genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5917764--5917806	15	2.9	14	90	10	68	20	0	0	79	0.74
5924512--5924550	20	1.9	21	89	5	62	33	5	0	61	1.18
5929433--5929506	15	4.9	15	93	0	121	59	14	13	12	1.61
5932305--5932333	12	2.4	12	100	0	58	24	0	20	55	1.44
5934287--5934339	20	2.8	20	75	16	58	64	1	3	30	1.22
5935968--5936082	53	2.2	53	81	9	128	37	19	2	40	1.65
5935985--5936150	13	12.7	13	72	14	119	37	19	2	40	1.65
5936009--5936086	40	2.0	39	82	12	97	38	19	1	41	1.60
5936009--5936196	65	2.9	65	86	5	238	34	21	2	42	1.65
5936746--5936789	7	5.9	7	82	10	52	40	20	0	38	1.53
5939975--5940029	27	2.0	27	96	0	101	27	21	9	41	1.83
5951290--5951339	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
5964126--5964257	26	5.2	26	92	2	214	36	24	6	32	1.82
5964126--5964257	51	2.6	52	95	2	232	36	24	6	32	1.82
5971215--5971322	26	4.2	26	91	0	180	36	23	7	33	1.83
5977660--5977793	67	2.0	68	94	1	234	40	6	11	41	1.67
5983821--5983880	24	2.5	24	94	2	104	35	10	15	40	1.80
5990266--5990314	22	2.3	23	80	16	61	51	0	2	46	1.12
5992922--5992966	18	2.5	19	89	7	67	57	4	0	37	1.19
5995423--5995484	32	1.9	32	90	6	99	50	6	3	40	1.44
5995673--5995844	95	1.8	95	80	12	210	48	1	3	45	1.29
5997151--5997353	108	1.9	109	88	3	311	32	21	24	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5999130--5999206	6	13.2	6	76	15	81	79	0	18	2	0.85
5999131--5999193	17	3.6	17	81	10	74	80	0	15	3	0.83
5999132--5999206	23	3.2	23	81	12	75	80	0	17	2	0.84
6001864--6001909	17	2.6	19	74	22	55	28	0	4	67	1.10
6007767--6007811	17	2.6	18	78	3	56	2	0	22	75	0.91
6022029--6022053	7	3.6	7	100	0	50	16	28	12	44	1.83
6023459--6023538	28	2.9	28	81	7	76	60	0	6	33	1.22
6023790--6023900	26	4.2	25	75	12	80	60	3	8	27	1.42
6028356--6028393	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
6030290--6030471	46	4.0	46	87	1	240	39	14	24	21	1.91
6031235--6031286	20	2.6	20	90	0	77	21	36	32	9	1.86
6035040--6035174	68	2.0	69	83	5	175	55	11	4	28	1.54
6035711--6035744	10	3.5	10	92	4	52	35	0	0	64	0.94
6045469--6045520	26	2.0	26	100	0	104	19	19	11	50	1.77
6047105--6047160	17	3.3	17	76	0	58	37	7	5	50	1.53
6047779--6047837	30	2.0	30	86	0	82	37	13	6	42	1.71
6048309--6048370	25	2.5	24	80	10	72	29	6	0	64	1.18
6052413--6052621	40	5.2	40	81	0	220	34	17	26	21	1.95
6052444--6052503	20	3.0	20	69	9	59	33	15	30	21	1.94
6052540--6052604	20	3.2	20	65	8	51	33	15	33	16	1.91
6059572--6059776	40	5.1	39	74	7	153	38	17	27	17	1.91
6059580--6059776	80	2.5	78	75	8	198	37	17	28	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6059622--6059678	20	2.8	20	68	19	55	38	17	29	14	1.89
6061785--6061828	18	2.4	18	81	11	54	47	0	0	52	1.00
6065847--6065917	34	2.1	35	84	5	92	29	21	26	22	1.99
6082212--6082304	37	2.4	37	81	13	100	38	3	4	53	1.37
6082215--6082445	131	1.8	126	83	8	279	39	3	6	51	1.43
6093409--6093442	17	2.0	17	88	0	50	17	29	35	17	1.93
6095879--6095925	17	2.8	17	80	6	60	21	19	21	38	1.94
6105791--6105885	40	2.4	39	87	3	129	36	37	12	12	1.82
6111568--6111600	16	2.1	16	94	0	57	30	36	6	27	1.81
6122902--6122937	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
6124108--6124175	24	2.8	23	77	16	66	58	2	2	35	1.28
6130534--6130573	19	2.1	19	95	0	71	42	25	2	30	1.68
6131834--6131859	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
6133187--6133273	42	2.0	43	97	2	167	34	6	2	56	1.39
6137894--6137954	25	2.4	26	86	5	88	59	0	0	40	0.98
6139286--6139710	104	4.1	104	87	2	559	36	18	19	26	1.95
6139280--6139710	206	2.1	208	85	0	596	35	18	19	26	1.95
6141545--6141617	31	2.4	30	76	19	78	19	6	15	58	1.58
6141752--6141780	15	1.9	15	100	0	58	31	0	0	68	0.89
6148505--6148575	6	11.7	6	88	8	92	18	1	0	80	0.79
6148505--6148569	19	3.5	19	89	6	98	18	1	0	80	0.80
6148508--6148575	25	2.8	25	86	8	104	19	1	0	79	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6148682--6148722	20	2.0	20	90	0	64	31	39	7	21	1.81
6149499--6149728	117	2.0	118	91	0	372	23	17	30	28	1.97
6150457--6150517	26	2.3	26	75	8	61	39	0	11	49	1.39
6153138--6153267	45	2.9	45	81	0	134	44	13	19	23	1.85
6154291--6154334	17	2.6	17	92	0	70	29	22	22	25	1.99
6195504--6195590	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
6196989--6197024	15	2.3	17	81	18	51	0	30	0	69	0.89
6198908--6198950	17	2.4	19	88	7	63	69	0	6	23	1.12
6199327--6199392	32	2.1	31	83	8	80	72	4	10	12	1.25
6201284--6201357	30	2.5	30	78	14	73	32	0	4	63	1.13
6201336--6201360	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
6201775--6201821	21	2.1	21	84	11	58	55	0	29	14	1.40
6211660--6211702	18	2.6	16	81	7	50	11	13	4	69	1.33
6211753--6211816	21	3.0	21	77	4	67	23	9	3	64	1.38
6211837--6211972	3	45.7	3	72	15	86	27	6	1	63	1.28
6211837--6211967	23	6.2	20	72	15	95	28	6	1	64	1.26
6212934--6213004	35	2.0	35	94	0	124	21	4	15	59	1.53
6217859--6217903	21	2.1	21	91	0	72	37	22	24	15	1.93
6225674--6226734	85	12.5	85	87	2	1468	29	21	27	21	1.99
6227777--6227835	23	2.6	23	79	15	61	44	15	5	35	1.68
6230570--6230639	35	2.0	34	88	2	104	20	4	14	61	1.49
6233154--6233464	129	2.4	127	85	4	387	28	18	18	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6241244--6241280	17	2.2	17	95	0	65	27	16	24	32	1.96
6242234--6242443	45	4.7	45	77	2	172	22	21	13	42	1.88
6245048--6245079	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
6248362--6248426	29	2.2	29	97	0	121	44	3	20	32	1.67
6251697--6251736	20	2.0	20	85	9	55	2	25	5	67	1.23
6253791--6253833	11	4.0	11	84	6	61	18	46	6	27	1.75
6254370--6254444	18	4.2	18	85	0	105	32	21	13	33	1.92
6258490--6258543	11	5.0	11	86	4	74	18	46	5	29	1.72
6259687--6259756	35	2.0	35	91	0	113	27	22	14	35	1.93
6261186--6261253	3	22.7	3	100	0	136	33	0	32	33	1.58
6263983--6264078	43	2.2	43	81	0	111	18	23	38	18	1.93
6264179--6264218	21	1.9	21	84	0	53	27	35	20	17	1.95
6264831--6264866	19	1.9	19	88	5	56	83	2	2	11	0.86
6264830--6264867	9	4.2	9	83	9	51	84	2	2	10	0.83
6266020--6266106	40	2.2	40	100	0	174	47	17	6	28	1.73
6265698--6266471	405	1.9	405	95	0	1404	42	21	10	26	1.84
6274003--6274063	30	2.1	29	93	3	104	37	22	13	26	1.91
6276870--6276894	6	4.2	6	100	0	50	0	32	0	68	0.90
6276913--6276956	11	3.9	11	80	13	54	56	2	0	40	1.11
6280349--6280383	12	2.8	13	86	8	54	65	0	0	34	0.93
6281968--6281994	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
6290029--6290108	28	2.9	28	78	0	79	32	28	7	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6290111--6290193	40	2.1	40	88	4	123	31	31	15	21	1.95
6294739--6294924	41	4.3	41	75	14	169	37	23	19	19	1.95
6294832--6294913	25	3.3	25	87	0	128	37	26	18	17	1.92
6299193--6299408	46	4.7	45	80	12	142	24	31	17	27	1.97
6299242--6299411	46	3.7	46	79	13	181	24	30	18	27	1.98
6300609--6300646	18	2.1	18	100	0	76	42	10	15	31	1.81
6302122--6302209	44	2.0	44	97	0	167	31	20	17	30	1.95
6306274--6306326	20	2.7	21	72	21	51	9	22	5	62	1.47
6317226--6317263	19	2.0	19	94	0	67	42	13	0	44	1.43
6319864--6319910	19	2.4	20	75	13	53	25	8	0	65	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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