genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   

This is table  4  of  250  ( 29906 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1036977--1037294	140	2.4	133	86	8	425	28	14	18	38	1.90
1036778--1037407	200	3.2	199	84	10	796	29	14	18	38	1.90
1037187--1037348	54	3.0	54	95	0	288	29	14	16	40	1.88
1041247--1041518	131	2.1	131	95	0	490	29	5	20	44	1.73
1045324--1045354	16	1.9	16	93	0	53	9	6	9	74	1.23
1046433--1046458	13	2.0	13	100	0	52	53	0	7	38	1.30
1046947--1047079	62	2.2	58	81	6	151	41	4	4	49	1.43
1049153--1049581	40	10.9	40	77	6	414	32	16	27	23	1.96
1049264--1049559	161	1.8	160	90	0	475	31	17	27	22	1.97
1053849--1054037	95	2.0	95	94	0	333	43	15	9	31	1.78
1054643--1054699	28	2.0	28	100	0	114	45	7	15	31	1.73
1055904--1055985	40	2.0	40	100	0	164	32	14	24	28	1.94
1058232--1058295	32	2.0	32	100	0	128	25	15	31	28	1.96
1060126--1060170	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
1064188--1064232	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
1065955--1066318	191	1.9	192	90	1	579	43	18	14	22	1.87
1069642--1069695	25	2.2	25	86	0	72	27	14	3	53	1.58
1070455--1070523	30	2.3	29	80	2	84	60	1	1	36	1.14
1070387--1070593	107	1.9	107	83	3	265	58	2	3	34	1.29
1070509--1070564	30	1.9	28	85	7	76	53	3	3	39	1.36
1070455--1070574	49	2.4	49	77	12	129	58	2	3	35	1.28
1070552--1070593	19	2.2	20	86	4	59	54	2	7	35	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1072114--1072231	62	1.9	59	86	5	164	50	4	2	42	1.35
1073889--1073918	15	2.0	15	93	0	51	70	6	10	13	1.34
1074566--1074615	25	2.0	26	88	4	75	42	12	8	38	1.71
1074724--1074840	62	1.9	61	86	5	166	52	4	1	41	1.31
1080719--1081083	47	7.7	45	71	13	179	28	19	29	23	1.98
1080719--1081034	94	3.4	95	79	6	272	28	18	29	23	1.98
1081847--1081962	55	2.1	55	80	3	126	19	25	29	25	1.99
1083365--1083798	216	2.0	216	100	0	868	40	11	13	33	1.82
1085547--1085722	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
1085544--1085715	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
1087932--1087965	15	2.1	16	89	10	52	55	5	0	38	1.24
1091827--1091950	34	3.6	34	82	0	140	33	9	15	41	1.79
1092771--1092799	15	2.0	15	93	6	51	20	13	6	58	1.58
1096360--1096503	54	2.7	54	92	2	227	18	25	23	33	1.97
1096363--1096521	27	5.9	26	81	10	169	19	24	22	33	1.97
1106499--1106675	77	2.3	77	85	5	225	33	24	18	23	1.97
1107196--1107234	13	2.8	14	84	7	53	51	0	0	48	1.00
1123264--1123303	21	2.0	20	85	14	55	32	5	5	57	1.42
1124031--1124068	19	2.1	19	85	5	51	50	0	2	47	1.15
1125011--1125335	169	1.9	166	84	4	429	41	14	23	20	1.89
1126158--1126201	19	2.2	20	80	4	54	77	9	2	11	1.08
1128146--1128194	24	2.0	24	100	0	98	40	16	20	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1129915--1130306	210	1.9	210	88	2	590	29	16	19	34	1.94
1130168--1130436	138	1.9	138	87	1	396	31	17	18	32	1.94
1129956--1130654	348	2.0	348	87	2	1021	30	17	19	33	1.94
1130304--1130976	210	3.2	209	89	0	986	30	17	17	34	1.93
1131344--1131608	144	1.8	144	82	0	341	26	23	18	30	1.98
1134933--1134981	25	2.0	25	87	0	71	32	4	0	63	1.13
1134958--1135048	9	9.6	10	75	11	50	34	2	1	62	1.14
1134903--1135002	9	10.9	9	74	14	71	38	2	1	59	1.16
1134962--1135033	19	3.9	17	74	16	63	38	1	1	58	1.15
1139867--1140005	69	2.0	69	98	0	269	26	12	32	28	1.93
1150035--1150085	18	2.7	19	82	11	61	80	0	9	9	0.91
1158283--1158315	16	2.0	17	88	5	50	75	0	6	18	1.00
1162404--1162455	24	2.2	24	89	0	77	53	3	3	38	1.37
1167218--1167289	4	18.0	4	82	0	81	54	0	45	0	0.99
1167218--1167289	6	12.0	6	83	0	81	54	0	45	0	0.99
1167218--1167289	10	7.2	10	79	0	81	54	0	45	0	0.99
1167218--1167289	32	2.2	32	92	4	119	54	0	45	0	0.99
1167681--1167928	124	2.0	124	96	0	460	35	10	12	40	1.78
1173985--1174138	77	2.0	77	98	0	299	22	16	24	36	1.94
1175469--1175511	21	2.0	21	82	8	52	18	2	23	55	1.54
1186060--1186123	13	4.9	13	77	7	76	29	6	26	37	1.81
1186060--1186123	26	2.5	26	82	10	94	29	6	26	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1186569--1186593	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1213026--1213071	9	4.9	9	84	7	56	54	2	2	41	1.25
1214728--1214799	29	2.4	29	81	6	83	36	6	15	41	1.74
1214995--1215036	12	3.5	12	93	0	66	30	38	19	11	1.88
1217731--1217854	59	2.1	60	83	1	151	29	11	7	52	1.64
1218679--1218774	46	2.1	46	90	0	147	40	20	10	28	1.85
1222627--1222670	17	2.6	16	82	10	52	2	36	4	56	1.32
1238770--1238813	18	2.5	18	85	3	54	45	4	2	47	1.35
1239410--1239447	20	1.9	20	84	10	51	50	0	0	50	1.00
1241700--1241756	28	2.0	30	86	6	82	49	0	0	50	1.00
1242135--1242229	45	2.1	44	84	1	118	32	5	27	34	1.79
1242391--1242425	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
1242349--1242421	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
1242310--1242581	144	1.9	147	92	3	469	46	2	3	46	1.35
1242535--1242569	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
1248337--1248810	130	3.6	130	76	4	393	29	17	18	35	1.93
1249995--1250072	28	2.7	29	74	9	70	53	1	2	42	1.22
1250006--1250073	31	2.3	28	78	9	73	54	1	2	41	1.24
1250948--1250990	18	2.4	18	92	0	68	37	0	9	53	1.33
1250950--1250994	3	15.0	3	80	0	54	35	0	6	57	1.25
1251135--1251206	24	2.9	24	78	15	67	44	0	22	33	1.53
1251350--1251445	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1255326--1255368	17	2.5	17	77	7	52	55	0	0	44	0.99
1255580--1255635	25	2.2	25	83	0	67	23	30	25	21	1.99
1270111--1270159	26	2.0	24	88	8	71	63	6	0	30	1.19
1270130--1270188	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
1271908--1271962	27	2.0	27	100	0	110	40	3	25	30	1.73
1272396--1272432	17	2.2	17	90	0	56	72	0	0	27	0.84
1272783--1272829	10	4.7	10	78	19	53	29	6	0	63	1.19
1272900--1272989	10	9.3	10	74	12	73	38	3	2	55	1.29
1275658--1275712	16	3.4	16	89	0	83	38	5	25	30	1.79
1275694--1275787	44	2.1	46	88	4	138	30	6	28	34	1.82
1275858--1275908	25	2.0	25	82	17	61	39	0	7	52	1.30
1275948--1276006	20	2.8	21	79	10	75	52	1	0	45	1.10
1275910--1276030	57	2.2	54	78	11	127	53	2	0	43	1.14
1275982--1276027	24	1.9	24	86	8	67	47	2	0	50	1.13
1278474--1278551	40	2.0	40	100	0	156	38	14	14	33	1.86
1279896--1280049	71	2.1	73	87	8	217	25	8	9	57	1.58
1280746--1280784	21	1.9	20	84	5	51	43	5	2	48	1.38
1285209--1285244	19	1.9	19	88	5	56	63	5	0	30	1.17
1285190--1285255	10	6.8	9	75	14	60	66	3	1	28	1.15
1291155--1291195	19	2.2	19	86	8	57	41	17	14	26	1.88
1292484--1292751	136	2.0	136	92	1	448	36	12	18	31	1.89
1293774--1293816	22	1.9	22	86	13	61	51	2	4	41	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1310839--1310987	40	3.7	40	83	1	183	20	20	24	34	1.96
1323153--1323215	23	2.7	25	73	26	66	49	3	1	46	1.27
1323253--1323294	21	2.0	21	90	9	68	26	2	23	47	1.64
1326799--1326976	33	5.3	33	71	12	96	26	23	17	32	1.97
1326849--1327008	35	4.7	33	72	6	115	28	24	16	30	1.97
1326815--1327008	101	1.9	101	92	0	325	28	24	17	30	1.97
1329925--1330002	33	2.4	33	79	12	88	28	23	15	33	1.95
1329943--1330136	101	1.9	101	90	0	307	28	23	15	31	1.96
1331695--1331735	21	1.9	21	85	5	55	26	9	12	51	1.70
1336912--1337271	46	7.8	46	90	1	497	21	24	13	40	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250