	60	1	1	36	1.12
17131843--17131917	15	4.6	17	76	12	59	62	1	1	34	1.12
17131844--17131903	7	8.7	7	75	15	54	60	1	1	36	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17131875--17131927	16	3.0	20	71	25	55	58	3	0	37	1.16
17131842--17131955	25	4.6	25	72	20	73	59	1	1	36	1.18
17131904--17131961	26	2.2	27	82	11	68	60	1	1	36	1.17
17133565--17134148	206	2.8	206	92	0	929	29	21	17	31	1.97
17135028--17135076	15	3.4	15	83	5	57	0	6	8	85	0.73
17138300--17138523	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
17138852--17138915	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
17138859--17138915	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
17143419--17143469	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
17143325--17143547	103	2.2	104	92	2	369	31	31	18	17	1.95
17143876--17143939	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
17143883--17143939	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
17150755--17150884	27	4.9	27	86	1	172	29	19	8	43	1.80
17150755--17150910	54	2.9	54	85	0	188	31	19	8	40	1.82
17150862--17151108	27	9.2	27	80	6	214	40	21	8	29	1.83
17150862--17151136	54	5.1	53	78	5	248	40	21	8	29	1.83
17150870--17151136	81	3.3	80	83	4	313	41	20	8	29	1.82
17151252--17151340	27	3.3	27	85	6	108	33	19	26	20	1.96
17151264--17151344	28	3.0	27	85	7	101	30	20	27	20	1.98
17152147--17152296	26	5.8	26	85	0	212	28	21	22	28	1.99
17152147--17152296	52	2.9	52	91	1	248	28	21	22	28	1.99
17152147--17152296	78	1.9	77	91	1	246	28	21	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17152441--17152532	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
17152556--17152634	31	2.5	31	91	0	131	29	18	26	25	1.98
17157505--17157548	22	2.0	22	83	12	56	56	6	6	29	1.51
17157684--17157738	15	3.7	15	75	20	53	60	1	5	32	1.30
17157753--17157945	8	25.1	8	65	22	76	60	0	5	33	1.23
17157870--17157949	5	16.4	5	71	19	53	63	1	1	33	1.10
17157706--17157905	89	2.2	89	80	10	210	59	0	6	34	1.24
17161013--17161123	40	2.8	40	83	1	98	25	28	23	22	1.99
17161036--17161179	40	3.6	40	85	5	184	23	26	24	25	2.00
17168999--17169178	40	4.6	40	81	5	197	26	26	22	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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