genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13189744--13189798	27	2.0	29	82	13	71	67	5	3	23	1.28
13193832--13193877	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
13193839--13193883	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
13197571--13197610	20	2.0	20	85	0	53	72	7	5	15	1.24
13214835--13214924	29	3.1	28	85	7	128	26	13	28	31	1.94
13222747--13222905	42	3.7	42	75	13	155	23	16	27	32	1.96
13222746--13222905	43	3.7	42	78	8	146	23	16	26	32	1.96
13228340--13228373	17	1.9	18	94	5	61	35	5	5	52	1.50
13228540--13228598	25	2.4	22	76	20	55	49	0	6	44	1.29
13229019--13229043	13	1.9	13	100	0	50	8	8	20	64	1.46
13232161--13232377	39	5.6	41	85	7	285	25	29	22	22	1.99
13232161--13232377	117	1.9	117	86	7	316	25	29	22	22	1.99
13240619--13240836	40	5.6	41	83	8	276	25	28	22	22	1.99
13240619--13240836	77	2.8	79	85	6	284	25	28	22	22	1.99
13252544--13252662	28	4.3	28	86	2	159	21	15	33	29	1.94
13252978--13253185	27	7.7	27	83	0	245	37	22	10	29	1.88
13253164--13253225	27	2.3	27	94	0	106	40	9	14	35	1.79
13257852--13257941	41	2.2	41	84	5	121	23	28	13	34	1.92
13266854--13266990	56	2.4	57	87	2	213	33	16	18	31	1.93
13269035--13269115	24	3.4	24	91	5	128	29	20	19	29	1.97
13269042--13269114	23	3.1	23	94	2	119	31	19	20	28	1.97
13269165--13269228	20	3.2	20	86	4	94	32	20	12	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13273722--13273798	31	2.5	31	89	2	109	20	25	20	32	1.97
13274006--13274108	23	4.4	24	92	6	167	29	22	19	29	1.98
13274158--13274222	20	3.2	20	93	0	112	32	21	12	33	1.90
13274158--13274211	11	5.3	11	70	17	53	31	20	12	35	1.90
13274258--13274306	25	2.0	25	87	0	71	26	16	24	32	1.96
13276709--13276752	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
13282715--13282836	43	2.9	42	82	11	167	30	13	26	29	1.94
13284775--13284860	25	3.5	24	84	7	84	25	23	24	26	2.00
13284795--13284860	25	2.6	25	92	0	105	25	24	25	24	2.00
13284915--13284958	20	2.1	21	91	4	72	34	18	11	36	1.86
13292333--13292413	29	2.7	31	81	9	96	25	22	19	32	1.98
13305285--13305398	33	3.7	30	75	19	92	62	3	5	28	1.34
13305315--13305406	13	7.8	12	69	21	54	61	2	4	31	1.27
13305312--13305408	16	6.1	16	73	20	62	61	2	4	31	1.26
13305447--13305491	16	2.8	16	83	10	56	68	0	2	28	1.01
13306752--13306784	17	1.9	17	93	0	57	18	6	6	69	1.30
13306931--13307113	80	2.3	79	82	3	217	30	22	14	31	1.94
13307083--13307498	44	9.9	41	70	17	155	26	26	17	30	1.97
13307191--13307400	73	2.7	77	86	8	284	26	26	16	31	1.96
13319508--13319604	16	5.9	16	75	16	83	62	2	3	31	1.22
13319481--13319600	33	4.0	29	74	21	95	64	3	4	28	1.28
13319511--13319602	13	7.8	12	71	21	63	63	2	3	31	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13319476--13319600	65	2.0	62	81	10	146	64	3	4	28	1.27
13319641--13319702	23	2.6	22	87	10	79	66	0	1	32	1.02
13320977--13321009	17	1.9	17	93	0	57	18	6	6	69	1.30
13337513--13337925	47	8.7	47	97	1	729	31	8	29	30	1.87
13337551--13337725	22	7.5	23	61	11	70	31	9	28	30	1.88
13338044--13338121	37	2.1	37	90	0	120	23	19	32	25	1.98
13340132--13340166	14	2.5	13	90	9	52	0	0	11	88	0.51
13349726--13349816	28	3.2	28	87	4	130	30	23	24	21	1.99
13349922--13349986	28	2.3	28	97	0	121	30	7	27	33	1.85
13357595--13357675	28	2.9	28	94	1	135	32	20	24	22	1.98
13357791--13357855	28	2.3	28	97	0	121	30	7	27	33	1.85
13361928--13361971	22	2.0	22	83	12	56	56	6	6	29	1.51
13362085--13362159	14	5.2	13	72	19	51	58	1	9	30	1.38
13362176--13362342	8	20.9	8	66	21	59	58	0	5	35	1.22
13362126--13362362	10	22.8	10	65	25	61	57	0	6	35	1.27
13362126--13362362	7	34.1	7	64	24	58	57	0	6	35	1.27
13362256--13362364	25	4.4	25	70	23	70	60	0	4	33	1.23
13362293--13362364	5	14.4	5	70	21	53	61	1	2	34	1.19
13362332--13362378	21	2.1	23	84	7	62	57	4	2	36	1.30
13374986--13375113	64	2.0	64	98	0	247	26	25	10	38	1.87
13377652--13377724	32	2.3	32	85	0	101	24	23	28	23	1.99
13384928--13384961	18	1.9	18	94	5	61	11	26	47	14	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13390585--13390706	43	2.8	43	85	2	156	26	26	21	26	1.99
13398539--13398622	43	2.0	43	92	0	141	29	28	17	23	1.97
13408670--13408707	18	2.1	18	100	0	76	26	18	5	50	1.68
13417696--13418027	48	6.9	48	86	2	342	28	27	15	28	1.96
13417683--13418027	96	3.6	96	85	1	377	28	27	15	28	1.96
13417692--13418027	144	2.3	146	83	4	403	27	27	15	28	1.96
13425178--13425485	27	11.6	27	81	7	346	39	21	9	29	1.84
13425497--13425666	27	6.3	27	85	0	223	30	20	8	40	1.82
13425495--13425666	81	2.1	81	92	2	283	30	20	8	40	1.81
13425537--13425722	81	2.3	81	80	3	187	34	20	7	37	1.81
13425686--13425783	27	3.7	27	82	5	101	42	22	8	26	1.81
13425714--13425783	26	2.7	26	86	2	95	40	22	10	27	1.86
13425768--13426096	27	12.3	27	89	0	464	32	19	22	25	1.97
13426505--13426585	31	2.6	31	92	2	126	20	13	14	50	1.77
13426505--13426599	6	15.3	6	68	18	52	21	13	14	50	1.77
13441511--13441662	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
13441511--13441662	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
13449515--13449666	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
13449515--13449666	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
13456629--13456669	18	2.2	19	91	4	66	46	4	7	41	1.53
13457465--13457506	21	2.0	21	90	0	66	33	4	11	50	1.60
13467179--13467217	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13467649--13467718	27	2.5	28	88	4	97	34	24	24	17	1.96
13467649--13467738	27	3.2	27	79	7	92	32	23	24	20	1.98
13467844--13467908	28	2.3	28	89	5	96	30	7	24	36	1.84
13476102--13476133	16	2.0	16	93	0	55	34	0	0	65	0.93
13477301--13477342	22	1.9	22	85	0	57	35	0	7	57	1.26
13490594--13490642	14	3.5	15	70	13	50	69	0	28	2	1.00
13497245--13497313	20	3.5	20	100	0	138	39	10	4	46	1.58
13502746--13502789	15	2.9	15	82	0	61	54	13	13	18	1.71
13512076--13512301	40	5.7	40	87	4	253	27	26	20	24	1.99
13512076--13512301	120	1.9	120	81	7	280	27	26	20	24	1.99
13519351--13519575	40	5.6	39	82	7	231	26	26	20	25	1.99
13519344--13519573	80	2.9	80	81	5	277	26	26	20	26	1.99
13526829--13526926	50	2.0	50	97	0	187	39	13	23	23	1.90
13536195--13536230	18	1.9	18	88	5	54	52	0	25	22	1.47
13542387--13542426	21	2.0	20	85	5	53	12	37	27	22	1.90
13551541--13551643	51	2.0	52	94	1	181	30	27	7	34	1.85
13554010--13554047	20	1.9	20	89	10	60	52	23	2	21	1.59
13558343--13558410	25	2.7	25	81	4	75	27	19	26	26	1.99
13561790--13561991	40	5.1	40	90	2	293	25	27	22	24	2.00
13565196--13565279	43	2.0	43	90	0	132	28	30	17	22	1.97
13570640--13570684	15	3.0	15	90	0	72	55	13	17	13	1.69
13570626--13570684	30	2.0	30	82	0	73	54	11	18	15	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13574627--13574709	43	1.9	43	82	0	103	28	27	16	26	1.97
13575832--13575890	30	2.0	30	86	0	82	28	16	27	27	1.97
13576234--13576452	46	4.7	45	83	8	244	27	20	29	22	1.99
13580686--13580774	30	3.0	30	76	12	83	39	1	25	33	1.64
13583967--13584031	26	2.5	26	94	0	112	26	16	32	24	1.96
13595886--13595916	15	2.1	15	100	0	62	32	6	19	41	1.77
13596142--13596171	5	6.0	5	100	0	60	20	0	0	80	0.72
13596760--13596823	27	2.4	27	97	0	119	40	4	28	26	1.76
13599872--13600092	40	5.6	40	85	6	263	23	23	28	24	1.99
13599872--13600092	80	2.8	79	88	4	295	23	23	28	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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