genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2314526--2314583	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
2314795--2314826	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
2314920--2315113	51	3.8	50	88	1	280	27	23	29	20	1.98
2314932--2315113	101	1.8	101	90	4	296	26	23	29	20	1.99
2322050--2322107	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
2322319--2322350	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
2322445--2322643	50	3.8	51	84	6	249	27	23	28	21	1.99
2333349--2333398	24	2.1	24	85	7	66	26	12	22	40	1.88
2338068--2338201	40	3.4	39	84	3	169	11	14	29	44	1.80
2339965--2340028	33	1.9	33	87	0	92	20	21	12	45	1.84
2344339--2344402	32	2.0	32	87	0	92	31	7	25	35	1.84
2349645--2349686	22	1.9	22	100	0	84	21	9	26	42	1.83
2352149--2352193	19	2.3	19	88	11	65	40	0	0	60	0.97
2352199--2352262	24	2.9	23	70	29	59	39	1	0	59	1.07
2352203--2352234	14	2.1	16	88	11	50	37	0	0	62	0.95
2353170--2353273	43	2.5	43	92	7	173	58	1	5	33	1.33
2360798--2360850	20	2.6	21	82	11	58	39	1	3	54	1.29
2360821--2360856	19	1.9	19	88	5	56	36	5	2	55	1.38
2366759--2366783	10	2.5	10	100	0	50	8	0	0	92	0.40
2367523--2367615	39	2.5	37	80	7	98	27	29	22	20	1.98
2367971--2368015	3	15.0	3	80	0	54	57	6	0	35	1.25
2367971--2368017	18	2.6	18	93	0	76	55	8	0	36	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2367975--2368015	12	3.4	12	93	0	64	56	7	0	36	1.27
2368723--2368757	16	2.2	16	94	0	61	5	14	5	74	1.19
2368756--2368829	28	2.6	28	72	8	69	44	1	1	52	1.17
2368797--2368835	21	1.9	20	84	5	51	46	2	0	51	1.14
2369780--2369861	43	1.9	43	87	5	121	19	20	21	37	1.94
2371402--2371448	19	2.5	20	83	10	55	48	8	21	21	1.76
2372224--2372268	20	2.3	20	85	11	58	17	0	6	75	1.01
2372224--2372265	18	2.2	19	83	8	50	16	0	7	76	1.00
2374716--2374793	38	2.1	38	85	2	104	60	3	3	32	1.33
2374965--2375009	21	2.1	21	84	8	56	26	8	4	60	1.46
2374994--2375046	17	2.9	18	80	8	72	35	1	3	58	1.27
2374969--2375054	19	4.6	19	74	11	63	31	5	3	59	1.38
2374996--2375145	9	16.6	9	66	13	58	34	3	2	59	1.28
2376105--2376132	14	2.0	14	100	0	56	28	21	14	35	1.92
2379543--2379572	8	3.8	8	90	0	51	3	23	23	50	1.64
2383664--2383734	34	2.1	34	97	0	133	33	12	4	49	1.60
2384086--2384150	25	2.7	23	73	19	62	40	4	1	53	1.31
2385252--2385310	24	2.5	23	78	10	66	62	0	1	35	1.05
2388038--2388252	116	1.9	116	90	0	349	42	13	12	32	1.81
2394652--2394764	54	2.1	54	88	3	165	38	21	23	16	1.93
2394652--2394764	27	4.2	26	84	5	127	38	21	23	16	1.93
2396371--2396505	26	5.2	26	96	1	227	36	23	5	34	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2399455--2399484	16	1.9	15	93	6	51	26	3	10	60	1.45
2400452--2400566	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
2400452--2400566	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
2402176--2402284	26	4.2	26	95	2	175	36	23	5	33	1.78
2402176--2402284	51	2.1	52	91	1	175	36	23	5	33	1.78
2410265--2410322	28	2.1	28	86	0	80	32	24	13	29	1.94
2411696--2411733	15	2.5	16	83	12	53	50	13	0	36	1.42
2421876--2421901	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2422151--2422192	18	2.3	19	88	12	70	59	0	2	38	1.10
2422153--2422205	18	2.8	19	86	8	65	58	0	1	39	1.09
2422153--2422212	19	3.2	20	79	6	63	58	0	3	38	1.15
2422440--2422478	10	3.9	10	82	0	51	23	7	0	69	1.14
2422440--2422499	20	3.0	20	85	4	68	28	5	0	66	1.12
2422463--2422499	10	3.7	10	92	7	58	35	2	0	62	1.10
2422495--2422659	90	1.9	88	81	10	201	39	7	15	37	1.76
2426713--2426756	3	14.7	3	100	0	88	34	0	34	31	1.58
2431627--2432759	252	4.5	251	80	4	1092	24	14	21	39	1.90
2432489--2432641	77	2.0	76	84	7	202	22	13	24	39	1.90
2431599--2432759	84	13.9	83	80	4	982	24	14	21	39	1.90
2439048--2439081	17	1.9	18	88	5	52	50	2	0	47	1.16
2443208--2443270	26	2.3	26	75	5	63	36	3	0	60	1.13
2443281--2443317	19	1.9	19	89	10	58	29	2	2	64	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2446196--2446279	42	2.0	42	100	0	168	21	19	14	45	1.85
2450013--2450165	38	4.1	38	82	0	155	17	24	26	31	1.97
2450142--2450190	22	2.2	22	92	0	80	16	26	28	28	1.97
2450104--2450224	60	2.0	63	85	8	169	19	23	24	31	1.98
2450235--2450323	25	3.5	25	81	1	106	17	22	26	32	1.97
2488783--2488819	19	1.9	19	89	10	58	24	0	0	75	0.80
2492302--2492346	7	6.9	7	82	12	60	71	0	0	28	0.87
2492302--2492346	20	2.3	20	92	3	74	71	0	0	28	0.87
2500307--2500402	6	16.0	6	94	0	102	0	39	4	56	1.19
2511046--2511072	6	4.5	6	100	0	54	18	0	0	81	0.69
2511995--2512024	3	10.0	3	92	0	51	0	3	63	33	1.11
2513110--2513159	19	2.6	20	78	9	59	30	2	10	58	1.42
2513108--2513158	20	2.6	19	75	12	50	31	1	9	56	1.43
2515433--2515468	18	2.0	18	88	0	54	27	0	2	69	1.02
2515521--2515587	30	2.4	26	85	12	80	61	1	0	37	1.05
2529447--2529482	16	2.2	17	90	5	56	36	0	0	63	0.94
2532327--2532381	14	4.1	14	81	4	60	23	43	10	21	1.84
2532331--2532393	28	2.3	28	83	8	76	22	44	9	23	1.82
2536257--2536308	26	2.0	26	100	0	104	26	15	11	46	1.80
2540612--2540656	21	2.2	22	84	11	60	35	4	11	48	1.59
2540941--2541004	28	2.3	28	82	15	80	57	1	0	40	1.08
2544393--2544425	16	2.1	16	100	0	66	42	6	15	36	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2547058--2547207	77	2.0	76	85	4	203	35	19	21	24	1.96
2548171--2548200	10	3.1	10	95	4	53	53	0	0	46	1.00
2552089--2552150	27	2.3	27	97	0	115	51	6	30	11	1.63
2552529--2552583	29	1.9	29	82	10	69	29	18	9	43	1.80
2553314--2553344	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
2562445--2562488	21	2.2	20	84	11	56	13	15	9	61	1.56
2564379--2564534	25	6.3	25	76	3	129	37	16	23	23	1.94
2564378--2564556	25	7.3	24	75	1	97	35	16	24	24	1.94
2564392--2564569	73	2.4	74	87	2	252	35	16	24	23	1.95
2564654--2564704	26	2.0	26	88	0	75	35	21	23	19	1.96
2565166--2565209	10	4.3	10	80	5	52	40	15	0	43	1.47
2567006--2567124	34	3.5	34	79	3	114	31	9	13	45	1.75
2575105--2575170	15	4.3	15	73	17	55	43	1	1	53	1.19
2575189--2575225	16	2.3	16	86	13	58	40	2	0	56	1.13
2576818--2576842	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
2579791--2579830	7	5.7	7	100	0	80	42	15	30	12	1.83
2580036--2580105	34	2.1	34	97	0	131	40	11	18	30	1.86
2580107--2580131	6	4.2	6	100	0	50	52	32	0	16	1.44
2583417--2583456	21	1.9	21	89	0	62	27	20	25	27	1.99
2587735--2588078	168	2.0	168	94	0	607	24	21	28	25	1.99
2589026--2589080	11	5.1	11	86	4	76	58	30	10	0	1.33
2589026--2589089	21	3.0	22	88	4	94	60	29	9	0	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2589953--2590008	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
2591487--2591539	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
2595243--2595280	19	2.0	20	89	5	60	47	0	2	50	1.15
2595369--2595395	13	2.1	13	100	0	54	59	14	7	18	1.58
2598539--2598870	3	112.0	3	65	16	77	31	9	2	56	1.44
2598538--2598571	11	2.8	13	86	13	54	32	8	0	58	1.29
2598735--2598808	20	3.7	20	76	8	78	31	10	1	56	1.42
2598750--2598814	23	2.8	23	79	9	69	29	12	0	58	1.34
2599322--2599369	3	15.7	3	91	4	78	35	2	0	62	1.07
2599197--2599655	154	3.0	153	79	13	572	30	4	5	59	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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