genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.217.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67198811--67198867	27	2.1	27	86	0	78	49	1	10	38	1.48
67199392--67199425	18	1.9	17	94	5	59	64	5	0	29	1.17
67203136--67203189	25	2.2	25	93	0	90	42	25	5	25	1.77
67207601--67207644	18	2.3	18	84	7	52	20	25	29	25	1.99
67213099--67213165	31	2.3	29	82	12	75	47	2	1	47	1.26
67215196--67215235	20	2.0	20	90	0	62	47	2	2	47	1.29
67216368--67216475	45	2.4	45	85	3	146	40	18	19	21	1.91
67216689--67216774	40	2.2	40	85	4	111	39	15	10	34	1.81
67217871--67217927	20	2.8	20	79	15	62	52	1	3	42	1.28
67217893--67217942	16	3.2	17	78	13	54	58	0	6	36	1.23
67218058--67218149	25	3.5	26	73	21	77	50	2	0	47	1.13
67218077--67218133	24	2.3	25	85	8	73	49	1	0	49	1.11
67221255--67221304	25	2.0	25	88	0	73	54	4	36	6	1.44
67221649--67221704	22	2.3	23	79	17	60	46	1	1	50	1.22
67222838--67222899	22	2.9	22	86	13	94	43	0	0	56	0.99
67222843--67223023	20	8.9	20	70	22	103	43	1	1	53	1.20
67222806--67222899	44	2.2	42	81	7	100	44	1	3	51	1.24
67226475--67226522	18	2.7	18	80	0	51	72	0	6	20	1.05
67226454--67226498	13	3.3	14	77	22	51	60	0	4	35	1.17
67229147--67229236	22	3.9	22	70	15	58	53	1	1	44	1.15
67229198--67229248	13	3.7	13	76	20	50	52	0	0	47	1.00
67229315--67229397	30	2.8	30	88	1	114	63	4	1	30	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67229386--67229434	16	3.2	16	72	19	50	61	2	0	36	1.08
67229483--67229543	21	3.0	20	81	11	72	57	1	0	40	1.08
67229491--67229546	20	2.9	19	84	10	69	60	0	0	39	0.97
67229492--67229615	21	6.2	20	72	20	73	54	0	0	45	1.05
67229527--67229599	23	3.1	23	75	9	76	56	0	0	43	0.99
67229547--67229615	22	3.1	23	74	14	72	49	1	0	49	1.09
67229524--67229639	46	2.5	46	76	14	107	57	1	0	40	1.09
67229529--67229629	46	2.2	47	80	5	116	55	1	0	42	1.11
67230616--67230640	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
67231094--67231140	21	2.2	23	77	14	55	51	0	17	31	1.46
67231100--67231140	20	2.0	22	85	9	59	51	0	19	29	1.47
67237423--67237507	44	1.9	44	87	0	125	31	29	17	21	1.96
67241041--67241180	3	48.3	3	66	18	57	28	5	2	64	1.26
67242333--67242377	24	1.9	23	81	4	54	26	22	6	44	1.77
67254593--67254629	7	5.1	7	96	3	65	16	0	0	83	0.64
67256714--67256765	20	2.4	21	81	12	61	69	1	1	26	1.10
67256727--67256773	11	4.0	12	78	10	53	65	2	2	29	1.15
67261443--67261573	43	3.0	42	84	4	163	27	29	20	22	1.98
67261458--67261644	43	4.4	43	79	6	202	29	30	17	21	1.97
67261654--67261691	20	1.9	20	88	0	58	44	0	0	55	0.99
67263630--67263656	6	4.5	6	100	0	54	70	29	0	0	0.88
67269002--67269035	18	1.9	18	88	5	52	44	2	2	50	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67269525--67269558	7	4.9	7	92	0	50	47	14	0	38	1.45
67270186--67270334	41	3.6	41	95	0	262	27	29	20	22	1.98
67270320--67270398	41	1.9	41	92	0	131	20	24	22	32	1.97
67270445--67270469	12	2.1	12	100	0	50	52	32	8	8	1.60
67270666--67270713	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
67270762--67270796	5	6.8	5	96	3	61	77	0	0	22	0.78
67276079--67276164	43	2.0	43	100	0	172	37	20	13	27	1.91
67284352--67284387	12	2.8	13	83	8	56	72	0	8	19	1.10
67285562--67285619	4	15.0	4	83	7	75	22	5	0	72	1.04
67292638--67292743	26	4.0	25	72	9	68	50	2	14	32	1.57
67292847--67292931	25	3.4	25	74	17	79	58	3	8	29	1.44
67293231--67293284	21	2.5	20	80	11	54	59	0	3	37	1.15
67294808--67294847	5	8.0	5	83	10	55	77	0	0	22	0.77
67295113--67295140	13	2.2	13	100	0	56	42	32	0	25	1.55
67299173--67299328	41	3.8	41	96	1	278	30	23	19	26	1.98
67314552--67314842	78	3.7	78	88	1	431	31	17	25	25	1.97
67314859--67315058	45	4.5	45	85	1	249	32	15	27	24	1.95
67314859--67315058	89	2.2	90	84	3	278	32	15	27	24	1.95
67315408--67315478	18	3.9	19	78	12	87	38	11	14	36	1.81
67315408--67315478	35	2.0	35	86	5	97	38	11	14	36	1.81
67315768--67315803	18	2.1	18	89	5	56	27	0	0	72	0.85
67318114--67318234	11	10.8	11	75	1	80	55	28	9	6	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67318133--67318252	22	5.4	22	82	3	105	54	33	6	5	1.51
67318120--67318252	33	4.0	33	77	2	104	54	31	7	6	1.52
67323342--67323377	17	2.1	17	89	0	54	27	22	36	13	1.92
67324155--67324197	22	1.9	23	85	4	61	41	16	32	9	1.80
67326191--67326285	8	10.4	9	70	27	60	20	3	1	75	0.99
67326194--67326286	14	6.3	15	71	22	72	19	3	1	76	0.99
67326191--67326266	6	12.7	6	80	13	77	18	2	1	77	0.95
67326195--67326287	5	18.0	5	75	22	70	20	3	1	75	1.01
67326191--67326260	30	2.3	31	90	7	108	18	1	1	78	0.90
67326233--67326273	18	2.3	18	86	0	55	19	4	2	73	1.13
67330459--67330483	13	1.9	13	100	0	50	48	28	8	16	1.74
67331799--67331863	22	3.0	22	79	0	85	44	15	23	16	1.86
67332272--67332353	41	2.0	41	95	0	146	37	20	13	28	1.90
67332443--67332520	5	15.8	5	97	2	149	58	0	0	41	0.98
67333860--67333895	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
67333847--67333887	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
67334010--67334144	39	3.4	38	73	8	101	28	28	20	23	1.99
67334384--67334422	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
67335742--67335798	5	11.0	5	78	14	62	56	1	0	42	1.10
67335741--67335796	12	4.5	12	81	16	69	55	1	0	42	1.10
67335743--67335798	26	2.2	26	90	6	69	55	1	0	42	1.10
67339201--67339275	35	2.1	35	97	0	141	30	10	13	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67339683--67339741	29	2.0	29	100	0	118	54	8	10	27	1.63
67340152--67340265	21	5.4	21	78	2	104	17	22	16	42	1.88
67342761--67342828	34	2.0	34	94	0	118	35	14	14	35	1.87
67344879--67344939	30	2.0	30	87	0	86	39	4	24	31	1.77
67347655--67347732	19	4.4	19	73	18	62	42	11	6	39	1.67
67347632--67347764	51	2.6	51	84	0	185	42	12	6	39	1.67
67367731--67367825	41	2.3	41	81	0	109	24	14	15	45	1.84
67375879--67375936	30	2.0	29	83	6	73	37	13	12	36	1.82
67382240--67382302	32	2.0	32	84	6	83	39	4	9	46	1.58
67382446--67382488	16	2.7	16	82	10	52	41	2	0	55	1.12
67383526--67383579	24	2.3	22	81	9	63	46	3	0	50	1.19
67387979--67388023	22	2.0	24	83	16	60	60	6	13	20	1.55
67391809--67391852	19	2.3	19	96	0	79	75	0	11	13	1.06
67391810--67391863	19	2.7	21	88	5	67	77	0	9	12	0.98
67392741--67392811	11	6.5	11	76	12	58	66	2	1	29	1.15
67392750--67392797	15	3.1	16	83	16	57	70	2	0	27	0.98
67397011--67397058	19	2.6	18	90	9	78	72	0	10	16	1.10
67397953--67398000	15	3.1	16	83	16	57	70	2	0	27	0.98
67397944--67398014	11	6.5	11	76	12	58	66	2	1	29	1.15
67406084--67406131	16	3.1	16	82	14	64	29	0	0	70	0.87
67407020--67407059	19	2.1	19	100	0	80	15	10	0	75	1.05
67411295--67411346	16	3.2	16	84	15	63	26	0	1	71	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67412225--67412264	19	2.1	19	100	0	80	15	10	0	75	1.05
67415708--67415820	57	2.0	57	100	0	226	30	23	14	32	1.94
67416644--67416672	13	2.2	13	100	0	58	55	0	6	37	1.27
67419880--67419925	6	7.3	6	85	9	65	78	0	4	17	0.91
67419980--67420024	22	2.0	24	86	8	67	57	0	40	2	1.11
67429799--67429827	3	9.7	3	100	0	58	34	34	0	31	1.58
67433355--67433380	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
67434054--67434102	24	2.0	24	96	0	89	53	2	4	40	1.32
67434176--67434221	21	2.1	22	84	11	60	15	0	41	43	1.46
67434563--67434607	22	2.1	21	83	4	54	46	2	0	51	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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