genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.209.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65192086--65192174	39	2.3	41	77	20	109	29	1	22	47	1.59
65192115--65192189	39	1.9	39	97	0	141	33	0	21	45	1.52
65192084--65192194	57	1.9	57	87	0	159	30	0	21	46	1.57
65197186--65197222	13	2.7	14	91	8	67	51	5	0	43	1.24
65197385--65197492	44	2.5	43	80	14	100	42	32	4	20	1.72
65197472--65197517	22	2.1	22	88	8	67	47	34	0	17	1.48
65197466--65197517	15	3.6	14	76	7	50	46	32	1	19	1.61
65197633--65197678	21	2.2	21	84	0	56	47	26	0	26	1.52
65197784--65197833	21	2.4	21	83	6	57	46	30	2	22	1.63
65197862--65197893	16	2.0	16	93	0	55	37	40	0	21	1.54
65197903--65197943	21	1.9	22	85	5	57	41	34	0	24	1.55
65199052--65199310	46	5.6	46	89	0	358	41	15	23	20	1.90
65199596--65199628	17	2.0	17	88	5	50	51	0	12	36	1.39
65215829--65215884	24	2.3	24	82	14	62	60	7	3	28	1.40
65221117--65221168	20	2.8	20	80	13	67	69	0	30	0	0.89
65221262--65221316	26	2.1	26	93	0	92	41	3	7	47	1.49
65221267--65221324	26	2.2	26	87	0	80	39	3	12	44	1.58
65221285--65221376	39	2.4	37	79	15	98	34	3	13	48	1.58
65225080--65225127	18	2.8	17	87	6	69	35	2	12	50	1.52
65225630--65225684	18	3.1	18	81	0	65	5	29	36	29	1.80
65230738--65231168	142	3.0	138	81	11	491	29	5	7	58	1.47
65230703--65231210	149	3.5	146	81	9	616	27	5	8	58	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65231999--65232127	46	2.9	45	85	7	142	25	30	21	22	1.99
65232120--65232242	38	3.2	38	90	0	192	31	26	19	21	1.97
65234876--65235645	149	5.2	149	93	1	1274	28	7	8	55	1.55
65234876--65235645	297	2.6	298	93	1	1310	28	7	8	55	1.55
65235669--65235706	17	2.2	17	95	0	67	13	7	5	73	1.22
65236235--65236276	3	14.7	3	80	9	52	0	38	0	61	0.96
65236232--65236277	14	3.2	14	87	3	65	0	41	0	58	0.98
65236241--65236276	17	2.1	17	89	0	54	0	36	0	63	0.94
65238078--65238111	17	2.0	17	88	0	50	41	2	0	55	1.15
65241459--65241522	28	2.3	27	79	10	67	62	1	0	35	1.05
65241475--65241513	14	2.9	14	84	3	53	58	0	0	41	0.98
65241459--65241513	14	4.1	14	74	4	51	61	1	0	36	1.06
65246663--65246689	11	2.5	11	100	0	54	62	7	0	29	1.22
65248817--65248872	29	2.0	29	82	3	69	66	12	10	10	1.46
65249861--65249998	42	3.3	42	76	0	150	23	20	19	36	1.95
65249942--65250042	43	2.4	41	82	9	107	26	21	15	35	1.94
65279105--65279180	31	2.5	31	85	4	93	59	2	0	38	1.12
65279945--65280388	208	2.1	208	95	0	798	28	23	27	21	1.99
65280798--65280852	28	2.0	28	92	3	94	36	32	0	30	1.58
65284557--65284602	14	3.4	14	82	14	53	23	2	0	73	0.94
65284557--65284602	9	5.2	9	82	17	53	23	2	0	73	0.94
65294697--65294854	43	3.7	42	70	10	131	23	18	25	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65296442--65296477	12	3.1	12	84	8	56	11	8	0	80	0.90
65296443--65296477	11	3.1	11	84	8	52	11	8	0	80	0.92
65296440--65296492	23	2.3	22	78	9	61	9	11	1	77	1.07
65300463--65300572	18	6.1	18	85	4	123	34	15	14	35	1.88
65302487--65302523	19	2.0	18	89	5	56	51	5	0	43	1.24
65305449--65305490	22	1.9	22	85	9	59	47	7	0	45	1.30
65305537--65305590	23	2.3	24	81	9	67	50	1	0	48	1.11
65305575--65305621	19	2.3	19	85	10	58	48	4	2	44	1.34
65305613--65305652	19	2.2	18	86	4	53	57	0	0	42	0.98
65305612--65305719	35	3.1	33	71	24	87	49	0	0	49	1.13
65305616--65305691	35	2.2	33	84	13	93	51	0	0	48	1.00
65310931--65310984	19	2.9	17	79	20	56	29	0	0	70	0.88
65310924--65310984	31	2.0	31	83	6	79	27	0	0	72	0.85
65310943--65310984	15	2.8	15	83	16	52	30	0	0	69	0.89
65315622--65315726	46	2.3	46	94	0	192	38	13	23	24	1.91
65325495--65325585	32	2.9	32	79	8	96	32	6	3	57	1.41
65328791--65328915	66	1.9	67	88	5	191	33	8	7	51	1.59
65344868--65344901	11	3.0	11	86	4	50	35	32	0	32	1.58
65346925--65346958	17	2.1	16	89	10	52	47	11	0	41	1.40
65349184--65349238	16	3.3	16	76	5	56	29	0	5	65	1.15
65351773--65351799	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
65367822--65367866	23	2.0	23	90	0	72	55	15	8	20	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65368764--65368797	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
65380176--65380216	21	2.0	21	90	0	64	24	26	12	36	1.91
65384661--65384728	20	3.3	20	69	15	57	29	19	5	45	1.73
65384653--65384735	42	2.0	42	97	0	157	30	19	6	44	1.74
65402519--65402589	31	2.4	29	86	9	90	56	1	0	42	1.08
65406544--65406594	17	2.9	17	75	13	50	33	0	1	64	1.05
65409427--65409474	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
65409827--65409925	22	4.5	21	77	16	76	30	5	5	59	1.40
65409937--65409990	23	2.3	24	83	3	65	35	7	5	51	1.53
65410213--65410237	10	2.5	10	100	0	50	40	0	8	52	1.31
65410221--65410317	25	3.9	26	74	11	80	35	6	5	53	1.48
65410327--65410393	29	2.2	30	80	15	77	31	1	8	58	1.38
65413490--65413530	21	2.0	21	90	0	64	43	0	4	51	1.23
65413490--65413537	18	2.5	19	80	16	55	43	0	4	52	1.20
65427201--65427227	7	3.9	7	100	0	54	59	11	14	14	1.62
65430478--65430570	31	3.0	31	82	4	91	47	10	8	33	1.69
65430502--65430570	31	2.2	31	89	0	111	44	8	10	36	1.69
65431429--65431476	22	2.2	22	85	7	62	52	2	8	37	1.44
65431537--65431561	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
65432164--65432205	17	2.5	17	92	0	66	35	14	14	35	1.86
65432174--65432212	17	2.3	17	90	0	60	41	10	17	30	1.83
65439320--65439349	14	2.1	14	93	0	51	33	13	10	43	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65446040--65446101	19	3.1	19	77	9	61	70	0	4	24	1.06
65446076--65446392	26	12.0	25	71	14	163	60	3	5	30	1.36
65446108--65446215	28	3.8	29	75	8	114	62	6	4	26	1.40
65446089--65446214	55	2.3	55	83	4	164	62	5	4	26	1.37
65446089--65446220	28	4.8	26	72	13	90	62	5	5	26	1.38
65449895--65450092	57	3.4	57	70	19	176	26	17	19	36	1.94
65449838--65450092	114	2.2	118	90	3	401	27	18	19	35	1.95
65460217--65460318	51	1.9	54	82	11	131	55	4	3	35	1.40
65460380--65460440	17	3.8	17	76	20	60	54	3	6	36	1.43
65461192--65461228	14	2.5	14	91	8	56	21	5	10	62	1.48
65461191--65461229	15	2.5	16	87	4	62	20	5	10	64	1.44
65461190--65461233	16	2.7	17	82	10	65	18	6	11	63	1.48
65461456--65461571	30	3.9	30	82	5	130	43	4	23	28	1.72
65461455--65461571	60	2.0	59	83	8	148	44	4	23	28	1.72
65461568--65461613	24	1.9	24	90	0	74	26	0	2	71	0.97
65461801--65462063	77	3.4	76	82	5	291	31	18	16	33	1.94
65461992--65462397	87	4.7	87	82	6	500	37	19	15	27	1.91
65462325--65462354	14	2.1	14	100	0	60	66	0	6	26	1.16
65462001--65462482	259	1.9	252	83	6	634	35	20	15	28	1.93
65465575--65465653	5	16.0	5	97	2	151	40	0	0	59	0.97
65466924--65466980	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
65477890--65477931	17	2.5	17	88	7	59	54	4	7	33	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65478706--65478743	16	2.6	14	91	8	58	15	5	10	68	1.36
65478705--65478747	15	2.8	16	89	3	70	13	6	11	67	1.41
65478955--65479084	30	4.4	30	80	4	122	42	1	21	34	1.62
65478955--65479084	60	2.2	59	79	4	145	42	1	21	34	1.62
65483892--65483952	30	2.0	30	93	3	104	3	8	19	68	1.29
65483892--65483952	32	1.9	31	93	3	104	3	8	19	68	1.29
65489089--65489127	16	2.4	17	83	16	55	38	12	10	38	1.78
65489098--65489129	16	2.0	16	100	0	64	37	18	6	37	1.76
65494633--65494657	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
65497494--65497713	21	10.5	21	77	5	176	47	13	19	19	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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