genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25228309--25228369	20	3.1	19	81	9	68	21	8	1	68	1.24
25228359--25228397	15	2.7	15	84	15	55	28	15	0	56	1.40
25232970--25233033	31	2.1	31	84	0	83	26	21	14	37	1.92
25233246--25233392	24	6.2	24	83	3	190	27	19	23	29	1.98
25233248--25233391	47	3.1	47	83	6	184	28	18	23	29	1.98
25233247--25233393	71	2.1	72	88	1	215	27	18	23	30	1.97
25233442--25233488	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
25233524--25233571	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
25243032--25243161	29	4.5	29	89	3	183	23	33	17	24	1.96
25243032--25243161	57	2.3	58	89	1	190	23	33	17	24	1.96
25246011--25246185	27	6.4	27	81	9	185	28	13	28	29	1.94
25246010--25246164	83	1.9	81	82	7	197	29	13	27	29	1.94
25254589--25254707	38	3.1	38	86	4	159	23	20	27	28	1.99
25254644--25254753	39	2.8	38	83	6	123	26	21	28	23	1.99
25254579--25254743	78	2.1	78	82	4	190	25	20	27	26	1.99
25268336--25268449	55	2.1	54	85	6	151	37	21	22	17	1.94
25268336--25268450	27	4.3	26	84	5	140	37	22	22	17	1.94
25273094--25273123	15	2.0	15	100	0	60	40	26	0	33	1.57
25288911--25288943	17	2.1	16	88	11	50	45	12	0	42	1.41
25290341--25290484	28	5.4	27	81	13	183	36	14	25	23	1.93
25290341--25290472	52	2.5	52	95	0	228	37	15	24	23	1.93
25290508--25290707	51	3.9	51	86	2	278	32	14	23	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25293174--25293219	24	1.9	24	100	0	92	43	17	4	34	1.69
25298248--25298397	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
25298272--25298455	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
25299454--25299484	16	1.9	16	93	0	53	51	0	12	35	1.40
25312128--25312249	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
25312100--25312561	47	9.7	47	89	3	612	28	30	8	32	1.87
25323077--25323240	43	3.8	43	76	6	154	31	25	17	25	1.97
25325026--25325127	28	3.6	28	86	1	132	32	21	24	21	1.98
25325233--25325353	28	4.3	28	92	0	188	34	7	24	33	1.84
25325601--25325631	8	3.9	8	91	0	53	3	22	25	48	1.66
25334283--25334436	55	2.9	52	82	7	175	27	17	27	27	1.98
25334284--25334439	82	1.9	80	84	6	206	26	17	28	27	1.98
25334284--25334439	27	5.7	27	80	8	156	26	17	28	27	1.98
25334283--25334460	27	6.6	27	79	5	144	26	16	28	28	1.97
25334276--25334460	82	2.3	80	77	4	201	26	16	28	28	1.97
25342151--25342307	27	5.7	26	75	13	106	26	18	27	28	1.98
25343806--25348312	37	122.7	36	65	24	492	3	71	0	24	1.04
25343819--25348310	51	87.6	50	65	23	550	3	71	0	24	1.04
25343839--25349402	105	51.1	107	65	23	493	3	71	0	25	1.06
25344031--25344122	21	4.2	22	75	19	59	3	69	1	26	1.10
25343857--25344199	26	12.7	26	68	21	115	3	71	0	25	1.04
25344173--25344296	17	6.9	17	68	18	58	1	70	0	27	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25344154--25344206	15	3.3	17	76	12	58	0	77	0	22	0.77
25343818--25353540	45	212.6	46	64	24	465	3	70	0	25	1.07
25344328--25344772	25	16.4	27	66	24	128	4	71	0	23	1.07
25344432--25344609	71	2.5	71	76	14	177	5	69	0	25	1.13
25343817--25348314	14	322.1	14	64	25	351	3	71	0	24	1.04
25344734--25344976	71	3.4	71	75	16	193	3	73	0	23	1.01
25344931--25345090	23	7.4	22	68	16	59	4	68	1	26	1.16
25345670--25346576	134	6.9	135	72	20	429	2	73	0	22	0.98
25345835--25346002	93	1.8	93	81	14	217	2	72	0	25	0.99
25345730--25353533	98	80.6	94	64	23	590	3	70	0	25	1.06
25345691--25347276	133	11.9	134	69	21	452	2	73	0	23	0.98
25345739--25347234	106	13.9	108	65	23	171	2	73	0	23	0.97
25345728--25348305	127	20.3	122	66	21	617	2	72	0	24	1.00
25345885--25346464	307	1.9	306	80	12	678	2	75	0	21	0.95
25345727--25347189	97	15.1	95	65	23	173	2	74	0	23	0.97
25345961--25348330	60	39.1	58	67	21	479	2	72	0	24	0.99
25345691--25353529	206	38.1	197	65	21	794	3	70	0	25	1.06
25347094--25347175	1	82.0	1	72	0	56	0	85	0	14	0.60
25347253--25347595	3	114.7	3	69	21	56	2	70	0	26	1.04
25345953--25348203	461	4.7	470	70	19	1096	2	72	0	24	1.00
25347843--25352838	23	208.7	23	63	21	357	3	70	0	25	1.08
25345694--25348326	101	25.5	102	67	22	462	2	72	0	24	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25348518--25348664	40	3.5	42	75	12	144	2	70	0	27	1.03
25348938--25349402	61	7.1	62	67	20	188	3	72	0	24	1.01
25349119--25349402	7	39.7	7	65	28	61	3	73	0	22	0.97
25348924--25349160	128	1.9	123	80	11	275	2	70	0	26	1.05
25348924--25349398	128	3.8	122	71	22	269	3	72	0	24	1.02
25348921--25349397	188	2.5	187	77	14	455	3	72	0	24	1.01
25349713--25349927	64	3.4	64	71	20	168	3	69	0	26	1.03
25349861--25353540	82	44.2	81	65	21	348	3	70	0	25	1.07
25350000--25350194	78	2.6	73	74	21	181	2	70	0	26	1.00
25350489--25350619	61	2.0	67	83	13	170	5	72	0	22	1.04
25351076--25351167	24	3.8	23	75	12	69	4	72	0	22	1.02
25350838--25351172	139	2.4	136	75	18	302	3	72	0	22	1.05
25351222--25351596	146	2.6	144	78	15	321	2	72	0	24	1.01
25351411--25351632	102	2.2	103	76	12	219	3	72	0	23	1.03
25351189--25351646	147	3.2	141	75	17	303	2	72	0	23	1.01
25351687--25352846	49	23.1	50	65	25	165	3	69	0	26	1.08
25345869--25348321	66	36.7	66	66	23	329	2	72	0	24	0.99
25351964--25352940	100	9.6	98	68	22	339	2	70	0	27	1.04
25351870--25352201	181	1.8	180	79	10	390	3	69	0	26	1.08
25352035--25353540	71	21.2	68	65	21	257	2	70	0	25	1.03
25351965--25352356	99	3.9	103	75	17	257	2	71	0	25	1.00
25352220--25352618	213	1.8	224	79	12	483	3	68	1	27	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25352542--25352662	3	40.3	3	72	21	60	3	67	0	28	1.06
25352872--25353530	26	24.7	26	66	19	151	2	72	0	23	1.02
25353318--25353381	3	23.0	3	76	17	50	0	75	0	25	0.81
25353317--25353513	69	2.8	70	79	14	199	1	75	0	22	0.88
25354705--25359212	37	122.8	36	65	24	494	3	71	0	24	1.04
25354719--25359210	51	87.6	50	65	23	550	3	71	0	24	1.04
25354739--25360302	105	51.1	107	65	23	493	3	71	0	25	1.06
25354931--25355022	21	4.2	22	75	19	59	3	69	1	26	1.10
25354757--25355099	26	12.7	26	68	21	115	3	71	0	25	1.04
25355073--25355196	17	6.9	17	68	18	58	1	70	0	27	0.96
25355054--25355106	15	3.3	17	76	12	58	0	77	0	22	0.77
25354718--25364440	45	212.6	46	64	24	465	3	70	0	25	1.07
25355228--25355672	25	16.4	27	66	24	128	4	71	0	23	1.07
25355332--25355509	71	2.5	71	76	14	177	5	69	0	25	1.13
25354717--25359214	14	322.1	14	64	25	351	3	71	0	24	1.04
25355634--25355876	71	3.4	71	75	16	193	3	73	0	23	1.01
25355831--25355990	23	7.4	22	68	16	59	4	68	1	26	1.16
25356570--25357476	134	6.9	135	72	20	429	2	73	0	22	0.98
25356735--25356902	93	1.8	93	81	14	217	2	72	0	25	0.99
25356630--25364433	98	80.6	94	64	23	590	3	70	0	25	1.06
25356591--25358176	133	11.9	134	69	21	452	2	73	0	23	0.98
25356639--25358134	106	13.9	108	65	23	171	2	73	0	23	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25356628--25359205	127	20.3	122	66	21	617	2	72	0	24	1.00
25356785--25357364	307	1.9	306	80	12	678	2	75	0	21	0.95
25356627--25358089	97	15.1	95	65	23	173	2	74	0	23	0.97
25356861--25359230	60	39.1	58	67	21	479	2	72	0	24	0.99
25356591--25364429	206	38.1	197	65	21	794	3	70	0	25	1.06
25357994--25358075	1	82.0	1	72	0	56	0	85	0	14	0.60
25358153--25358495	3	114.7	3	69	21	56	2	70	0	26	1.04
25356853--25359103	461	4.7	470	70	19	1096	2	72	0	24	1.00
25358743--25363738	23	208.7	23	63	21	357	3	70	0	25	1.08
25356594--25359226	101	25.5	102	67	22	462	2	72	0	24	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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