genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8246719--8246764	22	2.1	21	84	4	56	26	4	2	67	1.21
8248054--8248343	76	3.8	76	83	2	332	32	24	14	28	1.95
8248231--8248343	25	4.5	25	69	10	68	29	23	16	30	1.97
8252366--8252518	33	4.6	33	86	0	198	16	7	33	41	1.78
8259115--8259318	102	2.0	102	97	0	381	42	15	10	31	1.80
8260373--8260448	23	3.3	23	77	0	80	46	18	18	17	1.85
8264700--8264912	76	2.8	76	83	0	255	33	25	15	25	1.95
8264803--8264915	25	4.5	25	69	14	70	31	26	15	26	1.95
8268117--8268205	45	2.0	46	84	2	117	33	22	4	39	1.74
8275345--8275410	31	2.1	31	82	0	78	37	9	9	43	1.68
8279186--8279215	16	1.9	16	93	6	53	40	0	3	56	1.16
8279555--8279588	9	3.8	9	88	0	50	44	14	11	29	1.81
8279637--8279721	30	2.8	30	94	0	152	21	42	0	36	1.53
8279831--8279891	30	2.0	30	90	6	97	21	39	0	39	1.53
8282093--8282123	16	1.9	16	93	0	53	48	6	19	25	1.72
8283814--8284086	46	5.9	46	90	0	368	21	22	13	42	1.88
8286214--8286261	11	4.2	11	79	10	60	64	0	0	35	0.94
8286208--8286263	24	2.3	24	87	3	76	60	1	0	37	1.07
8292522--8292564	23	2.0	21	86	9	59	74	0	16	9	1.06
8304648--8304688	20	2.0	20	86	9	57	73	0	2	24	0.96
8304654--8304702	26	1.9	25	84	12	64	77	0	4	18	0.92
8305527--8305553	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8319374--8319404	16	1.9	16	93	0	53	45	29	0	25	1.54
8322820--8322908	46	1.9	46	82	8	110	38	12	8	40	1.74
8332720--8332764	18	2.5	18	77	0	54	40	4	11	44	1.60
8333261--8333294	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
8339346--8339427	25	3.3	25	79	8	96	36	6	4	52	1.48
8339462--8339503	21	1.9	23	85	9	61	35	2	4	57	1.33
8339420--8339509	33	2.8	31	76	20	87	36	3	5	54	1.40
8339344--8339621	23	11.8	23	68	20	132	36	5	5	53	1.46
8339284--8339670	212	1.8	212	83	6	525	35	4	5	54	1.45
8339695--8339746	27	2.0	26	84	3	68	32	5	3	57	1.40
8339817--8339870	28	2.0	27	85	7	74	40	9	1	48	1.46
8339911--8340022	12	9.3	12	67	23	51	34	3	2	58	1.29
8339966--8340024	18	3.2	18	80	17	68	30	3	1	64	1.20
8340217--8340277	28	2.1	29	84	6	79	29	9	4	55	1.53
8340277--8340317	15	2.8	15	92	3	66	24	4	12	58	1.53
8344099--8344156	28	2.1	28	100	0	116	37	22	13	25	1.91
8347196--8347248	21	2.5	21	87	0	79	30	33	9	26	1.88
8347471--8347517	24	1.9	24	86	4	67	72	6	4	17	1.22
8359408--8359495	43	2.0	43	100	0	176	48	22	4	23	1.69
8359525--8359585	30	2.0	30	100	0	122	63	9	9	16	1.50
8362797--8362840	3	15.0	3	90	4	72	0	29	0	70	0.88
8364793--8364823	16	1.9	16	93	0	53	41	9	3	45	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8371771--8371800	14	2.1	14	100	0	60	43	0	13	43	1.43
8376607--8376978	48	7.8	48	73	5	209	25	27	18	28	1.98
8376610--8376975	96	3.8	94	75	7	308	25	27	17	29	1.97
8376607--8376978	144	2.6	142	77	6	322	25	27	18	28	1.98
8379978--8380147	46	3.7	45	75	13	166	21	19	29	30	1.97
8387010--8387053	15	2.9	15	77	12	54	11	15	15	56	1.66
8397818--8397868	24	2.2	22	83	13	59	19	1	1	76	0.98
8417484--8417629	42	3.5	42	80	0	166	30	16	26	27	1.97
8417475--8417629	84	1.8	84	87	5	233	30	16	24	28	1.96
8423685--8423757	26	2.8	26	85	0	83	41	12	17	28	1.86
8427468--8427555	11	7.9	11	71	16	56	63	2	0	34	1.07
8427452--8427536	39	2.2	39	80	4	91	60	2	2	35	1.23
8427515--8427570	18	2.9	19	82	17	71	66	1	0	32	1.03
8427546--8427594	19	2.6	19	90	0	71	57	4	2	36	1.30
8427983--8428016	17	1.9	18	88	5	52	35	2	0	61	1.11
8428030--8428087	16	3.8	16	75	13	68	31	0	1	67	1.01
8428048--8428094	16	2.7	18	80	16	62	29	2	2	65	1.15
8429701--8430183	36	13.1	36	80	6	418	28	16	20	33	1.95
8429701--8430183	73	6.6	73	81	4	485	28	16	20	33	1.95
8429711--8430171	109	4.2	109	85	3	568	27	16	21	34	1.95
8431810--8431852	22	2.0	22	85	0	59	48	16	13	20	1.80
8432189--8432234	22	2.1	22	100	0	92	50	19	4	26	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8440120--8440162	22	2.0	22	85	0	59	51	13	16	18	1.77
8446121--8446148	12	2.3	12	100	0	56	25	7	25	42	1.80
8447762--8447840	39	2.0	39	100	0	158	26	15	27	30	1.96
8448688--8448746	29	2.0	29	96	0	109	18	27	28	25	1.98
8457903--8458151	130	1.9	130	89	1	383	29	22	22	25	1.99
8458145--8458244	42	2.4	41	88	3	148	31	16	24	29	1.96
8458768--8458822	28	1.9	29	85	3	76	45	23	5	25	1.74
8459047--8459084	16	2.6	14	91	8	58	21	0	31	47	1.51
8459245--8459368	7	17.3	7	73	8	79	21	2	38	37	1.67
8462787--8462876	39	2.3	39	90	3	137	31	20	24	24	1.98
8462869--8463162	39	7.5	39	91	0	453	20	22	27	28	1.99
8468560--8468687	9	13.6	9	76	9	121	46	21	1	31	1.61
8468578--8468654	39	2.0	39	97	0	145	44	22	1	32	1.61
8468573--8468685	57	2.0	57	87	0	163	45	23	1	30	1.63
8474546--8474628	31	2.6	33	76	7	89	16	4	19	59	1.55
8474704--8474817	43	2.7	43	84	0	147	26	24	20	28	1.99
8477022--8477066	19	2.3	20	77	11	58	35	0	2	62	1.08
8478626--8478686	30	2.0	32	84	12	83	19	44	0	36	1.51
8478792--8478850	30	2.0	30	86	6	84	20	38	0	40	1.53
8480082--8480146	30	2.2	30	97	0	121	35	4	30	29	1.78
8484307--8484344	18	2.1	18	100	0	76	15	5	21	57	1.57
8487033--8487084	20	2.5	22	75	12	63	32	3	11	51	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8488817--8488898	31	2.7	30	74	17	80	41	10	10	36	1.76
8493234--8493269	13	2.8	13	91	0	54	47	2	0	50	1.15
8504374--8504733	44	8.3	44	76	7	308	38	18	18	23	1.93
8504362--8504733	131	2.9	129	81	7	405	38	18	18	24	1.93
8504412--8504733	88	3.7	88	82	4	377	39	18	18	24	1.92
8504794--8504893	38	2.6	37	88	3	137	38	22	11	29	1.88
8509753--8509819	22	3.0	22	66	0	53	41	20	22	14	1.89
8512058--8512083	7	3.7	7	100	0	52	15	0	46	38	1.46
8514795--8514825	9	3.3	9	95	4	53	41	0	3	54	1.16
8514951--8515016	34	1.9	34	81	6	80	36	9	4	50	1.55
8515191--8515351	3	54.3	3	69	9	89	31	7	1	59	1.36
8515280--8515357	40	1.9	41	84	7	106	33	6	1	58	1.31
8527368--8527743	44	8.6	43	69	13	225	35	20	22	21	1.96
8527314--8527743	88	4.9	87	86	4	587	35	21	22	20	1.96
8527366--8527743	175	2.2	176	93	2	647	35	21	22	20	1.96
8527314--8527791	175	2.7	173	86	5	633	35	20	22	21	1.96
8527842--8527963	45	2.7	45	78	3	122	31	15	22	29	1.95
8529723--8529794	21	3.2	21	75	9	72	23	9	8	58	1.57
8529809--8529925	3	39.7	3	76	6	105	34	4	2	58	1.31
8533597--8533630	16	2.1	17	88	5	52	55	8	11	23	1.63
8534158--8534204	24	1.9	25	86	4	69	72	4	0	23	1.02
8534298--8534334	17	2.1	18	90	5	58	59	0	8	32	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8534271--8534417	40	3.4	43	72	22	105	59	0	7	32	1.30
8537018--8537048	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
8538218--8538267	10	5.0	10	81	13	59	22	8	2	68	1.26
8538983--8539016	17	1.9	18	88	5	52	26	8	5	58	1.51
8539028--8539068	22	1.9	21	85	14	57	24	9	2	63	1.37
8541865--8541917	5	11.0	5	74	22	51	20	1	1	75	0.99
8543484--8543533	10	5.0	10	86	13	68	20	8	2	70	1.23
8544250--8544283	18	1.9	18	88	5	52	29	11	2	55	1.50
8544295--8544335	22	1.9	21	85	14	57	24	9	2	63	1.37
8545288--8545323	18	2.1	18	89	5	56	33	25	0	41	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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