genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   

This is table  9  of  250  ( 29906 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2599232--2599682	151	3.0	146	81	11	458	30	4	5	59	1.40
2599197--2599794	139	4.1	140	80	13	576	30	5	5	59	1.42
2600792--2600850	11	5.5	11	79	4	57	18	13	6	61	1.54
2614210--2614242	14	2.4	14	85	14	50	57	0	0	42	0.98
2615281--2615306	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
2615997--2616034	19	2.0	20	89	5	60	31	0	5	63	1.17
2616127--2616181	24	2.3	24	83	0	65	41	14	1	41	1.56
2616210--2616293	21	4.0	21	76	18	77	35	2	7	54	1.41
2616230--2616279	23	2.3	21	83	10	57	36	4	8	52	1.50
2616635--2616686	20	2.7	20	81	3	70	28	3	3	63	1.30
2616647--2616804	61	2.4	65	76	15	157	32	5	5	56	1.46
2616878--2616944	3	23.0	3	80	11	77	32	4	0	62	1.15
2618717--2618743	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2622638--2622695	20	2.9	19	82	12	64	44	1	1	51	1.21
2622644--2622703	20	3.1	19	85	9	68	43	1	3	51	1.28
2623243--2623274	3	10.7	3	100	0	64	0	34	0	65	0.93
2626802--2626866	23	2.9	23	68	19	55	41	0	4	53	1.21
2627494--2627565	24	3.0	24	81	0	63	11	8	9	70	1.33
2639551--2639690	64	2.3	58	74	19	140	21	20	16	42	1.89
2644614--2644665	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
2646147--2646229	26	3.2	26	94	1	141	37	24	4	33	1.77
2650411--2650462	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2651935--2652018	26	3.2	26	94	0	141	35	25	4	34	1.77
2655284--2655322	14	2.8	14	88	7	53	46	7	12	33	1.71
2657117--2657200	11	7.3	11	72	24	66	32	2	2	63	1.20
2657249--2657287	20	2.0	20	84	0	51	35	2	2	58	1.25
2657251--2657301	26	2.0	24	81	7	57	37	3	1	56	1.29
2658601--2658639	19	2.1	19	85	0	51	51	0	2	46	1.14
2658624--2658701	37	2.1	37	81	9	88	46	0	2	51	1.14
2658646--2658699	21	2.8	20	76	23	62	42	0	1	55	1.10
2661587--2661746	24	6.7	24	70	7	110	33	30	14	22	1.94
2663081--2663164	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
2664649--2664700	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
2674886--2674942	18	3.1	18	80	12	55	29	0	5	64	1.15
2687138--2687254	44	2.8	43	74	10	116	50	14	21	13	1.77
2688032--2688182	73	2.1	74	86	3	209	28	16	19	35	1.93
2688117--2688349	90	2.6	87	81	5	279	27	16	21	33	1.95
2688098--2688358	88	3.0	86	78	7	292	26	16	19	37	1.93
2688275--2688520	73	3.3	73	85	6	341	28	16	20	34	1.94
2688275--2688515	76	3.2	73	88	4	331	27	16	20	35	1.94
2688443--2688657	88	2.4	88	86	8	278	31	17	20	29	1.96
2688443--2688683	88	2.7	86	81	8	236	30	18	21	30	1.97
2696334--2696386	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
2697866--2697949	26	3.2	25	93	3	132	35	25	4	34	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2699131--2699155	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
2700225--2700325	5	21.0	5	93	6	174	59	0	0	40	0.97
2701446--2701527	26	3.2	26	96	0	146	31	4	25	37	1.77
2706449--2706510	27	2.3	26	78	13	72	48	9	1	40	1.46
2707078--2707120	13	3.2	13	90	9	61	0	9	0	90	0.45
2707079--2707119	10	3.9	10	93	6	64	0	9	0	90	0.46
2707077--2707120	11	4.0	11	91	8	72	0	11	0	88	0.51
2707080--2707128	21	2.3	22	89	3	73	2	8	2	87	0.69
2707078--2707120	1	43.0	1	80	0	50	0	9	0	90	0.45
2707079--2707128	11	4.5	11	87	7	57	2	8	2	88	0.68
2707281--2707494	118	1.8	119	90	1	349	28	30	16	23	1.97
2708438--2708487	6	7.8	6	81	18	57	78	0	4	18	0.91
2708438--2708487	15	3.9	12	80	19	57	78	0	4	18	0.91
2714917--2714978	27	2.3	26	76	13	63	48	11	3	37	1.55
2715362--2715492	47	2.8	48	85	3	176	35	26	14	22	1.93
2716493--2716568	40	1.9	40	84	10	102	28	19	21	30	1.97
2717183--2717259	21	3.6	21	75	5	66	18	1	44	36	1.58
2717197--2717260	14	4.5	14	72	3	56	18	1	42	37	1.60
2717235--2717294	29	2.1	29	81	6	68	18	1	33	46	1.59
2717417--2717495	29	2.8	29	84	1	97	17	1	32	48	1.56
2719661--2719732	25	2.9	25	82	0	90	13	40	16	29	1.87
2720404--2720448	23	2.0	23	90	0	72	42	2	11	44	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2721153--2721415	9	29.6	9	77	6	205	46	15	1	36	1.55
2721162--2721401	71	3.4	71	95	0	426	46	15	1	36	1.55
2721243--2721335	26	3.5	26	77	4	96	46	13	3	36	1.60
2721314--2721415	26	3.8	26	80	3	105	47	15	0	36	1.53
2724432--2724489	26	2.2	26	93	0	98	36	24	5	34	1.78
2731490--2731821	131	2.6	130	86	2	447	27	17	20	34	1.95
2732661--2732692	13	2.4	14	94	5	57	37	0	9	53	1.34
2733337--2733415	31	2.5	33	81	8	99	12	6	17	63	1.49
2733351--2733420	31	2.3	31	87	0	104	15	7	18	58	1.59
2735650--2735706	29	2.0	28	83	10	71	19	8	7	64	1.44
2742266--2742331	29	2.3	29	83	0	78	24	12	22	40	1.88
2744796--2744841	24	1.9	24	81	0	56	36	4	8	50	1.53
2748181--2748255	39	1.9	39	94	0	132	34	16	18	30	1.93
2748885--2748930	18	2.6	18	89	0	65	26	26	28	19	1.99
2750715--2750759	21	2.2	20	88	4	63	31	6	0	62	1.21
2751062--2751116	3	18.7	3	77	17	53	63	5	30	0	1.17
2751588--2751631	14	3.0	15	76	6	54	52	4	0	43	1.22
2752161--2752225	29	2.2	29	83	8	78	46	20	9	24	1.79
2753000--2753097	30	3.2	29	81	11	81	24	8	18	48	1.75
2753028--2753100	30	2.4	31	88	2	103	24	5	17	52	1.66
2755780--2755834	27	2.0	27	96	0	101	23	29	5	41	1.76
2759087--2759114	10	2.8	10	100	0	56	10	10	7	71	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2764095--2764124	15	2.0	15	93	0	51	13	10	6	70	1.34
2765724--2765783	29	2.1	29	90	0	93	36	5	3	55	1.38
2767352--2767409	30	1.9	30	82	6	73	18	29	29	22	1.98
2772480--2772561	26	3.2	26	94	0	146	35	26	7	30	1.84
2774202--2774369	46	3.6	46	78	13	200	21	21	28	28	1.99
2774199--2774370	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
2780738--2780913	46	3.8	46	78	12	207	20	21	29	28	1.98
2780735--2780906	93	1.8	93	94	0	308	20	22	29	27	1.98
2785108--2785338	118	2.0	118	91	0	372	22	18	30	28	1.97
2785474--2785502	9	3.2	9	100	0	58	89	0	10	0	0.48
2790724--2790749	6	4.3	6	100	0	52	34	0	15	50	1.45
2794631--2795658	514	2.0	514	100	0	2056	28	22	18	29	1.97
2798507--2798560	21	2.5	22	74	17	58	40	12	9	37	1.76
2799152--2799227	37	2.1	37	100	0	152	34	13	2	50	1.55
2800329--2800371	20	2.1	21	86	4	61	13	41	25	18	1.88
2801427--2801493	22	3.0	22	75	18	66	43	17	22	16	1.88
2802654--2802742	7	13.3	7	73	17	64	49	1	1	48	1.16
2802663--2802705	20	2.2	20	86	0	59	51	0	2	46	1.13
2804719--2804763	18	2.3	19	81	14	56	26	22	8	42	1.83
2807583--2807614	16	2.0	16	100	0	64	25	6	31	37	1.81
2814629--2814678	24	2.1	25	85	7	68	44	2	2	52	1.24
2816968--2817022	23	2.4	23	80	16	69	27	0	14	58	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2816971--2817021	25	2.1	25	89	7	79	25	0	11	62	1.29
2822097--2822122	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
2837540--2837598	25	2.4	25	80	5	66	55	15	18	10	1.67
2841104--2841133	15	2.0	15	93	0	51	13	13	10	63	1.52
2850671--2850791	3	40.7	3	71	8	68	56	2	9	32	1.44
2850649--2850692	17	2.6	16	82	10	52	52	2	11	34	1.50
2850644--2850722	6	13.7	6	74	12	67	49	1	16	32	1.54
2850988--2851094	3	35.0	3	72	12	58	59	3	8	28	1.44
2850992--2851095	28	4.0	27	78	13	78	58	3	9	27	1.47
2858175--2858370	30	6.7	30	68	22	114	30	3	19	45	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250