genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.211.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65759705--65759741	18	2.2	17	86	13	51	62	5	0	32	1.18
65766932--65767006	21	3.4	21	75	13	80	26	12	2	58	1.47
65766929--65767004	24	3.3	24	76	14	88	26	10	2	60	1.43
65766999--65767049	25	1.9	26	84	11	68	23	13	0	62	1.31
65767399--65767656	125	2.0	126	80	5	290	29	13	17	38	1.89
65768615--65768649	17	2.1	17	88	0	52	0	22	0	77	0.78
65769616--65769644	6	4.8	6	100	0	58	34	0	0	65	0.93
65777007--65777041	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
65777184--65777226	20	2.1	21	82	4	52	62	6	2	27	1.33
65777356--65777398	23	2.0	23	86	9	63	48	6	16	27	1.71
65777362--65777411	23	2.2	23	82	13	59	52	10	14	24	1.71
65777427--65777456	11	2.7	11	89	0	51	60	0	0	40	0.97
65777618--65777653	18	1.9	19	88	5	56	69	0	0	30	0.89
65777918--65777974	14	4.0	14	78	14	55	77	0	10	12	1.00
65778191--65778272	27	3.2	26	90	10	132	3	2	32	60	1.27
65779130--65779751	72	8.5	72	87	4	886	31	21	16	30	1.96
65779130--65779770	293	2.2	295	88	3	956	32	21	16	30	1.95
65791660--65791694	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
65791835--65791877	20	2.1	21	82	4	52	62	6	2	27	1.33
65792007--65792049	23	2.0	23	86	9	63	51	6	13	27	1.67
65792013--65792062	23	2.2	23	82	13	59	54	10	12	24	1.67
65792545--65792569	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65792822--65792870	26	1.9	26	95	4	91	4	4	20	71	1.19
65796905--65796972	33	2.1	33	88	0	100	38	5	1	54	1.34
65797014--65797078	25	2.5	25	80	7	76	44	1	0	53	1.09
65797029--65797086	25	2.4	25	88	5	84	39	1	0	58	1.08
65797491--65797516	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
65799870--65799906	8	4.6	8	93	6	58	13	0	0	86	0.57
65800144--65800181	16	2.3	16	86	13	51	71	0	2	26	1.00
65800143--65800185	17	2.4	18	84	7	61	69	0	2	27	1.00
65800143--65800205	29	2.2	28	75	10	67	66	1	3	28	1.16
65800550--65800598	21	2.5	21	83	9	68	53	0	0	46	1.00
65808707--65808899	50	3.8	50	90	0	296	20	30	23	26	1.98
65808994--65809024	13	2.4	13	94	0	53	54	12	0	32	1.38
65809237--65809294	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
65811607--65811700	21	4.7	20	72	15	59	39	0	3	57	1.15
65811556--65811701	10	14.3	10	68	19	79	38	2	2	57	1.22
65818941--65819026	45	1.9	45	87	0	127	53	5	3	37	1.42
65834411--65834703	148	2.0	141	93	4	496	40	19	14	25	1.89
65840887--65840978	46	2.0	46	97	0	175	40	15	11	32	1.84
65843148--65843174	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
65848617--65848703	27	3.3	27	77	9	115	36	24	11	27	1.90
65848635--65848729	26	3.6	26	77	8	111	34	28	10	26	1.89
65848610--65848755	27	5.5	27	75	8	111	34	26	12	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65848610--65848732	53	2.3	53	95	0	228	34	26	12	26	1.91
65851127--65851194	35	1.9	35	93	0	118	41	10	13	35	1.78
65862856--65862896	18	2.2	18	86	4	55	41	4	7	46	1.53
65862842--65862896	19	2.8	19	81	8	58	47	3	7	41	1.49
65863737--65863765	5	6.0	5	92	8	51	37	0	0	62	0.96
65871071--65871150	36	2.2	36	97	2	151	42	3	21	32	1.70
65875676--65875737	12	4.8	12	80	20	72	58	4	12	24	1.54
65881408--65881467	17	3.4	18	71	15	63	56	0	5	38	1.21
65881663--65881695	16	2.0	17	88	5	50	60	0	0	39	0.97
65890509--65890691	46	4.0	46	93	0	285	21	24	14	40	1.90
65897055--65897099	18	2.3	20	82	17	51	40	4	2	53	1.33
65897195--65897242	23	2.1	23	84	7	62	39	0	2	58	1.10
65897193--65897256	19	3.5	17	78	16	58	40	0	3	56	1.15
65897272--65897325	24	2.3	23	78	18	58	24	9	1	64	1.32
65897426--65897505	31	2.7	29	71	26	78	31	2	1	65	1.14
65897713--65897767	24	2.4	22	81	6	56	34	5	7	52	1.52
65897978--65898018	18	2.3	18	91	4	66	41	2	0	56	1.13
65897990--65898025	18	2.0	18	88	0	54	36	5	0	58	1.22
65898239--65898298	28	2.1	28	85	11	79	30	6	3	60	1.39
65900180--65900273	30	3.1	30	95	1	161	26	25	6	41	1.79
65900190--65900267	15	5.2	15	70	11	70	26	23	7	42	1.81
65903471--65903561	30	3.0	30	91	3	148	26	23	6	43	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65903480--65903557	15	5.2	15	67	11	61	26	21	7	43	1.80
65912335--65912463	51	2.5	51	78	9	138	27	29	13	30	1.94
65912382--65912479	51	1.9	51	81	4	117	27	31	9	31	1.88
65915255--65915297	22	2.0	22	100	0	86	41	2	9	46	1.48
65916264--65916288	7	3.6	7	100	0	50	32	12	28	28	1.92
65921236--65921385	33	4.5	32	80	5	138	29	23	15	32	1.95
65921236--65921388	66	2.3	65	78	3	171	29	23	15	32	1.95
65922068--65922110	20	2.2	20	82	0	50	32	18	2	46	1.62
65934715--65934769	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
65934972--65935031	22	2.7	23	82	12	72	60	3	3	33	1.30
65935001--65935038	18	2.1	19	85	5	51	68	2	0	28	1.03
65935312--65935350	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
65935507--65935604	30	3.3	30	92	2	171	17	6	50	26	1.69
65936319--65936819	90	5.6	91	80	10	423	36	17	17	28	1.93
65936624--65936656	14	2.4	14	94	0	57	63	6	12	18	1.48
65936246--65937035	179	4.7	172	78	12	596	35	18	16	28	1.93
65936246--65936819	87	6.5	87	81	8	538	37	18	16	27	1.93
65936726--65937726	71	14.0	71	85	10	1237	32	20	16	30	1.95
65936732--65938255	282	5.2	288	83	11	1866	32	20	16	30	1.94
65937662--65937834	88	1.9	89	84	2	231	35	19	15	29	1.92
65937752--65938254	73	6.9	73	86	4	667	32	20	16	30	1.95
65937752--65938275	148	3.6	146	92	2	809	33	20	15	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65938185--65938540	99	3.8	91	79	9	356	37	19	16	26	1.92
65938180--65938554	95	3.9	95	81	10	417	38	18	16	26	1.92
65939572--65939602	11	2.7	12	90	10	55	0	22	0	77	0.77
65949461--65949964	250	2.0	247	95	1	900	37	20	20	21	1.94
65950920--65950987	25	2.9	24	82	6	77	58	5	5	29	1.45
65951081--65951124	19	2.3	19	82	17	56	63	0	0	36	0.95
65951408--65951446	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
65951605--65951699	30	3.3	30	82	8	133	21	6	48	24	1.73
65951608--65951696	27	3.2	27	85	4	115	22	6	47	23	1.75
65955652--65955682	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
65961254--65961439	73	2.5	73	99	0	363	40	24	6	27	1.80
65961440--65961480	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
65965693--65965878	73	2.5	73	99	0	363	40	24	6	27	1.80
65966949--65966975	10	2.7	10	100	0	54	59	0	0	40	0.98
65971215--65971255	10	4.0	11	75	18	52	63	7	7	21	1.45
65971601--65971877	139	2.0	139	94	1	484	43	13	4	38	1.64
65972981--65973005	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
65978456--65978506	3	16.0	3	84	11	50	62	5	0	31	1.19
65978579--65978658	12	6.6	12	75	12	74	65	1	3	30	1.18
65978588--65978666	9	8.6	9	71	15	54	68	1	3	26	1.14
65979165--65979280	30	3.9	30	90	2	180	25	6	50	17	1.71
65979165--65979280	60	1.9	60	94	0	205	25	6	50	17	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65979841--65980638	43	18.6	42	67	12	320	20	23	21	35	1.96
65979801--65980426	87	7.3	87	87	4	838	19	23	21	35	1.96
65979801--65980937	44	26.4	44	65	14	329	20	23	21	34	1.96
65980276--65980813	130	4.2	129	72	9	387	21	23	21	33	1.97
65980443--65980952	86	5.9	86	87	4	726	21	23	21	33	1.97
65988133--65988215	3	27.3	3	73	20	59	30	3	1	65	1.17
65988132--65988213	24	3.2	24	74	16	76	29	3	1	65	1.17
65988138--65988217	16	4.9	15	71	23	54	31	3	1	63	1.20
65995289--65995372	30	2.8	30	94	0	150	16	50	7	26	1.71
65995880--65995947	18	3.6	18	80	11	73	29	4	1	64	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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