genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23683310--23683384	20	3.7	20	78	1	78	12	32	21	34	1.90
23691406--23691444	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
23698642--23698813	93	1.8	93	94	0	308	28	29	20	20	1.98
23698635--23698810	46	3.8	46	78	12	207	29	29	20	20	1.98
23701105--23701225	27	4.5	27	80	5	129	34	21	10	33	1.88
23701105--23701239	54	2.5	53	81	4	146	35	20	11	33	1.88
23701093--23701239	27	5.4	27	76	8	113	35	18	11	34	1.87
23701152--23701263	27	4.1	27	78	6	84	39	16	12	31	1.86
23702702--23702801	50	2.0	50	100	0	200	30	18	24	28	1.97
23705425--23705472	25	1.9	25	86	0	69	31	22	18	27	1.97
23705584--23705705	26	4.7	26	94	2	203	27	21	24	27	1.99
23706769--23706801	17	1.9	17	88	11	50	60	9	6	24	1.49
23707677--23707842	47	3.5	47	90	1	253	34	15	25	24	1.95
23707561--23707791	121	1.9	119	80	8	263	34	17	25	22	1.96
23732198--23732255	30	1.9	31	89	3	91	44	8	22	24	1.80
23732671--23732801	46	2.8	46	90	0	208	20	21	28	29	1.98
23740994--23741049	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
23740983--23741049	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
23741099--23741245	24	6.2	23	85	3	186	30	21	21	26	1.98
23741099--23741245	47	3.1	46	82	6	179	30	21	21	26	1.98
23741099--23741245	71	2.1	71	89	0	222	30	21	21	26	1.98
23741458--23741521	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23741508--23741535	7	4.0	7	100	0	56	57	0	14	28	1.38
23744585--23744761	27	6.6	27	84	5	196	29	28	14	28	1.95
23744585--23744761	54	3.3	54	85	6	216	29	28	14	28	1.95
23883071--23883184	48	2.4	48	81	5	135	30	21	13	35	1.91
23885411--23885464	27	2.0	27	81	0	63	42	9	11	37	1.73
23888067--23888271	39	5.3	39	90	2	308	23	21	29	24	1.99
23888016--23888271	78	3.3	78	84	7	315	23	22	29	24	1.99
23888014--23888268	117	2.2	119	83	7	317	23	22	29	24	1.99
23888021--23888306	39	7.3	38	80	11	201	25	21	28	25	1.99
23893520--23893622	46	2.2	48	86	6	140	35	13	24	26	1.92
23897833--23897929	46	2.1	48	84	3	126	35	15	21	27	1.94
23905143--23905195	25	2.2	25	83	12	67	43	22	0	33	1.54
23905745--23905916	43	4.0	43	75	11	145	31	26	19	22	1.97
23905797--23905914	44	2.8	42	77	13	132	32	25	20	22	1.98
23906312--23906341	8	3.6	8	95	4	51	60	26	0	13	1.34
23916019--23916045	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
23916096--23916146	25	2.0	25	100	0	102	39	19	11	29	1.87
23918567--23918655	42	2.1	42	97	0	169	23	31	24	20	1.98
23921247--23921466	79	2.8	79	82	6	241	25	26	22	25	2.00
23921247--23921466	40	5.6	40	80	5	234	25	26	22	25	2.00
23930654--23930751	28	3.5	28	73	20	80	64	3	3	29	1.24
23930654--23930751	18	5.3	18	67	22	60	64	3	3	29	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23930654--23930718	29	2.2	28	82	12	78	67	3	1	27	1.14
23930909--23930959	20	2.7	18	77	14	57	68	0	1	29	1.00
23930937--23930984	25	1.9	25	86	0	69	68	2	4	25	1.18
23930975--23931033	30	2.0	30	83	12	77	62	1	5	30	1.26
23931021--23931055	18	1.9	18	88	0	52	77	0	5	17	0.96
23930980--23931054	30	2.6	29	80	14	75	69	0	5	25	1.09
23930973--23931081	28	3.8	28	74	12	87	66	2	3	26	1.21
23931381--23931425	18	2.5	19	85	7	58	31	0	0	68	0.89
23931450--23931492	20	2.2	20	83	4	52	30	4	0	65	1.13
23931470--23931515	24	1.9	24	82	8	58	28	4	0	67	1.10
23931471--23931621	19	8.3	18	71	17	73	29	4	1	64	1.22
23931561--23931630	10	7.3	9	78	15	54	24	2	2	70	1.15
23931471--23931640	9	19.8	8	69	16	58	30	4	1	64	1.20
23931561--23931630	28	2.5	28	82	13	74	24	2	2	70	1.15
23931616--23931651	18	2.0	18	88	0	54	36	0	2	61	1.11
23932989--23933049	30	2.1	30	81	9	72	32	1	6	59	1.33
23933769--23933830	29	2.1	29	84	0	79	37	3	8	51	1.48
23933794--23933854	30	2.1	30	81	9	72	34	1	4	59	1.29
23932738--23934595	805	2.3	802	95	1	3251	35	13	9	41	1.77
23945330--23945390	30	2.1	30	81	9	72	32	1	6	59	1.33
23947498--23947655	72	2.2	74	82	6	189	25	32	0	41	1.56
23948105--23948164	26	2.3	26	85	0	84	21	21	11	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23952737--23952776	16	2.5	16	84	8	55	25	20	22	32	1.98
23952787--23952817	16	1.9	16	93	0	53	22	38	19	19	1.93
23957388--23957445	29	2.0	29	96	0	107	43	6	13	36	1.71
23957902--23957957	21	2.6	21	85	5	76	28	3	3	64	1.27
23957933--23957981	26	1.9	25	84	12	64	32	0	2	65	1.04
23958455--23958496	15	2.8	15	78	7	50	35	2	0	61	1.09
23959360--23959396	3	12.3	3	100	0	74	35	32	0	32	1.58
23964286--23964344	29	2.0	29	93	0	100	38	6	18	35	1.78
23965795--23965827	15	2.2	15	100	0	66	33	15	6	45	1.70
23967277--23967490	56	3.8	56	86	0	268	35	23	13	27	1.92
23970206--23970440	40	5.8	40	89	6	323	23	22	28	25	1.99
23970206--23970440	85	2.9	82	86	9	313	23	22	28	25	1.99
23978278--23978533	80	3.2	80	90	3	358	24	21	27	26	1.99
23978278--23978507	40	5.8	40	93	1	347	23	20	28	27	1.99
23985369--23985394	12	2.2	12	100	0	52	34	7	26	30	1.85
24002974--24003711	366	2.0	366	99	0	1458	34	12	27	25	1.92
24010302--24010330	9	3.2	9	100	0	58	44	0	34	20	1.52
24012653--24012691	21	1.9	20	84	5	51	30	2	20	46	1.64
24015017--24015063	25	1.9	24	82	4	58	14	31	36	17	1.90
24015704--24015746	22	2.0	22	85	0	59	9	20	27	41	1.83
24030126--24030308	79	2.3	81	83	7	223	25	27	22	24	2.00
24030105--24030308	40	5.1	40	82	8	229	25	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24032739--24033039	42	7.2	42	91	0	476	32	23	19	23	1.98
24041141--24041214	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
24047088--24047203	41	2.8	42	72	15	107	34	24	16	25	1.95
24050407--24050631	45	5.0	45	87	2	292	23	19	28	28	1.98
24053651--24053694	18	2.4	18	88	0	61	52	13	15	18	1.75
24056858--24057032	53	3.3	52	76	6	156	39	21	16	22	1.92
24056853--24057032	26	6.9	26	77	5	166	40	21	15	22	1.91
24056858--24057032	79	2.2	78	80	9	185	39	21	16	22	1.92
24057935--24058013	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
24058132--24058365	47	4.9	47	91	2	360	29	30	8	32	1.87
24058132--24058365	96	2.5	94	90	1	360	29	30	8	32	1.87
24062299--24062451	39	3.9	39	93	0	261	26	24	22	26	2.00
24067564--24067740	27	6.7	27	72	13	118	37	18	17	26	1.93
24067585--24067739	51	3.0	51	86	5	204	37	18	16	27	1.93
24067564--24067740	53	3.4	52	82	7	207	37	18	17	26	1.93
24067586--24067741	27	6.0	26	73	12	140	36	18	17	26	1.94
24076516--24076737	40	5.6	40	93	1	365	27	21	28	22	1.99
24076516--24076737	119	1.9	119	94	0	390	27	21	28	22	1.99
24076516--24076764	119	2.1	119	90	1	383	26	20	28	23	1.99
24076516--24076741	79	2.8	79	93	1	371	27	21	28	22	1.99
24084921--24085142	40	5.6	39	92	2	345	27	22	28	22	1.99
24084921--24085142	119	1.9	119	93	0	381	27	22	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24084921--24085169	119	2.1	119	89	1	374	26	21	28	23	1.99
24084921--24085146	79	2.8	80	91	2	366	27	21	28	22	1.99
24092742--24092817	33	2.3	31	78	12	80	22	25	15	36	1.93
24101427--24101687	47	5.6	47	78	7	207	23	28	19	28	1.98
24101427--24101694	94	2.9	92	78	9	242	23	28	19	29	1.98
24103363--24103387	13	1.9	13	100	0	50	44	32	16	8	1.76
24109804--24109890	27	3.3	26	82	7	95	18	21	22	36	1.95
24112417--24112451	18	1.9	18	100	0	70	22	17	25	34	1.96
24116380--24116562	40	4.6	40	78	9	178	26	27	21	24	1.99
24116408--24116510	39	2.6	40	84	7	138	27	28	19	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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