genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62627031--62627099	22	3.1	21	80	10	66	46	0	1	52	1.09
62627449--62627481	14	2.3	15	94	5	59	57	0	0	42	0.98
62627537--62627579	22	2.1	19	87	12	59	67	0	0	32	0.91
62627456--62627572	31	3.6	31	72	20	96	58	0	1	38	1.14
62627539--62627592	21	2.6	21	88	5	74	62	0	1	35	1.06
62627647--62627686	4	9.5	4	84	10	53	75	0	2	22	0.93
62627650--62627686	13	2.8	13	95	0	65	75	0	2	21	0.92
62627641--62627686	17	2.6	17	83	10	58	73	0	2	23	0.94
62627683--62627720	20	1.9	20	84	10	51	76	2	10	10	1.12
62631556--62631802	134	1.8	133	79	8	286	36	15	12	36	1.85
62643655--62643707	25	2.1	25	96	0	97	47	16	3	32	1.65
62657292--62657337	24	1.9	24	82	8	58	56	4	15	23	1.57
62659858--62659890	14	2.3	15	94	5	59	45	0	3	51	1.16
62660565--62660616	24	2.2	24	83	10	63	55	0	3	40	1.18
62662783--62662853	27	2.7	27	81	14	87	54	0	1	43	1.08
62663037--62663071	13	2.8	12	87	8	52	31	0	2	65	1.07
62663246--62663299	23	2.3	23	75	9	56	46	3	3	46	1.38
62663460--62663503	22	2.0	22	100	0	88	27	18	13	40	1.88
62669363--62669401	14	2.7	15	84	15	55	10	25	0	64	1.25
62669382--62669418	19	1.9	19	88	0	56	8	24	0	67	1.17
62674706--62674735	14	2.1	14	93	0	51	66	3	0	30	1.07
62679546--62679571	4	6.5	4	100	0	52	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62682404--62682620	46	4.6	46	82	8	208	28	18	29	23	1.98
62682400--62682661	47	5.6	45	75	12	183	28	17	29	24	1.98
62690460--62690502	19	2.3	19	83	0	50	53	20	6	18	1.67
62692124--62692161	6	6.3	6	96	0	67	52	13	18	15	1.74
62693104--62693146	11	3.8	11	77	17	52	51	2	0	46	1.13
62693115--62693165	22	2.3	23	82	3	59	54	3	1	39	1.30
62693170--62693204	9	3.8	9	88	7	52	65	2	0	31	1.07
62701285--62701374	46	2.0	46	88	0	135	34	10	13	42	1.77
62701440--62701486	17	2.7	18	84	15	64	36	0	8	55	1.31
62728777--62728807	12	2.6	12	94	0	53	74	0	0	25	0.82
62729539--62729738	6	33.3	6	100	0	400	50	16	0	33	1.46
62737295--62737343	20	2.4	20	83	10	55	26	4	0	69	1.06
62737311--62737377	6	10.2	6	76	17	62	19	1	1	77	0.92
62737311--62737377	13	5.1	12	80	12	62	19	1	1	77	0.92
62737331--62737378	20	2.4	21	86	10	73	14	2	2	81	0.88
62738471--62738500	10	3.0	10	90	0	51	76	0	13	10	1.01
62742736--62742763	7	4.0	7	100	0	56	57	14	0	28	1.38
62750194--62750264	34	2.1	34	100	0	142	19	26	7	46	1.75
62752488--62752534	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
62752677--62752706	13	2.3	13	94	0	51	36	26	0	36	1.57
62752795--62753144	46	8.0	46	84	10	455	22	24	15	37	1.93
62752795--62753144	84	4.0	88	89	4	455	22	24	15	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62752977--62753133	38	3.9	38	86	12	233	23	25	16	34	1.95
62756378--62756409	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
62756379--62756409	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
62759926--62760452	263	2.0	263	98	0	1018	22	27	14	36	1.92
62764117--62764168	18	2.9	18	85	0	68	36	11	9	42	1.74
62764592--62764903	72	4.3	72	84	3	380	24	6	15	54	1.64
62769321--62769811	27	18.2	27	87	1	653	27	23	9	39	1.85
62769816--62769992	27	6.6	27	82	0	210	36	18	18	26	1.94
62769816--62769982	54	3.1	54	87	0	244	37	17	18	26	1.93
62769823--62770011	54	3.5	54	83	1	227	35	17	20	26	1.95
62770210--62770292	27	3.1	26	89	5	121	19	22	21	36	1.95
62770595--62770671	27	2.9	27	86	3	93	16	23	23	36	1.94
62770819--62770974	6	25.8	6	76	15	135	19	15	14	50	1.77
62770798--62770974	30	6.2	30	75	16	162	19	16	14	49	1.79
62770798--62770974	79	2.2	81	89	6	268	19	16	14	49	1.79
62781294--62781381	43	2.0	43	100	0	176	25	9	30	35	1.87
62785473--62785564	45	2.0	46	91	2	150	32	13	13	41	1.82
62796151--62796192	20	2.1	21	91	8	70	71	0	28	0	0.86
62797039--62797072	15	2.3	15	100	0	68	38	5	23	32	1.79
62800629--62800783	41	3.6	42	78	8	134	25	17	27	29	1.97
62800614--62800746	45	3.0	45	82	5	166	24	16	25	33	1.96
62802247--62802277	13	2.3	14	94	5	55	32	6	12	48	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62808742--62808785	15	2.9	15	89	0	70	56	13	13	15	1.67
62812139--62812213	39	1.9	39	100	0	150	24	28	24	24	2.00
62814671--62814697	10	2.7	10	100	0	54	33	11	25	29	1.91
62815676--62815715	21	1.9	21	89	0	62	7	17	27	47	1.74
62815799--62815985	85	2.2	86	86	0	259	31	31	16	21	1.95
62815813--62815985	43	4.0	43	87	1	249	30	31	16	21	1.96
62817455--62817551	30	3.1	31	86	5	151	54	9	4	31	1.51
62819910--62819963	23	2.5	22	87	6	74	59	7	1	31	1.36
62819913--62819982	3	23.3	3	74	11	63	61	5	1	31	1.28
62821309--62821883	44	12.8	45	72	14	121	28	22	18	30	1.97
62821364--62821480	46	2.5	46	100	0	234	27	17	22	33	1.96
62821492--62822011	218	2.4	217	97	0	979	27	23	18	30	1.98
62821805--62822060	130	2.0	131	85	3	356	26	23	20	30	1.98
62834785--62834838	23	2.5	22	87	6	74	59	7	1	31	1.36
62834788--62834857	3	23.3	3	74	11	63	61	5	1	31	1.28
62838647--62838733	8	10.9	8	74	14	72	29	2	3	64	1.22
62838650--62838708	7	8.0	7	81	7	64	28	1	1	67	1.10
62838650--62838708	15	4.0	14	78	10	64	28	1	1	67	1.10
62839859--62839890	14	2.3	14	94	0	55	50	21	0	28	1.49
62839826--62839892	21	3.1	21	78	4	71	49	22	2	25	1.64
62839988--62840129	40	3.6	39	81	3	176	23	26	19	30	1.98
62840639--62840693	27	2.0	27	86	6	76	60	1	0	38	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62844114--62844182	34	2.2	29	79	18	77	44	0	0	55	0.99
62844120--62844181	34	1.9	34	87	9	94	48	0	0	51	1.00
62845599--62845708	58	1.9	58	81	3	132	28	14	21	35	1.93
62845825--62845947	49	2.5	49	76	8	124	20	25	16	38	1.92
62845926--62846144	98	2.2	95	75	9	215	21	24	16	37	1.93
62845975--62846194	49	4.5	49	75	8	198	21	23	16	38	1.93
62852049--62852139	19	4.9	19	88	8	143	36	15	10	37	1.83
62852049--62852139	35	2.5	37	89	8	141	36	15	10	37	1.83
62852063--62852118	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
62852753--62853385	119	5.3	118	94	2	1014	31	18	16	33	1.93
62854401--62854450	8	6.6	8	79	9	52	4	10	0	86	0.71
62854409--62854448	20	2.0	21	90	5	64	5	10	0	85	0.75
62855817--62855841	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
62858252--62858346	17	5.3	18	84	6	131	35	15	11	36	1.84
62858252--62858346	35	2.7	35	95	1	163	35	15	11	36	1.84
62862921--62862985	21	3.2	21	73	20	75	10	26	23	40	1.87
62862888--62863003	39	3.0	39	90	0	178	13	25	24	37	1.92
62868515--62868635	41	2.8	42	80	6	109	27	18	23	30	1.98
62871298--62871409	56	2.0	56	98	0	215	36	14	16	33	1.88
62873751--62873786	18	1.9	19	88	5	56	69	2	0	27	1.02
62874043--62874169	19	6.5	21	82	10	69	40	15	8	35	1.78
62874043--62874100	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62874079--62874169	19	4.9	19	90	8	152	37	15	10	36	1.83
62874072--62874161	35	2.5	37	89	10	143	35	15	11	37	1.83
62874093--62874148	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
62874524--62874717	45	4.3	45	87	1	255	24	28	14	32	1.94
62874532--62874698	89	1.9	89	89	0	262	26	29	13	29	1.94
62874731--62875025	78	3.8	78	87	1	439	25	24	18	31	1.98
62874731--62875964	156	7.5	156	71	16	514	26	23	18	32	1.97
62874967--62875464	220	2.3	219	93	1	863	27	22	18	32	1.97
62875327--62876042	78	8.6	91	79	11	422	26	23	18	31	1.98
62875270--62875657	176	2.2	176	92	0	643	29	22	17	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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