genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76738960--76739305	47	7.3	47	92	2	491	27	30	9	32	1.89
76744887--76745004	41	2.9	41	89	0	182	33	22	22	21	1.98
76745207--76745245	14	2.8	14	88	0	51	12	0	46	41	1.42
76746391--76746433	22	2.0	22	100	0	86	27	18	20	32	1.96
76748753--76748792	18	2.3	17	82	4	53	0	10	35	55	1.34
76750666--76750815	43	3.5	43	93	1	248	22	18	30	29	1.97
76755128--76755158	14	2.2	14	94	0	53	32	9	19	38	1.84
76755142--76755206	19	3.4	19	93	2	112	26	9	16	47	1.77
76757741--76757851	15	7.3	15	72	11	93	27	21	6	45	1.76
76757726--76757849	30	4.1	30	93	1	194	27	23	6	42	1.78
76762381--76762488	15	7.2	15	67	12	78	25	23	8	42	1.82
76762371--76762494	30	4.1	30	93	1	203	25	25	7	41	1.80
76765044--76765112	31	2.1	32	89	7	104	47	5	33	13	1.66
76766233--76766262	12	2.5	12	94	0	51	16	13	50	20	1.78
76769090--76769120	15	2.1	15	93	0	53	41	16	12	29	1.85
76769649--76769710	31	2.0	30	84	12	81	51	4	4	38	1.45
76773869--76773902	17	1.9	17	88	5	50	11	8	8	70	1.34
76780955--76781062	24	4.5	24	85	6	132	40	20	22	16	1.91
76780954--76781062	49	2.3	47	84	7	132	41	20	22	16	1.90
76782315--76782409	40	2.3	40	90	3	145	0	28	8	63	1.24
76782425--76782485	3	23.0	3	72	24	57	60	0	0	39	0.97
76782423--76782488	8	7.8	8	81	18	64	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76782419--76782488	5	14.2	5	81	18	85	60	0	0	40	0.97
76791979--76792048	11	6.4	11	78	6	70	65	2	8	22	1.34
76791970--76792040	22	3.2	21	74	4	52	66	5	8	19	1.39
76802642--76802816	46	3.8	46	78	13	205	29	29	20	20	1.98
76802650--76802820	93	1.8	93	93	0	297	28	29	21	20	1.98
76803765--76804404	320	2.0	320	96	0	1183	34	21	10	32	1.88
76815885--76815985	40	2.5	40	87	4	152	11	16	28	42	1.84
76818313--76818343	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
76825830--76825860	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
76829785--76829809	12	2.1	12	100	0	50	36	0	16	48	1.46
76830622--76830681	29	2.1	29	100	0	120	50	26	10	13	1.73
76842824--76842956	18	7.5	18	88	5	200	39	11	12	36	1.79
76842815--76842956	35	4.0	35	95	2	239	38	10	13	37	1.79
76843264--76843291	12	2.3	12	100	0	56	32	0	0	67	0.91
76843311--76843368	14	4.1	14	71	22	50	34	3	0	62	1.12
76843310--76843450	21	7.0	21	66	18	70	35	5	0	58	1.22
76846769--76846799	2	16.0	2	93	6	55	51	0	48	0	1.00
76849298--76849358	13	4.8	13	78	10	72	81	0	13	4	0.83
76849298--76849353	24	2.3	24	90	0	94	82	0	12	5	0.83
76849303--76849361	24	2.7	21	87	10	75	79	0	13	6	0.92
76850220--76850399	44	4.1	44	76	5	184	31	15	24	28	1.96
76850385--76850867	119	4.1	119	95	0	833	34	18	18	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76850789--76850957	83	2.0	83	91	0	275	34	20	18	26	1.96
76850904--76851007	52	2.0	52	92	0	172	36	25	15	23	1.93
76851420--76851552	18	7.5	18	86	5	191	39	10	12	36	1.78
76851411--76851552	35	4.0	35	93	2	230	39	9	13	37	1.78
76851855--76851888	16	2.1	16	89	10	52	32	0	0	67	0.91
76851906--76852012	7	15.7	7	69	18	50	38	4	0	57	1.20
76851914--76851974	21	3.0	21	80	7	63	34	4	0	60	1.18
76852560--76852584	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
76853844--76853883	20	2.0	20	90	4	64	12	22	10	55	1.67
76861136--76861177	16	2.7	16	78	14	52	42	0	0	57	0.99
76862379--76862428	21	2.4	21	93	0	82	16	30	26	28	1.96
76867696--76867776	34	2.4	34	80	12	94	48	1	1	49	1.17
76867699--76867784	39	2.2	39	84	12	106	48	1	1	48	1.16
76867696--76867784	7	13.3	7	73	17	64	49	1	1	48	1.16
76868630--76868662	7	4.7	7	100	0	66	45	0	15	39	1.46
76869348--76869465	59	2.0	59	96	0	218	52	18	7	21	1.70
76869848--76869959	27	4.2	26	84	7	134	36	23	24	16	1.94
76869848--76869959	54	2.1	54	86	3	154	36	23	24	16	1.94
76871375--76871469	24	4.0	24	94	0	163	26	36	1	35	1.64
76877698--76877804	27	3.9	27	83	9	128	36	22	24	16	1.94
76877697--76877804	54	2.0	54	85	3	146	37	22	24	16	1.94
76879763--76879819	22	2.6	22	83	8	80	14	24	19	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76881849--76881978	65	2.0	65	89	0	197	33	17	17	31	1.94
76887766--76887814	16	2.9	17	81	6	64	34	0	4	61	1.15
76892273--76892308	18	1.9	19	88	5	56	0	8	11	80	0.90
76894265--76894300	17	2.1	18	89	5	56	30	5	2	61	1.33
76902021--76902056	18	1.9	19	88	5	56	52	0	0	47	1.00
76902212--76902300	46	1.9	46	88	0	133	46	19	5	29	1.72
76902211--76902354	22	6.4	21	70	17	76	45	18	6	30	1.74
76902211--76902359	68	2.2	68	89	2	219	44	19	6	29	1.74
76903308--76903368	32	1.9	32	93	0	104	49	18	4	27	1.68
76903308--76903381	32	2.5	30	85	10	91	50	18	4	27	1.65
76903341--76903395	27	2.0	27	86	6	76	50	16	5	27	1.66
76905435--76905493	22	2.8	20	76	16	57	47	1	5	45	1.34
76907556--76907605	20	2.5	20	86	3	73	50	12	12	26	1.74
76908036--76908064	12	2.3	13	94	5	51	27	0	0	72	0.85
76909623--76909655	17	1.9	17	88	11	50	27	6	0	66	1.15
76909817--76909859	14	3.1	14	83	6	52	69	9	0	20	1.15
76919505--76919535	4	8.0	4	92	7	55	0	22	0	77	0.77
76925773--76925814	3	14.0	3	89	0	57	26	33	0	40	1.56
76925775--76925814	18	2.2	18	95	0	71	25	32	0	42	1.55
76925773--76925812	21	1.9	21	100	0	80	25	35	0	40	1.56
76928050--76928107	31	1.9	30	89	3	89	29	8	5	56	1.51
76930423--76930453	15	2.1	15	100	0	62	19	6	22	51	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76934407--76934446	16	2.5	16	92	8	64	50	7	7	35	1.59
76951016--76951068	24	2.2	24	100	0	106	37	11	7	43	1.69
76951391--76951441	23	2.2	22	80	16	59	56	3	7	31	1.46
76957419--76957462	20	2.2	20	87	0	61	34	2	9	54	1.44
76976230--76976279	17	2.9	17	75	3	55	50	2	0	48	1.12
76977409--76977490	26	3.2	26	92	0	137	31	6	25	36	1.81
76992976--76993003	9	3.1	9	100	0	56	10	46	10	32	1.73
76993293--76993323	12	2.6	12	94	0	53	3	16	0	80	0.83
76995968--76996012	19	2.4	18	85	10	56	20	17	13	48	1.80
77000334--77000443	38	3.2	38	63	32	91	30	17	14	38	1.89
77000321--77000453	66	2.0	66	91	0	212	30	18	13	37	1.89
77000502--77000714	44	4.9	44	72	5	146	34	21	20	23	1.96
77000656--77000744	44	2.0	43	82	2	106	32	21	20	25	1.97
77000949--77001153	86	2.4	85	82	4	266	35	22	22	19	1.96
77001084--77001283	43	4.7	42	69	10	145	33	22	22	22	1.97
77000997--77001286	129	2.2	129	93	0	499	34	22	21	21	1.97
77001127--77001333	87	2.4	87	82	4	240	33	23	23	19	1.97
77000815--77001333	216	2.4	213	79	6	562	35	22	21	20	1.96
77010123--77010179	23	2.4	23	85	2	69	57	0	5	36	1.21
77010248--77010296	17	3.1	16	75	24	50	59	8	0	32	1.27
77010821--77010863	22	1.9	23	85	4	61	58	0	41	0	0.98
77012142--77012169	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77017403--77017471	35	2.0	35	100	0	138	17	50	11	20	1.76
77017420--77017499	34	2.3	35	84	2	99	22	51	10	16	1.74
77018804--77018870	3	23.0	3	75	11	50	34	8	0	56	1.31
77018814--77018865	16	3.5	15	82	15	72	34	11	0	53	1.37
77021081--77021124	19	2.3	20	84	7	56	27	20	11	40	1.86
77025232--77025373	44	3.3	43	67	18	114	25	24	22	27	2.00
77025224--77025404	86	2.1	87	91	1	301	28	23	22	25	1.99
77025395--77026246	97	9.0	97	78	10	568	29	19	22	28	1.98
77025757--77025916	45	3.4	45	66	17	126	28	17	25	28	1.97
77025492--77026149	231	2.8	231	96	0	1181	29	18	22	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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