genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.189.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59416364--59416393	15	2.1	15	93	6	53	53	0	0	46	1.00
59420762--59420945	67	2.8	64	76	8	185	30	16	29	22	1.96
59429215--59429262	25	1.9	25	86	0	69	45	6	6	41	1.54
59436061--59436105	6	7.5	6	94	0	81	51	15	15	17	1.77
59437129--59437201	35	2.1	35	100	0	146	28	17	21	31	1.97
59437891--59438011	39	3.1	39	92	0	206	24	31	23	20	1.98
59440583--59440624	13	2.9	15	79	17	52	52	7	0	40	1.29
59446843--59446885	11	4.0	11	84	3	61	30	2	46	20	1.63
59446843--59446885	21	2.0	21	90	4	68	30	2	46	20	1.63
59450930--59451022	18	5.2	18	90	0	141	34	16	21	27	1.95
59451555--59451597	11	4.0	11	84	3	61	30	2	46	20	1.63
59451555--59451597	21	2.0	21	90	4	68	30	2	46	20	1.63
59452287--59452325	21	1.9	20	89	5	60	7	5	5	82	0.96
59456448--59456488	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
59461025--59461122	4	24.5	4	100	0	196	50	24	0	25	1.50
59462963--59463011	24	2.0	24	96	0	89	46	6	4	42	1.47
59464060--59464111	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
59464143--59464178	15	2.3	16	85	9	56	38	0	0	61	0.96
59464165--59464208	19	2.4	17	88	11	61	56	0	0	43	0.99
59465581--59465701	44	2.7	45	83	6	138	29	23	13	33	1.93
59465599--59465706	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
59468558--59468608	20	2.6	21	84	12	72	33	0	3	62	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59468558--59468607	19	2.5	20	87	9	68	34	0	4	62	1.14
59469612--59469643	8	4.0	8	100	0	64	75	0	0	25	0.81
59473501--59473556	11	5.2	11	76	4	51	66	16	8	8	1.44
59473542--59473567	8	3.2	8	100	0	52	76	23	0	0	0.78
59477271--59477379	24	4.4	25	70	16	75	38	20	21	20	1.94
59477283--59477409	24	5.1	24	75	11	96	35	18	24	21	1.96
59477516--59477577	24	2.6	24	84	0	70	29	22	27	20	1.99
59479302--59479326	7	3.6	7	100	0	50	76	24	0	0	0.80
59481757--59482401	131	4.9	132	78	5	499	29	19	17	33	1.95
59483988--59484018	10	3.1	10	95	0	53	87	3	0	9	0.66
59487556--59487600	21	2.1	22	83	4	56	28	17	31	22	1.97
59496608--59497779	132	8.9	132	93	0	1932	27	19	25	27	1.98
59497010--59497605	45	13.5	45	63	9	134	27	18	26	27	1.98
59498148--59498198	26	2.0	26	88	3	77	72	19	1	5	1.15
59500651--59500894	131	1.9	131	89	3	384	30	20	15	34	1.93
59500664--59501266	132	4.6	130	79	6	504	28	19	17	34	1.94
59500795--59501268	264	1.8	263	79	7	559	27	19	17	35	1.94
59505215--59505391	39	4.5	39	95	2	295	38	23	25	12	1.90
59518388--59518582	101	2.0	98	90	3	309	52	12	13	22	1.73
59525476--59525531	26	2.3	25	79	17	64	32	5	1	60	1.29
59525465--59525539	25	2.9	27	75	15	79	33	5	1	60	1.28
59525465--59525545	27	3.2	25	72	14	69	32	6	1	60	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59525516--59525603	46	1.9	45	81	6	106	35	5	4	54	1.45
59525580--59525731	24	6.3	24	72	14	91	30	8	2	58	1.42
59525594--59525664	23	3.0	23	84	8	81	28	9	4	57	1.49
59525683--59525730	25	2.0	24	91	0	69	35	6	0	58	1.23
59526037--59526096	24	2.5	24	86	8	86	26	1	8	63	1.32
59526037--59526111	25	3.0	23	76	16	62	25	4	8	62	1.40
59529300--59529457	57	2.9	56	80	13	152	42	1	3	52	1.27
59529629--59529673	16	2.8	16	89	0	72	28	31	4	35	1.77
59537075--59537201	63	2.0	63	93	0	218	32	19	19	28	1.97
59537138--59537243	50	2.1	50	89	1	158	33	17	22	25	1.96
59537219--59537367	31	4.8	31	88	3	219	28	20	25	26	1.99
59537467--59537572	49	2.2	48	87	3	149	27	15	28	29	1.96
59537528--59537642	42	2.7	42	84	6	135	30	13	26	28	1.94
59537815--59537869	29	1.9	28	85	3	74	54	32	7	5	1.51
59540342--59540377	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
59548636--59548807	68	2.5	67	84	4	211	28	14	23	33	1.94
59548807--59548965	72	2.2	72	88	4	241	22	15	22	40	1.90
59548905--59549528	139	4.5	140	97	2	1168	24	17	20	37	1.94
59549367--59549400	13	2.5	13	90	4	50	20	11	8	58	1.59
59548905--59549528	279	2.2	278	97	2	1164	24	17	20	37	1.94
59549554--59549648	49	1.9	49	97	0	181	29	16	21	32	1.95
59549439--59549796	197	1.8	198	88	5	553	31	16	18	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59549602--59549946	74	4.7	73	87	5	435	30	17	20	32	1.95
59549874--59550042	92	1.8	91	84	3	232	26	21	20	31	1.97
59549944--59550444	77	6.2	77	74	16	419	26	17	18	37	1.93
59550304--59550365	30	2.1	30	90	6	99	20	9	29	40	1.84
59551857--59551886	13	2.3	13	94	0	51	26	0	10	63	1.26
59555357--59555609	28	9.0	28	77	3	213	37	13	21	27	1.90
59555357--59555628	56	4.9	56	79	1	242	36	13	22	27	1.91
59555357--59555609	84	3.0	83	82	5	296	37	13	21	27	1.90
59555588--59555680	27	3.4	27	82	2	107	20	18	27	33	1.96
59558318--59558441	42	3.0	42	81	2	142	16	25	17	40	1.90
59563473--59563516	14	3.1	14	83	6	52	54	4	0	40	1.21
59564395--59565169	201	3.9	198	79	6	718	29	20	18	31	1.96
59565000--59565341	162	2.1	161	82	6	397	29	19	17	33	1.95
59565145--59565678	201	2.7	201	78	2	500	30	21	17	30	1.96
59566098--59566310	99	2.2	100	90	1	340	23	29	20	26	1.99
59566272--59566392	33	3.7	33	76	12	115	23	28	22	24	1.99
59566265--59566392	66	1.9	66	84	3	168	25	28	21	25	1.99
59574877--59574916	17	2.4	17	87	8	55	35	2	2	60	1.24
59576870--59576950	27	3.0	27	85	0	117	17	29	27	25	1.97
59579680--59579718	10	4.0	9	81	18	51	74	0	25	0	0.82
59580086--59580128	16	2.6	16	96	3	77	58	0	6	34	1.25
59580789--59580827	17	2.3	17	86	0	51	58	2	2	35	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59580817--59580848	14	2.3	14	94	0	55	40	0	9	50	1.35
59583783--59583830	21	2.3	21	77	0	51	25	31	22	20	1.98
59586446--59586507	28	2.2	28	94	0	115	40	9	20	29	1.84
59589210--59589243	16	2.1	16	94	0	59	38	17	20	23	1.93
59597043--59597104	21	2.9	20	74	9	52	35	6	0	58	1.24
59600067--59600130	31	2.0	32	93	3	112	31	1	12	54	1.47
59612766--59612801	18	2.0	18	94	0	63	41	16	5	36	1.72
59621005--59621046	22	1.9	22	85	0	57	42	23	21	11	1.86
59623087--59623149	3	20.7	3	77	9	65	30	3	3	63	1.25
59623202--59623281	27	2.9	26	78	9	70	28	6	2	62	1.32
59623850--59623882	17	2.1	17	88	11	52	48	6	3	42	1.43
59628091--59628122	14	2.3	14	94	0	55	84	0	15	0	0.63
59628934--59629082	73	2.0	73	93	0	253	24	15	24	35	1.94
59629151--59629186	17	2.1	17	94	0	63	19	8	0	72	1.10
59629092--59629604	178	2.9	177	80	8	558	26	16	18	38	1.92
59628992--59629615	267	2.4	268	83	7	776	25	16	18	39	1.91
59628992--59629626	177	3.6	177	79	7	679	25	15	18	40	1.90
59629724--59629824	44	2.3	44	94	0	184	25	21	24	27	1.99
59631396--59631450	3	18.0	3	78	10	58	29	1	5	63	1.27
59631504--59631554	21	2.4	21	77	9	59	29	5	0	64	1.17
59631998--59632053	25	2.2	25	81	6	60	32	10	10	46	1.73
59632164--59632196	17	2.1	17	88	11	52	48	6	3	42	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59632975--59633001	14	1.9	14	100	0	54	66	3	7	22	1.33
59634624--59634674	23	2.3	23	86	10	70	37	0	3	58	1.16
59634720--59634786	22	3.1	21	79	8	73	34	2	1	61	1.20
59634842--59634916	30	2.6	29	76	6	71	29	5	0	65	1.15
59634926--59634952	12	2.2	12	100	0	54	40	7	0	51	1.30
59636257--59636289	12	2.8	12	90	9	50	66	3	0	30	1.06
59637520--59637604	20	4.2	21	73	15	72	60	1	5	32	1.29
59637517--59637690	12	13.9	12	70	20	63	61	2	4	31	1.29
59637583--59637633	13	3.9	13	83	16	70	62	1	3	31	1.24
59637582--59637633	26	2.0	27	88	11	81	61	1	3	32	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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