genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14080910--14081005	20	4.8	20	73	5	68	36	10	16	36	1.83
14082668--14082702	18	1.9	18	94	0	61	40	48	2	8	1.49
14082679--14082703	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
14082728--14082766	6	6.2	6	82	11	51	76	5	0	17	0.96
14082724--14082776	20	2.7	19	76	23	56	75	5	0	18	0.99
14082794--14082861	9	7.6	9	78	6	75	29	10	14	45	1.78
14082794--14082861	18	3.8	18	86	3	93	29	10	14	45	1.78
14082794--14082861	27	2.5	27	82	0	91	29	10	14	45	1.78
14085830--14086053	40	5.7	40	84	6	262	25	27	22	24	2.00
14085830--14086053	79	2.8	80	82	8	260	25	27	22	24	2.00
14085832--14086053	118	1.9	120	82	7	283	25	27	22	24	2.00
14093940--14094110	39	4.3	39	89	2	218	26	29	21	22	1.99
14093942--14094163	40	5.6	40	83	6	249	25	28	22	23	1.99
14093942--14094163	118	1.9	120	83	7	292	25	28	22	23	1.99
14098186--14098355	92	1.8	93	87	3	254	21	20	28	30	1.98
14100749--14100790	18	2.2	20	83	8	52	52	11	0	35	1.38
14109717--14110042	130	2.5	129	79	5	327	36	18	18	26	1.94
14109977--14110317	130	2.6	131	80	6	379	35	17	18	28	1.94
14117178--14117299	44	2.7	46	79	6	142	25	25	18	31	1.97
14117128--14117346	90	2.4	93	81	12	261	22	26	20	30	1.98
14117457--14117488	17	2.0	17	88	11	50	46	18	3	31	1.65
14121920--14122026	44	2.5	43	86	6	137	21	21	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14121904--14122076	43	4.0	43	75	12	149	23	19	24	31	1.98
14124186--14124412	48	4.9	48	76	8	243	28	23	21	26	1.99
14126693--14126748	28	2.0	27	96	3	103	25	14	26	33	1.94
14126843--14126880	19	2.0	19	94	0	67	39	10	13	36	1.79
14126908--14126960	26	2.0	26	100	0	106	18	3	24	52	1.62
14131716--14131891	46	3.8	46	79	15	200	21	19	29	29	1.98
14131712--14131883	93	1.8	93	92	0	290	20	20	30	28	1.98
14139034--14139076	4	10.8	4	100	0	86	51	0	23	25	1.49
14143946--14144052	53	2.0	53	98	0	205	46	9	8	35	1.66
14148185--14148278	46	2.0	46	81	8	109	54	4	1	40	1.27
14148461--14148493	16	2.0	17	88	5	50	42	9	3	45	1.51
14148647--14148682	17	2.1	17	89	0	54	58	0	0	41	0.98
14161586--14161634	25	1.9	26	84	12	66	42	2	6	48	1.39
14161554--14161691	69	2.0	68	88	2	206	41	5	4	48	1.47
14162923--14162950	14	2.0	14	100	0	56	64	7	7	21	1.43
14166215--14166387	48	3.6	48	77	4	188	35	28	15	21	1.93
14166205--14166384	95	1.9	96	86	3	256	35	28	15	21	1.93
14172797--14172823	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
14173270--14173367	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
14173298--14173380	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
14176244--14176295	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
14176166--14176427	101	2.6	101	91	4	420	19	19	30	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14176345--14176396	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
14191651--14191748	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
14191679--14191761	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
14193697--14193757	30	2.0	30	81	9	70	59	6	34	0	1.24
14206920--14207012	44	2.1	44	83	0	114	37	15	23	23	1.93
14209796--14209828	6	5.5	6	100	0	66	63	0	0	36	0.95
14209907--14209932	5	5.2	5	100	0	52	38	0	0	61	0.96
14214715--14214778	29	2.2	29	88	0	92	32	25	1	40	1.65
14218216--14218248	17	2.0	17	88	5	50	39	3	9	48	1.50
14223388--14223432	23	2.0	23	86	0	63	40	11	8	40	1.72
14224892--14225027	68	2.0	68	100	0	272	30	25	11	32	1.91
14237602--14237631	12	2.5	12	94	0	51	50	36	0	13	1.42
14237749--14237801	24	2.1	26	86	6	74	52	11	22	13	1.71
14238083--14238520	3	144.0	3	66	18	90	26	7	3	61	1.40
14238335--14238443	54	2.0	54	96	0	200	21	8	1	68	1.25
14238189--14238520	17	18.6	17	66	23	73	25	7	3	63	1.37
14238765--14239026	125	2.1	127	83	3	323	34	14	15	35	1.87
14239903--14239927	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
14246776--14246809	16	2.1	16	100	0	68	17	20	11	50	1.77
14246922--14246949	14	2.0	14	100	0	56	50	21	7	21	1.72
14247177--14247290	60	1.9	60	98	0	219	40	14	21	23	1.90
14252347--14252417	27	2.6	27	81	0	79	18	23	21	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14257232--14257318	39	2.2	39	91	0	138	28	26	21	22	1.99
14260860--14260958	43	2.3	43	86	6	130	34	24	15	26	1.94
14267452--14267498	21	2.2	21	96	0	85	53	12	12	21	1.72
14269035--14269064	6	5.0	6	100	0	60	0	66	0	33	0.92
14279693--14279722	15	2.0	15	93	0	51	16	6	10	66	1.41
14280853--14280905	26	2.0	26	85	7	72	45	3	9	41	1.54
14289651--14289693	21	2.0	21	86	0	59	16	13	25	44	1.85
14292343--14292525	83	2.2	84	89	1	269	46	11	9	32	1.73
14292642--14292766	63	2.0	61	90	3	196	38	8	12	40	1.73
14312464--14312518	27	2.0	27	89	0	83	29	16	12	41	1.85
14318941--14318974	14	2.4	14	90	0	50	44	0	2	52	1.16
14321009--14321039	6	5.2	6	92	0	53	0	12	0	87	0.55
14321011--14321045	12	2.7	13	91	8	54	0	11	2	85	0.69
14321344--14321368	11	2.3	11	100	0	50	68	0	0	32	0.90
14322487--14322525	20	2.0	20	85	10	53	51	5	2	41	1.38
14332569--14332713	71	2.1	69	94	2	254	33	15	13	38	1.86
14333783--14333815	17	1.9	17	88	11	50	60	18	15	6	1.54
14337465--14337494	15	2.0	15	100	0	60	20	20	20	40	1.92
14337921--14337998	28	2.7	29	74	9	70	53	1	2	42	1.22
14337932--14337999	31	2.3	28	78	9	73	54	1	2	41	1.24
14338875--14338925	3	17.0	3	95	0	93	35	0	0	64	0.94
14339281--14339376	39	2.5	39	80	6	108	20	21	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14345386--14345463	28	2.7	29	74	9	70	53	1	2	42	1.22
14345397--14345464	31	2.3	28	78	9	73	54	1	2	41	1.24
14346340--14346378	3	13.0	3	94	0	69	35	0	0	64	0.94
14346734--14346829	39	2.5	39	80	6	108	20	21	28	29	1.98
14356034--14356067	18	1.9	17	88	5	50	52	11	0	35	1.38
14362382--14362599	40	5.5	40	90	2	307	22	22	28	25	1.99
14368714--14368792	38	2.1	38	82	0	95	37	11	17	32	1.86
14368712--14368865	56	2.7	55	83	7	184	35	12	18	33	1.89
14368712--14368865	18	8.2	18	76	7	137	35	12	18	33	1.89
14368745--14368865	38	3.2	37	83	9	138	33	14	19	33	1.91
14370215--14370315	39	2.6	39	90	0	157	12	23	23	39	1.90
14373197--14373372	46	3.8	45	79	10	203	21	20	29	28	1.98
14373194--14373364	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	28	1.98
14376633--14376666	16	2.1	16	100	0	68	23	32	0	44	1.54
14380669--14380713	23	1.9	24	81	4	56	22	4	17	55	1.60
14384287--14384426	53	2.8	49	82	9	135	28	29	16	25	1.97
14384328--14384493	52	3.1	53	82	5	167	30	27	16	25	1.96
14384282--14384473	46	3.9	50	77	10	164	29	29	15	25	1.96
14393874--14394082	111	1.9	111	94	0	373	46	12	8	33	1.71
14395369--14395425	27	2.1	27	96	0	105	33	7	19	40	1.78
14398964--14399141	96	1.9	96	89	2	277	35	18	12	33	1.89
14403575--14403620	22	2.0	24	87	8	69	65	6	0	28	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14427534--14427702	86	2.0	86	100	0	338	37	11	23	26	1.90
14436690--14436729	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
14437968--14438015	14	3.4	14	82	0	51	18	29	6	45	1.74
14439081--14439142	31	2.0	32	87	3	90	27	3	0	69	1.04
14439066--14439142	31	2.4	33	82	6	86	28	2	0	68	1.02
14439209--14439233	10	2.5	10	100	0	50	64	0	8	28	1.22
14439864--14439938	37	2.0	37	97	0	141	25	24	34	16	1.95
14440112--14440159	3	16.3	3	86	4	71	68	0	31	0	0.90
14440318--14440445	59	2.2	59	91	2	204	32	0	11	55	1.36
14442802--14442947	33	4.4	33	80	3	143	15	43	9	30	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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