genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73885889--73885932	23	1.9	22	86	9	61	59	6	0	34	1.24
73887357--73887409	26	2.1	27	82	10	67	66	1	0	32	1.03
73887378--73887415	15	2.4	16	86	4	51	65	2	0	31	1.06
73892490--73892544	27	2.0	27	92	0	92	45	14	0	40	1.45
73892576--73892653	31	2.5	31	87	4	104	38	6	5	50	1.50
73895401--73895432	14	2.3	14	94	0	55	31	43	15	9	1.78
73900519--73900550	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
73901107--73901153	6	7.5	6	86	9	67	78	4	0	17	0.90
73901107--73901153	20	2.5	19	83	10	69	78	4	0	17	0.90
73901173--73901231	9	6.6	9	84	0	64	27	8	15	49	1.73
73904731--73904782	23	2.4	22	77	6	61	44	5	1	48	1.38
73904805--73904844	19	2.0	19	85	9	53	60	2	0	37	1.11
73911868--73911923	18	3.0	19	84	10	71	39	0	5	55	1.23
73911873--73911923	19	2.6	19	87	9	68	37	0	5	56	1.23
73915725--73915818	48	2.0	48	85	8	129	20	12	26	40	1.88
73920858--73920883	6	4.3	6	100	0	52	15	0	53	30	1.42
73928471--73928507	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
73934714--73934788	18	4.2	18	91	0	114	28	22	16	33	1.95
73945760--73945821	31	2.0	32	84	9	83	46	1	9	41	1.46
73946434--73946526	42	2.2	45	75	16	108	62	0	1	36	1.03
73959746--73959786	14	2.6	16	81	11	50	65	0	0	34	0.93
73960630--73960662	17	2.0	16	94	5	57	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73964209--73964241	17	1.9	17	93	0	57	33	21	9	36	1.85
73964578--73964616	17	2.4	17	87	12	55	61	0	5	33	1.18
73965568--73965679	48	2.3	47	83	8	136	38	8	3	49	1.52
73965568--73965696	48	2.7	46	78	15	129	34	9	4	51	1.55
73966666--73966698	7	4.7	7	100	0	66	27	0	15	57	1.38
73967289--73967327	18	2.2	18	95	0	69	23	25	7	43	1.80
73971167--73971421	126	2.0	126	86	1	359	29	18	16	35	1.93
73971493--73971531	20	1.9	21	85	15	55	56	7	0	35	1.28
73983553--73983615	30	2.1	30	90	0	99	22	1	15	60	1.44
73983739--73983770	11	2.8	12	86	13	50	68	0	0	31	0.90
73984666--73984703	17	2.4	16	83	12	51	47	2	5	44	1.39
73985818--73985846	15	1.9	15	100	0	58	34	0	0	65	0.93
73987447--73987480	17	2.1	16	88	5	50	52	0	0	47	1.00
73997828--73997856	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
74006655--74006686	10	3.0	11	90	9	57	46	0	15	37	1.46
74006930--74007006	38	2.0	38	97	0	145	27	15	19	37	1.92
74014032--74014077	24	1.9	24	100	0	92	43	6	10	39	1.66
74018581--74018691	47	2.4	47	81	6	136	36	22	15	26	1.94
74019437--74019469	15	2.3	14	94	5	57	9	15	0	75	1.03
74020058--74020121	31	2.1	31	100	0	128	31	15	15	37	1.89
74021788--74021829	22	1.9	22	90	0	66	38	7	16	38	1.76
74032933--74032978	23	2.0	23	95	0	83	52	23	6	17	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74037266--74037329	30	2.1	31	82	2	76	37	0	10	51	1.37
74037325--74037377	15	3.5	15	76	5	52	35	0	0	64	0.94
74038382--74038415	14	2.4	14	100	0	68	73	0	0	26	0.83
74047184--74047229	22	2.1	22	100	0	92	13	21	0	65	1.26
74048091--74048230	69	2.0	69	84	2	183	20	1	54	23	1.53
74048147--74049076	48	19.2	48	77	5	594	21	2	49	26	1.63
74048579--74048659	21	3.6	21	76	23	92	13	2	54	29	1.52
74048652--74048809	54	3.0	53	70	15	141	23	1	51	22	1.58
74048483--74048989	246	2.1	245	80	5	556	22	2	49	26	1.62
74048943--74049031	27	3.5	27	63	17	73	25	2	46	25	1.65
74049072--74049217	36	4.2	36	74	11	135	22	7	41	28	1.81
74049910--74049945	18	2.0	18	100	0	72	16	5	0	77	0.94
74049909--74049953	23	2.0	22	86	4	63	17	4	0	77	0.92
74050382--74050468	27	3.4	27	71	18	78	24	2	48	25	1.63
74050382--74050515	48	2.8	48	87	0	178	22	2	50	25	1.61
74050472--74050533	27	2.4	27	81	7	76	17	6	50	25	1.70
74050379--74050550	48	3.6	47	82	3	157	22	4	47	25	1.70
74055739--74056371	48	13.2	48	80	2	466	23	3	49	23	1.64
74055769--74056353	144	4.1	143	81	4	538	23	3	50	23	1.64
74056012--74056139	27	5.2	26	69	21	87	26	1	50	21	1.58
74056031--74056115	21	3.8	21	74	17	71	25	1	55	17	1.49
74056394--74056529	48	2.8	48	82	0	173	25	6	45	22	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74058358--74058387	14	2.1	15	93	6	53	43	0	0	56	0.99
74060643--74060685	21	2.0	22	81	4	52	6	32	4	55	1.47
74061318--74061396	39	2.0	39	85	9	108	67	2	15	15	1.35
74062683--74062731	25	1.9	26	84	12	66	38	10	0	51	1.36
74064949--74064985	18	2.1	19	85	10	51	54	27	5	13	1.61
74067772--74067846	23	3.4	22	67	14	64	56	10	9	24	1.63
74067759--74067847	44	2.0	44	97	0	169	55	10	8	25	1.63
74068545--74068583	20	2.0	20	89	0	60	43	10	0	46	1.37
74082424--74082457	16	2.1	17	88	5	52	32	0	11	55	1.36
74087538--74087758	93	2.4	91	87	2	298	21	25	14	38	1.91
74087538--74087761	46	4.8	46	87	3	290	20	25	14	39	1.91
74091539--74091609	12	5.7	13	86	8	103	74	5	7	12	1.20
74091539--74091609	25	2.9	25	91	2	117	74	5	7	12	1.20
74092521--74092588	21	3.2	20	80	12	66	76	4	17	1	1.03
74092532--74092588	5	11.0	5	77	17	55	77	3	17	1	1.00
74092532--74092588	16	3.7	14	80	17	60	77	3	17	1	1.00
74094206--74094443	41	5.8	41	97	1	442	26	19	23	30	1.98
74094206--74094485	123	2.3	123	90	3	449	27	20	23	29	1.99
74100148--74100215	30	2.3	30	82	5	75	27	20	5	45	1.74
74101365--74101428	25	2.7	24	72	15	69	43	0	7	48	1.32
74106826--74107266	217	2.0	218	92	1	733	28	17	14	39	1.90
74112804--74112828	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74127526--74127607	30	2.8	27	77	14	83	39	4	9	46	1.58
74132514--74132556	18	2.3	18	80	4	50	41	4	0	53	1.21
74136708--74136784	28	2.8	27	74	12	75	31	6	0	62	1.21
74136827--74136868	19	2.2	20	86	4	59	16	2	9	71	1.23
74136850--74136899	18	2.8	18	82	8	59	18	0	8	74	1.06
74136860--74136904	17	2.7	16	83	10	54	20	0	4	75	0.97
74139596--74139720	62	2.0	62	100	0	250	40	17	4	36	1.71
74149173--74149212	19	2.2	18	90	4	62	30	0	2	67	1.04
74149173--74149212	9	4.3	10	78	15	50	30	0	2	67	1.04
74151296--74151322	5	5.4	5	100	0	54	40	0	0	59	0.98
74152591--74152621	10	3.1	10	100	0	62	58	0	29	12	1.35
74155048--74155100	5	10.4	5	97	2	97	41	0	0	58	0.98
74156691--74156721	6	5.2	6	96	0	53	16	29	19	35	1.93
74156931--74156982	18	2.9	18	76	0	59	36	13	13	36	1.84
74163869--74163902	18	1.9	18	88	5	52	38	0	5	55	1.24
74164099--74164162	31	2.1	30	88	2	92	53	0	4	42	1.22
74166174--74166266	18	5.2	18	85	0	132	27	22	16	33	1.95
74166174--74166268	36	2.6	36	91	0	154	28	22	16	32	1.96
74170366--74171348	491	2.0	491	99	0	1957	26	18	18	36	1.94
74181201--74181241	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
74198765--74198806	5	8.6	5	94	5	77	80	0	0	19	0.70
74200458--74200544	42	2.1	42	100	0	174	49	16	0	34	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74206049--74206179	57	2.3	57	86	1	199	34	22	12	29	1.92
74206146--74206275	32	4.1	32	98	0	251	37	19	10	33	1.85
74206210--74206423	90	2.4	90	95	0	383	35	22	10	32	1.88
74206300--74206365	32	2.1	32	91	0	105	39	18	9	33	1.82
74206332--74206642	58	5.5	58	82	5	397	33	23	11	31	1.90
74206508--74206663	50	3.0	49	73	14	134	38	19	8	32	1.83
74206575--74206717	75	1.9	74	95	1	259	32	23	10	33	1.89
74206649--74206767	58	2.1	58	88	0	175	29	23	11	35	1.90
74210669--74210737	29	2.4	28	73	4	75	43	15	4	36	1.67
74216959--74217011	17	3.1	17	77	2	61	52	0	1	45	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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