genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A09
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  77927517

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7486194--7486256	30	2.1	30	96	0	117	57	12	3	26	1.51
7494937--7495030	23	4.1	23	83	0	125	47	5	24	22	1.71
7499448--7499541	23	4.1	23	83	0	125	47	5	24	22	1.71
7501223--7501337	45	2.9	36	78	20	140	32	11	17	39	1.85
7501234--7501325	45	2.0	45	95	0	166	30	11	15	42	1.83
7501946--7501992	21	2.2	22	96	3	87	17	23	17	42	1.88
7506665--7506689	13	1.9	13	100	0	50	16	28	40	16	1.89
7508268--7508306	17	2.2	18	90	4	62	43	12	5	38	1.65
7513352--7513390	18	2.2	17	86	4	51	46	10	2	41	1.51
7514250--7514292	20	2.2	19	83	4	50	58	0	2	39	1.11
7527857--7527898	15	2.5	17	81	11	52	42	0	0	57	0.99
7527908--7528001	40	2.3	40	87	7	138	64	8	26	0	1.22
7529115--7529215	37	2.6	38	73	6	87	24	20	26	27	1.99
7532520--7532544	13	1.9	13	100	0	50	8	24	32	36	1.84
7538454--7538484	16	1.9	16	93	0	53	48	0	0	51	1.00
7545142--7545190	3	16.7	3	87	12	75	32	2	0	65	1.04
7546188--7546241	6	9.0	6	95	0	99	33	1	16	48	1.57
7549133--7549169	17	2.2	17	90	0	56	78	0	2	18	0.87
7549807--7549841	17	2.1	17	88	0	52	34	5	5	54	1.48
7550407--7550509	48	2.1	48	96	0	188	17	11	41	29	1.85
7550473--7550542	33	2.1	33	86	5	97	21	14	37	27	1.92
7551575--7551613	19	2.0	19	90	5	60	46	0	5	48	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7554429--7554462	16	2.1	16	94	0	59	26	0	26	47	1.53
7556459--7556493	17	2.0	18	94	5	63	42	0	11	45	1.40
7557960--7557996	15	2.5	15	91	8	58	16	0	32	51	1.45
7557991--7558028	19	2.1	19	85	5	51	7	0	36	55	1.29
7565414--7565474	9	7.0	9	78	12	65	37	0	1	60	1.07
7565416--7565474	17	3.4	17	73	11	57	37	0	1	61	1.07
7567188--7567214	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
7571158--7571196	5	7.8	5	83	11	53	79	2	0	17	0.84
7571152--7571196	15	3.1	14	84	9	54	77	2	2	17	0.97
7579682--7579740	31	1.9	31	96	0	109	28	15	18	37	1.91
7587648--7587730	29	2.8	30	75	12	91	57	1	1	39	1.14
7587674--7587713	19	2.1	19	86	9	55	55	0	2	42	1.13
7590473--7590503	14	2.2	14	94	0	53	0	9	0	90	0.46
7595936--7595994	16	3.7	16	75	8	57	47	1	1	49	1.21
7596551--7596590	19	2.1	19	86	9	55	32	2	5	60	1.32
7601903--7601980	32	2.4	31	77	8	84	42	2	3	51	1.34
7602207--7602256	19	2.7	19	76	11	59	50	0	0	50	1.00
7613504--7613560	30	1.9	30	85	0	78	14	15	14	56	1.68
7614583--7614619	14	2.8	14	84	8	51	35	0	0	64	0.94
7614808--7614852	18	2.3	19	85	11	56	31	2	2	64	1.18
7623030--7623080	16	3.2	16	77	20	54	54	1	1	41	1.22
7625214--7625273	30	2.0	30	90	0	93	58	13	1	26	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7626579--7626619	21	2.0	21	85	9	57	36	2	0	60	1.10
7627972--7628058	46	1.9	45	90	4	140	28	25	13	32	1.94
7634781--7634806	11	2.4	11	100	0	52	26	0	34	38	1.57
7635471--7635519	17	2.9	17	84	0	53	44	2	2	51	1.24
7646550--7646641	34	2.7	34	96	0	166	29	27	19	23	1.98
7660937--7661017	25	3.2	26	72	16	71	66	3	18	11	1.37
7661636--7661680	16	2.8	16	86	0	63	31	4	2	62	1.27
7664923--7664961	17	2.2	18	90	4	62	69	0	5	25	1.09
7669514--7669583	27	2.6	27	72	0	68	44	10	4	41	1.57
7680400--7680425	12	2.2	12	100	0	52	30	7	19	42	1.79
7681352--7681392	6	6.8	6	100	0	82	14	0	17	68	1.22
7681694--7681746	26	2.0	26	92	0	88	24	7	3	64	1.37
7683749--7683843	35	2.7	35	77	11	95	42	1	4	52	1.27
7684039--7684091	21	2.5	21	87	0	79	32	33	7	26	1.84
7685703--7685756	25	2.2	25	100	0	108	48	3	12	35	1.60
7688475--7688506	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
7691507--7691580	5	14.4	5	83	14	82	20	2	0	77	0.90
7691507--7691580	22	3.3	22	81	14	89	20	2	0	77	0.90
7691505--7691577	6	11.8	6	80	11	60	20	2	0	76	0.90
7691505--7691580	27	2.8	26	84	13	91	21	2	0	76	0.91
7699098--7699145	25	1.9	25	91	0	78	20	22	18	37	1.94
7699098--7699161	25	2.6	25	85	5	76	21	21	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7700632--7700803	67	2.6	65	82	7	177	33	16	27	22	1.95
7700656--7700812	67	2.4	65	82	4	201	30	15	29	23	1.96
7702743--7702780	18	2.1	19	85	5	51	28	10	15	44	1.80
7707224--7707253	15	1.9	16	93	6	53	53	6	13	26	1.64
7723197--7723237	6	6.5	6	86	10	55	14	2	0	82	0.76
7723192--7723227	14	2.6	14	95	0	63	13	2	0	83	0.76
7726139--7726163	13	1.9	13	100	0	50	24	0	16	60	1.36
7729968--7730028	32	1.9	32	96	0	113	34	14	11	39	1.82
7732969--7733004	15	2.6	15	83	16	51	47	5	0	47	1.25
7733080--7733144	32	2.0	32	90	0	103	33	13	3	49	1.58
7735769--7735832	32	2.0	33	87	9	96	14	0	43	42	1.45
7735824--7735864	18	2.3	18	83	4	57	17	0	31	51	1.46
7735803--7735852	23	2.2	22	85	3	64	14	0	34	52	1.42
7735864--7735931	26	2.6	26	97	0	127	44	0	13	42	1.43
7736058--7736449	126	3.1	124	81	2	442	35	16	17	30	1.92
7740008--7740042	18	1.9	18	94	0	61	40	2	28	28	1.71
7740661--7740707	7	6.7	7	92	0	67	57	8	2	31	1.41
7741644--7741756	48	2.3	51	81	9	142	61	2	4	31	1.30
7741910--7741957	10	4.6	10	80	10	60	41	0	25	33	1.55
7745651--7745676	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7749768--7749973	9	21.7	9	67	17	78	61	3	3	31	1.30
7749768--7749982	19	11.3	19	66	15	70	61	3	4	30	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7749883--7749939	29	2.0	29	82	6	71	57	0	3	38	1.16
7749897--7749992	36	2.6	37	78	6	106	62	2	3	32	1.22
7749934--7749996	28	2.3	27	86	2	81	63	3	1	31	1.19
7749780--7749994	97	2.3	95	81	9	244	60	3	4	31	1.33
7751755--7751824	31	2.3	31	85	5	88	34	11	11	42	1.77
7752827--7752882	25	2.2	26	81	12	71	30	21	10	37	1.87
7759272--7759307	18	2.1	16	90	10	54	72	2	0	25	0.98
7760108--7760132	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
7761796--7761822	14	1.9	14	100	0	54	33	0	0	66	0.92
7761836--7761861	10	2.6	10	100	0	52	26	11	0	61	1.30
7763474--7763514	21	2.0	21	100	0	82	39	2	14	43	1.59
7771307--7771347	21	2.0	21	100	0	82	39	2	14	43	1.59
7775790--7775837	7	7.6	7	80	15	52	22	2	0	75	0.91
7775792--7775844	21	2.5	21	80	20	65	20	1	0	77	0.87
7776934--7777132	99	2.0	99	87	1	283	27	12	25	34	1.92
7777561--7777594	17	1.9	18	88	5	52	52	5	20	20	1.67
7779681--7779740	28	2.1	28	81	0	66	30	6	13	50	1.67
7780284--7780359	22	3.6	21	79	13	75	42	1	32	23	1.63
7780732--7780773	20	2.0	21	86	4	59	30	0	0	69	0.89
7785950--7785988	20	1.9	21	89	5	62	30	5	10	53	1.56
7793110--7793137	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
7801324--7801367	19	2.3	19	80	4	52	47	15	9	27	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7807771--7807818	18	2.7	18	78	18	55	20	2	4	72	1.11
7810193--7810235	20	2.2	20	95	0	77	25	13	11	48	1.77
7817998--7818023	12	2.2	12	100	0	52	15	0	7	76	0.99
7817984--7818026	19	2.3	18	81	14	52	16	0	6	76	0.99
7818016--7818065	24	2.0	26	88	7	77	30	0	2	68	1.01
7824719--7824804	40	2.2	40	89	0	136	43	20	5	30	1.76
7835313--7835424	46	2.4	46	98	0	215	38	12	24	25	1.90
7835389--7835449	32	1.9	32	82	0	77	40	14	24	19	1.89
7835343--7835502	78	2.1	78	86	0	221	40	14	24	21	1.90
7835421--7835572	46	3.3	46	80	3	180	42	15	23	19	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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