genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  88  of  250  ( 29906 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28357573--28357606	17	2.0	17	94	0	59	17	2	11	67	1.34
28358553--28358616	28	2.3	27	80	17	69	31	4	28	35	1.78
28358560--28358616	28	2.0	28	83	12	73	33	5	28	33	1.79
28363749--28363879	27	4.9	27	88	0	181	30	19	8	41	1.81
28363803--28364185	27	14.1	27	76	10	190	39	19	8	32	1.82
28363783--28363907	54	2.3	54	83	0	151	33	19	8	38	1.82
28363830--28364185	54	6.6	55	78	6	262	40	20	8	31	1.81
28363857--28364133	81	3.4	80	80	7	310	41	21	7	29	1.81
28364247--28364334	27	3.3	27	87	3	115	35	19	26	19	1.95
28365079--28365175	26	3.8	26	94	1	162	25	23	23	26	2.00
28365079--28365175	51	1.9	51	93	4	169	25	23	23	26	2.00
28365320--28365411	42	2.2	42	90	0	139	29	13	21	35	1.91
28365435--28365534	31	3.3	31	72	16	109	33	19	22	26	1.97
28365466--28365563	29	3.3	29	73	16	110	34	21	20	23	1.96
28365435--28365566	60	2.2	60	98	0	255	33	20	21	24	1.97
28368093--28368316	40	5.7	40	86	6	271	25	28	22	23	1.99
28368095--28368316	118	1.9	120	83	7	292	25	28	22	23	1.99
28371185--28371220	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
28371172--28371212	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
28371708--28371746	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
28373062--28373118	5	11.0	5	78	14	62	56	1	0	42	1.10
28373061--28373116	12	4.5	12	81	16	69	55	1	0	42	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28373063--28373118	26	2.2	26	90	6	69	55	1	0	42	1.10
28377632--28377667	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
28377619--28377659	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
28378155--28378193	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
28379451--28379498	10	4.7	10	82	12	53	4	22	12	60	1.49
28379510--28379566	5	11.0	5	78	14	62	56	1	0	42	1.10
28379509--28379564	12	4.5	12	81	16	69	55	1	0	42	1.10
28379511--28379566	26	2.2	26	90	6	69	55	1	0	42	1.10
28382462--28382524	30	2.1	29	82	11	74	39	0	3	57	1.15
28386093--28386144	18	2.9	18	91	0	86	34	11	13	40	1.81
28386569--28386832	72	3.7	72	88	2	372	26	4	13	55	1.58
28388198--28388238	3	13.7	3	89	0	55	29	4	36	29	1.78
28388590--28388633	19	2.3	19	80	7	54	47	2	0	50	1.13
28389678--28389791	42	2.7	42	93	2	183	20	32	24	22	1.98
28390112--28390235	42	2.9	43	87	2	196	30	33	24	11	1.90
28390228--28390311	38	2.2	38	89	0	123	33	27	17	21	1.96
28397272--28397358	41	2.2	40	93	2	147	64	12	4	18	1.44
28400011--28400305	109	2.7	109	85	3	414	30	23	19	26	1.98
28400328--28400412	40	2.1	40	95	0	152	41	27	16	15	1.88
28416849--28416906	20	2.9	20	71	0	62	36	18	31	13	1.90
28416849--28416927	40	2.0	40	89	0	122	36	17	30	15	1.91
28417663--28417700	20	1.9	20	88	0	58	23	7	2	65	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28419803--28419870	21	3.3	21	72	4	66	27	20	33	17	1.95
28419800--28419905	41	2.6	41	89	1	160	31	20	30	17	1.96
28426671--28426713	6	7.5	6	92	2	54	46	0	4	48	1.22
28427320--28427374	25	2.2	25	90	6	85	52	0	1	45	1.11
28428655--28428715	25	2.5	24	84	7	77	60	0	0	39	0.97
28428648--28428697	24	2.1	25	88	7	77	56	0	2	42	1.11
28428654--28428705	23	2.2	23	80	10	61	59	0	0	40	0.97
28437960--28438007	21	2.2	21	78	10	53	47	2	12	37	1.53
28442395--28442505	23	4.7	23	83	10	136	34	17	23	25	1.96
28442403--28442505	24	4.5	22	83	12	127	34	17	22	25	1.95
28443982--28444251	48	5.7	49	73	13	192	27	30	17	25	1.97
28444132--28444245	46	2.4	46	85	2	138	23	30	18	27	1.98
28444169--28444283	46	2.5	45	77	16	112	22	27	20	29	1.98
28449925--28449964	6	6.5	6	82	5	53	77	0	5	17	0.94
28449935--28449966	13	2.4	14	85	15	50	75	0	6	18	1.01
28461116--28461330	46	4.6	47	81	4	229	25	28	18	27	1.98
28461116--28461330	94	2.3	94	84	3	281	25	28	18	27	1.98
28463635--28463763	39	3.3	39	87	1	188	21	26	20	31	1.98
28468461--28468566	37	2.9	37	94	0	176	26	31	17	24	1.97
28468778--28469165	47	8.1	47	86	5	517	26	29	12	31	1.93
28468868--28468942	22	3.3	22	66	23	64	25	32	13	29	1.93
28468778--28469165	94	4.0	97	90	4	583	26	29	12	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28472888--28472995	56	1.9	57	88	1	164	28	27	19	24	1.98
28473207--28473557	40	8.8	40	93	0	596	24	29	22	23	1.99
28474825--28474933	37	2.9	37	94	0	182	26	30	19	23	1.98
28475142--28475628	47	10.1	47	87	6	677	26	29	12	31	1.93
28475142--28475628	98	5.0	98	92	4	792	26	29	12	31	1.93
28477811--28477989	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
28480509--28480563	26	2.1	26	93	0	92	61	3	16	18	1.48
28480516--28480568	25	2.1	26	96	3	99	54	3	16	24	1.59
28481941--28482118	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
28481942--28482097	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
28481938--28482118	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
28489994--28490171	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
28489995--28490150	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
28489991--28490171	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
28493661--28493786	39	3.3	39	86	1	173	23	25	19	31	1.98
28503187--28503268	24	3.5	24	88	4	116	31	15	21	30	1.95
28503251--28503323	23	3.2	23	75	9	78	34	19	20	26	1.96
28511302--28511335	16	2.1	17	88	5	52	5	0	17	76	0.98
28518717--28518756	21	2.0	20	95	5	71	12	40	30	17	1.86
28521290--28521529	68	3.7	64	75	8	180	28	17	29	24	1.97
28523681--28523893	40	5.3	40	84	7	254	30	23	16	28	1.97
28523640--28523893	80	3.1	80	85	5	298	31	23	16	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28526312--28526352	15	2.6	16	84	11	57	24	0	7	68	1.15
28529941--28529994	17	3.4	17	70	19	62	31	20	9	38	1.84
28529939--28529998	30	2.0	30	100	0	120	30	23	10	36	1.87
28533785--28533957	46	3.7	46	78	14	194	28	29	20	21	1.98
28533793--28533964	93	1.8	93	91	2	283	27	29	21	20	1.98
28533836--28533979	46	3.1	45	70	18	116	30	28	19	21	1.98
28538755--28538823	32	2.2	32	97	0	129	47	17	17	17	1.83
28541697--28541914	47	4.7	46	81	8	239	25	20	30	22	1.98
28541697--28541914	94	2.4	91	85	6	271	25	20	30	22	1.98
28542840--28542883	20	2.2	20	95	0	79	22	38	27	11	1.88
28546302--28546474	46	3.7	46	74	14	167	22	21	27	28	1.99
28546299--28546469	93	1.8	93	89	2	272	22	22	28	27	1.99
28548361--28548400	19	2.1	19	90	0	62	37	12	7	42	1.71
28556040--28556079	19	2.1	19	90	0	62	42	12	7	37	1.71
28559243--28559285	14	3.0	13	83	16	50	0	23	2	74	0.93
28560273--28560435	87	1.9	86	86	6	231	35	23	14	26	1.93
28561833--28561913	26	3.1	26	90	0	117	33	37	12	17	1.87
28562933--28562996	33	2.0	32	84	9	85	28	25	25	21	1.99
28570355--28570389	2	17.5	2	93	0	61	45	2	51	0	1.16
28570793--28570923	60	2.2	59	93	1	217	26	5	11	56	1.56
28572036--28572066	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
28572033--28572072	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28572304--28572500	108	1.8	110	83	4	265	25	24	15	35	1.94
28575613--28575648	19	1.9	18	88	5	54	19	11	8	61	1.54
28582521--28582666	41	3.6	41	86	4	197	25	24	26	23	2.00
28592836--28593005	46	3.7	46	78	13	204	22	20	28	28	1.99
28592830--28593000	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.98
28595143--28595352	40	5.3	39	87	3	242	23	20	27	28	1.99
28600211--28600289	38	2.1	38	82	0	95	43	13	12	30	1.82
28602693--28602901	41	5.1	41	87	6	282	38	22	21	17	1.93
28603058--28603151	14	6.7	14	69	18	52	27	1	26	44	1.61
28603189--28603317	7	18.1	7	69	15	61	20	0	40	37	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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