genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  78  of  250  ( 29906 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24872495--24872692	81	2.4	81	89	3	301	40	8	23	28	1.83
24881368--24881521	47	3.3	47	91	0	263	29	29	6	34	1.83
24883369--24883393	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
24887524--24887646	61	2.0	61	91	0	201	28	13	19	38	1.90
24887801--24887845	21	2.1	21	95	0	81	24	8	28	37	1.86
24892899--24892982	41	2.0	41	86	4	116	33	15	7	44	1.74
24895334--24895410	31	2.5	31	78	17	81	35	7	9	48	1.64
24896672--24896893	46	4.7	48	77	10	201	27	19	30	22	1.98
24896677--24896941	47	5.7	47	74	14	149	28	19	29	22	1.98
24896677--24896940	140	1.9	141	81	5	320	28	19	29	22	1.98
24897181--24899065	942	2.0	942	97	0	3592	26	18	23	31	1.97
24904772--24904978	53	3.8	54	78	1	209	19	24	19	37	1.94
24907815--24908035	46	4.7	46	78	8	171	28	20	29	21	1.98
24908336--24908405	32	2.2	32	97	0	131	28	22	10	38	1.87
24908351--24908405	17	3.4	17	70	10	60	25	23	12	38	1.90
24917554--24917654	35	2.9	35	86	0	139	17	17	26	37	1.93
24918329--24918363	18	1.9	18	100	0	70	34	22	11	31	1.90
24921439--24921505	20	3.4	19	70	15	55	13	37	11	37	1.82
24921458--24921607	20	7.5	20	69	11	92	13	33	15	38	1.86
24921424--24921623	40	5.0	40	86	0	229	15	32	14	38	1.88
24921558--24921623	20	3.3	20	78	0	69	18	33	12	36	1.88
24923444--24923513	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24923444--24923541	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
24927912--24928055	40	3.6	40	86	0	198	25	15	23	36	1.94
24933910--24934085	46	3.8	46	79	10	196	22	21	27	28	1.99
24933907--24934078	93	1.8	93	92	0	290	22	21	27	27	1.99
24937746--24937836	46	2.0	46	86	0	128	25	31	8	34	1.86
24937853--24937928	22	3.3	22	66	28	59	25	28	11	34	1.91
24937810--24938237	47	9.1	47	93	1	660	26	28	11	33	1.91
24942726--24942765	21	1.9	21	90	10	64	22	5	10	62	1.46
24953559--24953640	26	3.2	26	96	0	155	30	6	26	36	1.81
24955244--24955384	27	5.2	27	86	6	189	17	23	24	35	1.95
24955244--24955384	54	2.6	53	93	2	228	17	23	24	35	1.95
24964160--24964252	28	3.0	33	73	15	97	26	23	23	25	2.00
24964599--24965267	27	24.5	27	83	3	755	24	21	20	33	1.97
24965081--24965251	62	2.9	62	78	10	171	24	21	21	32	1.98
24964999--24965262	144	1.8	143	89	2	413	24	21	20	32	1.98
24965055--24965225	89	1.9	90	86	3	247	24	22	21	31	1.98
24967259--24967318	25	2.4	26	76	15	63	60	1	3	35	1.23
24967688--24967732	22	2.0	22	86	0	63	20	13	42	24	1.87
24976915--24977137	56	4.0	56	85	2	279	27	13	24	33	1.94
24978843--24978872	12	2.5	12	88	0	51	30	0	50	20	1.49
24980759--24980796	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
24981026--24981196	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24981021--24981193	46	3.7	46	80	10	217	28	27	21	21	1.99
24988302--24988339	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
24988569--24988739	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
24988564--24988736	46	3.7	46	79	10	208	29	27	21	21	1.98
24989158--24989217	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
24990523--24990595	34	2.1	34	87	5	103	27	19	24	28	1.98
24995148--24995177	12	2.5	12	94	0	51	36	23	0	40	1.55
24997225--24997270	23	2.0	23	83	8	58	26	47	4	21	1.69
24997786--24997816	13	2.4	13	94	0	53	9	19	32	38	1.84
25001097--25001150	27	2.0	28	88	3	83	42	11	14	31	1.81
25012024--25012118	27	3.5	28	81	11	92	32	26	13	27	1.94
25020045--25020202	29	5.5	29	91	2	230	33	25	12	28	1.92
25035807--25035907	29	3.5	29	80	2	105	24	31	14	28	1.95
25038294--25038460	43	3.9	42	78	7	160	29	15	22	32	1.95
25039197--25039246	23	2.2	22	79	10	57	18	4	26	52	1.63
25040487--25040523	18	2.1	18	89	0	56	48	10	18	21	1.78
25040852--25041064	27	8.0	27	76	4	198	41	20	15	23	1.90
25040875--25041063	80	2.4	79	80	2	200	40	20	15	23	1.91
25040852--25041064	53	4.0	53	86	1	246	41	20	15	23	1.90
25042407--25042454	20	2.4	20	75	0	60	20	29	18	31	1.97
25044891--25044979	42	2.1	42	91	0	142	56	4	23	15	1.58
25044892--25044958	21	3.2	21	67	0	53	52	2	25	19	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25044986--25045052	30	2.2	30	86	0	89	59	1	23	14	1.44
25045064--25045102	18	2.1	19	85	4	53	66	2	23	7	1.30
25048690--25049267	48	12.0	48	97	0	1039	34	6	28	30	1.81
25048923--25049003	28	3.2	28	60	26	70	35	6	29	28	1.81
25049408--25049510	37	2.8	37	95	0	179	24	20	31	24	1.98
25050524--25050571	20	2.4	20	75	0	60	20	29	18	31	1.97
25059795--25059972	27	6.6	27	83	5	180	28	28	15	26	1.96
25059816--25059971	82	1.9	81	85	6	217	28	28	16	26	1.97
25069703--25069877	27	6.6	27	81	6	169	28	28	16	27	1.97
25069724--25069876	79	1.9	80	85	5	211	28	28	16	27	1.97
25075793--25075822	10	3.1	10	95	4	53	33	0	20	46	1.51
25078434--25078587	50	3.1	50	77	10	136	35	16	16	31	1.91
25087719--25087803	26	3.4	25	87	9	111	27	22	22	28	1.99
25087732--25087827	26	3.8	26	90	2	126	26	22	23	27	2.00
25094325--25094397	34	2.1	34	87	0	101	20	23	26	30	1.99
25097126--25097168	21	2.0	21	86	8	61	32	4	44	18	1.71
25098832--25099053	40	5.6	40	87	3	315	27	26	22	23	1.99
25098832--25099053	80	2.8	80	92	0	356	27	26	22	23	1.99
25102926--25103048	43	2.9	43	81	2	149	28	18	25	27	1.98
25114589--25114738	64	2.3	67	81	9	182	26	27	16	30	1.96
25115442--25115502	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
25123109--25123292	67	2.8	64	79	5	208	30	16	29	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25139997--25140250	127	2.0	127	93	0	436	26	8	22	42	1.82
25148875--25149052	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
25148876--25149031	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
25148872--25149052	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
25151048--25151085	19	2.0	19	85	10	51	2	15	23	57	1.51
25166898--25167187	132	2.2	132	86	1	404	27	19	25	27	1.99
25166766--25167103	176	1.9	177	82	3	421	28	18	25	26	1.98
25166943--25167182	43	5.5	44	69	10	152	28	18	24	27	1.98
25167148--25167393	134	1.8	134	85	1	350	31	17	23	27	1.97
25167142--25167439	134	2.2	133	80	4	341	31	17	24	26	1.97
25169781--25169828	21	2.3	20	85	3	60	47	22	16	12	1.80
25170949--25171036	27	3.3	27	85	4	108	38	22	20	18	1.93
25181472--25181661	50	3.8	48	75	8	166	28	24	20	26	1.99
25181475--25181661	101	1.9	101	85	4	261	28	25	20	26	1.99
25188642--25188879	50	4.8	50	80	4	239	30	26	18	25	1.98
25191316--25191399	27	3.2	26	81	5	96	36	21	23	17	1.94
25193933--25193984	21	2.4	22	87	6	70	5	21	0	73	1.04
25197249--25197279	15	2.1	15	93	0	53	70	0	0	29	0.87
25197500--25197544	10	4.4	10	80	5	54	44	22	20	13	1.85
25197495--25197547	21	2.6	21	88	5	74	49	20	16	13	1.79
25204685--25204727	15	2.9	15	89	0	68	16	16	13	53	1.73
25210508--25212841	656	3.6	656	98	0	4508	36	17	13	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25213493--25213648	68	2.2	68	77	13	149	20	28	16	35	1.94
25217011--25217157	37	4.0	37	92	1	235	25	22	15	36	1.93
25217120--25217290	52	3.2	52	93	1	279	26	23	14	35	1.93
25222924--25223081	68	2.3	69	78	13	164	20	27	15	36	1.93
25226504--25227029	45	11.8	45	71	7	270	31	18	21	27	1.97
25226550--25226843	89	3.3	89	74	6	263	30	18	22	28	1.97
25226511--25226902	134	2.9	131	73	7	342	31	17	23	27	1.97
25226815--25227148	179	1.9	179	86	2	483	31	21	17	28	1.97
25226828--25227116	89	3.2	87	72	8	240	31	20	18	29	1.96
25228028--25228222	3	65.3	3	75	8	148	28	7	3	60	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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